○○세무서장이 2004.6.15. 청구법인에게 한 2002사업연도(2002.1.1 ~ 2002.12.31) 법인세 955,107,160원의 부과처분은 2002사업연도의 소득금액을 경정함에 있어서 장부와 증빙에 의하여 실지조사 하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 두고 백화점업을 영위하다가 2002.12.31. 폐업한 법인으로서 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 토지 4,899.3㎡, 지하2층 지상 6층 건물연면적 28,104.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 채권자인 ○○캐피탈(주)가 1999.9.20 ○○지방법원에 임의경매(00○○000000)를 신청하여 2002.10.15. 쟁점부동산이 ○○(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 325억원(건물부속 유체동산 503,874,030원 포함)에 경락되었으나 청구법인이 2002.1.1 ~ 2002.12.31 사업연도(이하 “2002사업연도”라 한다) 법인세를 신고하지 아니함에 따라 2002년 1기에 신고한 부가가치세 과세표준 794,667,796원에 대하여 법인세법 제66조 및 같은법 시행령 제104조 제1항 제1호의 규정에 의하여 추계로 산정한 소득금액 716,324,856원과 쟁점부동산에 대한 양도차익 2,256,686,000원을 익금에 산입하여 청구법인에게 2004.6.15. 2002사업연도 법인세 956,107,160원을 경정ㆍ고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2004.9.13. 이의신청을 거쳐 2005.1.27. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구 주장

(1) 청구법인이 2002사업연도 법인세를 신고하지 못한 사유는 청구법인이 소속된 ○○그룹에 대한 대검찰청 공적자금 합동단속반의 수사가 2002년8월부터 2003년 12월까지 진행되었고, 또한 관계되는 임직원의 퇴사로 장부 및 증빙서류의 보관, 정리가 제대로 되지 못하였으며, 회계처리를 하던 컴퓨터 또한 고장이 나고 이를 복구할 인력과 비용 등의 사정으로 법정 기한내에 법인세를 신고하지 못하였는바 강남세무서에 이의신청을 한 후 청구법인이 회계처리를 위하여 당시 사용하던 컴퓨터를 전문업체에 파일복구를 의뢰하여 2004년 10월 복구를 완료하였는바, 2001.12.31. 결산결과 기장되어 있는 쟁점부동산의 장부가액은 토지 5,082,358,637원, 건물 19,758,233,365원, 건물부속설비 3,549,853,375원, 인테리어 854,872,635원 합계 29,244,550,012원으로 법원경락으로 인한 쟁점부동산의 처분이익은 1,231,532,988원이 됨에도 쟁점부동산의 매매차익을 2,256,685,000원으로 보아 과세한 처분은 부당하고

(2) ○○도 ○○시 ○○동의 청구법인의 ○○점인 ○○ ○○점의 영업은 (주)○○에 위탁하여 영업을 하다가 2002.3월말에 영업을 종료하였으며, 청구법인이 매출로 신고한 수입금액은 영업장 위탁에 따른 임대료 수입 등으로 이에 대하여 수익을 요약하여 정리하면 아래와 같이 당기순이익은 778,224,584원이 되며 이와 같은 사실이 복구된 파일로 출력된 재무제표와 관계되는 원장을 제출하오니 장부에 의거 실지조사에 의거 법인세를 재경정하여야 한다.

       <2002사업연도 소득금액>

 (단위 : 원)

3. 처분청의견

(1) 쟁점부동산이 수원지방법원의 임의경매를 통하여 청구외법인에게 2002.10.15. 325억원에 경락되었음이 확인되고 여기에 대하여는 청구법인과 다툼이 없으나, 청구법인은 쟁점부동산의 장부가액을 건물부속설비 및 인테리어비용으로 각각 3,549백만원, 854백만원으로 합하여 재계산하여야 한다고 주장하나, 결산서 부속명세 및 증빙서류 미비로 명확히 쟁점부동산에 부속된 장부가액이 불확실하므로 청구주장을 받아들이기 어렵고

(2) 회계자료를 입력한 컴퓨터 파일을 전문업체에 의뢰하여 복구를 완료하여 출력된 재무제표라고 제시한 증빙에 의하여 실지조사를 요청하고 있으나, 청구법인이 쟁점부동산의 2000.03. 내부개보수공사 인테리어 비용(854,872천원)에 대한 증빙으로 결산서상 인테리어 명세서를 제시하고 있으나, 신고내역 조회한 바, 2000.1기 이후 광명점 사업자번호 및 본점 사업자번호로 고정자산 매입신고한 사실이 없고 제시한 재무제표를 검토해보면 쟁점부동산의 2001년말 장부가액조차도 전혀 다른 금액이 표시되어 있으므로 청구주장은 신빙성 있는 것으로 받아들이기 어렵다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 2002사업연도 소득금액을 장부 기타 증빙서류를 근거로 실지조사 하여 결정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

○ 법인세법 제66조【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○ 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원 수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

가. 매입비용(사업용 고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

【이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.】

1) 처분청은 청구법인의 2002사업연도 소득금액을 결정하면서, 쟁점부동산의 경락에 따른 자산처분이익을 2,256,585,000원으로 부가가치세 신고 수입금액(794,667,796원)에 대한 소득금액을 716,324,356원으로 추계조사결정하여 이건 과세하였음이 소득금액조정합계표와 법인세 과세표준결정결의서에 의하여 확인된다.

2) 유체동산 503,874,030원을 포함하여 쟁점부동산이 2002.10.15. 325억원에 청구외법인에게 경락되었고, 1순위 임금채권(퇴직금)으로 636,962,925원이 지급된 사실이 배당표(사건번호 99타경118532호)와 수원지방법원의 경락대금완납증명서에 의하여 확인된다.

3) 청구법인이 심리단계에서 복구된 전산조직에 의하여 출력하였다고 주장하면서 제시한 2002사업연도 결산보고서 및 직전기(2001사업연도)와 비교식으로 작성된 손익계산서, 항목별 보조원장 등에 의하면 매출액, 판매비와 일반관리비, 영업이익, 영업외수익, 영업외비용, 경상이익 등은 아래와 같다.

< 비교식 손익계산서 내용>

 (단위 : 원)

4) 청구법인이 제시하고 있는 청구외법인의 토지계정원장에 의하면, 청구외법인은 쟁점부동산을 경락받아 감정평가액을 기준으로 경락가액을 토지와 건물로 안분계산하여 장부상 토지 15,275,000,000원, 건물 15,659,090,909원으로 계상하였음이 확인되고, 청구법인은 쟁점부동산의 건물에 대한 처분가액을 15,659,090,909원(유체동산 458,007,273원 포함)으로 하여 2002년 2기 예정 부가가치세를 신고하였음이 부가가치세 예정신고서에 의하여 확인된다.

5) ○○지방법원(판사 권○○)이 감정평가의뢰한 쟁점부동산의 감정평가서(감정평가사 임○○)에 의하면 쟁점부동산이 1999.10.1. 가격시점으로 아래와 같이 평가되었으나 325억원에 경락되었음이 감정평가서(2001.9.27.)와 ○○지방법원의 경락대금완납증명서에 의하여 확인된다.

<쟁점부동산의 감정평가액과 경락가액>

  (단위 : 원)

6) 청구법인이 항목별 보조원장에 의하면, 임대료수입이 766,571,260원, 판매장려금수입이 40,156,319원 합계 806,727,579원이 수입금액(매출액)으로 계상되어 있으며, 청구법인의 ○○지점(000-00-00000)은 2002년 1기 예정부가가치세 예정신고시 임대료수입 766,571,260원, 간주임대료 28,096,536원 합계 794,667,796원을 매출액으로 신고하였음이 통합전산망 부가가치세 일반과세자 신고서 조회화면에 의하여 확인된다.

7) 청구법인이 제시한 2001사업연도 세무조정계산서 및 부속명세서에 의하면 광명지점의 토지, 건물, 구축물, 건물부속설비, 인테리어 등에 대한 장부가액 및 감가상각누계액은 다음과 같고, 동 세무조정계산서에 첨부된 대차대조표상의 당좌자산(56,518,361,601원), 현금과 예금(1,012,452,676원), 외상매출금(2,674,184,954원), 받을어음(19,392,043,040원), 단기대여금(23,702,004,091원), 기타유동자산, 투자자산 등의 금액이 국세청통합전산망에 의하여 조회한 금액과 일치하고 있다.

                 < 결산서상 쟁점부동산 내역>

(단위 : 원)

【다음 청구주장에 대하여 살펴본다.】

청구법인은 장부와 관련증빙에 의하여 2002사업연도 소득금액의 실지조사가 가능하므로 유형고정자산처분손익과 각사업연도 소득금액을 결정함에 있어서 장부와 증빙에 의하여 실지조사 결정하여야 한다고 주장하고 있는바, 이에 대하여 본다.

1) 전시의 법령에 의하면 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 하고 다만, 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있는 바

2) 처분청에서는 결산서 부속명세 및 증빙서류 등의 미비로 쟁점부동산의 장부가액이 불확실하고 결산서상에 감가상각대상자산으로 계상된 인테리어 비용의 지출사실이 확인되지 아니한다는 사유를 들어 청구법인의 2002사업연도 소득금액을 추계과세함이 타당하다는 의견이나, 처분청의 이건 과세당시에는 청구법인이 전산조직으로 기장관리하던 파일이 파괴되어 비치ㆍ기장한 장부를 제시하지 못함에 따라 처분청은 실지조사가 불가능하다고 보아 추계과세할 수밖에 없었던 점은 인정되나, 청구법인이 전산조직에 의하여 기장관리한 파일이 복구됨에 따라 동 화일에 의하여 출력된 자료에 의하여 수입금액과 손금의 타당성 여부를 확인할 수 있는 바, 실지조사과정에서 인테리어 비용의 지출사실이 확인되지 않는 경우에는 동 금액을 가공자산으로 보아 취득가액에서 제외하여 자산처분이익을 재산정할 수 있는 것이므로 각사업연도의 소득금액을 경정함에 있어서 쟁점부동산의 장부가액이 불확실하다는 사유를 들어 청구법인의 장부기장에 대한 파일복구 이후 제시된 증빙자료에 대하여 추계과세함이 정당하다는 처분청의견은 이를 받아들이기 어렵다 하겠다.

3) 위 사실관계에서 청구법인이 제시한 장부와 기타 증빙서류를 살펴본 바와 같이 청구법인의 수입금액은 806,727,579원(판매장려금 40,156,319원 포함)이고, 처분청이 확정한 수입금액은 794,667,796원(간주임대료 28,096,536원 포함)으로서 청구법인의 수입금액에서는 수입금액 포함부분(판매장려금)을 처분청의 결정수입금액에서는 수입금액 제외부분(간주임대료)을 차감하면 서로 일치하고 있으며, 항목별 보조원장상의 지출내역이 청구법인의 사업내용과 관련이 있고, 복구한 컴퓨터에 의하여 출력된 결산서와 계정과목별 보조장부 등 제장부가 첨부되어 있을 뿐만 아니라 고정자산 처분이익을 제외한 청구법인이 제시한 당기순이익(778,224,584원)이 처분청에서 결정한 사업소득금액 716,324,856원(고정자산처분이익 제외)을 초과하고 있으며

청구법인이 법정신고기한 내에 처분청에 신고한 2001사업연도 법인세 과세표준신고시 제출한 세무조정계산서상의 부속서류인 대차대조표와 손익계산서, 토지명세, 건물명세, 건물부속설비명세, 인테리어 명세 등에 의하여 쟁점부동산의 취득가액과 감가상각누계액을 확인할 수 있고, 동 금액과 쟁점부동산의 경락금액에 의하여 고정자산처분이익의 계산이 가능하다 하겠으므로 청구법인의 2002사업연도 법인세 과세표준과 세액을 결정함에 있어 장부 기타 증빙서류에 의하여 실지조사하여 재경정함이 타당한 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.