주문

○○세무서장이 2004. 7. 8. 청구법인에게 한 부가가치세 2000년 제1기분 1,029,430원, 2000년 제2기분 61,014,750원, 2003년 1기분 12,166,570원, 법인세 2000사업연도분 132,954,760원, 2003사업연도분 1,906,200원 합계 209,071,710원의 각 부과처분은

1. 2000사업연도분 법인세 132,954,760원의 부과처분은 이를 취소한다.

2. 나머지 청구인의 주장은 이를 기각한다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에서 건설폐기물을 처리하는 사업을 하고 있는 법인으로, 2000년과 2003년에 (주)○○개발로부터 건설폐기물 운송용역비로 408,458천원(이하 “쟁점금액”이라 함)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 함)를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하고, 법인세 신고시 손금으로 산입하였다.

○○세무서장(이하 “처분청”이라 함)은 청구법인에 대한 세무조사를 하여 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금산서로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입하여 2004. 7. 1. 청구법인에게 부가가치세 2000년 1기분 1,029,430원, 2000년 2기분 61,014,750원, 2003년 1기분 12,165,570원, 법인세 2000년 귀속 132,954,760원, 2003귀속 1,906,200원 합계 209,071,710원을 경정. 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2004.10. 5. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구취지 및 이유

가. 청구취지

처분청이 2004. 7. 8. 청구법인에게 한 부가가치세 2000년 1기분 1,029,430원 2000년 2기분 61,014,750원, 2003년 1기분 12,166,570원, 법인세 2000사업연도분 132,954,760원, 2003사업연도분 1,906,200원 합계 209,071,710원의 각 부과처분을 취소한다.

나. 청구이유

청구법인은 보유차량이 극소수인 형편으로 청구법인이 수주한 건설폐기물을 운반하기 위해서는 중기를 임차할 수밖에 없는 상황으로, (주)○○개발과 건설폐기물 운반계약을 체결, 폐기물을 운반하게 한 후, (주)○○개발로부터 쟁점세금계산서를 수취하고 그 대금을 지급한 정상거래이므로 이 사건 부과처분은 부당하다. 처분청에서 (주)○○개발과의 거래를 부인하더라도 대금지급관계나 ○○군의 폐기물 수집. 운반차량증 발급현황을 보면 개별차주 중기를 이용하여 건설폐기물을 운반하였음이 확인되므로 최소한 위장거래로 인정하여야 한다.

3. 처분청 의견

청구법인의 예금계좌에서 인출된 금액이 (주)○○개발에 현금지급 되었는지가 분명하지 않고, 개별중기업자들이 (주)○○개발로부터 운반비를 실제로 지급받았는지도 명백하지 아니하며, 또한 청구법인은 실제 폐기물운송업자를 차량소유자 변경 등을 사유로 전부 밝히지 못하고 있으며, 실제 폐기물을 운반하였다는 지입차주들의 확인서가 전혀 제시되지 않았고 단지 청구법인과 (주)○○개발의 대표자 확인서만 제출하고 있는 등 구체적인 대금결제내역의 제시가 없어 정상거래로 인정하여야 한다는 청구주장은 타당하지 아니하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액이 정상거래인지 또는 가공거래인지 여부

나. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의부자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. (1993.12.31. 개정)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액 (이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995.12.29. 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생략)

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 정부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994.12.22. 개정)

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 제67조 【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여. 배당. 기타 사외유출. 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

다. 사실관계 및 판단

○ 사실관계

가) 청구법인은 2000. 1.14.부터 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에서 폐기물수집운반업 및 중간 처리업을 하고 있는 법인으로, 2000년과 2003년에 (주)○○개발로부터 공급가액 408,458,720원의 쟁점세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제 및 법인의 손금에 산입하여 법인세 신고를 하였다.

나) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과, (주)○○개발이 소유차량이 전혀 없는 법인으로 청구법인과 차량임대차 계약을 체결하여 거래하였다고 볼 수 없고, 대금결재 등 거래사실을 확인한 바 제시한 계약서와 결제조건이 상이하며 대부분 현금결제 하였다고 주장하여 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 하였다.

다) 처분청은 2004. 4.16. 과세전적부심사청구에 대하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당한 것으로 판단되나 폐기물인계서 등에 의하여 실제로 폐기물운송용역이 발생한 것으로 확인되므로 청구법인이 제시한 폐기물인계서 등 제 증빙에 의하여 청구법인의 폐기물운송용역에 대한 실거래 내용을 재조사하여야 한다는 결정을 하였다.

라) 처분청은 2004. 6. 청구법인에 대한 재조사 결과, 쟁점세금계산서 수취금액 중 (주)○○개발에 폰뱅킹방법으로 지급한 것으로 확인된 금액 142,770,000원(공급대가)에 대하여 위장거래로 판정하고, 나머지 청구법인의 예금통장에 현금인출로 기표된 것에 대하여는 (주)○○개발에 대금지급 여부가 불분명하다고 보아 당초와 같이 가공거래로 확정하여 이 사건 부과처분을 하였다.

               세금계산서 수취내역 및 대금결제내역

                                                                  (단위: 원)

마) 청구법인은 쟁점세금계산서상의 폐기물 운송용역을 실제로 제공한 차량별 폐기물 운반명세 및 거래사실확인서, 폐기물인계서, ○○군청의 임시 폐기물수집. 운반차량증 발급관련 공문 등을 제시하고 있다.

○○군청의 공문에는 청구법인이 건설폐기물을 수집하여야 할 현장과 운반차량번호 등이 기재되어 있으며, 동 차량의 소유자는 각각 사업자등록을 한 것으로 국세청 전산자료에 의하여 확인되고, 폐기물인계서에는 폐기물 배출자, 운반자, 처리자의 날인과 폐기물 운반량이 기재되어 있다.

바) 처분청의 재조사 종결보고서에 의하면, 처분청은 청구법인이 제출한 폐기물 수집 및 운반 계약서 및 폐기물인계서를 통하여 청구법인의 폐기물 관련 주 매출처를 확인한 바, 학교 및 관공서 등으로부터 발주된 공사가 대부분으로 수입금액에 대하여는 성실하게 신고한 것으로 판단한 점 및 운반차량을 보유하고 있지 아니한 청구법인으로서는 외부에서 운반차량을 수배할 수밖에 없었다고 추정된다고 기재되어 있다.

○ 판단

가) 우선, 청구법인과 (주)○○개발 사이에 쟁점세금계산서 관련 정상거래가 있었는지에 대하여 살펴본다.

청구법인이 임시 폐기물 운반차량증을 발급받기 위하여 ○○군에 제출한 장비임대계약서에 의하면 (주)○○개발이 아닌 개별 중기업자들과 장비명칭, 규격, 일일임대료 등을 적시하고 건설기계등록증을 첨부하여 장비임대차 계약을 체결한 것으로 되어 있는 점, 개별 중기업자들이 청구법인과 직접 장비임대차 계약을 체결하고 청구법인의 통제 하에 건설폐기물을 운반하였으나 세금계산서는 운반을 알선해 준 (주)○○개발에 발급하였고 그 대금도 (주)○○개발을 통하여 수령한 사실이 있다고 확인하고 있는 점 등에 비추어 보면, 청구법인이 (주)○○개발이 아닌 개별 중기업자들로부터 직접 폐기물운반용역을 제공받았다고 보여진다. 따라서 쟁점세금계산서를 사실과 다르게 기재된 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 타당하다고 판단된다.

나) 다음으로, 쟁점금액이 위장거래인지 여부를 살펴본다.

청구법인이 개별 중기업자들과 직접 장비임대차 계약을 체결한 점, ○○군청의 임시 폐기물 운반차량증 발급 공문에 건설폐기물을 수집할 현장과 운반차량번호 등이 기재되어 있는 점, 위 임시 폐기물 운반차량증이 발급된 개별 중기업자의 사실확인서, 폐기물인계서 및 차량별 폐기물 운반명세에 의하여 개별 중기업자들이 쟁점금액 상당의 폐기물을 운반한 사실이 인정되는 점, 처분청의 재조사 종결보고서에 의하여 청구법인의 폐기물 관련 매출액은 정상 신고되었으며, 보유차량이 거의 없는 청구법인으로서는 외부에서 운반차량을 임대할 수밖에 없는 부득이한 사정이 존재하고, 일부 금융거래가 확인되는 부분에 대하여는 위장거래로 판정한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 보면, 청구법인은 쟁점금액 상당의 건설폐기물 운반용역을 위 개별 중기업자들로부터 직접 제공받고 세금계산서는 (주)○○개발로부터 수취한 것으로 보여진다. 그러므로 위 개별 중기업자들이 쟁점금액 상당의 폐기물운반용역을 청구법인에게 직접 제공하였다고 이전되므로 해당 과세자료를 개별 중기사업자의 관할 세무서장에게 통보하는 것으로 하고, 쟁점금액은 청구법인의 각 사업연도 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결론

이 건 이의신청은 심의결과 청구인의 청구주장은 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.