주문
○○세무서장이 2004.10.8. 청구인에게 고지한 2004년 과세연도 양도소득세 55,224,260원의 부과처분은, 청구인이 2004.6.5 양도한 ○○도 ○○시 ○○동 134-17번지 대지 364㎡ 및 위 지상 건물 30.9㎡에 대하여 취득당시의 실지 취득가액을 재조사하여 그 결과, 실지 취득가액이 40,000,000원을 초과하는 것으로 확인되는 경우에는 그 확인된 금액을 실지 취득가액으로 하여 이 건 과세표준과 세액을 경정하되, 실지 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 이를 취소합니다.
이유
1. 처분내용
청구인은 2003.2.27 주택투기지역으로 고시된 ○○도 ○○시 ○○동 134-17번지 소재의 대지 364㎡ 및 위 지상 건물 30.9㎡(이하 모두를 “쟁점부동산”라 한다)를 1999.11.29. 취득하여 2004.6.5. 양도하고 양도가액은 실지거래가액인 308,000,000원으로, 취득가액은 그 금액이 불분명한 것으로 보아 양도당시 실지거래가액을 기준시가로 환산한 210,443,650원으로 하여 양도차익을 산정하여 2004.6.25. 처분청에 양도소득세를 예정신고․납부하였다.
처분청은 쟁점부동산의 양도차익을 계산함에 있어 취득가액은 검인계약서상 취득가액 40,000,000원으로 하고, 양도가액은 청구인이 신고한 308,000,000원으로 하여 2004.10.8. 청구인에게 2004년 과세연도 양도소득세 55,224,260원을 경정․고지하였다.
청구인은 이에 불복하여 2004. 11. 12 이 건 심사청구를 제기하였다.
2. 청구주장
처분청은 쟁점부동산의 취득당시 작성된 검인계약서상의 금액을 취득가액으로 보아 이 건 부과처분을 하였으나, 소득세법 규정에는 검인계약서상 금액을 취득 또는 양도가액으로 인정하거나 추정하는 규정이 없고, 판례에서도 검인계약서상의 금액을 실지거래가액으로 인정한 사례를 발견할 수 없으며, 통상 검인계약서는 등록세, 취득세를 산정하기 위한 과세시가표준액에 준하는 금액으로 작성되고, 그 금액도 국세청의 기준시가보다도 낮은 금액으로 작성되는 현실로 볼 때, 검인계약서를 실지거래가액으로 볼 수 없는 것이므로, 쟁점부동산의 취득당시 매매계약서 등 증빙서류의 분실로 인해 실지 취득가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제시할 수 없어 소득세법에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 하여 양도차익을 계산하여 신고한 것은 정당함에도 처분청이 검인계약서상의 금액을 실지 취득가액으로 보아 과세한 것은 부당하다.
3. 처분청 의견
쟁점부동산의 취득시기가 1999.11.29임에도 취득당시 실지계약서 등 증빙서류가 없다는 이유로 취득금액을 환산하여 적용한 것은 양도소득세를 부당히 감소할 목적으로 보이므로, 검인계약서의 금액을 실지거래가액으로 본 것은 정당하고, 검인계약서의 금액이 실지거래금액이 아니라고 주장하면서도 실지계약서 등 증빙서류를 제출하지 아니하는 것은 모순된 논리이므로 이 건 부과처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁 점
취득당시 검인계약서상의 매매대금을 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부
나. 관계법령
○ 소득세법 제96조【양도가액】
① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 실지거래가액이라 한다)에 의한다.
6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우
6의 2. 당해지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우
○ 소득세법 시행령 제162조의 3【지정지역 기준 등】
① 법 제96조 제1항 제6호의 2에서 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제162조의 4의 규정에 의한 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역(이하 지정지역이라 한다)을 말한다. 이 경우 건설교통부장관이 다음 각호의 1에 해당하나 지정요청하지 아니한 지역에 대하여는 재정경제부장관이 건설교통부장관으로부터 그 사유를 받아 이를 부동산가격안정심의위원회에 회부하여 심의를 받아야 한다.
○ 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】
① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
나. (생략)
다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액
○ 소득세법 제100조【양도차익의 산정】
① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액․감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액․감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액․감정가액․환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액․감정가액․환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.
○ 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정경정 및 통지】
④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액․매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
○ 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】
① 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 취득에 소요된 실지거래가액이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.
1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용․화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 다목에서 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액이라 함은 제176조의 2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다.
○ 소득세법 시행령 제176조의 2 【추계결정 및 경정】
① 법 제114조 제5항에서 대통령령이 정하는 사유라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 감정평가법인이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제114조 제5항에서 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액
양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가
제3항 제1호의 매매사례가액 × ―――――――――――
또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가
③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액
4. 기준시가
다. 사실관계 및 판단
1) 쟁점부동산은 양도당시 투기지역으로 고시된 지역 내에 소재하고 있어 실지거래가액 과세대상인 사실과 실지 양도가액이 308,000,000원인 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.
2) 이 건 부과처분 경위에 대하여 보면, 처분청은 청구인이 쟁점부동산의 취득가액을 확인할 수 있는 계약서 등 증빙서류를 제시하지 아니하고, 그 취득가액을 환산가액으로 양도차익을 산정하여 신고․납부하자, 쟁점부동산의 취득가액을 확인하는 구체적인 사실관계 조사 없이 검인계약서상의 금액을 취득가액으로 보아 이 건 부과처분한 것으로 나타난다.
3) 위 검인계약서를 보면, 총 매매대금을 40,000,000원으로 하고, 매매대금은 계약일인 1999.11.27 일시에 수령하는 것으로 하여 매도인 박○○과 청구인간 계약된 것으로 되어 있고, 1999.11.29 접수번호 10825호로 ○○시장의 검인을 받은 것으로 나타난다.
4) 국세청 전산조회자료에 의하면, 매도인 박○○은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 28번지 ○○아파트 ○○동 ○○호에 거주하는 것으로 나타나며, 박○○의 양도소득세는 기준시가에 의하여 결정한 것으로 나타난다.
5) 한편, 쟁점부동산의 취득당시의 기준시가를 보면, 토지 43,680,000원 (364㎡×120,000원), 건물 1,898,681원, 합계 45,578,681원으로 검인계약서상 금액보다 높고, 양도당시의 기준시가를 보면, 토지 66,707,800원(364㎡×178,000원), 건물 1,915,800원 합계 66,707,800원으로, 쟁점부동산의 실지 양도가액 308,000,000원의 21.6%에 불과한 것으로 나타나는데, 쟁점부동산의 등기부 등본에 의하면, 1999.12.9 채무자를 청구인으로 하고 근저당권자를 ○○시○○협동조합으로 하여 채권채고액 22,500,000원의 근저당권 설정등기를 한 것으로 나타난다.
6) 이에 대해 청구인은 검인계약서의 금액은 취득세, 등록세 등의 납부를 위해 작성된 것으로 쟁점부동산의 실지 취득금액은 아니라고 주장하며, 2004.12월경 청구외 법무사 양○○이 작성한 확인서를 제시(이건 심리 중에 제출)하고 있는데, 그 내용을 보면, 자신은 1999.11월 말경 청구인으로부터 쟁점부동산의 소유권이전 등기신청 업무를 대행한 바 있는데, 부동산등기권리증〔현재 청구외 (주)○○센스빌에서 보관〕에 첨부되어 있는 붙임 검인계약서는 ○○시청에서 통보받은 검인계약서와 같은 것으로 자신의 사무실에서 정형화 된 서식에 직접 작성한 등기신청 서류의 하나이며, 동 계약서에 표기된 매매금액 4천만원은 등록세, 인지세, 국민주택채권의 매입 등 법적 소요금액의 산출기준이 되는 지방세과세시가표준액에 준하는 금액을 형식에 맞춰 작성일을 계약당일(11.27)로 하고 당일 청산한 것으로 표기하였을 뿐이고, 중개와 관련하여 중개인이 실제 작성한 계약서를 청구인 등 관련인으로부터 인도받아 그 거래금액으로 작성하여 검인을 받은 계약서는 아니다라는 취지의 내용으로 작성되어 있으며, 확인서에 첨부된 검인계약서는 처분청이 제시하는 검인계약서와 동일한 것으로 나타난다.
7) 판단컨대, 관련법령을 종합하여 보면, 거주자가 투기지역으로 고시된 지역 내에 소재하는 부동산을 양도하는 경우 그 양도차익은 실거래가액에 의하는 것이고, 거주자가 실거래가액에 의하여 양도소득세를 신고한 경우 신고한 실거래가액이 조사결정한 실거래가액과 다른 경우 조사결정한 실거래가액에 의해 양도소득세를 경정하도록 규정하면서, 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 취득당시의 실거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가를 순차적으로 적용한 가액을 그 취득가액으로 하도록 규정하고 있다.
8) 한편, 실지 취득가액이라 함은 거래당시 취득자가 자산을 양수함에 있어 그 대가로 실지 지급한 가액으로서 매매계약서 기타 증빙서류 등에 의하여 확인되는 가액을 말하므로, 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되어 검인계약서상의 금액을 쟁점부동산의 취득당시 실지 취득가액으로 볼 여지는 있으나, 이 건의 경우, 청구인에게 쟁점부동산을 양도한 청구외 박○○이 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 28번지 ○○아파트 ○○동 ○○호에 거주하고 있어 그에 의하여 확인하는 방법 등으로 그 실지 거래가액을 확인할 수 있는 것으로 보여지므로, 청구인의 주장과 같이 취득당시 매매계약서 등 증빙서류를 분실하였다하여 그 취득가액이 불분명하다고는 단정할 수 없는 것이고, 처분청 역시 이 건 검인계약서상의 금액이 기준시가보다 미달하고, 법무사 양○○은 동 검인계약서상의 금액은 등록세 등 법적 소요금액의 산출기준이 되는 지방세 과세시가표준액에 준하는 금액을 형식에 맞춰 작성한 것으로 중개인이 실제 작성한 계약서를 인도 받아 작성한 것은 아니라고 하고 있으며, 통상 검인계약서상의 금액은 실지 거래가액과 차이가 있는 것이 일반적인 현상인 것으로 볼 때, 위 양도자인 박○○에게 확인하는 방법 등으로 실지 취득가액을 확인할 필요성이 있었는데도 불구하고 이를 확인하려는 노력도 없이 검인계약서를 쟁점부동산의 실지 취득가액을 본 것은 사실관계에 대한 조사가 미흡하였던 것으로 보인다.
9) 따라서, 처분청은 쟁점부동산의 실지 취득가액을 조사하여 그 결과 쟁점부동산의 실지 취득가액이 검인계약서상의 금액과 같거나 그에 미달하는 것으로 확인되는 경우에는 이 건 부과처분은 결국 정당하다 할 것이나, 실지 취득가액이 검인계약서상의 금액을 초과하는 것으로 확인되는 경우에는 그 금액을 취득가액으로 양도차익을 산정하여 과세표준과 세액을 경정함이 타당하며, 재조사한 결과 실지 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 이 건 부과처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.
5. 결론
이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.