주문

○○세무서장이 99. 1.20. 청구인에게 고지한 95.귀속 양도소득세 48,805,860원에 대한 부과처분은 이를 취소한다.

이유

1.처분내용

청구인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지의 畓 571㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 95.12.20. 양도 하고 농지의 대토로 하여 양도소득세가 비과세되는 것으로 신고하였다.

처분청은 쟁점토지 소재지 관할 ○○면사무소에서 발급받은 쟁점토지의 95년도 토지특성조사표에 의해 쟁점토지의 이용상황이 주상복합용 나대지인 사실이 확인됨에 따라 농지의 대토를 인정하지 아니하고 양도차익을 기준시가에 의하여 산정한 95년 귀속분 양도소득세 48,805,860원을 99. 1.20. 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 99. 3.10. 이의신청을 거쳐 99. 6. 1. 본 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

쟁점토지는 쟁점토지와 연접한 ○○리 ○○번지 대지 429㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)와 함께 청구 외 엄○○가 전소우자인 청구 외 강○○으로부터 89. 8.19. 취득하였으나 지목이 농지인 관계로 소유권이전등기가 불가능하여 현지인인 청구인 명의로 등기하였다가 91. 3.30. 청구 외 이○○에게 양도한 것으로,

양도당시 지목이 대지로 되어 있던 쟁점외토지는 양수인인 청구 외 이○○에게 즉시 소유권이전등기를 하였으나 지목이 답으로 되어 있는 쟁점토지는 관련법상 양수인 명의로 소유권이전등기를 할 수 없게 되어 있어 추후 지목을 변경하여 이전하기로 약정하였고, 95.10. 2. 쟁점토지를 주차장용지로 전용허가를 받은 후 소유권이전이 가능하게 되어 95.12.20. 청구 외 이○○의 처인 청구 외 이○○명의로 소유권이전등기를 하게 된 것이므로,

쟁점토지의 사실상 양도일은 잔금청산일인 91. 3.30.로서 이미 국세부과 제척기간이 경과하였는데도 처분청이 쟁점토지의 소유권이전등기 접수일인 95.10.21.을 양도일로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

95.12.20. 청구 외 이○○에게 양도한 부동산매매계약서를 제시하며 농지의 대토를 주장하다가 쟁점토지가 농지전용허가를 받아 주차장 부지로 사용되고 있는 사실이 확인되자 임의 계약서를 제시하며 부과제척기간이 경과되었다고 주장하는 청구주장은 신뢰하기 어렵고 등기부등본에 의하여 등기접수일을 양도일로 보아 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도에 대하여 소유권이전등기 접수일을 양도일로 보아 양도소득세를 과세한 처분에 잘못이 있는지 그 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

○ 구 소득세법 제27조 【양도 또는 취득의 시기】

『자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.』라고 규정하고 있다

○ 같은법 시행령 제53조 【양도 또는 취득의 시기】

제1항 제1호에서『법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금 지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.』 라고 규정하고 있다.

○ 구 국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】(1993.12.31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 법률)

1항에서『국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.

1. 소득세 · 법인세 · 토지호과이득세 · 상속세 · 증여세 · 재평가세 · 부당이득세 · 부가가치세 및 교육세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년간.(이하 단서생략)』이라고 규정하고 있다.

○ 국토이용관리법 제21조의 7 【토지거래계약의신고】

제1항에 “신고지역으로 지정된 구역 안에 있는 토지에 대한 소유권 · 지상권으로서 토지거래계약을 체결하고자 하는 당사자는 공동으로 계약내용과 그 토지의 이용계획등을 시장 · 군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 신고한 사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다.” 라고 규정하고 있다

○ 부동산등기특별조치법 제5조 【허가등에대한 특례】

제2항에 “등기인원에 대하여 행정관청에 신고할 것이 요구되는 때에는 소유권이전등기를 신청할 때에 신고를 증명하는 서면을 제출하여야 한다.” 라고 규정되어 있다.

다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계를 본다.

(1) 청구인이 당초 쟁점토지를 양도 하고 96. 4.18. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 畓 2,744㎡를 취득하였으므로 농지의 대토에 해당한다고 주장하며 양도소득세가 비과세되는 것으로 신고한데 대해 처분청은 쟁점토지가 농지가 아니라 주상복합용 나대지인 사실이 확인됨에 따라 농지의 대토를 인정하지 아니하고 앞에 기재한 처분내용과 같이 양도소득세를 과세하였음을 알 수 있고, 이에 대해 청구인은 쟁점토지를 사실상 91. 3.30. 청구 외 이○○에게 양도하였다고 주장하고 있음이 확인된다.

(2) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 청구인은 쟁점토지를 청구 외 강○○으로부터 89. 7. 5. 취득하여 95.12.20. 청구 외 이○○(이○○의 처)에게 양도한 것으로 되어 있으며, 쟁점토지에 청구 외 엄○○가 89.11.23. 매매예약을 원인으로 한 소유권이전청구권가등기를 설정하였다가 90. 4.23. 해제하였고 91. 4. 4. 청구 외 이○○를 근저당권자로 하는 근저당권이 설정(채권최고액 이천만원)되었다가 청구 외 이○○ 명의로 소유권이전등기가 된 날인 95.12.21. 해지되었음이 확인되며, 한편 쟁점외토지는 청구 외 엄○○가 89. 7. 1. 청구 외 강○○으로부터 취득하여 91. 4. 4. 청구 외 이○○에게 양도한 것으로 확인된다.

(3) 쟁점토지와 쟁점외토지는 연접하고 있으며 청구 외 이○○는 쟁점외토지를 91. 4. 4. 취득한 후 그 지상에 배우자인 이○○와 공동명의로 근린생활시설 및 숙박시설(연면적 1,410.06㎡)을 신축(93.12.29. 준공)하였고 청구 외 이○○는 쟁점토지를 소유권이전등기(95.12.21.)하기 이전인 95.10. 2. ○○군수로부터 ○○부지조성 목적의 농지전용허가(산업 00000-0000)를 받았음이 확인된다.

(4) 한편, 청구인이 당심에 제출한 쟁점토지에 대한 매매계약서 원본에 의하면 청구인 명의의 쟁점토지와 청구 외 엄○○ 명의의 쟁점외토지를 총매매대금 327, 000,000원(계약금: 30,000,000원, 중도금: 91. 3. 5. 150,000,000원, 잔금: 91. 3.30. 147,000,000원)에 청구 외 이○○에게 매매하는 것으로 계약(91. 2. 8.)이 되어 있고, 특약사항으로 쟁점토지는 상수도보호구역 해제 시 매도인이 책임지고 농가주택(대지)으로 지목을 변경하여 이전하고 쟁점토지내의 건축물은 이전(멸실)하는 것으로 되어 있다.

(5) 당심 심삼 00000-00000호(99.11. 9.)로 ○○군수에게 쟁점토지의 토지거래허가내역 및 상수도보호구역 해제일을 조회한데 대해 ○○군 지적 00000O-0000호(99.11.26.)로 회신한 바에 의하면, 쟁점토지는 토지거래신고지역내의 토지로 95. 12.20. 토지거래계약 신고를 접수하여 접수 당일 동 신고를 수리한 것으로 되어 있으며 쟁점토지를 상수도보호구역에서 해제한 날은 91.12.30.임이 확인된다.

○ 사실관계와 관계법령을 종합하여 살펴본다.

전시한 법령에서와 같이 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 한다. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부 · 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 하며 대금을 청산하기 전에 소유권이전 등기를 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 되어 있는 바, 이 건에 있어서 쟁점토지의 매매대금을 청산한 날이 청구인의 주장대로 91. 3.30.이라면 이 날을 양도일로 보아야 할 것이므로 이에 대해 살펴본다.

(1) 청구인은 쟁점토지와 쟁점외토지는 89. 8.19. 청구 외 엄○○가 취득한 것으로 쟁점외토지는 지목이 대지로 소유권이전등기를 할 수 있었으나 쟁점토지는 농지취득자격증명원이 없어 부득이 청구인 명의로 등기한 것이며,

청구 외 엄○○가 91. 3.30. 두 필지의 토지를 청구 외 이○○에게 양도하고 매매대금을 수령하였으나 소유권이전이 가능한 쟁점외토지만 소유권이전등기를 하였고 쟁점토지는 매매계약서상에 “상수도 보호지역으로부터 해제된 후 매도인이 농가주택(대지)으로 지목을 변경해서 이전한다.” 라는 특약사항을 명시하여 매매하게 되었다.

그 후 쟁점토지에 대한 지목변경이 되지 아니하여 소유권이전등기가 지연되다가 95.10. 2. 주차장부지조성 목적으로 농지전용허가를 받은 후 95.12.20. 청구 외 이○○의 처인 청구 외 이○○에게 소유권을 이전하게 된 것으로 쟁점토지의 사실상 양도시기는 매매대금 중 잔금을 수령한 91. 3.30.로 보아야 한다고 주장하면서,

이에 대한 입증서류로서 ①쟁점토지와 쟁점외토지에 대한 부동산 매매계약서 원본, ②쟁점외토지의 지상에 청구 외 이○○와 그의 처 이○○가 공동명의로 지상5층 지하1층의 근린생활시설과 숙박시설을 신축하여 93.12.29. 준공검사를 받은 건축물관리대장, ③쟁점토지에 대하여 청구 외 이○○가 95.10. 2. 주차장부지조성 목적으로 관할 ○○군수로부터 농지전용허가를 받은 ○○군의 공문서(농지전용허가 통보, ○○ 51311-7276, 95.10. 2.), ④쟁점토지 등의 매매를 중개한 청구 외 홍○○(000000-0000000) 및 청구 외 정○○(000000-0000000)의 부동산거래사실확인서 등을 제시하고 있다.

(2) 청구인이 제시한 매매계약서 원본(종이의 상태, 이해관계인의 날인 형태, 특이사항의 내용 등으로 보아 매매당시 작성한 계약서로 보임)에 의하면,

91. 2. 8.에 쟁점토지와 쟁점외토지에 대한 각각의 매매가액을 구분하지 아니하고 총 매매가액을 327,000,000원으로 정하고 이 중에서 잔금 147,000,000원을 91. 3.30. 지급하는 것으로 계약하였고,

매도인은 청구 외 엄○○(쟁점외토지의 명의자)와 청구인(쟁점토지의 명의인)의 연명으로, 매수인은 청구 외 이○○로, 중개인은 청구 외 홍○○(000000-0000000)와 청구 외 정○○(000000-0000000)의 연명으로 되어 있으며, 특약사항으로 지목이 답으로 되어 있는 쟁점토지는 상수도보호구역 해제 시 매도인이 농가주택(대지)으로 지목을 변경하여 소유권을 이전하기로 되어 있고, 쟁점토지의 매매를 중개한 청구 외 홍○○와 정○○은 인감증명을 첨부하여 제출한 거래사실 확인서에서 위의 계약내용이 사실임을 확인하고 있다.

(3) 청구 외 이○○는 쟁점토지 및 쟁점외토지를 매수하여 쟁점외토지는 91. 4. 4.본인명의로 소유권이전등기를 하였으나 지목이 농지(답)로 되어 있는 쟁점토지는 매수인이 농지소재지에 거주하지 아니하여 소유권이전등기를 할 수 없어 소유권을 담보하기 위하여 근저당권을 설정하였다가 그의 처인 청구 외 이○○의 명의로 95.12.21. 소유권을 이전등기한 후에 동 근저당권을 해지하였음이 등기부등본에 의해 확인된다.

(4) 청구인은 매매계약상의 특약사항을 이행하기 위하여 쟁점토지에 대한 대지로의 지목변경을 추진하였으나 상수도보호지역으로 인하여 제한을 받았고 동 제한이 해제(91.12.30.)된 이후에도 수차에 걸쳐 농가주택추인에 의한 대지로의 지목변경을 허가받으려고 하였으나 이루지 못하고 있던 차에,

93. 5월 청구 외 이○○가 그의 처인 이○○와 공동명의로 쟁점외토지(쟁점토지와 연접)에 근린생활시설 및 숙박시설용 건물을 신축하게 되었고 동 건물의 일부가 쟁점토지에 걸치게 됨에 따라 농가주택추인에 의한 지목변경이 불가능하게 되자,

매수인인 청구 외 이○○는 그 외 배우자인 청구 외 ○○ 명의로 95.10. 2. 쟁점토지를 ○○부지로 조성하는 목적의 농지전용허가를 ○○군수로부터 받아(농지전용부담금의 반액은 매도인이 부담) 공사를 완료한 수 95.12.21. 위 이○○ 명의로 소유권 이전등기를 하게 되었으며,

위 이○○는 쟁점토지를 소유권이전하기 이전인 93년부터 건축공장 야적장 및 주차장 부지로 사용하여 왔음이 쟁점토지에 대한 매매를 중개한 청구 외 홍○○의 진술(2000. 1.28. 전화로 통화)및 관련 서류에 의거 확인된다.

(5) 쟁점토지의 매매대금 청산일을 살펴보면, 당초 매매계약 시 쟁점토지와 쟁점외토지에 대한 각각의 매매가액을 구분하지 아니하고 총 매매가액을 327,000,000원으로 정하고 이 중에서 계약금 30,000,000원은 계약일에, 중도금150,000,000원은 91. 3. 5.에, 잔금 147,000,000원은 91. 3.30.에 지급하기로 하여 91. 2. 8. 계약한 것으로 되어 있으나,

계약금으로 받은 30,000,000원 중 중개수수료 3,000,000원을 공제한 27,000,000원을 쟁점토지 매매 중개인인 청구 외 홍○○가 사실상의 매도인인 청구 외 엄○○ 명의의 ○○은행 계좌(000-00-0000-000)로 91.2.13. 송금한 증빙을 제외하고는 중도금 및 잔금 수수에 대한 구체적인 증빙이 없어 대금 청산일이 언제인지에 대해 구체적으로 분명하게 밝혀진지는 아니하는 것으로 보인다.

(6) 청구인은 매수인인 청구 외 이○○에게 이 건 매매와 관련한 증빙인 대금수령영수증 및 금융증빙 등을 요청하였으나 쟁점토지의 소유권이전이 지연되고 농지전용부담금을 일부 부담한데 대한 불만으로 거절한 것으로 측문되며, 당심에서 위 이○○에게 심사00000-0000(99. 8.31.)로 쟁점토지의 취득내용에 대한 조회를 하였으나 회신이 오지 아니 하여 99.10월 초 전화로 문의 한 바, 쟁점토지의 취득내용은 청구인의 주장과 같으나 관련증빙은 제시 하지 아니하겠다고 답변하였다.

위의 사실을 종합하여 볼 때, 비록 쟁점토지의 대금청산일이 분명하게 밝혀지지는 아니하나 ①쟁점토지와 쟁점외토지가 함께 양도되었음이 확인되고, ②쟁점토지의 지목 변경이 지연되어 농지전용절차를 거쳐 소유권이 이전된 사실, ③쟁점토지의 소유권이전일 이전의 상당기간 동안 매수인이 사용한 사실 등으로 미루어 매매계약서상의 잔금지급일인 91. 3.30.을 대금청산일로 보기는 어렵다 하더라도 쟁점외토지의 소유권이 이전되고 쟁점토지에 대해 매수인이 근저당권을 설정한 날인 91. 4. 4.에는 사실상 대금을 청산하였다고 봄이 합리적인 것으로 판단된다.

한편, 쟁점토지소재지는 토지거래계약신고지역에 해당되어 95.12.20. 관할 ○○군수에게 토지거래계약신고를 하고 같은 날 신고필증을 받아 95.12.21. 청구 외 이○○명의로 소유권이전등기를 하였는 바,

토지거래허가지역내의 토지를 토지거래계약허가를 받지 아니하고 체결한 계약은 국토이용관리법 제21조의 3 제7항에 의해 그 효력이 발생하지 아니하여 무효라 할 것이나, 쟁점토지는 토지거래신고지역으로 매매계약 체결 시 토지거래계약신고를 하지 아니하였다 하더라도 그 효력의 제한에 대하여는 달리 규정이 없으므로 당초의 계약에 따라 매매의 효력이 인정된다 할 것이고 매매계약당시 농지로서 소유권이전이 제한되어 있던 쟁점토지를 농지전용허가를 받아 토지거래계약신고를 거쳐 부득이하게 소유권이전등기를 늦게 한 이 건의 양도시기는 등기부상 소유권이전등기일이라기 보다는 대금청산일로 봄이 타당한 것으로 판단된다.

그렇다면, 사실상의 잔금청산일인 91. 4. 4.을 양도시기로 보아야 하고 이 경우 쟁점토지에 대한 양도소득세 과세표준 신고기한은 전시한 법령에 의거 92. 5.31.이 되고 92. 6. 1.부터 5년이 경과한 시점인 97. 6. 1.부터는 부과제척기간의 경과로 이 건 양도소득세를 부과할 수 없게 되므로, 처분청이 99. 1.20. 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 사실조사를 소홀히 한 부당한 처분으로 판단된다.

라. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.