주문

○○세무서장이 2002. 9. 5. 청구인에게 고지한 양도소득세 200,000,000원의 부과처분은 이를 취소합니다.

이유

1. 처분내용

- 청구인은 ○○구 ○○동 ○○번지 외 3필지 2,737㎡ 및 ○○구 ○○동 ○○번지 외 4필지 4,264㎡ (이하 “쟁점토지”라고 함)를 1983.11.22. 취득하여 2002. 5.31. 청구 외 ○○ 및 ○○에게 총매매대금 1,610백만원에 매도하였다.

- 청구인은 쟁점토지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지로서 조세특례제한법 제 69조 규정에 의한 양도소득세 감면대상으로 보아 감면한도인 200,000,000원을 공제한 104,950,580원을 2002. 6.12. 양도소득세 자진신고와 함께 자진 납부하였다.

- 처분청은 동 부동산 양도신고에 대하여 2002. 6월 양도소득세 현지 확인 조사를 하고, 인근 ○○동 ○○번지에서 16년간 거주하면서 농사를 대리경작하고 있는 ○○의 진술 등에 따라 청구인이 실지 자경한 사실이 없는 것으로 판단하고, 청구인이 양도소득세 신고시 감면세액으로 공제한 200,000,000원을 감면대상에서 제외하여 2002. 9. 5. 경정 ․ 고지하였다.

2. 청구주장

(1) 청구인은 1969년부터 ○○구 ○○동 ○○번지에서 산부인과 의원을 운영하여 오던 중 청구인이 젊었을 때의 꿈인 기독교 계통의 미션스쿨을 설립하기 위하여 학교부지로 ○○구 ○○도 ○○번지, ○○, ○○, ○○번지 및 ○○, ○○, ○○, ○○번지의 토지 7,001.6㎡를 1983.11.22. 취득하게 되었으며,

(2) 쟁점토지의 면적이 협소하여 주변 토지를 더 취득하려고 하였으나, 주변토지는 국방부 소유 및 ○○여자실업중고등학교 소유 토지로서 매물이 없어 학교설립이 난관에 부딪히게 되자 쟁점토지를 방치할 수 없어 농작물을 경작하게 되었다.

(3) 청구인의 나이가 66세인 1986. 4월 청구인은 안구건조증으로 눈물이 자주 흐르게 되어 환자 진료가 불편해짐에 따라 1986. 4. 1.부터 청구 외 ○○와 공동사업을 시작하였는 바, 동업조건은 청구인의 병원건물을 무상으로 사용케 하고 진료와 병원업무에 참여하지 않는 대신, 청구 외 ○○가 진료행위 등 병원운영 전반을 담당하고 의료업에서 발생하는 소득은 각각 50%씩 분배하는 조건이었으며, 이러한 공동사업은 현재 공동사업자인 ○○정형외과의원 ○○와도 동일 조건으로 현재까지 유지되고 있다.

(4) 공동사업 이후 청구인은 적극적으로 사회봉사활동에 참여하게 되었고 1989년부터 ○○시 ○○구 ○○동에 소재하는 아동복지시설인 사회복지법인 ○○의 업무에 참여하면서, 1989.11.27. 청구인이 이사장으로 취임하게 되었는 바,

(5) 청구인이 ○○의 이사장으로 취임한 직후인 1990년부터는 복지시설의 재정적 어려움에 보탬이 되고자 쟁점토지에서 수확한 농산물 중 일부를 ○○에 무상으로 제공하기 시작하였으며, 쟁점토지는 공부상으로는 논으로 되어있으나 천수답인 관계로 논농사가 어려워 고구마, 시금치, 파 등 밭작물을 경작하였으나 소출이 부진하였고 시기적절하게 일꾼을 구하기가 곤란하였는 바, 이러한 관계로 젊어서 농사를 지은 경험이 있는 청구 외 김○○을 청구인의 운전기사로 채용하여 김○○이 필요에 따라 일꾼을 조달하여 경작을 하였으며, ○○ 업무 이후 자원봉사자와 ○○에 수용 중인 청소년들도 농사일을 거둔 적이 많았으며, 수확한 농산물 중 일부는 ○○ 수용아동을 위한 부식으로 사용하였다.

(6) 이와 같이 매년 농사를 지어오다가 2002. 6월 쟁점토지를 청구 외 ○○에게 양도하고 쟁점토지가 8년 이상 자경농지이므로 양도소득세 감면신청서류를 첨부하여 부동산 양도신고를 하였으나, 처분청은 동 양도건에 대하여 조사 예고통지를 한 적도 없고, 청구인을 상대로 조사한 바도 없으며, 조사 이후 세무조사 결과통지를 한 바도 없이 이 건 양도소득세를 결정 고지하였다.

(7) 처분청은 이 건 처분의 근거가 청구인이 ○○정형외과의원과 복지법인인 ○○을 운영하고 있고, 쟁점토지를 쟁점토지의 인근 주민들이 무상으로 사용하고 있으므로 청구인이 자경한 것으로 볼 수 없었다는 주장이나, 의료업은 앞에서 언급한 바와 같이 공동사업자로 되어 있을 뿐, 병원업무에 참여한 적이 없고 쟁점토지를 인근주민들이 무상으로 사용하였다는 처분청의 주장은 청구인이 소문에 들은 바에 의하면 쟁점토지의 주변토지가 국가소유(국방부) 및 학교소유 토지로 되어 있어 인근 주민들이 이들 토지를 무상으로 사용하고 있다고 하는 바, 처분청은 이를 쟁점토지로 잘못 파악한 것으로 판단된다.

(8) 쟁점토지의 자경여부와 관련한 확인 내용은 아래와 같다.

① 병원 공동사업자 ○○, ○○: 청구인은 병원업무에 관여하지 않았으며, ○○동 농지도 ○○ 직원 및 수용 학생들과 직접 자경한 것으로 알고 있음

② 인근주민 ○○: 청구인의 운전기사 김○○은 학교후배로 쟁점토지 경작시 경운기 및 인력을 소개하였고, 청구인이 쟁점토지의 객토 및 배수처리 등으로 몇 백만 원의 비용을 지출하였음을 알고 있음

③ ○○(1996~1999 4년간 쟁점토지 소재지 농지위원장으로 근무): 본인이 농지위원회장으로 근무 당시 쟁점토지의 경작을 ○○ 직원 및 원생들이 경작하고 있는 것을 보았으며, 바쁜 철에는 이곳 주민들이 일당을 받고 일을 한다는 이야기를 들은 바가 있음

④ ○○동 농지위원 ○○, ○○동 ○○통 통장 ○○: 2001년 2, 3월경 쟁점토지에 청구인이 비용을 들여 객토한 사실을 알고 있음

⑤ 계분 공급업자 ○○: 본인은 1970년부터 2000년까지 ○○읍 ○○리에서 양계업을 하던 사람으로 ○○원장이 ○○ 직원 및 아동들과 함께 직접 영농한 사실을 알고 있으며 본인 또한 말린 계분을 1990년 1월 1.5톤 제공을 시작으로 겨울철 매 1월이나 2월에 1.5톤급 본인 소유의 차로 총4회 1.5톤씩 6톤 정도 무상공급한 사실이 있음

⑥ ○○ 자원봉사자 ○○: 본인은 1992년부터 ○○의 자원봉사자로 매달 한번씩 ○○을 방문하여 청소, 요리 등의 봉사활동을 하였으며 1994년부터 수년간은 ○○동에 있는 농장에서 경작한 시금치, 고구마, 들깨 등을 ○○ 식당에서 조리재료로 사용한 사실이 있음

⑦ ○○ 출신 청년들(○○외 8명): ○○에 거주했던 학생들로 ○○ 거주시 ○○동 소재 ○○ 농장에 가서 1992. 3월부터 고구마, 들깨, 시금치, 배추, 무, 콩 등을 경작하여 수확한 사실이 있고 이 들 수확한 농작물은 ○○에 가져다가 부식으로 사용하였음

⑧ 청구인 운전기사 ○○: 본인은 ○○원장의 운전기사 및 ○○ 남자 아동 담당 보육사로서 ○○동 농지의 농작물 경작담당을 겸임하고 있었는 바, 농작물의 파종 및 수확에 이르기까지 전 분야를 담당하였으며 일손은 그때그때 상황에 따라 조달하였고, 특히 교회 여전도회 회원님들의 도움을 많이 받았으며 토요일 오후 및 일요일 ․ 공휴일은 ○○의 중 ․ 고생들에게 영농지도를 하여 경작을 하였고 씨앗은 ○○도 소재 ○○ 종묘사로부터 공급을 받았으며 비료는 ○○농장 ○○씨로부터 말린 계분을 무상으로 공급받아 사용하였음

(9) 조세특례제한법 기본통칙 69-0․ ․ ․3 제1항에서 자경의 정의를 『법 제69조 제1항의 규정을 적용 받을 수 있는 자경농지는 농지소재지에서 거주하면서 자기가 직접 농작물을 경작하거나 자기 책임 하에 농사를 지은 농지로서 위탁경영하거나 대리경작 또는 임대차한 농지를 제외한다』라고 규정하고 있는 바, 쟁점토지의 경우 양도일 현재 청구인이 농지소재지인 ○○구에 연접한 ○○구에서 1969년 이후 계속 거주하였고, 위와 같이 8년 이상 자경한 사실이 확인되어 조세특례제한법상의 양도소득세 감면대상의 모든 요건을 충족하므로 청구인에게 부과된 이 건 처분은 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

(1) 청구인이 양도한 농지는 “택지개발예정지구”로 고시될 농지로서, 청구인이 증빙으로 제시한 인근주민 및 참고인 등의 확인서의 내용이 구체적으로 적시되지 아니하였을 뿐 아니라 양계업자 ○○의 농지용 계분의 무상공급(6톤) 사실 역시 해당사업자가 결손업체로 신빙성이 없으며, 종묘구입에 대한 증빙은 없고 단지 확인서만 있는 점과,

(2) 청구인은 ○○의원을 1986. 4월 ~2000. 3월 기간 중에는 ○○와, 2000. 4월부터 현재까지는 ○○와 동업하면서 청구인은 부동산만 제공하고 진료업무는 동업자가 하는 조건으로 동업 계약하여 청구인은 복지법인 ○○의 업무만 전념한 것으로 주장하나 TIS상 검토하면 청구인이 직접 ○○의원을 운영한 것으로 확인되며 쟁점토지 인근에서 16여 년간 농사를 경작하고 있는 ○○의 진술 내용 등으로 판단하면 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 8년 이상 자경농지로서 조세특례제한법 제69조 규정에 의한 양도소득세 감면에 해당하는지의 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 ․ 감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 도시계획법에 의한 주거지역 ․ 상업지역 및 공업지역(이하 이조에서 “주거지역 등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날 까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2001.12.29. 개정)

○ 조세특례제한법 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역 (경작개시 당시에는 당해지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2001.12.31. 신설)

1. 농지가 소재하는 시 ․ 군 ․ 구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역 (2001.12.31. 신설)

2. 제1호의 지역과 연접한 시 ․ 군 ․ 구안의 지역 (2001. 1.31. 신설)

② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. (2001.12.31. 항번 개정)

1. 양도일 현재 특별시 ․ 광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시 (지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도 ․ 농복합형태의 시의 읍 ․ 면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역 ․ 상업지역및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역 (사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역 ․ 상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (1998.12.31. 개정)

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 (1998.12.31. 개정)

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (1998.12.31. 개정)

2. 환지처분 이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998.12.31. 개정)

○ 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

① 영 제66조 제1항의 규정에 의한 농지는 전 ․ 답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경경에 필요한 농막 ․ 퇴비사 ․ 양수장 ․ 지소 ․ 농도 ․ 수로 등을 포함하는 것으로 한다. (1999. 4.26. 개정)

② 영 제66조 제1항의 규정에 의한 토지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다. (1999. 4.29. 개정)

1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것 (1999. 4.26. 개정)

2 주민등록표등본, 시 ․ 구 ․ 읍 ․ 면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것 (1999. 4.26. 개정)

○ 조세특례제한법 기본통칙 69-0 ․ ․ ․ 3 【자경의 정의】

① 법 제69조 제1항의 규정을 적용받을 수 있는 자경농지는 농지소재지에 거주하면서 자기가 직접 농작물을 경작하거나 자기책임하에 농사를 지은 농지로서 위탁경영하거나 대리경작 또는 임대차한 농지를 제외한다.

② 종중소유농지를 종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작하거나 자기책임하에 농사를 지은 경우에도 법 제69조 제1항의 규정에 의한 자경농지로 본다.

○ 조세특례제한법 부칙 (2001.12.29. 법률 제 6538호) 제28조 【자경농지에 대한 양도소득세 면제에 관한 경과조치】

② 거주자가 2002년 1월1일부터 2003년 12월 31일까지 제69조의 개정규정에 의한 자경농지를 양도함으로써 발생하는 양도소득(제1항의 규정에 의한 양도소득을 포함한다)에 대하여 양도소득세를 감면받는 경우 그 양도소득세액 감면의 종합한도에 관하여는 제133조 제2항 및 제3항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다. 이 경우 종전의 제 133조 제2항 및 제3항 중 “3억원”은 각각 “2억원”으로 한다.

○ 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 감면의 종합한도】

② 제 69조 (1996년 1월 1일 이후 양도분에 한한다)의 규정에 의하여 감면할 양도소득세액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. (1998.12.28. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 3억원을 한도로 하여 감면한다. 이 경우 감면의 종합한도액의 계산에 관하여는 대통령령이 정하는 바에 의한다. (1998.12.28. 개정)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1983. 1.12.부터 현재까지 쟁점토지와 연접한 ○○구 ○○동 ○○번지에서 거주하고 있음이 주민등록초본에 의하여 확인되며, 쟁점토지의 토지이용계획 확인서에 의거 도시계획사업 여부 확인한 바 쟁점토지 모두 해당없음이 확인된다.

(2) 쟁점토지에 대한 ○○구 ○○동장이 2002. 5. 2. 발급한 농지원부는 최초작성일자가 1992.11. 7.로서 소유자는 청구인 ○○으로 되어 있고, 경작구분란에는 “자경”으로 표시되어 있다.

(3) 청구인과 의료업 공동사업자인 ○○의 1998귀속 종합소득세 신고내용과 ○○의 2001귀속 종합소득세 신고내용을 청구인의 해당연도 종합소득세 신고내역과 비교 검토한 바, 각각 50%의 지분으로 종합소득세 신고되었음이 국세청 TIS 조회화면에 의하여 확인된다.

(4) 양계업자 ○○의 말린 계분 무상공급 여부와 관련하여, 처분청은 해당사업자가 결손업체로 신빙성이 없다고 하였으나, ○○은 1990. 1월부터 계분을 제공하였다고 확인하고 있고 ○○이 경영한 ○○농장 (000--00000)의 연도별 종합소득세 신고내역은 아래와 같다.

                   ○○의 연도별 종합소득세 신고내역 (단위: 천원)

(5) 청구인이 청구주장과 관련하여 추가자료로 제출한 간이세금계산서 영수증사본은 1993. 3. 5. ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○농원(000-00-00000)에서 작성된 것으로 거래품목을 보면 시금치, 무, 배추, 호박의 씨앗 및 고추모 5판의 거래금액 57,000원이 기재되어 있으나, 공급받는 자의 인적사항은 기재되어 있지 아니하다.

(6) 한편, 청구인이 쟁점토지의 자경여부와 관련하여 인근주민 ○○ 등의 확인서는 그 확인내용이 확인자 자필이 아닌 인쇄된 내용으로서 주소, 성명, 주민등록번호 정도만 자필로 작성되어 있고, 이들 확인자의 구성원을 볼 때, 대부분 청구인의 지인들로서 확인서 내용에 대한 객관성 여부가 미약한 것은 사실이나, 처분청이 과세근거로 제시한 ○○의 확인서 또한 본인이 ○○구 ○○동 ○○번지에 16년간 거주하면서 농사를 경작하였다고 하였음에도, 국세청 TIS로 확인한 바, ○○의 주소는 ○○구 ○○동 ○○번지로서 확인서의 내용과 약간의 차이가 있고, 확인 내용 또한 구체적 증빙이 없이 『~을 ~한 것으로 알고 있다』는 막연한 추정의 확인서로서 그 내용이 객관성을 지녔다고 보기에는 어렵다고 보여진다.

(7) 그러므로 청구인이 쟁점농지에 연접한 지역에서의 거주기간, 농지원부에 자경이라고 표시되어 있는 점, 쟁점토지 소재지의 농지위원, 통장 등 여러 사람들의 확인서 및 청구인이 의료업을 공동사업으로 하게 된 이유, 비료 등의 구입과정, 일손의 구입, 쟁점토지에서 수확된 농산물의 처분 등 일련의 과정을 일별하여도 부자연스러운 점이 없음을 감안할 때, 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당되지 않는다고 본 처분청의 논거는 미흡하다고 판단된다.

라. 결론

청구인의 주장은 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.