○○세무서장이 2004.3.2 청구인에게 한 2002년 과세연도 양도소득세 1,558,105,660원과 증권거래세 78,474,250원의 부과처분은 청구인이 양도한 (주)○○ 발행주식 3,650,000주의 양도차익을 산정함에 있어서 확인서 및 관련인들의 진술내용, 이○○외 72인에게 무상배분한 내용, 계좌이체내용, 자사주취득내용 등으로 보아 유상양도 되었는지 여부가 불명확하므로 이에 대한 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 합니다.

이유

1. 처분내용

청구인은 ○○시 ○○남구 ○○동 ○○ 번지 소재에서 게임소프트웨어 및 만화영화 등을 제작하는 (주)○○(비상장, 사업자등록번호 000-00-00000, 이하 “청구외법인”이라 한다)의 대표이사로서 청구인이 소유하고 있는 청구외 법인이 발행한 주식 3,650,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2002년도 중 양도하고 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

청구외법인의 사업장관할인 ○○세무서장은 청구외법인에 대한 법인세 조사과정에서, 쟁점주식을 양도한 것은 사실로 인정되나 양도일자 및 양도가액을 정확히 알 수 없으므로 기준시가에 의하여 결정하도록 주소지 관할세무서인 처분청에 과세자료를 통보하였다.

처분청은 통보받은 과세자료에 의하여 양도차익을 기준시가로 계산하여 2004.3.2. 2002년 과세연도 양도소득세 1,558,105,660원과 증권거래세 78,474,250원을 청구인에게 결정․고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2004.5.25. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

청구외법인은 소프트웨어를 개발하는 벤처기업으로서 2002.3.29. 코스닥등록이 보류됨에 따라 청구인은 경영상의 책임을 지고 청구외 김○○(000000-0000000)을 중심으로 한 신경영진과 협의결과 청구인이 소유한 청구외법인의 주식 3,910,430주 중 쟁점주식을 조건 없이 포기하고 퇴임하기로 합의하였다.

이에 따라 청구인은 쟁점주식을 2002.7.5.과 2002.7.6. 양일 청구외법인의 회의실에서 주요주주 9명이 참석한 가운데 청구외 이○○, 청구외 김○○, 청구외 박○○ 등에게 무상으로 처분을 위임하되 1,148,680주는 3차 증자참여주주 73명에게 1주당 2주씩 무상으로 배분하고 나머지는 주주대표 등이 주주 등의 금전적 손실보상과 회사의 경영정상화를 위하여 처분을 위임하는 형식으로 무상양도 하였으므로 청구인에게 양도소득세와 증권거래세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

청구외법인은 비상장법인으로서 정확한 양도일자 및 양도가액을 확인할 수 없어 기준시가에 의하여 양도소득세를 결정하여 과세예고통지하자 청구인은 액면가 500원으로 양도하였으므로 실지거래가액으로 결정하여 달라는 과세전적부심사청구를 하여 이를 검토한 바 제시된 매매계약서는 신빙성이 없어 불채택하고 통지내용대로 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 쟁점주식을 무상양도 하였다는 내용으로 심사청구를 제기하였으나 청구인은 이미 과세전적부심사청구에서 일관된 주장 없이 상황에 따라 다른 주장을 하고 있어 청구인의 주장을 신뢰할 수 없으므로 양도 및 취득가액을 기준시가에 의하여 양도소득세를 과세한 이 건 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주식이 유상양도되었다고 보아 양도소득세와 증권거래세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

○ 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 국세기본법 제16조【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

○ 국세기본법 기본통칙 14-0...5【거래의 실질내용 판단기준】

거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단한다.

○ 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득(2000.12.29. 개정)

다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식 등(2000.12.29.)

○ 소득세법 제96조【양도가액】

② 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다.(개정 2000·12·29)

○ 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.(1994.12.22. 전면개정)

1. 취득가액

나. 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액(2000.12.29. 개정)

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 가액(2000.12.29. 개정)

○ 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정 ․ 경정 및 통지】

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

○ 소득세법 제99조【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.(1999.12.28. 개정)

5. 제94조 제1항 제3호 나목의 규정에 의한 주식 등 중 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 것과 제94조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 주식 등

상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하되, 장부분실 등으로 인하여 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다.

○ 국심97부1529, 1997.11.7.

사실관계 및 정황으로 보아 토지가 유상양도된 것이 인정이 되지 아니하므로 유상양도로 본 양도소득세 과세는 부당함

○ 대법92누17525, 1993.2.9.

양도소득세에서 말하는 자산의 양도는 대가적 수입을 수반하는 유상양도만을 의미함. 양도소득세의 본질은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액에서 자산의 취득가액 등 필요경비를 공제한 양도차익을 과세가치로 파악하는 것이므로 자산의 양도는 대가적 수입을 수반하는 유상양도만을 의미하고 무상양도는 여기에 해당되지 않음

다. 사실관계 및 판단

1) 사실관계

가) 국세청 전산조회결과(법인별주주현황 조회)에 의하면, 청구인은 2001년 말 현재 청구외법인의 주식 3,910,430주를 소유하고 있었으나 2002년도 중 3,650,000주(쟁점주식)가 감소하여 2002.12.31. 현재 260,430주를 소유하고 있는 것으로 확인된다.

나) 청구인이 주주대표 9인과 2002.7.5. 작성한 “주식포기 및 처분위임장”에 의하면, 아래와 같이 2002.7.5. “청구인은 청구외법인의 보유주식 중 3,000,000주에 대해 조건없이 포기하되 이 중 3차 증자에 참여한 주주들에 대한 보상분으로 1,148,680주를 배분하고 나머지 주식은 주주대표 3인에게 그 처분을 위임한다”라고 기재되어 있다.

심리과정에서 2005.3.29 ~ 3.30. 기간 동안 주주대표 3인 각인에게 위 내용을 전화로 확인한 바 청구외법인의 회의실에서 주주 9명이 참석한 가운데 위 문서가 작성․서명되었으며 그 내용은 모두 사실이라고 3인이 같은 내용으로 진술하였다.

각인의 주요 통화내용을 정리하면, 청구외 이○○(000000-000000, 전화번호 000-000-0000)은 “당시 신경영진의 실사팀장이었고, 위임받은 쟁점주식은 계좌로 이체되었기 때문에 실물을 보지는 못했지만 김○○ 선배님이 받아 모든 것을 알아서 했으며, ‘주식포기 및 처분 위임장’과 ‘확인증’에 있는 내용대로 하겠다고 했으나 진행내용을 지켜보지는 못했으며, 주식처분과 관련된 세금은 청구외법인에서 부담하기로 하였고, 3차유상증자(증자주식수 574,340주)에 참여한 73인에게 1주당 2주씩 배정(1,148,680주)하여 본인배정분도 약 6만주(실제 52,020주 증가하였음)를 받아 증권사에 입고한 바 있다”고 진술하였고,

청구외 김○○(000000-0000000, 전화번호 000-000-0000)은 “당시 청구인은 경영상의 책임을 지고 보유주식을 포기하고 경영에서 물러나기로 합의되었으며, 새로운 경영진의 대표인 김○○사장이 청구인의 주식을 알아서 처분(일부보유)하였으며, 청구외법인의 주가는 거의 휴지상태였다”고 진술하였고,

청구외 박○○(000000-0000000, 전화번호 000-000-0000)은 “당시 주주대표로서 참가하여 ‘주식포기 및 처분 위임장’에 서명을 한 적이 있으며, 그 이후 처리내용은 구체적으로 알지 못한다”라고 진술하였고,

청구외 김○○(000000-0000000, 전화번호 000-0000-0000)은 “당시 신경영진의 대표로서 청구외법인의 경영을 하였고 현재도 직원도 없이 혼자 남아서 잔무와 회사회생을 위해 노력하고 있으며, 청구인이 포기한 쟁점주식은 본인이 관리하였으며 이 중 100여만주는 3차 유상증자에 참여한 주주에게 1주당 2주씩 무상으로 배분하였고, 약 80여만주는 팔았으나, 헐값으로도 처분이 되지 않아 현재도 약 150여만주는 회사금고에 보관하고 있으나 휴지조각에 불과하며 자세한 처분내용은 장부를 찾아서 보아야 알 수 있다”고 진술하였다.

다) ○○협회 회장이 2002.3.29. 발송한 청구외법인에 대한 “등록예비심사 보류사유 통보”공문에 의하면, (주)○○스튜디오의 유가증권협회등록 보류사유에서 청구외법인이 계속기업으로 주력사업부문의 시장성 검증이 필요하다는 내용으로 기재되어 있다.

라) 주주대표 중 한 사람인 청구외 이○○은 “확인증”에서 청구인이 포기한 3,650,000주와 구 경영진의 이사인 김○○의 200,000주 합계 3,850,000주를 처분함에 있어 “홍○○ 사장과 관련한 환매건 해결” 등 5가지의 해결에 우선적으로 사용할 것을 새로운 경영자 김○○을 대리하여 확인한다고 기재되어 있다. 심리과정에서 2005.3.29. 전화통화로 위 내용을 확인한 바 정확하게 기억은 없지만 본인의 서명이 있다면 그 내용은 사실이다라고 진술하고 있다.

마) 청구외법인의 (관리)이사로 1999.12월부터 2002.7월까지 근무한 적이 있다는 청구외 이○○(000000-0000000)이 2005.3.29. 작성한 확인서에는 다음과 같이 기재되어 있다.

또한, 청구외 이○○(000000-0000000)이 2004.5.14. 작성한 확인서에 의하면, 코스닥등록심사 보류판정에 따라 청구인이 책임을 지고 용퇴하기로 하고 청구인의 소유주식 대부분을 포함한 385만주를 신경영진의 대표인 김○○ 주주의 대리인인 이○○ 주주에게 확인서를 받은 후 구경영진을 대신하여 주식현물을 직접 전달한 바 있으며, 당시 재무팀장이었던 조○○를 통하여 3차 증자참여 주주 73인에게 1주당 2주씩 총 1,148,680주를 무상으로 배분하였다는 보고를 받은 바 있다고 진술하고 있다.

바) 청구인은 3차 증자과정에 참여한 주주 이○○외 72인에게 2002.10.5. 기준으로 주식 1주당 2주씩 1,148,680주를 무상으로 배분한 명세를 제출하였다.

2000년 상반기 청구외법인의 3차유상증자에 참여하여 200주를 취득한 적이 있다는 청구외 황○○(000000-0000000)의 “확인서”에 의하면, 청구외법인이 2002.3월 코스닥등록 보류판정을 받은 후 청구인은 보유주식 대부분을 신경영진의 대표인 김○○(사장)측에 전달했다는 사실을 회사담당자를 통하여 들었고 본인도 투자손실에 대한 회사차원의 보상책명목으로 1주당 2주씩 총 400주를 무상으로 받았다고 기재되어 있으며, 심리과정에서 2005.3.30. 전화통화(○○네트워크, 현장경영팀 00-0000-0000)로 위 내용을 확인하였으며 계좌이체를 통하여 400주를 받았다고 진술하였다.

사)청구외법인의 (영상사업부문)이사로 근무한 적이 있다는 민○○(000000- 0000000)의 확인서에 의하면, “2002년 3월 회사가 코스닥등록 심사에서 보류의 판정을 받은 후 당시 대표이사였던 이○○을 비롯한 구경영진과 김○○을 중심으로한 주주대표들간의 협의과정에서 등록심사 보류에 따른 경영적 책임을 지고, 이○○대표를 포함한 구경영진이 전원 용퇴하기로 임원회의를 통해 결정하고 7월 5일과 7월 6일 양일에 걸친 이○○대표와 주주대표들 간의 합의에 의거하여, 이○○ 대표는 본인 보유주식 대부분을 당시 합의에 참가했던 주주대표들에 의해 신경영진의 대표자로 추대되었던 김○○주주(이○○사장 용퇴 이후 회사의 등재이사 및 사장직무를 수행했던)측에 전달한 사실을 알고 있으며, 이를 확인합니다.”라고 기재되어 있다.

아) 청구외법인의 재무팀장으로 2000.4월부터 2002.10월까지 근무한 적이 있다고 하는 조○○(000000-0000000)의 확인서에 의하면, 3차 증자에 참여했던 주주 73인에게 손실보상분으로 1주당 2주씩 예탁계좌이체방식으로 무상배분한 실무를 담당하였으며, 잔여주식 중 많은 부분은 2002.10월 본인이 퇴직할 때까지 처분되지 않고 회사에 보관되어 있었던 것으로 기억하고 있다고 기재되어 있으며 심리과정에서 전화통화(000-0000-0000)로 내용을 확인하였다.

자) 2003.3.18. 청구인이 당시 청구외법인의 실질적인 대표인 청구외 김○○(사장)에게 보낸 내용증명우편물로 ○○○우체국에 접수(발송)한 “사직서”에는 “본인은 일신상의 이유로 주식회사 ○○스튜디오의 대표이사 및 등재이사직을 2003년 3월 17일자로 사임하고자 하오니 양지하시기 바랍니다.”라고 기재되어 있다.

차) ○○투자증권의 “거래확인서” 및 “증권입출고하실때”라는 원시원장 사본에 의하여 쟁점주식의 일부가 신경영진에게 계좌이체된 경로를 보면,

2002.7.6. 쟁점주식 중 1,701,320주가 ○○증권 ○○지점 청구인계좌(000-00-000000)에서 ○○증권의 청구인계좌(000-00-000000)로 이체되었다가, 2002.7.8. ○○증권 ○○지점 박○○ 계좌(000-00-000000)로 이체되었고,

2002.7.6. 550,000주가 ○○증권 ○○지점 김○○ 계좌(000-00-000000)에서 ○○증권 김○○ 계좌(000-00-000000)로 이체되었다가, 2002.7.8. 같은 날 세 번에 나누어 380,000주가 ○○증권 ○○지점 박○○ 계좌(000-00-000000)로 이체되었고, 150,000주가 ○○증권 ○○지점 이○○ 계좌(000-00-000000)로 이체되었으며, 20,000주가 ○○증권 ○○지점 김○○ 계좌(0000-0000)로 이체되었으며 2002.7.8. 이 업무를 실제로 수행한 사람은 청구외 박○○로 기재되어 있으며, 이를 정리하면 다음과 같다.

【쟁점주식 신경영진(김○○)에게 인계된 경로】

(단위 : 주)

2) 판 단

청구인은 청구외법인의 대표이사로서 경영상의 책임을 지고 신경영진의 대표인 청구외 김○○에게 쟁점주식을 조건 없이 포기하고 퇴임하였으므로 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고, 처분청은 청구인의 주장을 신뢰할 수 없다고 하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

첫째, 청구인은 쟁점주식을 실제 무상양도(포기 및 처분위임)하였음에도 과세전적부심사청구시 액면가인 주당 500원에 양도하였다고 허위 진술한 것은 무상으로 주식을 인수한 많은 주주 등에게 증여세가 부과될 경우 청구인에게 다시 경영에 대한 항의가 있을 것을 우려하여 그렇게 한 것이고, 처분청으로부터 액면가(500원)로 양도한 것으로 인정받아 적은 금액의 세금이 부과된다면 차라리 청구인이 납부(부담)하고 모든 일을 종료할 것으로 생각한 것이며, 심사청구시에는 실제 관련된 증빙을 제출하였으므로 사실대로 인정해 달라는 청구인의 심사청구에 대하여, 제출된 확인서 및 쟁점주식 증권계좌이체내용과 관련인인 청구외 김○○ 및 이○○, 이○○, 김○○, 박○○, 황○○, 조○○ 등 8인과의 전화통화 내용으로 보아 청구인이 청구외법인의 경영상의 책임을 지고 쟁점주식을 포기할 수 밖에 없었다는 청구주장은 신빙성이 있는 것으로 보여진다.

둘째, 사실관계에서 살펴본 바와 같이, 2002.7.15. 합의․작성한 “주식포기 및 처분 위임장”에 의하면, 주주대표 9인이 참석하고, 그 중 3인에게 3,000,000주를 포기하고 그 처분을 위임하였으며 위임받은 3인(이○○, 김○○, 박○○)과의 전화통화에서 3인 모두 본인들이 대가없이 무상으로 인수받아 처분을 위임받은 사실을 인정하고 있고, 2002.7.6. “확인증”에서 385만주를 신경영진의 대표 김○○을 대리하여 청구외 이○○이 5가지의 경우에 우선적으로 처리한다는 확인서를 작성하였고, 이를 작성한 이○○이 전화통화에서 확인서 내용을 인정하고 있다.

셋째, ○○증권의 주식입출고원장에 의하면, 쟁점주식 중 1,701,320주가 2002.7.8. 청구인계좌에서 주주대표 3인 중 1인인 청구외 박○○계좌로 이체되었고, 쟁점주식과 일부 혼합되어 처분위임된 청구외 김○○의 주식 550,000주가 2002.7.8. 김○○계좌에서 청구외 박○○(380,000주), 청구외 이○○(150,000주), 청구외 김○○(20,000주)계좌로 이체되었으며, 3차유상증자에 참여한 73인에게 1,148,680주를 무상배분한 사실이 “무상주식 배분명세” 및 “확인증”, 73인 중 2인과의 전화통화 내용에 의하여 확인된다.

넷째, 사실관계의 “쟁점주식 신경영진(김○○)에게 인계된 경로”에서 쟁점주식 중 800,000주에 대하여는 2002.7.6. 작성한 “확인증”에 나타나 있으나 청구인이 제출한 증빙만으로는 동 주식이 어떠한 사유로 누구에게 인계되었는지 여부가 명확하지 아니하여 무상양도 되었는지 여부를 판단하기는 어려운 것으로 판단된다.

다섯째, 청구외 김○○이 처분을 위임받은 쟁점주식을 어떻게 처분하였는지에 대하여 “무상주식 배분명세”를 보면, 이○○외 72인에게 1,148,680주를 무상배분하였고, 국세청의 통합전산망의 “법인별주주현황조회”에서 나타난 바와 같이 청구외법인의 자사주로 취득한 1,243,750주 계 2,392,430주(쟁점주식 중 65.5%)만 처분된 사실이 확인될 뿐 나머지에 대하여는 누구에게 어떻게 처분되었는지 확인되지 아니한다.

위 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 청구외법인의 대표이사로서 코스닥등록의 보류판정에 대한 경영상의 책임을 지고 쟁점주식을 조건 없이 포기하고 그 처분을 신경영진의 대표인 청구외 김○○에게 주주대표 3인 및 청구외 이○○을 통하여 인계한 것으로 “주식포기 및 처분 위임장”과 “확인증”을 작성한 것을 관련인들이 전화통화에서 같은 내용으로 확인서 내용을 모두 인정하고 있는 점, 쟁점주식 중 일부인 1,701,320주가 청구인계좌에서 주주대표 중 1인인 박○○계좌로 이체된 점, 3차유상증자에 참여한 73인에게 1,148,680주를 무상배분한 사실이 “무상주식 배분명세” 및 “확인증”, 73인 중 2인과의 전화통화 내용에 의하여 확인된 점 등으로 보아 청구인이 청구외법인의 경영상 책임을 지고 쟁점주식을 포기할 수 밖에 없었다는 청구주장은 신빙성이 있는 것으로 보여진다.

따라서, 처분청이 국세청 통합전산망의 “법인별주주현황조회”를 보면 청구외법인이 자사주를 취득한 경위 등을 조사하면 쟁점주식의 무상취득여부를 쉽게 알 수 있음에도 불구하고 이러한 사실조사 없이 쟁점주식이 유상양도 되고 실지거래가액이 확인되지 않는 것으로 보아 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 사실관계 조사를 소홀히 한 잘못이 있다할 것이므로, 청구인이 양도한 쟁점주식의 양도차익을 산정함에 있어서 확인서 및 관련인들의 진술내용, 이○○외 72인에게 무상배분한 내용, 계좌이체내용, 자사주취득내용 등으로 보아 유상양도 되었는지 여부가 불명확하므로 이에 대한 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.