주문
○○세무서장이 1999. 9.20. 청구법인에게 결정고지한 1996. 제2기분 부가가치세 69,500,000원의 부과처분은
○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 수련관의 총 사용면적에 대한 면세사업에 사용된 면적을 계산함에 있어서 동 수련관의 사용현황을 재조사하여 그 결과를 기준으로 아래 산식에 의해 1997년부터 1998년까지 2년간의 평균 면세사용면적을 계산하여 면세비율을 계산하고 그 면세비율을 기준으로 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여 이를 경정한다.
이유
1. 처분개요
○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 주사무소를 두고 있는 학교법인 ○○학원(이하 “청구법인”이라 한다)은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 (○○해수욕장 내) 토지 2,791.80㎡에 지상 4층 건물 1,214.64㎡(이하 “쟁점수련관”이라 한다)를 신축(1996. 7. 8. 준공)하면서 상호를 『학교법인 ○○학원』으로 하여 1995.11.21. 일반과세자로 비영리 수련관 및 부동산 임대업 사업자 등록(000-00-00000)을 하고 수련시설을 운영하면서 1995. 2기부터 1998. 2기까지의 부가가치세를 신고하였다.
처분청은 1999. 4.27.부터 1999. 4.28.까지 청구법인에 대하여 부가가치세 특별조사를 실시한 후 쟁점수련관 신축 관련 부가가치세 매입세액을 면세관련 매입세액으로서 공제 받지 못할 매입세액으로 보아 1996. 2기분 부가가치세 84,500,000원을 1999. 9.16. 과세하였다가 다시 본점(000-00-0000) 매입분 세금계산서 1매 (1995. 9. 5. 공급가액 136,363,636원 부가가치세 13,636,364원)의 부가가치세 및 가산세 상당액 15,000,000원을 차감하여 69,500,000원으로 감액경정 하였다.
청구법인은 이에 불복하여 1999. 9.30. 이건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구주장
(1) 청구법인은 쟁점수련관 신축과 관련하여 인근사업자인 학교법인 ○○학당이 국세청에 학교법인이 건물을 신축하여 이를 임대하고 받는 대가에 대한 부가가치세 과세여부와 수련장의 신축 및 집기비품의 구입에 관련된 매입세액의 공제여부를 질의하여 받은 과세사업에 해당한다는 회신문(부가00000-0000, 1995.11. 4.)을 근거로 부가가치세를 신고하였음에도 쟁점수련관 신축관련 매입세액을 전액 면세관련 매입세액으로 보아 불공제 하여 부가가치세를 과세하였으므로 부당하고,
(2) 또한, 당해 수련관의 총 사용면적에 대한 면세사업의 사용면적을 계산함에 있어서 면세사용 면적을 대관하지 않은 면적에 대관하지 아니한 일수를 곱하여 계산한 면적을 과세기간의 일수로 나누어 계산함이 타당하다는 국세청의 과세적부 재심사청구 결정서의 내용은 청구법인이 공익을 목적으로 하는 비영리사업자라는 이유만으로 쟁점수련관을 사용하지 않은 일수 모두 면세에 해당하는 것으로 판단한 것으로서 이는 부가가치세의 중립성을 잘못 이해한 내용으로 부가가치세법 제2조 제1항에 규정하는 납세의무자의 정의를 오해한 처분이고, 청구법인의 공급가액이 확정되어 있는데도 불구하고 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정(과세·면세분 공급가액 비율로 안분계산)을 적용하지 아니하고 같은 법 시행령 제61조 제4항의 단서규정을 적용(과세·면세분 사용면적 비율로 안분계산)하는 것은 부당하며, 쟁점수련관은 과세사업에 사용하고 있으므로 쟁점수련관의 신축 관련 매입세액을 전액 공제하여야 한다.
3. 처분청 의견
청구법인은 ○○고등학교 등 교육법의 규정에 의한 교육기관을 운영하는 공익법인으로서 당초 쟁점부동산 취득시부터 그 고유목적에 사용하기 위하여 취득세 및 등록세를 감면 받았으며, 그 이용형태가 ‘실비만 받고 청구법인 산하 학생 및 교직원, 교직원과 친분관계가 있는 일반인에게 일시적으로 이용하게 하고 있어’ 이는 부가가치세법 제12조 제1항 제5호 및 제16호에 규정하는 부가가치세 면세용역에 해당하므로 면세사업자로 보아 당초 공제 받은 매입세액을 불공제 하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하고,
처분청은 청구법인에게 2회 걸쳐 과세·면세 사용면적을 안분계산할 수 있는 자료를 요청하였으나 제출하지 아니하여 쟁점수련관 신축관련 매입세액 전액을 1996. 2기 납부세액에 가산하여 과세한 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
이 건의 다툼은 쟁점수련관 신축관련 매입세액을 전액 면세사업 관련 매입세액으로 보아 당해 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.
나. 관계법령
○ 부가가치세법 제12조 【면세】
제1항 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
1~4(생략).
5. 교육용역으로서 대통령령이 정하는 것.
6~15(생략)
16. 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것.
○ 같은 법 시행령 제30조 【교육용역의 범위】
부가가치세법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 교육용역은 정부의 허가 또는 인가를 받은 학교·학원·강습소·훈련원·교습소 기타 비영리단체 및 청소년기본법에 의한 청소년 수련시설에서 학생·수강생·훈련생·교습생 또는 청강생에게 지식·기술 등을 가르치는 것으로 한다.
○ 같은 법 시행령 제37조 【종교·자선·학술·구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위】
법 제12조 제1항 제16호에서 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.
1. 주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 재화 및 용역.
○ 지방세법 제107조 【용도구분에 의한 비과세】
다음 각 호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득.
○ 지방세법 시행령 제78조의 2 【수익사업의 범위】
제1항 법 제107조 본문 단서에서 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이라 함은 법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다.
○ 지방세법 시행령 제79조 【비영리사업자의 범위】
제1항 법 제107조 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다.
1호 (생략)
2. 교육법에 의한 각종 학교를 경영하는 자 및 사회교육법에 의한 사회교육시설을 운영하는 사회교육단체.
○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】
제1항, 사업자가 과세사업과 면세사업은 겸영하는 경우에 면세사업과 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.
제4항, 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총 매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율.
2. 총 예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율.
3. 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율.
다. 사실관계 및 판단
(1) 제시된 심리자료에 의하여 사실관계 및 이건 과세처분의 경위를 살펴본다.
첫째, 청구법인은 1995. 2기부터 1998. 2기까지 부가가치세를 아래와 같이 신고하였음이 처분청의 조사서 및 국세청의 전산조회결과 확인된다.
부가가치세 신고내역 (단위: 천원)
번호 | 구분 | 매출과표 | 매입과표 | 납부세액 | 환급세액 | |
1 | 1995. 2기 | 0 | 200,000 | 0 | 20,000 | |
2 | 1996. 1기 | 0 | 0 | 0 | 0 | |
3 | 1996. 2기 | 9,000 | 431,818 | 0 | 42,281 | |
4 | 1997. 1기 | 14,405 | 2,429 | 1,107 | 0 | |
5 | 1997. 2기 | 12,055 | 479 | 796 | 0 | |
6 | 1998. 1기 | 9,919 | 9,631 | 29 | 0 | |
7 | 1998. 2기 | 15,722 | 5,937 | 978 | 0 | |
합계 | 61,101 | 650,294 | 2,910 | 62,281 |
둘째, 처분청은 청구법인이 쟁점수련관 신축관련 매입세액을 환급받은 것에 대하여 1999. 4월경 조사를 실시한 후 동 수련관 사용료는 ‘공익단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비로 공급하는 용역’으로 면세사업에 해당하는 것으로 보아 당해 매입세액을 불공제하여 1999. 5. 4. 청구법인에게 부가가치세 80,497천원을 결정하겠다는 결정전 조사결과 통지(직세00000-000)를 하였고,
셋째, 이에 대하여 청구법인은 1999. 6. 1. 국세청에 과세적부 재심사청구(적부 제00-00)를 하여 『청구법인의 학생 및 교직원들에게 당해 수련관을 실비 또는 무상으로 제공하는 용역은 부가가치세가 면제되는 용역에 해당하는 것이나 학생 또는 교직원들이 개인자격으로 이용하거나 기타 교회 및 직장단체 등 일반인들에게 동 수련관을 유상으로 제공하는 용역은 부가가치세가 면제는 일시적 용역이 아닌 부가가치세가 과세되는 용역으로 봄이 타당하므로, 당해 수련관 신축관련 매입세액을 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조 및 제61조의2와 제63조의 규정에 의하여 공통매입세액의 정산 및 환급세액의 재계산하여야 하나, 당해 수련관의 총 사용면적에 대한 면세사업에 사용된 면적을 대관하지 않은 면적에 대관하지 아니한 일수를 곱하여 계산한 면적을 과세기간의 일수로 나누어 계산함이 타당하다』고 결정되었고,
넷째, 처분청의 1999. 9.16.자 조사서에 의하면 처분청은 청구법인의 과세적부 재심사청구에 대한 국세청의 결정에 따라 면세사업에 사용된 면적을 계산하고자 청구법인에게 안분계산할 수 있는 관련자료를 1999. 8.18. 및 1999. 9.13.까지 제출토록 공문으로 2회 요구하였으나 제출치 아니하자 1996. 2기 매출 과세표준을 청구법인이 기 신고한 9,000,000원으로 하고 수련관 신축 관련 매입세액 전액을 1996. 2기 납부세액에 가산하여 부가가치세를 결정고지 하였다가 다시 청구법인의 본점(000-00-00000)에서 수취한 매입세금계산서(공급가액 136,363,636원) 매입세액 및 가산세를 합한 15,000,000원을 차감하여 69,500,000원으로 감액경정 하였음이 확인된다.
(2) 청구법인은 쟁점수련관 신축과 관련하여 인근사업자인 학교법인 ○○학당이 국세청에 학교법인이 건물을 신축하여 이를 임대하고 받는 대가에 대한 부가가치세 과세여부와 수련장의 신축 및 집기비품의 구입에 관련된 매입세액의 공제여부를 질의하여 받은 과세사업에 해당한다는 회신문(부가00000-000, 1995.11. 4.)을 근거로 부가가치세를 신고하였음에도 쟁점수련관 신축관련 매입세액을 전액 면세관련 매입세액으로 보아 불공제 하여 부가가치세를 과세하였으므로 부당하다는 주장이므로 청구 외 ○○학당의 질의서 및 국세청의 회신문과 제시된 심리자료에 의하여 청구법인이 과세사업자에 해당하는지 살펴보면,
첫째, 청구 외 ○○학당은 “수련장을 신축하여 방학 중에는 학생들 및 교직원들을 위한 시설로 사용하고 사용하지 않을 때는 임대하여 수입을 올릴 수 있는 수련장으로 운영하고자 할 때 건축공사비 및 집기비품 구입시 부가가치세 매입세액을 공제 받을 수 있는지 ”에 대하여 국세청에 질의(○○제72호, 1995.10.10.)하였으나, 질의내용이 불분명하여 명확한 답변이 어려우므로 “수련장 시설의 이용방법, 학생 등이 사용하는 기간과 일반인에게 임대하는 기간, 학생 및 교직원이 수련장 시설을 이용할 때 이용대가를 받는지 여부”를 구체적으로 기재하여 다시 질의하라는 국세청의 회신(부가 00000-0000, 1995.10.25.)을 받고, ① 수련관 시설의 이용방법에 대하여 ‘수련관 건축 이후 수련관의 시설 유지비용, 각종공과금 및 재산세(건물, 토지)를 충당할 목적으로 일반인들에게 임대하여 수입을 올리고 또한 고유목적 사업의 일환으로 방학 중에는 학생 및 교직원들에게 무상으로 수련관 시설을 이용한 목적’이라고 밝히고 ② 수련관을 학생 등이 사용하는 기간은 여름방학 기간(7.15.~8.20.경)이며 일반인들에게 임대하는 기간은 그 외의 기간으로 명시하였으며 ③ 학생 및 교직원이 수련관 시설을 이용한 때는 이용대가를 받지 않는다고, 관련사항을 보완하여 1995.11. 4. 다시 국세청에 질의(○○제85호)하여 『학교법인이 수련장을 임대하고 받는 대가에 대하여는 부가가치세법 제7조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이며 당해 수련장의 신축 및 집기비품의 구입에 관련된 매입세액은 같은 법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의하여 공제된 것』이라는 국세청의 회신(부가 00000-0000, 1995.11.14.)을 받았음이 확인되나,
청구 외 ○○학당의 과세적부 재심사청구에 대한 국세청 간세국장 의견서(부사 00000-0000, 1999. 6.28.)를 보면, ① 청구 외 ○○학당이 수련관을 신축하여 방학 중에 일시적으로 학생 및 교직원이 무상으로 사용토록 하고 그 외의 기간에는 수련관의 시설유지 및 각종공과금 등을 충당하기 위하여 일반인에게 대가를 받고 임대하는 경우를 전제로 하였으므로 일반인으로부터 받는 시설이용료는 부가가치세가 과세되고 관련 매입세액도 공제받는 것으로 회신하였으나, ② 과세관청의 조사내용을 토대로 본 수련관의 실제 운영상황이 청구법인의 고유목적 사업의 일환으로 학생, 교직원 등에게 시설을 이용하게 하고 실비에 해당하는 금액을 받고 있으며 일반인에게는 극히 일시적으로 당해 시설을 이용하게 하고 사용료도 교직원 등과 같은 실비로서 그 총액이 미미하고, 당해 시설의 신축관련 지방세도 공익목적을 위한 시설로 감면받은 사실 등이 있어 ③ 위 수련관 운영사업은 공익단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적 또는 실비로 공급하는 용역에 해당하여 부가가치세가 면제되고 관련 매입세액을 불공제하는 것이 타당하다는 내용인 바,
위 사실을 모아 보면 청구 외 ○○학당은 쟁점수련관을 일반인들에게 임대하여 수입을 올리고 또한 고유목적 사업의 일환으로 방학 중에는 학생 및 교직원들에게 무상으로 수련장시설을 이용하게 할 목적으로 사용하는 기간은 여름방학 기간(7. 15.~8.20.경)이며 일반인들에게 임대하는 기간은 그 외의 기간으로서 학생 및 교직원이 수련장 시설을 이용할 때는 이용대가를 받지 않는다는 내용으로 쟁점수련관에 대한 과세사업여부를 질의하여 과세사업자에 해당한다는 회신을 받았으나, 청구 외 ○○학당의 과세적부 재심사청구에 대한 국세청 간세국장의 의견은 ‘실제로 쟁점수련관의 이용현황이 청구법인의 고유목적 사업의 일환으로 학생, 교직원 등에게 시설을 이용하게 하고 실비에 해당하는 금액을 받고 있으며 일반인에게는 극히 일시적으로 당해 시설을 이용하게 하고 사용료도 교직원 등과 같은 실비로서 그 총액이 미미하고, 당해 시설의 신축관련 지방세도 공익목적을 위한 시설로 감면받은 사실이 있는 등 쟁점수련관 운영사업은 공익단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적 또는 실비로 공급하는 용역에 해당하여 부가가치세가 면제된다’고 보았음을 알 수 있다.
둘째, 처분청은 청구법인의 과세적부 재심사청구에 대한 국세청의 결정에 따라 청구법인을 과세·면세 겸업자로 보아 쟁점수련관 신축관련 매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산하려고 하였으나 청구법인이 면세 사용면적을 산출할 수 있는 근거자료를 제시하지 않는다 하여 청구법인을 과세·면세 겸업자로 본 반면, 동 수련관 신축관련 매입세액을 전액을 면세사업 관련 매입세액으로 인정하여 불공제 하였음이 부가가치세 경정결의서 및 1999. 9.16.자 조사서에 의하여 확인되다.
셋째, 청구법인은 교육사업을 목적으로 하는 학교법인(청구법인의 정관에 의하여 확인됨)으로서 ① 쟁점수련관에 대하여 청구 외 ○○시에 숙박업으로 신고한 사실이 없고 (○○시의 회신 공문에 의하여 확인됨: ○○65400-1264, 1999. 4. 9.) ② 쟁점수련관은 건축물대장에 그 용도가 교육연구실(수련원)로 표기되어 있으며 ③ 1996. 7월경 지방세법 제107조 및 제127조의 규정에 의하여 위 토지 및 건물에 대하여 학교법인이 운영하는 교육시설로 취득세 및 등록세를 감면 받았음이 감면신청서 및 감면확인서에 의하여 확인되며,
넷째, 처분청의 직원(7급 박○○)이 쟁점수련관과 관련하여 1999. 4.28. 청구법인의 사무실(○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 출장하여 업무총괄담당자인 청구 외 홍○○와 문답한 문답서에 의하면 청구법인 소유의 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 토지가 ○○시로부터 1995년에 비업무용토지로 판정받을 우려가 있어 쟁점수련관을 신축하게 되었으며 청구법인의 수련관으로 사용을 하고 일반인에게도 개방하여 수익사업을 할 계획이었으나, 쟁점수련관 준공 후 7~8월에만 ○○학당 산하의 학교 교직원 및 학생, 교직원과 친분관계에 있는 분들이 사용을 하였고 사용료는 학생은 방1실당 22,000원(단체의 경우 1인당 4,000원) 교직원들은 방1실당 22,000원을 받았다고 확인하고 있고,
다섯째, 쟁점수련관의 관리인 청구 외 윤○○(000000-0000000)이 1999. 4.28. 처분청에 출석하여 담당공무원(7급 박○○과 문답한 문답서에 의하면 청구 외 윤○○는 1996. 7월부터 문답서 작성일인 1999. 4.28.까지 계속하여 쟁점수련관 관리인으로 근무하고 있으며 쟁점수련관은 일반인들에게는 개방하지 않고 ○○학원 산하의 학교 학생 및 교직원들이 이용하고 있으며 교직원 가족들이 봄, 여름, 가을에 이용하고 있고 이용료는 학생은 1인당 3,000원 교직원 1996. 7.~1998. 6.까지 1실당 20,000원, 1998. 7월부터 1실당 25,000원을 받았다고 확인하고 있다.
여섯째, 처분청의 조사서에 따르면 청구법인과 동일한 형태로 수련관시설을 운영하고 있는 ○○해수욕장 내에 위치한 수련관시설은 아래와 같고 모두 비영리법인으로 운영하고 있음이 확인된다.
번호 | 수련원 명칭 | 운영기관 | 소재지 | 비고 |
1 | ○○도 ○○수련원 | 교육청 | ○○도 ○○시 ○○동 산○○번지 | 비영리 |
2 | ○○대학교 수련원 | ○○대학교 | ○○동 ○○번지 | 비영리 |
3 | ○○수련원 | ○○전문대학 | ○○동 ○○번지 | 비영리 |
4 | ○○대학교 수련원 | ○○대학교 | ○○동 ○○번지 | 비영리 |
5 | ○○수련원 | ○○대학교 | ○○동 ○○번지 | 비영리 |
6 | ○○대학교 수련원 | ○○대학교 | ○○동 ○○번지 | 비영리 |
7 | ○○고등학교 수련원 | ○○고등학교 | ○○동 ○○번지 | 비영리 |
8 | ○○학원 수련원 | ○○학원 | ○○동 ○○번지 | 비영리 |
9 | ○○ 수련원 | ○○학원 | ○○동 ○○번지 | 과세사업자 (부가00-000) |
10 | ○○대학교 수련원 | ○○학당 | ○○동 ○○번지 | 과세사업자 (청구법인) |
일곱째, 청구법인이 쟁점수련관의 이용현황으로 부가가치세를 신고한 후 보관 중인 1997. 1월부터 1998.12월까지의 수련관 사용현황을 보면 일자별로 사용인원(교직원, 학생, 기타), 사용실수, 사용금액, 비고란으로 구분되어 있는 바, 이에 의하면 1997년에 교직원 2,361명, 학생 1,919명, 기타 964명, 총 5,799명이 쟁점수련관을 이용하였으며 1998년에는 교직원 2,361명, 학생 1,260명, 기타 1,722명, 총 5,343명이 쟁점수련관을 이용한 것으로 확인되는 바, 청구법인의 고유 사업목적 외에 과세사업(기타인원 2,686명)에도 사용한 사실이 인정된다 하겠다.
그렇다면 위 관련법령 및 확인되는 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인은 교육사업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로서 쟁점수련관은 학교 수련관용으로 사용되는 청구법인의 부속건물로서 불특정 다수인의 일반인들에게는 개방되지 아니하고 교직원 및 일부 교직원의 가족에게만 개방되고 1997년부터 1998년까지 2년간의 사용료 총액이 61백만원에 불과하여 쟁점수련장의 신축금액(세금계산서 수취금액 기준임)650백만원에 비추어 보면 소액이라 할 것이며, 동 기간동안 교직원 및 학생을 제외한 일반인은 총 2,686명으로 전체 이용인원 11,172명의 24%에 불과할 뿐만 아니라 쟁점수련관을 학교법인인 청구법인의 교육용 부속재산(교육용 자산으로 취득세 등록세 등 지방세도 감면받은 사실이 있음) 으로서 교육목적에 사용하는 것이 주목적이며 일반인들이 이용하는 것은 극히 일부이므로 외부에 대관하지 않은 날은 교육사업에 사용되었다고 봄이 타당하고 쟁점수련관이 과세사업에만 사용되었다는 청구법인의 주장은 이를 인정하기 어렵다.
(3) 한편, 처분청은 청구법인의 과세적부 재심사청구에 대한 국세청의 결정(적부 제00-00)에 따라 청구법인을 과세·면세 겸업자로 보아 쟁점수련관의 면세사용면적을 당해 수련관의 총 사용면적에 대한 면세사업에 사용된 면적을 대관하지 않은 면적에 대관하지 아니한 일수를 곱하여 계산한 면적을 과세기간의 일수로 나누어 계산하고자 청구법인에게 안분계산할 수 있는 관련자료를 1999. 8.18.까지 및 1999. 9.13.까지 제출토록 공문으로 요구하였으나 제출치 아니하자 1996. 2기 매출 과세표준을 청구법인이 신고한 9,000,000원으로 하고 수련관 신축 관련 매입세액 전액을 1996. 2기 납부세액에 가산하여 부가가치세를 결정고지 하였는 바,
처분청이 쟁점수련관의 면세사업에 사용된 면적을 산정함에 있어 청구법인이 관련자료(면세사업에 사용된 면적을 계산할 수 있는 근거자료)를 제출하지 아니한다 하여 쟁점수련관에 대한 면세사업에 사용된 면적과 관련 매입세액을 조사·확인하려는 아무런 노력도 아니하고 쟁점수련관 신축관련 매입세액 전액을 면세사업 관련 매입세액으로 보아 이를 불공제한 처분은 잘못이라고 판단되고,
쟁점수련관의 면세사용면적을 계산함에 있어 쟁점수련장은 객실(13실), 식당(1), 멀티미디어회의실(1), 라운지(1) 등으로 구성되어 있는 바, 면세사용면적을 구분할 수 없으며 또한, 쟁점수련관을 사용한 기간도 1년 중 7월 및 8월 2개월을 제외한 나머지 기간은 주말 등 휴일에만 일부 사용한 것에 불과하고, 학생 및 교직원과 일반인이 사용하는 단위당 면적은 비슷하므로 고정자산 투자액(쟁점수련관 신축자금)이 과세·면세사업에 기여한 정도는 사용면적에 비례하여 실지 귀속한다고 보는 것이 보다 합리적이라고 인정된다 하겠고, 쟁점수련장의 면세사업에 사용된 면적을 계산함에 있어 대관하지 않은 면적에 대관하지 아니한 일수를 곱하여 계산된 면적을 기준으로 면세비율을 산정하여 동 비율로 총 공통매입세액을 안분계산 함이 타당하다(같은 뜻: 국심98서385, 98.10.12.)하겠다.
5. 결론
이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.