주문

본 이의신청을 이를 기각합니다.

이유

1. 사실개요

청구법인 ○○화학(주)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 소재한 불화합물(프레온가스) 제조업체로서 1997~2001년도에 대하여 아래 표1과 같이 각 사업연도별로 법인세 신고납부 시 기술 및 인력개발비 세액공제액(2000.12.29.자 조세특례제한법 개정 시 “연구․인력개발비에 대한 세액공제”로 제목이 개정되었음) 1,054,952,286원을 해당 사업연도별 산출세액에서 공제 받은 사실이 있다.

【표1】사업연도별 법인세 신고 시 기술 및 인력개발비 세액공제 신청내용

단위: 원(이하 같음)

이에 대하여 처분청은 아래 표2와 같이 기술 및 인력개발비 세액공제 대상이 되지 아니하는 비용(보조직원의 인건비, 복리후생비, 일반소모품비, 기계장치 및 공구 등) 2,174,892,996원(이하 “쟁점경비”라 한다)이 포함되어 있는 사실 등을 확인하고 이를 부인하여 2002.12.10.자로 아래 표3과 같이 법인세 689,886,810원을 부과 처분하였다. 이 때 처분청은 기술 및 인력개발비 세액공제액을 부인하는 대신 일부의 금액에 대하여 연구 및 인력개발을 위한 설비투자세액공제 29,077,665원을 추가로 인정하였으며, 이와 관련한 시설이 감가상각대상 자산에 해당하여 아래 표4와 같이 상각 범위 내 금액인 즉시상각의제에 해당하는 금액을 제외한 금액 352,73 9,478원에 대하여 해당 사업연도별로 손금불산입하였다.

【표2】당초 결정 시 개발비 세액공제 대상금액 산출내역

【표3】기술 및 인력개발비 세액공제액 부인 등 추징세액 계산내역

【표4】감가상각 자산에 대한 손금불산입 내역

청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 부인한 개발비 지출금액은 화학공정상 공정기술 노하우를 취득하기 위하여 기술개발연구에 소비된 공정부품에 해당하는 바,

연구 및 인력개발비 세액공제의 범위는 연구전담부서에서 연구용으로 사용하는 원재료, 부품 등으로 규정하고 있으며, 연구라 함은 기술개발을 의미하고 기술개발이라 함은 기술개발촉진법 제2조 제1항에서 규정하는 바와 같이 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용해서 재료, 제품, 장치시스템 및 공정 등에서 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함하는 것이므로 세액공제를 부인한 당초 결정은 부당하다고 주장한다.

3. 처분청 의견

기술개발촉진법 제2조 제1항 규정은 기술개발에 대한 용어를 정의한 것에 불과하며, 동 규정에 장치시스템, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정이 포함되어 있다하여, 기술개발을 위하여 지출한 모든 비용이 조세특례제한법에 규정한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 것은 아니며,

기술개발을 위하여 지출한 비용 중 연구 및 인력개발비 세액공제는 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 제2항 규정에 따르는 것으로 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제는 조세특례제한법 제11조 및 같은 법 시행령 제10조 규정에 따라 각각 세액공제 여부를 판단하여야 하는 것인 바,

청구법인의 경우 조세특례제한법 제10조 및 시행령 제9조 제2항의 규정에 의하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용은 공정기술개발과 관련하여 최종 연구목표로 하는 연구목적 제품이 최적의 상태에서 최상의 제품이 생산될 수 있는 제조공정기술을 연구하는 과정에서 최종 목표로 하는 제품을 생산하는 데 반복적으로 투입되는 전담부서 직원의 인건비, 전담부서에서 연구용으로 사용하는 재료인 견본품, 부품․원재료와 시약류구입 비용 등에 한정되는 것이고,

공정기술 노-하우 취득을 목적으로, 연구 아이템별로 제조기술에 대한 공정연구 시 교체, 유지, 수선, 철거를 반복적으로 수행하는 과정에서 지출된 기기, 기계 등, 공구 등, 일반소모품비 등의 지출비용은 전담부서에서 연구용으로 사용하는 재료인 견본품, 부품․원재료와 시약류 구입비용 등에 해당되지 아니하는 것이므로 청구대상금액에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 당초 결정은 정당하다는 의견이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 사건 다툼은 쟁점이 되는 2,174,892,996원의 비용이 기술 및 인력개발비 세액공제 대상이 되는 지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

조세특례제한법(1996.12.30. 법률 제9195호로 개정된 것과 1998.12.28. 법률 제5584호로 개정된 것, 2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것) 제9조 내지 제11조의 규정을 정리하여 보면 2003.12.31. 이전에 종료하는 과세연도까지 기술 및 인력개발(2000.12.29 ‘연구․인력개발’로 개정됨)을 위한 비용 중 시행령 별표6에서 정하는 비용이 있는 경우에는 당해 연도에 지출한 비용의 15%(2000년까지 중소기업 외에는 10%) 또는 직전 4년간(1998.12.28개정 전에는 2년간)의 평균발생액을 초과하는 금액의 50%에 대하여 연구․인력개발비세액공제를 할 수 있다고 규정하고 있으며,

조세특례제한법시행령 별표6의 내용을 요약하여 보면 연구개발 전담부서 직원의 인건비, 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품, 부품․원재료와 시약류구입비, 전담부서에서 직접사용하기 위한 연구․시험용 시설의 임차에 필요한 비용, 위탁 및 공동기술개발비, 기술정보비 또는 도입기술의 소화개량비 등을 공제대상으로 열거하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 전시 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조 제2항(별표6)에 의하면 연구․인력개발비 세액공제에 대하여 자체기술개발의 경우 연구전담부서에서 직접적으로 연구활동을 하는 직원의 인건비와 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류구입비 및 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구․시험용 시설의 임차비용 등에 한하여 공제대상이 된다고 규정하고 있으며,

(2) 국세청 예규 서이 46012-12123(2002.11.27.)호에 의하면 화학공장에서 공정기술 노하우를 취득하기 위하여 기술개발연구에 소비되는 기기는 “전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류 구입비”에 해당하지 않는다고 해석하고 있고,

(3) 국세청 예규 법인 46012-2604(1997.10.10.)호의 취지에 의하면 “연구․시험용 시설의 직접구입비는 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다”고 해석하고 있는 바,

(4) 청구법인의 경우 당초 처분청이 세액공제 대상에서 부인한 쟁점경비는 기기 또는 기계장치 등 시설물의 구입비로서 감가상각대상 자산에 해당할 뿐만 아니라, 청구법인의 주장과 같이 교체, 유지, 철거 등을 반복적으로 행하는 등 공정 연구용으로 소비된다고 하더라도 수년간 반복사용이 가능한 시설장치에 해당하여 「연구․인력개발설비투자세액공제」의 대상이 될 뿐, 전시 국세청 예규의 해석취지와 같이 「연구․인력개발비세액공제」의 대상이 되는 비용에 포함되지 않는다 할 것이므로 처분청이 이 부분에 대하여 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 이 사건 과세처분을 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이상과 같이 심리한 결과 청구주장 이유 없는 것으로 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호(기각)의 규정에 따라 주문과 같이 결정합니다.