주문

○○세무서장이 2006. 6.30. 청구법인에게 결정고지한 2003. 1. 1.～2003.12.31. 사업연도 법인세 53,526,470원의 부과처분은 이를 취소합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 2002. 8.31. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 식육 (수입육) 도․소매업을 개업하여 영위하고 있는 계속사업자로서, 2003년 매입계산서 불부합자료 검토과정에서 2003. 7.31. 계산서 136,424천원 중 49,986천원(거래명세표 2건), 2003. 8.31. 계산서 148,945천원 중 72,080천원(거래명세표 5건), 2003. 9.30. 계산서 65,032천원 중 44,741천원(거래명세표 5건) 합계 166,807천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 당기 매입액으로 중복 입력함으로써 쟁점금액만큼 2003. 1. 1.～2003.12.31.사업연도(이하 “쟁점사업연도”라고 한다) 당기 매입액이 과대계상 되었음이 확인되었다.

처분청은 2005. 7.11. 쟁점금액이 당기 매입액에만 포함되어 있고 기말재고액에는 포함여부가 불분명함으로써 매출원가가 과대계상된 것으로 보아 쟁점금액을 손금불산입하여 청구법인에게 쟁점 사업연도 법인세 53,526,470원을 경정․고지하였다.

청구법인은 2005. 8.25. 이의신청을 거쳐 2006. 3.17. 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

청구법인은 2003년 제2기 중 청구법인에게 식육을 판매한 청구 외 (주)○○의 매출계산서 금액과 청구법인의 매입계산서 금액에 대한 불부합자료를 소명함에 있어, 세무사 사무실 신규 여직원이 업무미숙으로 2003년 2기분 계산서를 입력 시 동 계산서와 관련된 거래명세서 금액인 쟁점금액을 중복입력한 사실은 확인하였으나, 쟁점 사업연도 법인세신고 시 쟁점금액은 당기매입액과 기말재고액에 각각 계상되어 있으므로 결과적으로 당기 매출원가를 과다하게 계상한 것이 아님에도 쟁점금액이 당기 매입액에만 과대계상 되어 있고 기말재고액에는 계상되어 있지 않은 것으로 보아 쟁점금액을 손금불산입 하여 법인세를 과세함은 부당하다.

3. 처분청 의견

청구법인은 계산서와 거래명세서의 중복입력 만을 주장할 뿐 재고자산 수불 현황 등이 불분명하고, 매입대금의 지급증빙이 미비함에도 쟁점금액이 기말재고액에 포함되어 있어 매출원가를 과다하게 계상한 것이 아니라는 주장은 이유 없다.

4. 사실관계 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 2003사업연도 법인세 신고 시 당기 매입액으로 중복 입력된 쟁점금액이 기말재고액에도 계상되어 있는 것으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (98.12.28. 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

가) 청구법인은 2000. 1. 5.부터 수입식육 도․소매업을 영위하고 있는 법인사업자로서, 직접 외국에서 식육을 수입하여 판매하는 업체가 아니라 청구 외 (주)○○(이하 “청구외법인”이라 한다) 등 식육 수입업체로부터 여러 종류의 식육을 매입하여 음식점 등에 판매하는 계속사업자로 확인된다.

나) ○○세무서장은 청구법인에게 식육을 매출한 청구외법인의 2003년 계산서불부합자료(2003년 7월～9월분) 검토 시, 청구법인이 쟁점금액을 중복입력한 사실을 확인하고 아래 <표1>과 같이 청구법인의 관할 세무서인 처분청에 통보하였다.

<표1> 【과세자료 통보】 (단위: 천원)

나) 청구법인은 2003년 7월～9월 중 청구외법인으로부터 매월 1장의 계산서와 여러 장의 거래명세서를 아래 <표2>와 같이 수취하였는 바, 계산서를 입력하고도 쟁점금액을 당기 매입액으로 중복입력한 사실에 대하여는 달리 다툼이 없다.

<표2> 【계산서 및 거래명세서 내용】 (단위: 원)

다) 청구법인은 2005. 8. 1. 쟁점금액 발생으로 인한 당기 매입액과 기말재고액 변동에 대하여 쟁점 사업연도와 2004사업연도에 대한 법인세를 수정신고 한 사실이 국세청 전산조회자료에 의하여 아래 <표3>과 같이 확인되고 있다.

<표3> 【법인세 수정신고 내용】 (단위: 천원)

라) 청구법인의 각사업연도별 상품매출에 대한 원가비율은 아래 <표4>와 같이 확인되는 바, 쟁점 사업연도의 경우 쟁점금액을 손금불산입하면 매출원가 비율은 89.1%로서 2000사업연도부터 2004사업연도 매출원가비율 94.1%～96.4%에 비하여 쟁점 사업연도만 5%～7.3%의 차이가 발생하며, 쟁점 사업연도 재고액 725백만원은 12월 매입액 560백만원의 129.5%에 달하는 반면, 2000사업연도부터 2002사업연도의 기말재고액은 12월 매입액의 33.3%미만인 것으로 나타나고 있다.

<표4> 【과세자료 통보】 (단위: 백만원, %)

※ 도매/식육에 대한 단순경비율 95.8%

마) 청구법인이 당심에 제출한 각 사업연도 말 상품 매출원가에 대한 대체전표를 보면, 아래 <표5>와 같은 바, 당심에서 각 사업연도 결산 시 매출원가 대체액에 대한 산출근거를 요구하자 청구법인은 식육을 직접 수입하여 판매하는 것이 아니라 수입업자로부터 매입하여 음식점에 납품하는 업체이기 때문에 매출원가 비율은 매년 비슷하고, 세무사사무실에서 매출원가율을 문의하여 오면 주요품목에 대한 실지 매출원가율을 산정하여 통보하고 있고, 쟁점 사업연도의 경우에도 총매출액 3,310백만원 중 매출원가 비율을 주요 품목에 대한 매출원가율인 94.7%를 적용한 3,136백만원을 매출원가로 대체하고, 당기 총매입액 3,861백만원(전기이월액 32백만원 + 당기 매입액 3,828백만원)에서 매출원가로 대체한 3,136백만원을 제외한 잔액 725백만원을 기말재고액으로 계상함으로써, 동 기말재고액에는 당기 매입액에 중복계상된 쟁점금액 166백만원이 포함되어 있다고 진술하고 있다.

<표5> 각 사업연도별 매출원가 대체내역 (단위: 백만원)

바) 당심에서 청구법인에게 계속기록법에 의한 상품수불의 가능여부와 상품 수불부 제시를 요구한 바,

(1) 청구법인은 직접 외국에서 식육을 수입하여 국내 음식점에 여러 종류의 식육을 하루에도 수차례 냉장창고로의 입출고 관계로 매일 계속기록법에 의한 재고액관리는 현실적으로 어렵지만, 입고 시는 매입품에 대한 거래명세표상 수량을 확인하여 입고시키고, 출고 시에도 거래명세서상의 수량을 확인하여 불출한다고 하면서 매입․매출 시 작성되는 거래명세표에 따라 작성하였다는 쟁점 사업연도의 상품수불부를 제시하고 있다.

(2) 그러나, 여러 종류의 식육이 일정한 모양으로 저장되어 있는 것이 아니기 때문에 기말에 실지조사에 의한 상품재고액을 개별적으로 파악하기는 어렵고, 매년 결산기말에 총 매입액에서 당기 매출액에 주요품목 실지 매출원가율을 적용한 금액을 당기 매출원가로 대체하고 남은 잔액을 기말재고액으로 계상하였다고 진술하고 있다.

사) 청구법인은 2005. 8.25. ○○지방국세청장에 이의신청을 제기하여 쟁점금액을 당기 매입액과 기말재고액에 각각 계상하여 결과적으로 매출원가를 과대계상한 사실이 없다는 내용과 쟁점금액을 청구법인의 대표자에세 인정상여로 처분함은 부당하다고 주장한 결과,

(1) ○○지방국세청장은 청구법인이 계속기록법에 의한 상품수불부를 제시하지 못하고 있어 쟁점금액은 당기 매입액에만 계상되어 있지 결산서상 기말재고액에는 계상되어 있다고 보기 어렵다는 이유로 기각결정하였고, 인정상여 처분에 대하여는 사외유출 여부가 불분명함을 이유로 재조사 결정을 하였다.

(2) ○○지방국세청장으로부터 재조사 결정서를 받은 처분청은, 쟁점금액의 회계처리 내역(상품 / 외상매입금)과 외상매입금 계정을 검토하여 본 바, 쟁점 금액 상당액이 사외로 유출된 사실이 없는 것으로 조사종결한 후 당초 쟁점금액 상당액을 인정상여로 처분한 것을 유보로 처분하여 경정한 사실이 이의신청결정에 대한 재조사 결과보고서에 나타나고 있다.

○ 판단

가) 청구법인이 쟁점 사업연도 중에 쟁점금액을 중복하여 당기 매입액으로 입력한 것은 단순 착오였던 사실에 대하여는 ○○지방국세청장의 이의신청결정내용과 처분청의 이의신청 결정에 대한 재조사 결과보고서 등에 의하여 확인되고 있고 이에 대하여는 달리 다툼이 없다.

나) 청구법인은 직접 외국에서 식육을 수입하여 판매하는 업체가 아니라 청구외법인 등과 같은 직접 수입업자로부터 여러 종류의 식육을 매입하여 음식점 등에 수시로 납품하는 업체 특성 등을 고려하여 볼 때, 현실적으로 상품재고액을 매일 계속기록법으로 관리하기 어렵다는 청구법인의 주장은 설득력이 있어 보인다.

다) 처분청은 쟁점 사업연도의 매출원가를 계산함에 있어 쟁점금액이 당기 매입액에만 계상되어 있고, 기말재고액에는 포함되어 있지 아니한 것으로 보았으나, <표4>와 <표5>에서와 같이 2000사업연도～2002사업연도, 2004사업연도 ～2005사업연도는 매출원가 비율이 94.1%～96.4%인 반면, 처분청의 과세내용대로 쟁점 사업연도 매출원가에서 쟁점금액을 차감하여 매출원가비율을 계산하면 89.1%로서 특별한 이유 없이 다른 사업연도에 비하여 5%～7.3%의 많은 차이가 발생하고 있다.

라) 청구법인은 쟁점 사업연도를 포함하여 2000사업연도부터 2005사업연도의 결산 시 기말재고액 산출을 총매입액에서 매출원가 대체금액(당기 매출액 × 주요 품목 실지 매출원가율) 차감하는 방법으로 계상하였다고 주장하는 바,

실제로 당심에서 쟁점 사업연도 매출원가를 계상한 사실을 검토한 바 청구법인의 주장과 같이 총 매입액(중복입력된 쟁점금액 포함)에서 매출원가로 대체한 금액 3,136백만원(매출액 3,310백만원 × 주요 품목 실지 매출원가율 94.7%)을 제외한 725백만원을 기말재고액으로 계상한 사실이 확인될 뿐만 아니라

다른 사업연도의 매출원가율(94.1%～96.4%) 및 쟁점 사업연도 동일업종 단순경비율(95.8%)과 청구법인이 제시하고 있는 주요품목에 대한 실지 매출원가율과 비교하여 보았을 때 쟁점 사업연도 매출원가율 94.7%는 신빙성이 있어 보이므로 쟁점금액은 당기 매입액과 기말재고액에 각각 포함된 것으로 봄이 합당하다고 하겠다.

라) 또한, 쟁점 사업연도 기말재고액 725백만원은, <표4>에서와 같이 매출액 대비 재고비율이 21.9% 이고, 12월 매입액 대비 129.5%로서 타 사업연도 비율 보다 훨씬 높은 것으로 나타나고 있다.

마) 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인이 쟁점 사업연도의 일부 기간에 대하여 계산서를 입력하는 과정에서 단순착오로 쟁점금액이 중복입력된 사실이 확인되고, 청구법인의 기말재고액 계상방법과 매년 매출원가율 등으로 보아 쟁점금액이 당기 매입액과 기말재고액에 각각 포함된 것으로 봄이 타당함에도, 처분청에서는 계산서 불부합자료 검토 시 쟁점금액이 당기 매입액에 중복입력 되었다는 사실과 계속기록법에 의한 상품수불부를 제시하지 못한다는 이유를 들어 쟁점 금액이 당기 매입액에만 중복 계상되어 있고, 기말재고액에는 포함되지 않은 것으로 간주한 후 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 과세함은 사실관계 조사가 소홀한 잘못된 처분이라고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.