주문

○○세무서장이 2005. 8. 1. 청구인에게 경정․고지한 2002년 제1기 부가가치세 2, 451,013원 및 2002. 1. 1.～12.31. 사업연도 법인세 5,320,530원은

1. 2002. 1. 1.～12.31. 사업연도 매입원가 14,058,000원을 손금산입하는 것으로 하여그 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 의류․내의 도매업을 영위하고 있는 사업자로, ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(이하󰡒쟁점사업장󰡓이라 한다)에서 의류 제조업을 하는 청구 외 (주)○○유통(대표 조○○, 000-00-00000, 이하󰡒쟁점매입처󰡓라 한다)으로부터 2002년 제2기에 의류를 구입하고 공급가액 14,058,018원(이하󰡒쟁점금액󰡓이라 한다)의 매입세금계산서(이하󰡒쟁점세금계산서󰡓라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고 시 관련 매입세액 1,405,802원(이하 󰡒쟁점세액󰡓이라 한다)을 매출세액에서 공제받고, 2002. 1. 1.～12.31. 사업연도(이하 󰡒2002사업연도󰡓라 한다)의 소득금액계산 시 쟁점금액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

쟁점매입처를 관할하는 ○○세무서장(이하 󰡒조사청󰡓이라 한다)은 쟁점매입처에 대하여 자료상혐의자 유통과정 추적조사를 실시하여 2004. 9. 9. 자료상으로 ○○경찰서에 고발하는 한편, 쟁점세금계산서를 자료상거래 혐의자료로 청구법인 관할세무서인 처분청에 과세자료를 통보하였다.

이에 대하여 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 가공세금계산서로 보아 쟁점세액을 불공제하는 한편, 쟁점금액을 손금불산입하여 2005. 8. 1. 청구법인에게 2002년 제2기 부가가치세 2,451,013원 및 2002사업연도 법인세 5,320,530원을 경정․고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.10.27. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

청구법인은 쟁점매입처에서 의류를 구입하면서 쟁점사업장에 가서 실물을 확인하고 구입하면서 쟁점금액에 부가가치세를 포함한 15,463,820원을 은행통장에서 출금하여 현금으로 지급한 사실이 확인되며, 운반비를 지급한 사실이 확인되므로 쟁점매입처를 정상사업자로 알고 세금계산서를 교부받았는 바, 이는 중대한 과실이 없는 선의의 피해자로서 실지 거래사실이 확인됨에도 처분청은 자료상혐의자와 거래하였다는 이유만으로 사실과 다른 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

쟁점매입처는 2004. 9. 9. ○○경찰서에 자료상으로 고발되었으며, 쟁점매입처의 법인 통장에서 현금으로 출금된 금액만으로는 쟁점거래분과 연관성을 입증할 객관적인 증빙으로 볼 수 없으므로 이를 사실과 다른 가공세금계산서로 보아 과세한 당초처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

자료상으로 고발된 쟁점매입처로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 청구법인은 선의의 거래당사자로서 실물거래를 수반한 정상적인 거래로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

○ 부가가치세법 기본통칙 21-0-1 【명의위장사업자와 거래한 선의의 사업자에 대한 경정】

사업자가 거래상대방의 사업자등록증으로 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 조세범처벌법에 의한 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니한다.

○ 법인세법 제4조 【실질과세】

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

○ 법인세법 제14조 【각 사업연도의 소득】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환금, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것으로 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 비출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령이 정한다.

다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

가) 청구법인은 의류․내의 도매업을 영위하고 있는 사업자로, 󰡒쟁점매입처󰡓로부터 2002년 제2기에 의류를 구입하고 쟁점세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고 시 쟁점세액을 매출세액에서 공제받고, 2002사업연도의 소득금액계산 시 쟁점금액을 손금에 산입하여 법인세를 신고한 사실이 국세청 전산조회자료에 의하여 확인된다.

나) 조사청은 쟁점매입처에 대한 자료상혐의자 유통과정 추적조사를 실시하여 종결 보고한 내용을 살펴보면

(1) 쟁점매입처는 2001. 4.16.○○시 ○○동 ○○번지에서 설립하여 2002.11.29. 쟁점사업장으로 전입한 법인이며, 대표자는 2002.10.29. 김○○에서 조○○으로 변경하면서 자료상 행위를 청구 외 조○○이 한 것으로 조사청은 판단하였다.

(2) 조사청은 쟁점매입처의 2002년 제2기 매입 91.9%, 매출 54.7%를 가공으로 보아 자료상으로 확정하면서 매출도 가공일 가능성이 농후하다하여 청구법인과의 거래도 자료상 거래 혐의자료로 통보하였음이 조사복명서에 의하여 확인된다.

(3) 조사청에서 쟁점사업장에 출장하여 탐문한 바, 쟁점매입처에 대하여 아는 사람이 없으며, 건물주 청구 외 윤○○에게 문의한 바 기억을 하지 못하고 건물 관리했던 이○○으로부터 들은 얘기는 임대계약 후 입주하지 못한 것으로 들었다고 조사되어 있으나,

(가) 심리과정에서 건물주인 청구 외 윤○○(000-000-0000)에게 문의한 바 건물관리는 본인이 전혀 관리하지 않아 알 수 없으며, 건물 관리인인 청구 외 이○○(매형)이 건물을 관리하였다고 하면서 본인도 손해를 보아 청구 외 이○○을 찾고 있으나 전혀 연락이 되지 않아 임대차여부는 확인이 불가하다고 한 점과 당시 입주업체와 건물의 취득․양도일자 등에 대하여 구체적으로 알지 못하고 있는 것으로 보아 건물의 실소유주는 아닌 것으로 보여진다.

(나) 심리과정에서 쟁점매입처가 처분청에 2005.11.29. 사업자등록 정정신고하면서 제출한 쟁점사업장관련 부동산 임대차 계약내용을 확인한 바, 2002.10. 5. 전세 50백만원에 계약을 체결하면서 계약금 5백만원, 2002.11. 5. 중도금 45백만원으로 되어 있으며 처분청으로부터 확정일자(제○○○○, 2002.11.29.)를 받아 놓은 상태이다.

(다) 또한, 쟁점매입처가 임차한 임대건물에 쟁점매입처의 대표이사인 청구 외 조○○이 법인사업자인 쟁점매입처와는 별도로 개인사업자인 ○○○○라는 상호로 사업자등록(000-00-000000, 도매 의류, 전세보증금 80,000,000원, 월세 5,000, 000원, 계약일자 2002.10. 5., 잔금일자 2002.10.30.)을 2002.10.18. 신청하여 2002.12.31. 폐업(2003. 8.28.직권폐업, 2004. 9.16. 자료상혐의자로 ○○결찰서장에게 직고발)하였으나 부가가치세를 신고한 사실이 없음이 국세청 전산조회자료에 의하여 확인된다.

다) 청구법인은 쟁점세금계산서를 정상거래라고 주장하면서 제시한 사업자등록증 사본, 자금 및 경비일보, 대체전표, 운반업자 확인서, 운임영수증, 거래사실 확인서 등에 대하여 살펴보면,

(1) 청구법인은 2002.11. 1. 직접 쟁점사업장에 방문하여 셔츠 4,139매(@ 3,200원)를 구입하고 쟁점매입처로부터 공급가액 13,244,800원의 세금계산서를 교부받았으며, 2002.11.11. 쟁점매입처에서 나머지 셔츠 203매(@ 4,006원)를 가지고 와서 공급가액 813,218원의 세금계산서를 변경된 쟁점사업장․대표자 조○○ 명으로 교부받았으며, 청구법인 명의의 거래사실 확인서를 제출하였다.

(2) 쟁점매입처에서 거래대금을 현금으로 요구하여 2002.11.11. 청구법인의 ○○은행계좌(000-00-0000-000)에서 현금을 인출하여 15,463,820원을 지급하였음이 자금 및 경비일보, 대체전표, 계정별원장, 입금표에 의하여 확인된다.

(3) 2001.11. 1. 오후 3시경 청구법인의 사장님과 함께 쟁점사업장에서 물건을 운반하였다고 ○○○○(000-00-00000)의 직원인 청구 외 심○○이 확인하고 있으며, 운반비로 40,000원이 지급되었음이 출금전표 및 간이세금계산서, 경비일보 등에도 비고란에 ○○동(○○)으로 기재되어 있다.

(4) 당시 쟁점사업장에 가서 물건을 구입하였다고 첨부된 약도를 보면 1층에 ○○의원으로 기록되어 있어 국세청 전산조회자료에 의하여 확인한 바 ○○의원 (000 -00-00000)은 쟁점사업장에 1983. 6.30.개업하여 2003. 9. 2. 폐업한 것으로 되어 있어 청구법인의 주장은 사실로 보여진다.

(5) 청구법인은 쟁점매입처로부터 사업자등록증(000-00-00000)을 받고 정상적으로 거래하였다고 제시하고 있으나 세금계산서 발행은 2002.11.29.자로 교부사유는 사업장이전으로 되어 있는 것으로 보아 의류를 구입한 이후에 쟁점매입처로부터 사업자등록증을 요구하여 받은 것으로 보여진다.

(6) 쟁점매입처에서 입고된 의류는 2002.11. 2.부터 (주)○○리조트 등 22개 업체에 출고되었음이 청구법인이 상품출고 시 거래명세표(출고)에 결재(사입셔츠 명으로 단가 7,000원과 10,000원으로 기재됨)를 득한 후 출고되어 월말에 정산하여 매출세금계산서를 발행하였으며, 운송업자를 통하여 운송하였음이 운반비 영수증에 의하여 확인된다.

○ 판단

가) 청구법인은 쟁점매입처에서 속칭 땡처리 의류를 구입하면서 쟁점사업장에 직접 방문하여 실물을 운반하였으며, 거래대금을 현금으로 지급하였으나 쟁점매입처를 정상사업자로 알고 직접 거래한 것이므로 선의의 거래당사자에 해당된다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴보면

(1) 조사청은 청구법인이 의류를 구입한 쟁점매입처의 자료상 확정금액이 매입 91.9%, 매출 54.7%임에도 쟁점매입처의 대표인 청구 외 조○○에 대하여 구체적인 확인서 및 전말서 등을 받지 않고 자료상으로 고발하였으며, 청구법인과 거래에 대하여 자료상 혐의가 있다고 처분청에 통보한 것으로 보아 전부 자료상으로 보기에는 무리가 있어 보이며

(2) 쟁점사업장에 청구 외 조○○이 2002.10. 5. 개인과 법인명으로 동시에 임대차계약을 체결한 상태에서 청구 외 조○○이 2002.10.18. 개인사업자인 ○○○○라는 상호로 사업자등록을 신청하고, 법인사업자인 쟁점매입처(대표이사 조○○)도 2005.11.29. 쟁점사업장으로 이전신고 한 것으로 보아 동일사업장에 개인 및 법인의 사업자등록을 동시에 한 점으로 보아 의류를 구입한 거래당시(2002.11.11.)의 실질사업자는 개인사업자인 청구 외 조○○으로 보여진다.

(3) 청구법인이 의류를 쟁점매입처의 쟁점사업장에서 운반하였다고 제시한 ○○○○의 직원인 청구 외 심○○의 확인서, 운반비 영수증, 운반비 출금전표 등에 의하여 쟁점사업장에서 운반한 사실이 확인될 뿐만 아니라, 의류를 구입하였다고 첨부된 쟁점사업장의 약도에 표시된 ○○의원(1층)이 쟁점사업장에서 사업하다가 2003. 9. 2. 폐업한 것으로 보아 청구법인이 쟁점사업장에서 운반한 사실과 쟁점사업장에서 입고된 의류가 2002.11. 2.부터 (주)○○리조트 등 22개 업체에 출고된 것으로 보아 쟁점의류를 구입하여 판매한 것으로 보여진다.

(4) 그러나, 청구법인이 제시한 쟁점매입처의 사업자등록증 교부일자가 2002.11. 29.이며, 교부사유는 사업장이전으로 되어 있는 것으로 보아 쟁점매입처로부터 의류를 구입한 2002.11. 1. 및 2002.11.11. 이후에 쟁점매입처의 사업자등록증을 받은 것으로 보여지므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

나) 따라서, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하나, 청구법인은 선의의 거래당사자로서 실거래 사실은 인정되므로 실사업자로 보이는 청구 외 조○○에게 과세하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점금액은 손금산입하여 법인세를 취소함이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.