주문

○○세무서장이 2006.7.10. 청구인에게 한 부가가치세 547,536,710원(2002년 1기～2005년 2기) 및 종합소득세 202,083,280원(2001 과세연도～2004 과세연도)의 부과처분은 청구인이 주장하는 대체거래 등 거래사실과 원목구입대금 등 필요경비 지출 내용을 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 과세표준과 세액 및 종합소득세 소득금액과 세액을 경정한다.

이유

1. 처분내용

○○○(이하 ‘청구인’이라 한다)은 ○○○도 ○○시 ○○ ○○리 ○○○-○번지, 동소 ○○○번지, 동소 ○○○번지, 동소 ○○○-○번지, 동소 ○○○-○번지 소재에서 톱밥 제조 및 도매를 주업으로 ○○○○.1.1. 개업하여 대지 ○○○○평 규모의 원목 야적장과 톱밥생산시설을 갖추고 1일 ○○～○○톤을 생산할 수 있는 톱밥제조기를 보유하고 생산직 종업원 ○○명을 고용하고 있는 개인사업자이며, 주요 매출처는 전국의 축산 농가, 버섯재배 농가 및 버섯영농조합법인, 곤충사육장 등이 있고, 전화 주문 또는 인터넷 홈페이지를 통하여 판매하고 있으며 모든 거래는 청구인 명의의 ○○○농협 계좌(이하 ‘농협계좌’라 한다)를 통하여 이루어지고 있다.

 ○○세무서장(이하 ‘처분청’ 이라 한다)은 청구인에 대한 개인사업자 조사 결과 예금통장에 입금된 금액 중 조사 당시 소명하지 못한 금액을 매출누락으로 보아 부가가치세 2002년 제1기 46,233천원, 2002년 제2기 58,320천원, 2003년 제1기 45,805천원, 2003년 제2기 65,781천원, 2004년 제1기 64,970천원, 2004년 제2기 110,879천원, 2005년 제1기 82,560천원, 2005년 제2기 72,988천원 합계 547,536천원과 종합소득세 2001 과세연도 1,217천원, 2002 과세연도 30,142천원, 2003 과세연도 60,534천원, 2004 과세연도 110,190천원 합계 202,083천원(총 고지세액 749,619천원)을 2006.7.10. 결정 고지하였다.

 청구인은 이에 불복하여 2006.9.4. 이건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

 1) 2002.1.1～ 2005.12.31.까지 은행예금통장의 입금 총액은 5,420,156천원 으로 이 금액 중 톱밥대체거래금액 867,390천원, 사적거래금액 950,251천원, 운송비거래금액 712,370천원 합계 2,530,011천원을 차감한 2,890,145천원(공급가액 2,627,405천원)에 대하여 과세하여야 하나, 처분청에서는 부가가치세 과세표준을 4,921,552천원(공급가액)으로 결정함으로써 2,294,147천원(공급가액)이 부당하게 과세되었으므로 이에 대한 부가가치세 229,414천원을 감액하여야 한다.

 2) 전기료 관련 매입세액과 원목대금 관련 의제매입세액 합계 14,554천원을 추가로 공제하여 경정하여야 한다.

 3) 종합소득세 경정 시 농협계좌의 지출금액을 분석하여 소득금액을 산출할 수 있음에도 추계조사 결정한 처분은 부당하므로 실지조사에 의하여 결정하여야 한다.

3. 처분청 의견

 1) 청구인은 조사 착수 시부터 부과시점까지 일체의 서류를 제시한 바 없고, 조사공무원에게 일체의 증빙이 없다고 하였으나, 이건 청구 시 대체거래, 사적거래, 운송비에 대하여 소명자료를 제출한 바,

 ① 대체거래라고 주장한 내용에 의하면, 청구인이 생산하지 아니한 품목, 소비자 주문 품목, 구입처 및 구입처에 대한 입금내역 등에 관한 일체의 증빙이 없고, 다만, 청구인이 임의로 통장 입금액 중 대체거래라고 분류하여 제출하였을 뿐, 거래에 관한 일체의 증빙이 없다.

 ② 사적거래라고 주장한 내용은 입금 또는 출금 등 한쪽 거래만 있을 뿐 이를 뒷받침할 만한 근거가 없고, 청구인의 통장에 입금한 입금자들이 금전을 차용하고 변제한 금액이라고 확인서 또는 차용증을 제출하였는바, 청구인은 대금업을 영위하는 사업자가 아니며 다수의 외지인 등에게 1～4천만원씩 대여하고 차용증에 이자의 약정내용 또는 차입일자 등이 기록되지 아니하고 이러한 거래들이 4년 동안 9억원이 넘는다는 것은 신빙성이 없으므로 이 금액을 매출누락으로 보아 부가가치세 과세표준에 포함하여 과세한 처분은 정당하다.

 ③ 청구인은 인터넷상에 홈페이지를 개설하고 톱밥주문, 물품운송, 대금수령에 이르기까지 청구인의 책임 하에 판매가 이루어지고 주문자와 운송비에 대한 별도의 계약을 한 것이 아니고 청구인이 운송업자에게 운송을 의뢰하고 물품대금을 수령하여 그 금액에서 운송비를 지급하고 있으므로 운송비가 포함된 금액을 부가가치세 과세표준으로 경정한 처분은 정당하다.

 2) 2005년 제2기 과세기간 동안 한전남원지점으로부터 교부받은 매입세금계산서 금액 8,897천원은 청구인이 신고시 누락한 것으로 확인되는 바, 매입세액을 공제할 것이나, 원목대금과 관련한 의제매입세액 13,665천원의 추가공제 주장은 증빙제시가 없어 원목대금여부가 확인되지 아니하므로 공제할 수 없다.

 3) 종합소득세에 대한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하나, 조사 시 청구인은 장부를 비치 기장하지 않았고, 또한 필요경비 관련 증빙서류를 제출한 바 없어 추계조사결정한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

 가. 쟁점

  1. 청구인의 예금계좌에 입금된 금액 중 소명하지 못한 금액을 매출누 락으로 보아 과세한 처분이 정당한지 여부

  2. 원목대금이라고 주장하는 출금액의 진위 여부

  3. 실지조사에 의한 소득금액의 결정을 요구하며 제출한 출금내역의 필요경비 해당 여부

나. 관련법령

 ○ 부가가치세법 제13조【과세표준】

 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

 1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

 2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

 3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 (99.12.28. 개정)

 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급 한 용역의 시가 (99.12.28. 신설)

   4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

 ② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

   1. 에누리액

   2. 환입된 재화의 가액

   3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액

   4. 국고보조금과 공공보조금

   5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이 자 (99.12.28. 개정)

 ③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액ㆍ대손금ㆍ장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다.

 ④ 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 관세의 과세가격과 관세ㆍ특별소비세ㆍ주세ㆍ교육세ㆍ교통세 및 농어촌특별세의 합계액으로 한다. (94.3.24. 개정)

 ⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ○ 부가가치세법시행령 제48조【과세표준의 계산】

 ① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

 ② 외상판매 및 할부판매의 경우에는 공급한 재화의 총가액을 과세표준으로 한다. (2000.12.29. 개정)

 ③ 장기할부판매의 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다. (2000.12.29. 개정)

 ④ 완성도기준지급 및 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하거나 계속적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계약에 따라 받기로 한 대가의 각 부분을 과세표준으로 한다.

(이하 생략)

 ○ 부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

  ① 사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자 가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. (2003.12.30. 개정)

  1. 확정신고를 하지 아니한 때

  2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

  3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산 서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (94.12.22. 개정)

  4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

② 사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다. (2003.12.30. 개정)

  1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

  2. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모ㆍ종업원수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

  3. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량ㆍ동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때

  ③ 사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (2003.12.30. 개정)

 ○ 소득세법 제80조【결정과 경정】

  ① 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의하여 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다. (94.12.22. 개정)

  ② 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.(94.12.22. 개정)

  1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

  2. 제163조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 제164조ㆍ제164조의 2의 규정에 의한 지급조서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때 (2000.12.29. 개정)

  ③ 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. (94.12.22. 개정)

 ○ 소득세법시행령 제142조【과세표준과 세액의 결정 및 경정】

  ① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다. (94.12.31.)

다. 사실관계 및 판단

 1) 청구인은 아래와 같이 2002년 제1기부터 2005년 제2기까지의 각 과 세기간에 해당하는 부가가치세 과세표준을 처분청에 신고하였음이 부가가치세 경정 결의서 및 국세통합시스템에 의하여 확인된다.

                                                           (단위 : 천원)

 2)처분청에서 매출누락으로 경정한 부가가치세 과세표준 금액 4,822,450천원은 세무조사결과통지서상 금액 4,921,552천원과 99,102천원의 차액이 발생하나 이는 입․출금이 동시에 발생한 금액으로 매출․매입액에서 제외하고 경정하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

                                                         (단위 : 천원)

 3) 처분청에서 개인사업자 실지조사 시 청구인은 기장한 장부 등 필요 경비 관련 증빙서류를 제시한 바 없어 2001 과세연도～2004 과세연도의 종합소득세를 아래와 같이 추계조사결정 하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

                                                         (단위 : 천원)

○ 쟁점 1에 대하여

 처분청은 농협계좌에 입급된 금액 중 매출거래 관련분 5,306,146천원에서 2002년 제2기 면세분 1,450천원을 차감하고 5,304,696천원(공급가액 4,822,450천원)을 2002년 제1기～2005년 제2기 동안의 총 매출액으로 보아 부가가치세 과세표준으로 과세한 반면, 청구인은 농협계좌의 입금 총액 5,420,156천원 중 톱밥대체거래금액 867,390천원, 사적거래금액 950,251천원, 운송비거래금액 712,370천원 합계 2,530,011천원을 차감한 2,890,145천원(공급가액 2,627,405천원)에 대하여 과세하여야 한다고 주장하고 있어 그 내용을 살펴보면,

 1) 처분청의 심리자료에서 청구인은 조사 종료 후 부과시점까지 일체의 증빙서류를 제시한 바 없었고, 이건 청구 시 대체거래라고 주장한 내용은 청구인이 임의로 농협계좌 중 대체거래라고 분류하여 제출하였을 뿐, 대체거래에 관한 일체의 증빙이 없다는 의견서를 제출하였고,

   청구인은 이건 청구 시 톱밥을 구입한 자들의 대체거래확인서와 대체거래자 청구외 박○○외 9명으로부터 189회 입금한 자료를 제시하였고, 보정요구서의 답변 자료에서 타 톱밥사업자의 성명, 연락처와 농협계좌 8개에서 168회 출금하여 대체한 내역 등을 제출하였으나, 이 거래가 실제로 이루어졌는지 여부는 확인되지 아니한다.

 2) 처분청에서는 사적거래와 관련하여 입금 또는 출금 등 한쪽 거래만 있을 뿐 이 를 뒷받침할 만한 근거가 없다고 하였으나, 청구인이 제출한 확인서 유형을 보 면, ① ‘친목회비 확인서’에는 모임의 총무가 교체되면서 회장인 청구인 통장으로 회비 4,486천원을 2003.11.3. 입금한 내용이 있으며,

  ② ‘백미계 확인서’에는 청구인이 계돈을 수령하면서 ‘○○마을금고’에서 청구인의 통장으로 2005.1.31. 이체한 내용이 있고,

  ③ 대금을 차용한 ‘확인서’에는 청구인이 2002.2.26. 청구외 정○○으로부터 5,000천원을 차용하여 청구인의 통장으로 입금하였다는 등

  윤○○외 54명으로부터 다양한 유형의 사적거래 확인서를 받아 그 사본을 제출하였는바, 처분청에서는 그 진위 여부 확인을 소홀히 하였다고 할 것이며, 사적거래와 관련하여 2002.1.1.～2005.12.31. 기간 동안 농협계좌로 입금된 금액은 1,039,463천원으로 나타나 있고, 출금액은 185,511천원으로 청구인이 주장한 사적거래 금액 950,251천원과 89,212천원의 입금액이 차이가 나므로 실제 사적거래금액이 얼마인지 여부는 확인되지 아니한다.

 3) 청구인은 운송비가 매출액과 구분되므로 실제 입금된 매출액 중 운 송비에 해당하는 금액을 차감하여야 한다고 주장하면서 운송업자들의 확인서 등을 제출하였으나, 청구인은 인터넷상에 홈페이지를 개설하고 톱밥의 주문, 운송, 대금수령 등 청구인의 책임 하에 판매가 이루어지고 주문자와 운송비에 관한 별도의 계약을 체결한 사실 등이 없으며, 2005.8.18. 용산톱밥공장의 홈페이지 ‘물품 구입법’을 보면 발효톱밥, 생톱밥 등 물품 주문 시 판매가격에는 택배비를 포함하여 주문을 받고 판매가격에는 운송비가 포함되어 있음이 확인되므로 운송비를 매출액에 포함하여 부가가치세 과세표준을 산정함이 타당하다고 보여 진다.

 4) 따라서 청구인이 제시한 톱밥대체거래자 10명의 확인서를 토대로 타 톱밥사업자에게 출금한 금액과 사적거래와 관련한 친목회비 확인서, 계돈 입금, 차용 후 변제 받은 입금액 등의 사실 여부를 확인할 수 있음에도 구체적으로 확인하지 아니한 처분청의 잘못이 있다할 것인 바, 거래사실을 건별로 확인하여야 할 것으로 판단된다.

○ 쟁점 2에 대하여

 청구인은 전기료 관련 매입세액과 원목대금 관련 의제매입세액을 추가로 공제하여 달라고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면,

 1) 2005년 제2기 과세기간 중 한전○○지점에서 교부받은 매입세금계산 서 금액 8,897,901원(공급가액)은 청구인이 부가가치세 신고시 누락한 매입세금계산서 금액으로서 부가가치세법 제17조 제2항 및 같은법시행령 제60조 제1항 제2호의 규정에 의하여 매입세액으로 889천원을 공제함이 타당하다.

 2) 처분청은 경정 시 원목 매입과 관련한 의제매입세액공제 해당분을 각 과세기간별 합계 11,827천원을 공제 하였는바, 청구인은 의제매입세액을 추가로 13,665천원을 공제하여야 한다고 주장하면서 거래일자, 주민등록번호, 출금자, 출금액 등 농협계좌의 출금내역을 제시하고 있으므로 이는 실제 거래 사실 여부를 건별로 확인하여야 할 것이다.

○ 쟁점 3에 대하여

  처분청이 농협계좌의 입금액을 근거로 부가가치세 과세표준을 계산하고도 종합소득세를 과세함에 있어서는 농협계좌의 지출금액을 분석하여 소득금액을 산출하지 아니하고 추계조사결정 방법으로 소득금액을 결정한 것은 부당한 과세이므로 실지조사에 의하여 소득금액을 결정하여야 한다고 주장한 청구인의 관련자료 등을 보면, 농협계좌에서 지출된 금액과 필요경비의 관련성 등이 원목대금의 경우 출금일자, 출금자 성명과 주민등록번호 등 대부분 개인에게 수차례에 걸쳐 출금된 사실이 확인되고, 톱밥대체거래금액의 경우도 입금자와 출금자, 거래일자, 연락처 등이 기재되어 있으며, 사적거래금액의 경우에도 확인서, 거래일자, 거래금액 등 거래 건별로 대사가 가능하다고 보여 지므로 청구인의 주장은 상당한 이유가 있다할 것인바, 운송비, 접대비, 소모품비, 인건비 등 농협계좌에서 출금된 금액을 구체적으로 사실 확인하지 아니하고 추계조사결정한 처분청의 소득금액 결정 방법은 잘못이 있다고 판단된다.

 위와 같이 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 볼 때,

 처분청이 농협계좌에 입․출금된 자금의 개별적인 성격, 즉 대체거래금액, 사 적거래금액, 운송비거래금액의 진위 여부를 가려 매출액을 산정하고, 원목구입대금, 운송비, 접대비, 소모품비, 인건비 등의 실제 지출 사실을 확인하여 필요경비를 계상한 후 부가가치세 과세표준과 종합소득세 소득금액을 실지조사결정 방법에 의하여 경정하여야 할 것이나, 농협계좌에서 소명되지 아니한 금액을 매출누락금액으로 간주하고 부가가치세와 종합소득세를 부과 처분한 것은 잘못이 있다고 판단되므로 재조사 결정함이 타당하다.

5. 결 론

   이건 이의신청은 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.