주문

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

이유

1. 처분내용

처분청은 청구법인 및 대표이사 최○○의 관세법위반 및 외국환거래법위반 사실에 대한 ○○세관의 조사내용 ․ ○○중앙지방검찰청의 수사결과 및 기소내용 ․ ○○중앙지방법원의 판결내용과 관련하여 세무조사를 실시한 바, 그 결과 청구법인은 20 01.10.18. - 2004. 6. 1. 기간동안 ○○공항 세관을 통하여 미국A○○사로부터 의료기기 “카데터”(CATHTER)를 수입하면서 세관에 수입신고시 다음과 같이 실제수입가격보다 높게 허위로 수입신고한 사실을 확인하였다.

(단위: 원)

청구법인은 상기의 수입신고 과다금액으로 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받아 부가가치세매입세액을 공제하였으며, 동 과다금액으로 청구법인의 소득금액계산상 매입원가로 계상하여 이후 비용으로 전액 손금산입하였다.

이에 처분청은 상기의 수입신고 과다금액 1,594,431,978원에 대한 수입세금계산서는 부당한 세금계산서로 보아 청구법인이 기공제한 부가가치세 매입세액 159,443, 197원을 불공제하였으며, 과다신고금액을 전액 매출원가비용으로 계상한 금액 1, 492,616,639원에 대하여 가공원가로 보아 세무상 소득금액 계산에 있어 손금불산입하고 추가 세무조사 결과내용인 기타 매출누락과 관련 가산세를 가산하여

부가가치세액 272,238,240원, 법인세액 373,496,230원 총세액 645,734,470원을 2005. 2.14. 경정․고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005. 5. 7. 이 건 이의신청을 청구하였다.

2. 청구주장

처분청은 당초 ○○중앙지방검찰청에 의하여 청구법인 및 청구법인의 대표이사가 관세법위반 및 외국환거래법위반으로 기소된 내용 및 ○○중앙지방법원의 판결내용의 사실을 근거로 이 건 과세처분을 한 것이다.

청구법인은 ○○지방법원의 판결에 항소하여 현재 2심 재판이 계류 중에 있으므로 관세법위반 및 외국환거래법위반의 사실관계가 확정되지 아니한 상태이나, 처분청은 세무조사를 실시하여 미확정 사실관계를 그대로 과세처분한 것으로

미확정 사실관계 상태에서 과세한 처분청의 처분은 취소 되어야한다.

3. 처분청 의견

처분청의 과세처분은 세무조사과정에서 청구법인 및 청구법인 대표이사의 관세법위반 및 외국환거래법위반에 대한 ○○세관 및 ○○중앙지방검찰청의 조사결과내용, ○○중앙지방법원의 1심 판결내용을 참고하였으나, 독립적으로 과세요건을 판단하고 과세소득 및 세액을 확정한 것이다.

세무조사 결과 청구법인이 외국에서 의료기기 물품을 수입함에 있어 세관에 수입금액을 과다신고 된 사실이 확인되어 세무상 문제에 대하여 세법에 따라 유효하게 처분한 것이므로 별개의 관세법위반 등의 사건에 대해 현재 재판이 진행 중이라는 사유로 당초처분을 취소할 수 없다.

다만, 이후 법원의 확정판결의 내용이 과세소득 및 세액을 변경시키는 사유에 해당되는 경우에는 국세기본법 제45조의 2 규정에 따라 경정청구하는 것이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

과세처분의 근거가 된 관세법위반 사건 등이 현재 재판이 계류 중이므로 사실관계가 미확정 상태로 보아 당초의 과세처분을 취소할 수 있는지 여부

나. 관련법령 등

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.(이하생략).

③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다.

○ 부가기치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】

법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 국세기본법 제45조의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 미국의 A○○사 등으로부터 의료기기를 수입하여 국내의 종합병원 등에 판매하는 법인이다.

청구법인 및 청구법인의 대표이사 최○○은 ○○세관장에 의하여 의료기기 수입과 관련하여 관세법위반 등의 혐의가 확인되어 ○○중앙지검에 고발되었으며, ○○중앙지검은 수사 후 청구법인의 대표이사 최○○을 과세법위반 및 외국환거래법위반으로 기소하였음. 검찰의 공소사실은 다음과 같다.(요약)

가. 2001. 3. 일자 미상-2003.10.14. 기간동안 미국의 A○○사로부터 심방증격결손폐쇄 시술용 의료부품(Ampiatzer Septal Occluder, 인조포) 및 의료기기 등을 수입하면서 세관장에 수입신고를 아니함.

- 범죄일람표 금액: 미화 318,235불(약 409,318,395원, 시가 609,035,855원)

나. 2003. 2.26.-2003. 5.20. 기간동안 미국의 A○○사로부터 수입한 심방증격결손폐쇄 시술용 의료부품(Ampiatzer Septal Occluder)인 인조포는, 모델번호가 0-PDA-000, 0-PDA-000으로 동 의료부품은 ○○청으로부터 수입품목허가를 받아야하는 품목이나 허가를 피하기 위하여 모델번호를 0-ASD-000, 0-ASD-000로 기재하여 수입함으로서 수입허가를 받지 아니하고 부정으로 수입함.

- 범죄일람표 금액: 미화 62,500불(약 75,688,875원, 시가 112,399,461원)

다. 2001.10.18.-2004. 6. 1. 기간동안 ○○공항 세관을 통하여 미국 A○○사로부터 의료기기 “카데터”(CATHTER)를 수입하며 수입신고하면서 동 물품의 수입신고가격이 ○○평가원에서 판매가격을 책정하는 기준으로 사용된다는 것을 이용하여 판매가격을 높게 책정받기 위하여 수입통관신고시 수입가격을 총 110회 허위로 높게 신고함.

- 범죄일람표 금액: 실제수입금액 미화 3,241,122불, 신고금액 미화 4,426,180불 라. 거주자와 비거주자간의 거래 또는 행위에 따른 채무의 결제에 있어 거주자가 외국환업무취급기관을 통하지 아니하고 지급하는 경우에는 ○○은행총재에게 신고하여야 함에도 신고를 하지 아니한 채, 2001.11.16. 수입미신고(밀수)한 의료부품 등의 대금을 송금하기 위하여 청구법인의 대표이사 최○○이 미화 40,000불권 개인수표를 특송화물(TNT서비스)을 이용하여 2002. 7.12.까지 총5회에 걸쳐 미화 140,378불을 미국의 A○○사에게 지급하여 외국환관리법을 위반함.

- 범죄일람표 금액: 지급금액 140,378불

(2) 청구법인 및 대표이사 최○○에 대한 ○○중앙지검의 상기 공소사실에 대하여서 ○○중앙지법은 2004.10.21. 약식명령으로 각 피고인 벌금 3천만원 추징금 60 9,035,855원을 결정하였으나, 청구법인 및 대표이사 최○○은 이에 불복하여 20 04.10.29. 정식재판을 청구하였으며, 2005. 2. 3. ○○중앙지법은 공소사실을 이유로 하여 대표이사 최○○ 징역 10월 및 벌금 500만원, 청구법인 벌금 2천만원 각 피고인 각자 추징금 609,035,855원을 판결하였다.

이에 대하여 청구법인 및 대표이사 최○○은 공소사실 가, 나, 라의 사실은 인정하나, 동 “다”, 즉 수입통관신고시 수입가격을 총 110회 허위로 높게 신고하였다는 사실(실제수입금액 미화 3,241,122불, 수입신고금액 미화 4,426,180불)에 대하여는 판결에 불복하여 2004. 3. 8. 항소하였으며 현재 재판이 계류 중에 있다.

(3) 한편, 처분청은 검찰의 공소내용과 법원의 재판의 진행사항과 별개로 청구법인에 대해 2004. 9. 6. - 10. 28. 기간동안 세무조사를 실시하였으며, 그 과정에서 청구법인이 관계법령을 위반하여 검찰에 의하여 기소되었고, 법원에 재판이 진행되고 있음을 확인하였음. 세무조사결과 확인된 결과에 따라 청구법인이 세법상 과소신고․납부한 부가가치세액 및 법인세액을 다음과 같이 고지․처분한 것이다.

(단위: 원)

총세액: 645,734,470원

(4) 이에 대하여 청구법인은 이 건 이의신청을 청구하면서, 상기의 검찰의 공소사실 중 가, 나, 라에 대한 추징세액 고지처분은 이의를 제기하지 아니하나, 동 “다”, 즉 수입통관신고시 수입가격을 허위로 높게 신고하였다는 사실에 대하여는 법원의 1심 판결에 불복하여 현재 2심의 재판이 계류 중이므로 그 사실여부가 미확정 상태이며, 이러한 미확정 상태에서 과세한 처분청의 처분은 취소되어야 한다는 주장이다.

(5) 검찰의 공소사실 “다”에 대한 ○○중앙지밥법원의 판결문[2004고단6623, 20 04고정3112(병합) 2005. 2. 3.]의 인정사실은 다음과 같다.(요약)

-. 채용증거물들, 그 중에서도 특히 경찰압수조서 및 과다신고와 관련한 서류철(수사기록 131-138쪽, 증인 정○○의 법정진술)은 위조된 것으로는 인정되지 않는다

-. 피고인 (주)○○(이의신청 청구법인)의 수입, 통관, 대급지급 등 국제영업업무는 피고인 최○○의 사위이자 (주)○○의 상무였던 정○○, 그리고 ○○리(○○Lee), 김○○(○○Kim)등이 담당하였으며, ○○평가원에서 판매가격을 높게 책정받기 위하여 필요하다며 수입회사들을 설득하여 높은가격(Overvalue)의 인보이스를 보내줄 것을 요청하고 수락받은 사실이 있으므로 관세법을 위반한 사실이 인정되어 피고의 주장은 이유 없다.

(6) 과세관청이 세무조사결과 과세한 고지처분세액이 이후 법원의 확정판결 등의 후발적인 사유로 인하여 그 세액이 달라지는 경우 납세자 권리를 위해 국세기본법 제45조의 2 제2항에서는 다음과 같이 규정하고 있다.

과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

- 제1호: 최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

이상의 내용을 종합한 바, 이 건은 처분청이 비록 청구법인 및 대표이사의 관세법위반 및 외국환거래법위반에 대한 ○○중앙지방검찰청의 공소내용 및 ○○중앙지방법원의 판결내용을 참고하여 세무조사 하였으나, 독립적으로 과세요건을 판단하고 과세소득 및 세액을 확정한 유효한 처분이므로 현재 재판이 진행 중이라는 사유로 당초처분을 취소할 수 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.