주문
○○세무서장이 2005.10.12. 청구법인에게 한 2004년 제1기분 부가가치세 127, 550,910원, 2004. 1. 1.～2004.12.31. 사업연도 법인세 46,170,170원, 비거주자 인적용역소득에 대한 원천징수 소득세 147,180,000원, 2006. 1. 6. 갑종근로소득세 66,251,580원, 합계 387,152,660원의 부과처분은
1. 청구법인이 2004년 제1기에 ○○컴 김○○로부터 교부받은 공급가액 △1,004, 400,000원의 세금계산서(2매)에 대하여는 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하지 않는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
이유
1. 처분내용
(주)○○ Corporation(이하 “청구법인”이라 한다.)은 ○○광역시 ○○구 ○○동○가 ○○번지 ○○타워 ○○호에서 도매업(정보시스템보안 관련품)과 서비스업(정보보안)을 영위하는 법인으로서, ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○컴이라는 상호로 도·소매업(게임기)과 서비스업(게임기프로그램개발)을 영위하는 청구 외 김○○(이하 “○○컴 김○○”이라 한다.)로부터 2004. 1.30. 공급가액 1,810,000천원의 세금계산서 1매를 교부받아 2004년 1월분 부가가치세 조기환급신고시 매입세액을 공제하였고, 그 후 공급가액 △1,001,400천원의 세금계산서 2매(2004. 5.31. △460,000천원, 2004. 6.30. △541,400천원, 이하 2004년 제1기에 ○○컴 김○○로부터 교부받은 세금계산서 3매를 “쟁점세금계산서”라 하고, 순 공급가액 808, 000천원을 “쟁점공급가액”이라 한다.)를 교부받아 2004년 5월 부가가치세 조기환급신고시와 2004년 제1기분 부가가치세 확정신고시 매입세액으로 신고하였다.
○○지방국세청장은 2005년 3월 ○○컴 김○○을 자료상혐의자로 세무조사하여 ○○컴 김○○이 실물거래 없이 청구법인에 쟁점세금계산서를 발행·교부하였다는 과세자료를 통보하였고,
처분청은 2005년 5월 청구법인을 세무조사한 결과 청구법인이 주한미군에 보안시스템 콘트롤 프로그램 개발 및 설치공사(이하 “쟁점공사”라 한다.)를 제공하는 계약을 하여 비거주자인 청구 외 리○○(R○○)로 하여금 쟁점공사 수행을 위한 인적용역을 공급받기로 한 뒤 ○○컴 김○○로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하면서 당초 발행분과 감액분의 합계액 2,811,400천원에 대한 매입처별합계표 불성실가산세 적용하고, 쟁점공급가액 중 리○○에게 지급된 669,000천원에 대하여만 쟁점공사의 원가로 인정하여, 2005.10.12. 청구법인에게 2004년 제1기분 부가가치세 127,550,910원, 2004 사업연도법인세 46,170, 170원, 비거주자 인적용역소득에 대한 원천징수 소득세 147,180,000원, 합계 320, 901,080원을 경정·고지하였고, 220,460천원을 대표이사에게 상여처분하고 청구법인에게 원천징수의무를 물어 2006. 1. 6. 갑종근로소득세 66,251,580원을 결정고지 하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2006. 1. 4. 이의신청을 거쳐 2006. 5.11. 이 건 심사청구를 하였다.
2. 청구주장
가. 2003년 주한미군과 정보보안시스템 관련 제품의 납품 및 설치서비스를 제공하는 계약(계약금액 1,248,984천원)을 체결한 후 기술이 필요한 보안장비는 청구법인이 직접 공급하고, 보안시스템 설치공사 등 건설용역을 하청주기 위하여 희망업체들로부터 자격요건 및 견적서를 받은 결과 ○○컴 김○○을 선정하여 총공사비 1,810,000천원(이후 공사현장의 감소로 808,600천원으로 확정)으로 계약하였다. 미군부대의 벙커 외곽초소 공사(이하 “외곽초소공사”라 한다.)는 ○○컴 김○○이 직접 설치하고, 지휘본부 벙커 내 공사(이하 “지휘본부공사”라 한다.)는 비밀취급인자만이 설치하도록 되어 있어 ○○컴 김○○이 미국정부 소속인 ○○와 재하청계약(계약금액: 당초계약에서 취소된 지역을 제외하고 669,000천원)을 하게 되었고, 이 과정에서 청구법인이 ○○컴 김○○을 대리하여 리○○와 재하청계약을 해 주었다. 이러한 사실은 지휘본부공사를 완료한 사실이 ○○컴 김○○과의 하청계약서, 미군부대의 납품확인서, 관련 영수증 등에 의하여 확인된다.
그러나 ○○컴이 쟁점공사 계약 당시 세적을 두었던 ○○세무서로부터 2004. 3. 29. 직권폐업조치 됨에 따라 ○○컴은 부가가치세 신고를 하지 못하였고, 청구법인은 ○○컴으로부터 교부받은 감액 세금계산서에 대하여 매입세액에서 차감하여 신고하였으며, 차후에 ○○컴의 폐업조치에 대한 복구(2004. 9. 7.)가 이루어져 ○○컴이 청구법인에 대한 매출분 부가가치세를 전부 납부하게 되었음에도 ○○컴 김○○과의 거래를 실물거래 없다고 본 처분은 부당하다.
나. 처분청이 위 “가”의 내용을 인정하지 아니하고 가공으로 보아 과세한다 하더라고
① 청구법인이 ○○컴으로부터 교부받아 매입세액으로 공제받은 금액은 808,600천원이나 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세 28,114천원을 적용한 것은 부당하며,
② 외곽초소공사와 지휘본부공사는 동일한 공사 건으로 부대출입요청서 등에 의하여 실지공사를 한 사실이 확인되고 미정부의 계약대금으로 950,000천원에 상당되는 대금을 미정부 또는 원청사인 미국기업으로부터 지급받았음이 확인되며, ○○컴 김○○에게 808,000천원을 금융계좌 송금 등으로 지불한 사실이 확인됨에도 지휘본부공사 원가 669,000천원은 인정하면서 외곽초소공사 139,600천원의 원가는 인정하지 아니함은 부당하다.
③ 리○○가 ○○컴 김○○과의 별도 하청계약(669,000천원)에 의해 자재, 인부 및 장비 등을 투입하여 공사를 진행한 사실이 있으므로 소득세법 제119조 제5호에 의거한 비거주자가 영위하는 사업에서 발생하는 소득으로 2%의 세율을 적용하여야 함에도, 청구법인에게 소득세법 제119조 제6호의 의거하여 비거주자의 인적용역소득으로 보아 20%의 세율을 적용하여 청구 원천징수의무를 물어 과세한 처분은 부당하다.
3. 처분청 의견
가. ○○컴 김○○은 ○○지방국세청에서 세무조사를 하여 실물거래 없이 허위로 청구법인에게 쟁점세금계산서를 교부한 사실을 확인하여 자료상으로 고발조치된 자로서, ○○컴은 성인용 게임기를 제작 판매하는 업체이며 과거 이 건 보안시스템공사와 유사한 공사를 시공하였다거나 유사한 소프트웨어를 제작·판매한 사실이 확인되지 아니한다. 또한 정○○과 김○○이 쟁점세금계산서의 허위발행을 간접적으로나마 인정하고 있음이 ○○경찰서에서 작성한 피의자 신문조서에서 확인되고, 청구법인이 ○○컴 김○○과 쟁점공사 하청계약을 하였다는 사정이 있었다 하더라도 이는 실제적으로 청구법인 대표이사의 동생인 정○○이 ○○컴 김○○과는 상관없이 임의 주도한 과정일 뿐 청구법인이 ○○컴 김○○로부터 실물을 공급받았다고 볼 수 없다.
나. 외곽초소공사비 139,600천원을 손금불산입한 처분이 부당하다고 주장하면서 청구법인의 2004 사업연도 매출 및 관련 매입내역 등을 제출하고 있으나 이 건 쟁점공사와 관련된 것 이외의 내용이 포함되어 있어 실질적으로 쟁점공사와 관련된 것인지 여부가 불분명하고 청구법인이 주장하는 공사비의 출처 또한 명확하지 아니하므로 동 금액을 손금산입하여야 한다는 주장을 받아들이기 어렵다.
다. 리○○와 계약하였다는 약정서 상 품목명세표에 소프트웨어 관련 자재 329, 300달러와 인건비 및 경비로 239,700달러, 합계 569,000달러로 표기되어 있음을 볼 때 지휘본부공사는 보안전문가이면서 소프트웨어의 전문지식을 가진 리○○가 당해 전문지식을 활용하여 제공한 인적용역에 해당한다고 보아야 할 것이며, 한미조세협약 제18조에서 일방체약국의 거주자인 개인이 독립된 자격으로 인적용역을 제공하여 취득하는 소득이 과세연도 중 미화 3,000달러를 초과한 경우 동일체약국에 의하여 과세하도록 되어 있고, 소득세법시행령 제179조 제2항 제4호에서 비거주자의 사업소득은 비거주자가 국외에서 건설·설치 등 작업에 관하여 계약을 체결하거나 필요한 인원 또는 자재를 조달하여 국내에서 작업을 시행하는 경우로 정하고 있으므로, 리○○에게 지급한 669,000천원은 비거주자의 사업소득이 아니라 비거주자의 인적용역소득에 해당된다고 보아 청구법인이 비거주자인 리○○로부터 인적용역을 공급받고 그 대금을 지급하면서 원천징수를 하지 아니한 데 대하여 과세한 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 청구법인이 ○○컴 김○○로부터 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 교부받아 관련 매입세액을 공제하였는지 여부 및 매입세금계산서합계표 불성실가산세 28,114천원을 적용한 것이 타당한지 여부 ② 쟁점공급가액에서 리○○에게 지급한 금액만 원가로 인정(139,600천원 손금불산입)한 처분이 정당한지 여부 ③ 비거주자인 리○○에게 지급된 금액(669,000천원)이 비거주자의 인적용역소득에 해당된다고 보아 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
나. 관련 법령
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. (단서 생략)
○ 부가가치세법 제22조 【가산세】
④ 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.
2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.
○ 소득세법 제119조 【비거주자의 국내원천소득】
비거주자의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다.
5. 비거주자가 영위하는 사업에서 발생하는 소득(조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 제6호에 해당하는 소득을 제외한다.
6. 국내에서 대통령령이 정하는 인적용역을 제공함으로 인하여 발생하는 소득. 이 경우 당해 인적용역을 제공받는 자가 인적용역의 제공과 관련하여 항공료 등 대통령령이 정하는 비용을 부담하는 경우에는 그 비용을 제외한 금액을 말한다.
○ 소득세법시행령 제179조 【비거주자의 국내원천소득의 범위】
② 법 제119조 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 법 제19조의 규정에 의한 사업 중 국내에서 영위하는 사업에서 발생하는 다음 각 호의 소득을 말한다.
4. 비거주자가 국외에서 건설ㆍ설치ㆍ조립 기타 작업에 관하여 계약을 체결하거나 필요한 인원 또는 자재를 조달하여 국내에서 작업을 시행하는 경우에는 당해 작업에 의하여 발생하는 모든 소득
⑥ 법 제119조 제6호 전단에서 “대통령령이 정하는 인적용역”이라 함은 다음 각 호의 용역을 말한다.
1. 변호사ㆍ공인회계사ㆍ세무사ㆍ건축사ㆍ측량사ㆍ변리사 기타 이와 유사한 전문직업인이 제공하는 용역
2. 과학기술ㆍ경영관리 기타 이와 유사한 분야에 관한 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 당해 지식 또는 기능을 활용하여 제공하는 용역
○ 소득세법 제156조 【비거주자의 국내원천소득에 대한 원천징수의 특례】
① 비거주자에 대하여 제119조 제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 내지 제6호ㆍ제9호 및 제11호 내지 제13호의 규정에 의한 국내원천소득으로서 제120조의 규정에 의한 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니한 소득의 금액(국내사업장이 없는 비거주자에게 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자는 제127조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각호의 금액을 그 비거주자의 국내원천소득에 대한 소득세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 다만, 제119조 제5호의 규정에 의한 소득 중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 제외한다.
1. 제119조 제4호 및 제5호의 소득에 대하여는 그 지급금액의 100분의 2
2. 제119조 제6호의 소득에 대하여는 그 지급금액의 100분의 20
○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
다. 사실관계 및 판단
【사실 관계】
1) 처분청은 청구법인이 쟁점공사(808,600천원)를 하고 허위로 ○○컴 김○○로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하였고, 리○○에게 지급된 669,000천원만을 비거주자로부터 청구법인이 인적용역을 제공받은 것으로 보아 쟁점공사의 원가로 인정(나머지 139,600천원은 손금불산입)하여, 청구법인의 부가가치세와 법인세를 경정·고지하고, 비거주자의 인적용역소득 지급에 대한 원천징수불이행 소득세를 결정·고지하였으며, 익금산입액 220,460천원을 대표이사에게 상여처분하여 소득금액변동통지를 한 후 청구법인에게 원천징수의무를 물어 갑종근로소득세를 과세한 사실이, 국세통합전산망 조회자료와 관련 세목의 경정결정결의서 등에 의하여 확인되고, 리○○에게 669,000천원을 지급한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.
2) 2005년 3월 ○○지방국세청장이 ○○컴 김○○의 사업장을 조사하였으나 성인오락실 게임기 및 커피자판기 관련 부품과 서류 등이 존재할 뿐 청구법인으로부터 하청을 받은 쟁점공사와 관련된 부품 및 서류는 전혀 존재하지 않았으며, 쟁점공사는 프로그램개발부터 공사까지 상당한 지식과 시간·노력이 소요되는 공사이나 김○○은 프로그램 개발·보안시스템 설치분야에 경험이 전무한 것으로 확인되고, 청구법인의 대표이사의 친동생인 정○○의 요구에 의해 ○○컴 김○○이 실물거래 없이 청구법인에 쟁점세금계산서를 교부하였다는 내용이 ○○컴 김○○에 대한 ○○지방국세청 자료상혐의자 조사보고서에 의하여 확인된다.
또한 2005년 5월 처분청이 청구법인을 세무조사한 결과 대부분 ○○지방국세청의 조사내용과 일치하고 있고, 김○○은 청구법인과 실거래를 하였다고 주장만 할 뿐 실거래하였다고 인정할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 정○○도 청구법인에 근무한 사실이 있는 청구법인 직원의 입장에서 청구법인의 대표이사가 지시하는 단순작업을 하였고, 청구법인이 ○○컴 김○○에게 대금 결제하였다는 내역을 보면 현금지급분이 579,400천원으로 과다하면서도 자금출처가 불분명할 뿐 아니라 금융거래도 ○○컴 김○○ 계좌에 입금된 후 다시 전액이 정○○ 계좌로 이체되고 이후 청구법인에 이체되었거나 청구법인의 거래처에 이체되고 있어 정상적인 상거래에 의한 금융결제로 볼 수 없다는 내용이 처분청이 청구법인에 대한 조사종결보고서에 의하여 확인된다.
3) 2005. 5. 6. ○○경찰서장이 작성한 피의자 신문조서에 의하면, 김○○은 비록 본인 명의로 2004. 1.30. 1,810,000천원의 세금계산서가 발행된 것은 맞지만 실제로는 정○○이 청구법인 대표이사 정○○에게 준 것이고, 쟁점공사에 관련된 것은 정○○이 미8군부대 전역에 보안시스템 콘트롤 프로그램과 소프트웨어를 공급 설치하는 공사가 있어 한 번 해보자고 하여 청구법인과 계약을 체결하였으며, 청구법인에 공급한 프로그램은 정○○이 프로그램 회사에 근무한 적이 있었는데 정○○이 어딘가에서 공급을 받아서 납품하였는지는 정확히 모르는 것으로 진술하면서, 대금수령과 관련하여 당초 계약이 일부 취소되어 8억원 상당의 공사를 하였고 김○○ 통장으로 받은 돈은 취소되면서 도로 청구법인에 송금해 주었고 실제 현금으로 받은 것이 전부이며, 청구법인에서 김○○의 금융계좌로 입금된 금액은 모두 정○○의 통장으로 송금되었고, ○○컴 사업장에는 장부나 실제 인건비를 지급한 근거자료는 없는 것으로 진술한 사실이 확인된다.
4) 처분청이 제출한 정○○의 확인서(2005. 6. 9.)에 의하면, 정○○은 ○○컴 김○○에게 주한미군의 CONFORS 프로젝트에 참가를 권유하여 쟁점공사를 시작하게 되었고, 2003년 하반기부터 2004년 8월까지 ○○시 등 미군부대에서 공사를 하면서 직원관리·고용·현장출입·공사진행·자금관리를 정○○이 맡았으며 김○○은 단순한 자재매입 등의 심부름을 이행하였다. 자금집행은 청구법인에서 김○○ 통장으로 이체 받아 정○○ 명의로 이체하여 사용하였는데 그 중 현금으로 수령한 170,000천원으로 장비·인건비로 지급하였으나 관련 증빙은 자재구입 등 일부만 보관되어 있으며 ○○에게 지급한 비용은 청구법인이 직접 지급하였다고 진술한 사실이 확인된다.
5) ○○컴 김○○은 2002. 5. 9. ○○세무서에 사업자등록, 2004. 3.29. ○○세무서장이 사업장 무단이탈자로 직권폐업 조치, 2004. 9. 7. ○○세무서장 폐업취소처리, 2004. 9. 7. ○○세무서 관할(○○광역시 ○○구 ○○동 ○○번지)로 사업장 정정신고를 하였고, 2004.11.26. 2004년 제1기분 부가가치세 확정신고(기한 후 신고, 매출세액 808,600천원, 납부세액 80,860천원)를 하고 무납부한데 대하여 ○○세무서장이 2005. 1. 6. 2004년 제1기분 부가가치세 120,917천원을 경정·고지하였다가(2005. 2.～2006. 3. 83,748천원 납부) ○○지방국세청장이 ○○컴 김○○을 자료상으로 확정한 데 대하여 2005. 4.28. 매출과세표준 808,600천원을 감액하고 부가가치세 111,235천원을 감액한 사실이 국세통합전산망 조회자료에 의하여 확인된다.
6) 청구법인이 이 건 관련 제출한 증거서류를 보면,
가. 주한미군과 청구법인 사이에 체결한 계약서(291,415천원) 또는 미국법인 G○○사의 구매주문서(주한미군에 납품의뢰, 561,887달러, 약702,358천원), 물품검수 및 영수확인서(주한미군에 약805,790천원의 물품을 납품), 청구법인과 ○○컴 김○○과 작성한 ‘물품 및 서비스 공급계약서’(2004. 1. 3. 당초 쟁점공사 계약, 공급가액 1,810,000천원) 쟁점공사 변경 계약서(1차 2004. 5.31. 감액 △460,000천원, 2차 2004. 6.30. △541.400천원)를 제출하고 있으나, 주한미군 등으로부터 매출 대금이 청구법인에게 입금된 내역은 객관적인 증빙으로 명확히 제시하지 못하고 있다.
나. 리○○와 ○○컴 간 계약서(Contract Agreement, 2004. 1.18.)에는 출입통제지역의 비밀정보시스템에 관한 장비와 프로그램을 제작하고 수입하여 판매하며 설치서비스를 이행하며 공급가액은 미화 569,000달러 (1,250/1$, 711,250천원)인 것으로 나타나며 리○○의 보안인가증서 등을 첨부하고 있다.
다. 미국정부 공사 확인서 및 추천서(2006. 1.17. 추천자 소속 DPTMS, AREA IV SA, CAMP CARROLL 성명 강○○)에는 왜관 미정부 보안시스템 공사를 291,415천원에 청구법인이 이행하였다는 내용과 정○○ 등의 미군부대(CAMP CARROLL) 출입조치요청서(2004. 2.17.～2004. 3.19.) 등을 제출하고 있다.
라. ○○컴이 쟁점공사에 대한 원가내역 및 대금지불내역표에 의하면, 총 808,600천원 중 리○○에게 현금 또는 수표로 지급 669,000천원, 카메라 및 잡자재 구입비 미지급금 45,540천원((주)○○컴), 공사인부 식대·숙박·교통비 등 현금지급 75, 405천원(영수증상자 분실), 청구전자 직원 등에 공사비지급 9,454천원, 인건비 현금지급 9,201천원(영수증 없음)이 기재되어 있고, 청구 외 (주)○○컴(2005.10.12. 폐업)과 ○○컴 김○○ 사이에 매출·매입 거래가 없는 것으로 국세통합전산망 조회에서 확인된다.
【판단】
첫째, 청구법인이 ○○컴 김○○로부터 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 교부받았는지 여부와 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 적용한 처분이 정당한지 여부를 살펴본다.
위 사실관계에서 보듯이 청구법인이 제시하는 미정부 공사 확인서 및 추천서와 공사관련 계약서 및 물품구매서, 관련인 들의 진술 등에 의하면 청구법인이 주한미군에 쟁점공사를 수행 한 것으로는 보여 지나, ○○지방국세청과 처분청의 세무조사와 ○○경찰서장의 피의자 신문 등에서 ○○컴 김○○이 쟁점공사를 수행한 것이 아니라 청구법인 대표이사와 특수관계자이며 청구법인의 직원으로 근무한 사실이 있는 정○○이 청구법인의 지시에 따라 리○○와 함께 쟁점공사를 수행하였으며, 청구법인은 ○○컴을 대리하여 리○○에게 자금을 집행하였다고 주장하나 김○○은 쟁점공사와 관련되어 주한미군에 프로그램을 납품한 것부터 자금을 집행한 내용에 대하여 아는 바가 전혀 없고 이와 관련된 장부나 증빙서류를 보관하지도 아니하며, 정○○도 리○○와 관련된 건에 대하여 청구법인이 이행하였다고 진술하고 있는 점으로 볼 때, ○○컴 김○○로부터 청구법인이 공사용역을 제공받았다고 인정하기는 어려운 것으로 판단되고, 정○○은 청구법인 대표이사의 친동생으로서 청구법인의 쟁점공사와 관련하여 같이 업무를 수행하였다고 보여지므로 쟁점공사를 수행한 자는 ○○컴 김○○이 아니라 청구법인으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.
매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세에 대하여는, 부가가치세법 제22조 제4항에서 공제받은 매입세액 중 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부가 사실과 다르게 기재된 경우에 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하도록 규정되어 있고, 재화를 공급하는 사업자가 가공거래로 인한 가공의 매입금액을 매입처별 세금계산서합계표에 기재하여 공급가액을 사실과 다르게 기재하였다면 사업자는 그 가공거래부분에 대하여 부가가치세 납세의무를 부담하는지 여부와는 상관없이 사실과 다르게 기재된 세금계산서합계표 불성실가산세를 납부할 의무가 있다 할 것이다(대법원 2003. 5.16.선고 2001두1772).
청구법인은 2004년 1월분 부가가치세 조기환급신고시 실물거래 없이 ○○컴 김○○로부터 공급가액 1,810,000천원의 매입세액을 공제 받았는 바, 부가가치세법 제17조 제2항 사실과 다른 세금계산서에 의하여 공제 받은 경우에 해당하므로 같은 법 제22조 제4항에 의거 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 적용함은 타당하나,
공급가액을 감액하여 교부받은 세금계산서 공급가액 △1,001,400천원에 대하여는 매입세액에서 차감하여 신고 납부한 사실이 확인되는 바 공급가액이 사실과 다르게 기재되거나 과다하게 기재한 경우에 해당되지 아니함에도 동 감액분 세금계산서 공급가액에 대하여 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 적용한 것은 부가가치세법 제22조 제4항의 법령해석을 오인한 것으로 판단된다.
둘째, 처분청이 쟁점공급가액 중 리○○에게 지급된 금액을 제외한 139,600천원에 대하여 손금불산입한 처분이 정당한지 여부를 살펴본다.
청구법인이 제출하는 증빙서류로는 쟁점공사와 관련된 외곽초소공사분에 대한 것인지 여부가 명확히 드러나지 아니할 뿐만 아니라, 카메라 등 자재구입비((주)○○ 컴과 거래로 대금은 미지급이라고 주장하나, 심리일 현재 폐업자이며, 국세통합전산망 세금계산서합계표 조회에서 당시 거래사실 조회되지 아니함), 공사인부 식대(영수증 분실), 공사인건비(현금지급) 등을 지급하였다고 주장만 할 뿐, 실제 지출사실을 확인할 수 있는 원시증빙자료나 객관적인 금융자료 등을 제시하지 못하고 있는 바, 처분청이 동 금액을 가공 계상한 것으로 보아 손금불산입하여 과세한 이 건 처분은 정당하고 달리 잘못이 없다 하겠다.
셋째, 비거주자인 리○○에게 지급된 금액(669,000천원)을 비거주자의 인적용역소득으로 보아 청구법인에게 원천징수의무를 물어 과세한 처분이 정당한지 여부를 살펴본다.
리○○와 ○○컴이 당초 계약하였다는 약정서 상 품목명세표에 소프트웨어 관련자재 329,300달러, 인건비 및 경비 239,700달러(합계 569,000달러, 원화 711,250천원, 추후 계약 일부취소)로 표기되어 있고, ‘물품검수 및 영수확인서’에는 리○○가 아닌 청구법인이 주한미군과 직접 또는 원계약자인 미국법인 G○○를 대리하여 물품을 공급한 것으로 기재되어 있는 점을 볼 때, 지휘본부공사는 보안전문가이면서 소프트웨어의 전문지식을 가진 리○○가 당해 전문지식을 활용하여 전문용역을 제공한 것이라 할 것인 바 이는 비거주자의 인적용역소득에 해당된다고 봄이 타당하다 하겠다.
그렇다면 한미조세협약 제18조에서 일방체약국의 거주자인 개인이 독립된 자격으로 인적용역을 제공하여 취득하는 소득이 과세연도 중 미화 3,000달러를 초과한 경우 동일체약국에 의하여 과세하도록 되어 있는 바, 청구법인이 소득세법 제119조 제6호에 해당하는 리○○의 비거주자의 국내원천소득을 지급하면서 이에 대한 원천징수(소득세법 제156조 제1항 제2호에 의하여 그 지급금액의 100분의 20)를 불이행한데 대하여 처분청이 이 건 소득세를 과세한 처분은 정당하고 달리 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론
이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.