○○세무서장이 2004. 11. 1. 청구법인에게 경정․고지한 1999 사업연도 법인세 13,869,548원, 2000 사업연도 법인세 11,053,912원 및 2001 사업연도 법인세 23,255,838원의 부과처분은, 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 1999 사업연도 26,950,000원, 2000 사업연도 16,660,000원 및 2001 사업연도 48,968,000원을 각각 손금에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 의류 수출업을 영위하는 법인으로서, 청구외 ○○기업주식회사(2000. 3. 7. ○○통운주식회사에서 법인명 변경, 이하 󰡒쟁점①거래처󰡓라 한다)로부터 1999년 제2기중 공급가액 26,950,000원과 2000년 제2기중 공급가액 16,660,000원, 합계 43,610,000원(이하 󰡒쟁점①세금계산서󰡓라 한다)을, 2001년 제1기중 청구외 ○○통운주식회사(이하 󰡒쟁점②거래처󰡓라 한다)로부터 공급가액 48,968,000원 상당의 세금계산서(이하 󰡒쟁점②세금계산서󰡓라 한다)를 각각 수취하여 해당 사업연도의 법인 손금에 산입하여 법인세를 신고․납부하였다.

처분청은 자료상으로 고발된 쟁점①②거래처로부터 수취한 쟁점①②세금계산서를 실물거래없는 가공거래로 보아 2004. 11. 1. 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하여 각 사업연도별 법인세 48,179,298원(1999년 : 13,869,548원, 2000년 : 11,053,912원, 2001년 : 23,255,838원)을 경정․고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2004. 11. 23. 심사청구하였다.

2. 청구주장

청구법인은 자료상인 쟁점거래처로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 사실에 대하여는 인정하지만, 쟁점세금계산서의 실거래자는 청구외 ○○상운 이○○(000-00 -00000)으로 이는 입금확인증과 작업지시서 등에 의하여 확인되는데도, 공급가액을 손금부인하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

청구법인이 자료상과 거래분을 실지매입처 이○○으로 하여 추가자료를 제출하였기 검토한바, 실거래내용을 확인할 공사발주서, 창고출하증, 거래명세표가 없고, 이○○은 오래전부터 사업자등록증을 운송주선업으로 3개 회사(○○상운, ○○상운, ○○해운항공)를 등록하여 ○○무역과 수수료 관련 세금계산서 발행분이 65건에 10,770천원으로 계속 거래한 사업자가 일부 누락하였다는 것은 신빙성이 없으며, ○○무역이 당초 제시한 무통장입금증 사본 중 통관수수료와 기타분 입금액으로 되어 있어 무통장입금액만 가지고는 ○○상운이 실거래하였다고 볼 수 없으므로 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서에 대하여 가공자료로 이 건 법인세를 부과한 당초처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

자료상으로부터 수취한 쟁점세금계산서의 실지거래처가 확인되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

○ 법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제67조【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여배당기타사외유출사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제19조【손비의 범위】

법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용〈하 략〉

○ 법인세법시행령 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(생략)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여〈하 략〉

다. 사실관계 및 판단

1) 청구법인은 ○○세무서장으로부터 자료상으로 고발된 쟁점①②거래처로부터 1999년 제2기분 공급가액 26,950,000원, 2000년 제2기분 공급가액 16,660,000원, 2001년 제1기분 공급가액 48,968,000원 상당의 쟁점①②세금계산서를 수취하여 각 사업연도 손금으로 계상하여 법인세를 신고하였으며, 그 수취내역은 다음과 같다.

(쟁점①②세금계산서 수취 현황)

2) 처분청은 쟁점①②세금계산서를 실물거래없는 가공거래에 따른 것으로 보아 매입세액을 불공제하고 각 사업연도 소득금액계산상 손금불산입 및 대표자에게 상여처분사실은 심리자료에 의하여 확인된다.

3) 쟁점①②세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 불공제 대상이 되는 것에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없으나, 청구법인은 실제로는 ○○상운 이○○과 거래하였다고 주장하면서, 이○○이 작성한 확인서, 무통장입금확인증, (수출)월말작업보고서 및 이○○이 수기로 작성한 작업지시서 등을 제시하고 있다.

4) 청구법인이 쟁점①②세금계산서의 실거래자는 ○○상운 이○○이며 대금결제는 이○○ 계좌(○○은행 000-000000-00-000)에 무통장으로 입금하였다고 주장하면서 제출한 입금증명의 내용은 다음과 같으며, 관련 증빙서류를 검토한바 사실로 인정된다 할 것이다.

5) 청구법인은 (수출)월말작업보고서와 이○○이 수기로 작성한 작업지시서(2001. 1월 ~ 2001. 2월분)을 제출하여 해당 내용을 대사한바, 그 내용이 일치하여 청구주장을 신뢰할 만하다.

6) 위 사실을 종합하여 보건대, 청구법인이 쟁점세금계산서의 실지거래처라고 주장하는 ○○상운 이○○은 운송업을 영위하는 사업자로 나타나고, 쟁점①②세금계산서상 공급대가와 무통장송금액이 일치하며, 이○○이 실지거래사실을 확인하고 있는 점 등을 비추어 볼 때, 청구법인이 ○○상운 이○○과 실제거래를 하였다는 청구주장은 신빙성이 있는 것으로 판단된다.

따라서 ○○상운 이○○(000-00-00000, ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지)에게 과세하는 것은 별론으로 하고, 처분청이 쟁점①②세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 동 매입액을 손금부인하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.