주문

○○세무서장이 2005.10.9. 청구인에게 경정고지한 2005년 1기분 부가가치세 44,203,634원의 부과처분은 이를 취소합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지(지목변경되기 전 산 ○○번지; 이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 표면처리강제/제조업을 영위하는 법인으로서 쟁점사업장의 토지 2,949㎡에 공장건물신축을 위하여 2005. 4. 1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 (주)○○건설(이하 “청구외법인”이라 한다)과 공사도급금액 14억3,000만원에 도급계약을 체결하고 2005. 4. 6. 건축허가(허가번호 2003-주택과-신축허가-24)를 득하여 신축공사를 진행하던 중 2005년 1기에 공급가액 633,636, 363원의 세금계산서 4매를 교부받아 관련매입세액을 공제하여 2005년 1기분 부가가치세를 환급신고하였다.

이에 대하여 처분청은 조기환급 통지 후 2005. 8. 8. 쟁점사업장에 대한 부가가치세 환급현지확인조사를 실시하여 청구법인이 2005. 6.30. 청구외법인으로부터 교부받은 공급가액 363,636,363원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 대금지급 없이 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 매입세액불공제하여 2005. 10. 9. 청구법인에게 2005년 1기분 부가가치세 44,203,630원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.11.08. 이건 심사청구를 하였다.

2. 청구 주장

청구법인은 건설도급공사계약서와 같이 공사기간이 2005. 4. 1.～2005.11.30.(7개월)이고 대금은 은행에서 확인한 기성률로 지급하기로 계약함에 따라 청구법인은 청구외법인이 공사대금을 청구하면 2005. 6.15.까지는 세금계산서를 수취하고 현금으로 공사대금을 지급하였으나, 2005. 6.30. 청구한 공사대금은 운영자금 부족으로 은행대출이 필요하여 2005. 6.29. ○○보증기금 ○○지점에서 신용보증서를 발급받아 ○○은행 ○○지점에 제출하였고, ○○은행 ○○지점에서는 공사현장을 방문하여 2005. 6.29. 공사기성률을 확인하고 대출관련서류 제출을 요구하여 2005. 6.30. ○○은행 ○○지점에 대출관련서류를 제출하였으며, 2005. 7.14. 대출승인이 이루어져 청구외법인에게 기성금 4억원을 2005. 7.14. 지급한 것인 바, 쟁점세금계산서는 건설용역에 대한 검사를 거쳐 각 부분의 지급이 확정되는 경우 검사 후 지급이 확정되는 때를 공급시기로 본다는 부가가치세법 기본통칙 9-22-4 【완성도지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급시기】 규정에 의하여 발행된 세금계산서로 청구외법인이 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세를 2005년 1기 확정신고시 신고 납부한 사실이 확인되고 있어 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 납부세액을 조절하거나 부당하게 부가가치세를 환급받기 위하여 수취한 세금계산서가 아니고 정상적으로 수취한 세금계산서이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

3. 처분청의견

공장건물 신축과정에서 교부받은 4건의 세금계산서 중 3건은 대금지급과 동시에 교부받았으며, 쟁점세금계산서에 대하여는 별도의 기성고 확인 없이 은행직원이 현장에 출장, 사진만 촬영한 후 2005.6.30.자로 세금계산서가 발행되었으며, 동 대출금은 2005.7.14. 공급자인 청구외법인에게 지급된 사실이 확인되고 있는바, 기성고의 청구나 별도 확인 없이 수회에 걸쳐 부정기적으로 공사대금이 지급된 점으로 보아 완성도기준 공급시기를 적용할 수 없어 부가가치세법 제22조에 의거 준공검사일을 공급시기로 보는 것이 타당하며, 쟁점세금계산서는 공급시기 이전에 발행된 사실과 다른 세금계산서에 해당되므로 매입세액을 불공제하여 과세한 당초처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 다음 각호의 세액을 공제한 금액으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제22조 【용역의 공급시기】

법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우

○ 부가가치세법 시행규칙 제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】

① 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (2004. 3.30. 개정)

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우

○ 부가가치세법기본통칙 9-22-4 【완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급시기】

사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다.

○ 부가가치세법 기본통칙 9-22-3 【지급시기를 정하지 아니한 통상적인 건설용역의 공급시기】

건설용역을 공급함에 있어 건설공사기간에 대한 약정만 체결하고 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우의 공급시기는 다음 각호와 같다.

1. 당해 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 당해 건설용역 제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 준공검사일

2. 당해 건설공사의 일부분을 완성하여 사용하는 경우에는 당해 부분에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 당해 건설용역 제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 그 부분에 대한 준공검사일

다. 사실관계 및 판단

○ 먼저 사실관계에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 쟁점사업장에 아래와 같이 건축허가를 받아 2003.12.10. 착공신고를 하고 2005.11.15. ○○시장으로부터 사용승인서를 교부받아 공장으로 사용하고 있는 사실이 『건축허가서』, 『착공신고서』, 『사용승인서』 등에 의하여 확인된다.

                  < 건축허가 및 설계변경내용 > (단위: ㎡)

(2) 쟁점사업장의 『건축물대장』에 의하면, 쟁점사업장에 2005.11.14. 철근콘크리트구조 일반철골조 공장 1,583.05㎡, 공장 292.51㎡, 철근콘크리트조 사무소 429㎡와 경비실 50㎡가 준공된 사실이 확인된다.

(3) 처분청의 『현지확인조사복명서』와 2005년 1기확정분 『매입처별세금계산서합계표』에 의하면, 청구법인은 쟁점사업장의 공장신축과 관련하여 청구외법인에게 아래와 같이 대금을 지급하고 세금계산서를 교부받은 사실이 확인된다.

< 세금계산서 수취 및 대금지급내역>

(단위: 원)

(4) 청구외법인이 2005. 6.30. 청구법인에게 교부한 쟁점세금계산서의 내용은 다음과 같다.

                       <쟁점세금계산서 내역> (단위: 원)

(5) 청구법인과 청구외법인간에 2005. 5. 1. 약정한 『민간건설공사 표준도급계약서』에 의하면, 청구법인은 쟁점사업장의 공장건물을 신축함에 있어서 청구외법인에게 도급금액 13억원(부가세 별도), 공사기간을 2005. 4. 1.～2005.11.30. 선급금 1억원, 기성부분금은 은행기성률대로 지급하기로 약정되어 있다.(차액: 준공 후 지불)

(6) 청구법인이 제시한 『지급신청서』에 의하면, 청구법인은 2005. 6.28. ○○은행 일반시설자금 7억4,000만원 중 금회 신청액 4억원을 2005. 7.14. 대출을 신청하면서, 동 금액을 청구외법인의 예금계좌(000000-00-000000)에 건축비로 지급 의뢰하였고, 동 금액이 청구외법인에게 동일자에 지급된 사실이 『무통장입금확인서』에 의하여 확인된다.

(7) 청구법인이 민간건설공사표준도급계약서 약정시 첨부된 『민간건설공사 표준도급계약 일반조건』제22조【기성부분금】에 의하면 “① 계약서에 기성부분금에 관하여 명시한 때에는 을은 이에 따라 기성부분에 대한 검사를 요청할 수 있으며, 이때 갑은 지체 없이 검사를 하고 그 결과를 을에게 통지하여야 하며, 14일 이내에 통지가 없는 경우에는 검사에 합격한 것으로 본다. ② 기성부분은 제2조 제8호의 산출내역서의 단가에 의하여 산정한다. 다만, 산출내역서가 없는 경우에는 공사진척률에 따라 갑과 을이 합의하여 산정한다. ③ 갑은 검사완료일로부터 14일 이내에 검사된 내용에 따라 기성부분금을 을에게 지급하여야 한다. ④ 갑이 제3항의 규정에 의한 기성부분금의 지급을 지연하는 경우에는 제26조 제3항의 규정을 준용한다.”라고 약정되어 있다.

(8) 청구외법인이 2005. 6.29. 작성한 것으로 기재된 기성공사금 청구서에 의하면, 아래와 같이 2005. 4. 1.～2005. 6.25까지의 기성고에 대하여 전회 기성잔액이 297,000천원, 금회기성청구액이 415,800천원, 청구 후 누계기성액이 712,800천원, 기성청구 후 잔액이 717,200천원인 것으로 기재되어 있고, “상기와 같이 기성공사금을 청구하오니 ○○계좌(000000-00-000000)로 입금하여 주시기 바랍니다.”라고 기재되어 있으며, 부속서류로 공사원가계산서가 첨부되어 있다.

(9) 청구법인이 제시한 공사원가계산서에 의하면, 청구외법인은 2005. 6.29. 아래와 같이 415,800,000(공급대가)원의 기성금을 청구한 것으로 확인된다.

                      <공사원가계산서(총괄) 내역> (단위: 원)

○ 다음 쟁점에 대하여 살펴본다.

부가가치세법시행규칙 제9조 제1호에 의하면, 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우란, 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용가능하게 되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우를 가리키므로, 부가가치세법시행령 제21조 제1항 제4호 소정의 완성도기준지급조건부와는 달리 재화가 각 대가에 상응하는 비율만큼 완성되지 않더라도 계약이 취소ㆍ해제되는 등으로 그 효력을 중도에 상실하는 사정이 없는 한 대가의 각 부분을 받기로 한 때에 공급시기가 도래하여 부가가치세 납부의무가 성립한다고 보아야 하고, 또한 실제로 그 대가를 받았는지 여부는 부가가치세 납부의무의 성립 여부를 결정하는 데 아무런 영향을 미칠 수 없는 것으로 보아야 하는 바(대법2002두3089, 2003.11.28. 같은 뜻),

이 건의 경우는 민간건설공사 표준도급계약서상 공사기간이 2005. 4. 1.～2005. 11.30까지로서 공사기간이 6개월을 초과하고 있고, 공사대금을 지급함에 있어서도 선급금은 1억원, 기성부분은 은행이 확인한 기성률대로 지급하기로 약정되어 있어 부가가치세법 시행령 제22조 및 시행규칙 제9조 소정의 중간지급조건부로 용역을 공급받는 경우에 해당되므로 공급시기는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기에 해당된다 할 것인바, 청구법인은 2005. 6.29. 기성고 청구에 따른 쟁점세금계산서를 2005. 6.30. 교부받고 그 대금을 2005. 7.14. 금융기관 대출금으로 지급하였으며, 쟁점건물이 2005.11.30. 준공된 사실 등에 비추어 정당하게 세금계산서를 수취한 경우에 해당된다고 보아야 하므로 청구법인이 건축용역을 제공받지 아니하고 세금계산서만 교부받은 선세금계산서에 해당된다고 보기 어려운 것으로 판단된다.

따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 매입세액불공제하여 과세한 이건 처분은 거래시기에 대한 법리를 오해한 잘못이 있다 하겠다.

5. 결론

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.