주 문

 ○○세무서장이 2006. 8. 1. 청구법인에게 고지한 2004년 제1기 부가가치세 2,240,410원은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분내용

청구법인은 면세사업과 과세사업을 겸업하고 있는 경비용역업체로서 2004. 1. 1.～2004. 3. 31. 기간에 공동주택관리업체인 청구 외 ㈜○○관리(이하 “청구외 법인”이라 한다.)에 공동주택 경비용역을 공급하고 총공급가액 224,041,310원(이하 “쟁점용역”라 한다)인 세금계산서 13매를 발행․교부하였다.

 이후 청구법인은 공동주택의 경비용역이 2003년에 이어 2004년에도 계속하여 부가가치세가 면제될 것이라는 말을 듣고 쟁점용역 공급에 대하여 다시 계산서를 발행․교부하고 2004년 제1기 예정 부가가치세 신고시 계산서합계표를첨부하여 면세사업 수입금액으로 신고하였다.

처분청은 청구법인이 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하면서 세금계산서를 발행․교부하고 이후 수정세금계산서를 교부함이 없이 다시 계산서를 교부하였으므로 사실과 다른 세금계산서를 교부한 것으로 보아 부가가치세법 제22조 제2항 1호 규정에 의거 세금계산서 불성실 가산세를 부과하여 2004년 제1기 부가가치세 2,240,410원을 고지하였다.

 청구법인은 이에 불복하여 2006. 9. 18. 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

청구법인은 부가가치세가 면제되는 공동주택 경비용역을 관련세법 규정이 폐지 및 부활되는 과정에서 세금계산서를 발행․교부하였다가 다시 계산서를 교부한 것이며 신고기한 내에 계산서합계표를 첨부하여 부가가치세 면세사업 수입금액으로 적정하게 신고하였으므로 세금계산서 불성실 가산세를 부과함은 부당하다.

3. 처분청 의견

청구법인은 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하고 세금계산서를 발행․교부하였다가 이후 수정세금계산서를 교부함이 없이 다시 계산서를 발행․교부한 것은 사실과 다른 세금계산서를 교부한 것으로 볼 수 있으므로 가산세를 부과한 당초처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 부가가치세 면제되는 용역을 공급하고 세금계산서를 교부하였다가 이후 수정세금계산서를 교부함이 없이 계산서를 교부한 경우 세금계산서 불성실가산세를 부과한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

1) 부가가치세법 제22조 【가산세】

  ② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

   1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때. (이하 생략)

 2) 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서】

  ① 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

 3) 조세특례제한법(법률제7216호, 2004.7.26) 제106조【부가가치세의 면제 등】

  ① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (이하 생략)

  4의 2. 주택법 제2조 제12호의 규정에 의한 관리주체(동호 가목을 제외하며, 이하 이 조에서 “관리주체”라 한다) 또는 경비업법 제4조 제1항의 규정에 의하여 경비업의 허가를 받은 법인(이하 이 조에서 “경비업자”라 한다)이 주택법 제2조 제2호의 규정에 의한 공동주택(이하 이 조에서 “공동주택”이라 한다)에 공급하는 다음 각목의 용역 (2004. 7. 26. 개정)

가. (생략)

나. 경비업자가 공동주택에 공급하거나 관리주체의 위탁을 받아 당해 공동주택에 공급하는 경비용역

 4) 조세특례제한법(법률제7216호, 2004.7.26) 부칙 제8조【공동주택 경비용역에 대한 부가가치세 면제에 관한 적용례】

  제106조 제1항 제4호의 2 및 제4호의 3의 개정규정은 2004년 7월 1일 이후 과세표준신고를 하는 과세기간분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

 1) 공동주택 경비용역은 조세특례제한법 제106조 제1항 4의4 규정 신설에 의해 2002. 8. 26.부터 부가가치세 면제되는 용역이었고 2003. 12. 31. 법개정시 동 규정이 폐지되면서 부가가치세 과세되는 용역으로 되었으나 2004. 7. 26 법 개정시 2004. 1. 1.부터 소급하여 부가가치세가 면제되는 용역으로 다시 개정되어 사실상 법규정 신설시부터 계속해서 부가가치세가 면제되는 용역이었음에도 청구법인 등 동종업계 납세자를 혼란스럽게 한 바 있었다.

 2) 국세통합전산망에 의하면 쟁점용역을 공급 받은 청구외 법인은 2004년 제1기 예정 부가가치세 신고시 쟁점용역의 부가가치세를 매입세액 공제 받았으나 이후 2004. 7. 26.에 매입세액을 불공제하여 수정신고 하였음이 확인된다.

 3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재로 세법상 의무의 성실한 확보를 위한 것인 바, 청구법인이 쟁점용역에 대하여 세금계산서를 교부하였다가 다시 계산서를 교부하게 된 경위는 공동주택 경비용역이 부가가치세 면제된다는 조세특례제한법 제106조 제1항 4의4 규정이 쟁점용역 공급 직전인 2003. 12. 31 폐지되었다가 2004. 7. 26.자로 2004. 1. 1부터 다시 소급하여 부가가치세 면세로 개정(조세특례제한법 제106조 제1항 4의2 및 4의3)된 과정에서 그리 한 것이며, 청구법인은 계산서를 교부한 후 부가가치세 신고기한 내에 면세수입금액 신고 및 계산서합계표 제출 등 신고의무를 모두 이행하였고, 부가가치세 과세대상이 아닌 쟁점용역의 공급에 대하여 세금계산서를 교부한 것은 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우에 해당하는 것으로 볼 수 없으므로(대법88누4522, 1990. 6. 26. 및 국심99서2627, 2000. 7. 7. 같은 뜻) 부가가치세법 제22조 제2항 1호 규정에 해당하는 것으로 보아 세금계산서 불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다.

5. 결 론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.