1. 처분내용

가. 청구인은 주식회사 xxxx(대표자 서oo, 제조/특수영양식품, 이하 “청구외법인”이라 한다)의 대표이사였던 자로서, oo세무서장(이하 “조사관서”이라 한다)은 청구외법인에 대한 세무조사를 실시하여 2000년 및 2001년 사업연도 원재료인 누에고치 741백만원을 가공매입한 것으로 보아 각 사업연도 법인세를 경정․고지하였으나,

나. 조사관서는 청구외법인의 이의신청 심리결과 재조사로 결정되자 재조사를 실시하여 당초 매입 부인된 금액보다 증가된 1,563백만원의 누에고치 매입액(이하 “쟁점매입액”이라 한다)을 가공매입한 것으로 보아 손금불산입하고 쟁점매입액을 대표이사 재직기간별로 안분하여 상여처분한 후 2005년 3월 청구외법인에게 소득금액변동통지하였고 청구외법인은 관련 근로소득 원천징수이행상황신고서를 수정신고후 무납부하였다.

다. 조사관서는 청구외법인이 사실상 사업을 영위하지 않아 원천징수가 불가능한 경우로 보아 직권폐업하고 당초 조사시 무납부 고지결정한 근로소득세를 결정취소한 후 2006.3.10. 청구외법인의 대표이사인 청구인외 3인에게 소득금액 변동통지하고 청구인 주소지 관할서인 처분청에 인정상여 과세자료를 통보하자,

라. 처분청은 통보받은 과세자료를 근거로 소득세법시행령 제134조에 의한 추가자진납부 기한내인 2006.5.3. 청구인에게 2000년 과세연도 179,340,930원, 2001년 과세연도 219,522,320원 계 398,863,250원의 종합소득세를 경정․고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.6.13. 이의신청을 거쳐 2006.10.23. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

가. 청구외법인의 경영을 사실상 지배한 자는 청구외 조oo(이하 “조oo”이라 한다)으로 명의상 대표이사인 청구인에게 상여처분된 소득금액은 실대표자인 조oo에게 처분하여야 한다.(쟁점①)

 1) 청구외법인은 건강식품업계에 오래 종사한 조oo이 청구인과 함께 설립한 법인이며 청구인은 내부관리와 공장을 책임진 엔지니어였고, 조oo은 회장으로 불리며 외부 투자유치, 자금관리, 영업 등의 업무를 책임지고 법인통장, 인감, 자금을 직접관리하여 사실상 법인을 지배한 실대표자이나, 신용불량 등의 사유로 대표이사에 취임하지 않았으며 경리업무도 친인척을 고용하여 관리하고 외부투자유치를 위해 연예인인 청구외 oo 등을 직접 이사로 영입하는 등 조oo이 청구외법인의 경영을 사실상 지배하였다.

 2) 조oo이 청구외법인의 실질적으로 지배한 경영자임은 청구외법인의 자금일보, 청구인외 다른 대표이사였던 청구외 성o기와의 합의서, 조oo을 청구외 주식회사 oo포스가 사기죄로 형사고소한 사건의 법원판결문과 관련 사건기록, 또다른 대표이사였던 청구외 정o욱의 진술서 등에 의해 명백히 확인됨에도 처분청은 증빙서류의 취지를 잘못 이해하여 이의신청을 기각하였으나 이는 증거채택의 법칙을 위배한 잘못된 처분이다.

나. 소득세법시행령 제134조에 의하면, 소득금액변동통지를 받은 날의 다음달 말일까지 추가 신고 및 자진납부를 한 경우 기한내에 신고․납부한 것으로 보도록 규정되어 있고 소득세법 제82조의 수시부과사유에도 해당되지 않음에도 처분청은 청구인이 추가신고자진납부 기한내 2006.5.3. 종합소득세를 결정고지한 처분은 청구인의 기한의 이익을 박탈한 위법한 처분이다.(쟁점②)

다. 청구외법인은 소득금액변동통지서를 받은 후 원천징수이행상황신고서를 기한내에 제출하였고 자금사정상 납부하지 못하였으나, 소득금액변동통지월인 2005년 3월에 근로소득세에 대한 원천세 납세의무가 성립ㆍ확정하였음에도 청구외법인에 대한 당초 소득금액변동통지의 취소없이 청구인에게 소득금액변동통지하여 종합소득세를 고지결정한 처분은 위법하고 중복과세에 해당하는 것으로 취소되어야 한다.(쟁점③)

라. 쟁점매입액을 재조사시 당초 조사시보다 증액하여 손금부인한 처분은 불이익변경금지원칙에 위배되며, 쟁점매입액을 모두 가공매입으로 보아 손금부인한 처분은 부당하다.(쟁점④)

3. 처분청의견

가. 쟁점① 청구외법인의 실대표자는 조oo이라는 주장과 관련하여

청구외법인의 실대표자는 조oo으로 상여처분된 소득금액의 귀속자를 조oo으로 보아야 한다고 주장하며 증빙자료를 제시하였으나, 자금일보는 청구인의 대표이사 재직기간과 무관하고, 청구외 성o기와의 합의서는 청구인과의 합의내용이 아니며 조oo의 형사기록 및 판결문은 확정판결이 나지 않았고, 또한 사기죄에 대한 판결문만으로 청구인이 청구외법인의 대표이사가 아니라는 증빙으로 볼 수 없는 등 조oo이 청구외법인의 경영을 사실상 지배한 실질대표인지 여부를 알 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙이 없으므로 등기상 대표이사인 청구인에게 소득금액통지하여 종합소득세를 결정고지한 당초 처분은 정당하다.

나. 쟁점② 소득금액변동통지후 추가자진신고납부 기한내 고지한 처분이 기한의 이익을 박탈한 위법한 처분이라는 주장과 관련하여

처분청은 소득금액변동통지에 대한 추가자진신고납부 기한인 2006.5.31.이 경과하면 2000년 과세연도는 부과제척기간이 만료되는 상황 등으로 가산세적용을 배제하고 고지하였고 통보된 자료는 인정상여자료로 소득금액이 변동될 여지가 없고 신고 납부할 세액과 결정 고지한 세액이 같으며, 소득금액변동통지시에 이미 납세의무가 성립하고 확정되었으므로 기한의 이익을 박탈하였다는 주장은 이유가 없으며 오히려 청구인의 추가자진신고 납부의무를 처분청이 덜어준 셈이다.

다. 쟁점③ 청구외법인에 소득금액변동통지후 취소의 통지 없이 다시 청구인에게 소득금액변동통지하여 고지한 처분이 위법하며 중복과세라는 주장과 관련하여

  1) 청구외법인은 원천세를 수정신고 제출하였으므로 원천징수세액의 납세의무는 청구외법인임에도 청구인에게 통지하여 과세한 처분은 중복과세라고 주장하나,

  2) 당초 조사시 고지결정분은 결정취소하였으며, 청구인에게 재조사결과에 따른 소득금액변동통지분에 대해 청구외법인은 납부한 사실이 없고 소득세법 시행령 제192조에 의거 사실상 폐업등으로 원천징수가 불가능한 경우로 보아 청구인에게 소득금액변동통지하여 과세한 것은 정당하며 중복과세에 해당하지 아니한다.

라. 쟁점④ 재조사 경정시 당초 부인된 매입액보다 증액된 쟁점매입액을 부인하여 경정한 처분은 불이익변경금지 원칙에 위배된다는 주장과 쟁점매입액이 가공원가가 아니라는 주장과 관련하여

 1) 당초 조사시 생산수율에 의해 매입액을 추계한 방법과 실지조사의 방법을 혼용하여 조사한 것은 부당하므로 실지조사방법에 의해 가공매입여부를 재조사하라는 이의신청결정에 따라 실지조사에 의한 방법으로 조사하여 그 결과에 따라 법인세 등을 경정하였으므로 불이익변경금지원칙을 위배하지 않은 것이며,

 2) 쟁점매입액은 재조사한 결과 의제매입세액공제신고서상 누에고치 공급자인 농민들에게 공급여부를 확인한 바 모두 부인하였으며 실제매입처나 대금결제내역 등의 구체적 증빙서류의 제출을 청구외법인에게 요구하였으나 제시하지 못하여 쟁점매입액을 가공원가로 보아 손금부인한 것으로 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

1) 청구인에게 상여처분된 소득금액에 대하여 청구외법인의 실대표자를 조oo으로 보아 상여처분할 수 있는지 여부

 2) 소득금액변동통지후 추가자진신고납부 기한내에 종합소득세를 고지한 처분이 기한의 이익을 박탈한 위법한 처분인지 여부

3) 청구외법인에게 소득금액변동통지를 한 후 취소통지 없이 소득의 귀속자인 청구인에게 직접 소득금액변동통지하여 과세한 처분이 중복과세인지 여부

 4) 이의신청결과 재조사 경정시 당초 부인된 매입액보다 증액된 쟁점매입액을 부인하여 추가로 고지한 처분이 불이익 변경금지원칙에 위배되는지 여부와 쟁점매입액이 가공원가인지 여부

나.관련법령

 1) 국세기본법 제14조 【실질과세】

①과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  ②세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

 2) 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】

②다음 각호의 국세를 납부할 의무는 제1항의 규정에 불구하고 당해 각호의 시기에 성립한다.

   1. 원천징수하는 소득세 또는 법인세에 있어서는 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때

 3)국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】

①국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

  ②다음 각호의 국세는 제1항의 규정에 불구하고 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차없이 그 세액이 확정된다.

    3. 원천징수하는 소득세 또는 법인세

 4) 법인세법 제67조 【소득처분】

  제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

 5) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

  ①법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

 (이하 생략)

6) 소득세법시행령 제134조 【추가신고자진납부】

①종합소득 과세표준확정신고기한 경과후에 「법인세법」에 의하여 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 배당·상여 또는 기타 소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생하여 종합소득 과세표준확정신고의무가 없었던 자, 세법에 의하여 과세표준확정신고를 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우에 있어서 당해 법인(제192조제1항 단서의 규정에 의하여 거주자가 통지를 받은 경우에는 당해 거주자)이 제192조제1항의 규정에 의한 소득금액변동통지서를 받은 날(「법인세법」에 의하여 법인이 신고함으로써 소득금액에 변동이 있는 경우에는 당해 법인의 법인세 신고기일)이 속하는 달의 다음달말일까지 추가신고자진납부한 때에는 법 제70조 또는 법 제74조의 기한내에 신고납부한 것으로 본다.

7) 소득세법 시행령 제192조【소득처분에 의한 배당·상여 및 기타소득의 지급시기 의제】

  ①「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 「국세징수법」 제86조제1항제1호·제2호 및 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

 ②제1항의 경우에 당해 배당·상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

 ③법인의 소득금액을 신고함에 있어서 「법인세법 시행령」 제106조의 규정에 의하여 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 당해 법인이 법인세 과세표준 및 세액의 신고기일에 지급한 것으로 본다.

8) 국세징수법 제86조 【결손처분】

 ①세무서장은 납세자에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 있는 때에는 결손처분을 할 수 있다.

1. 체납처분이 종결되고 체납액에 충당된 배분금액이 그 체납액에 부족한 때

  2. 제85조의 규정에 해당하는 때

  3. 국세징수권의 소멸시효가 완성한 때

  4. 대통령령이 정하는 바에 의하여 징수할 가망이 없다고 인정되는 때

 9) 국세징수법 시행령 제83조 【결손처분】

   ①법 제86조제1항제4호의 규정에 의한 결손처분은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한한다.

  1. 체납자의 행방이 불명하거나 재산이 없다는 것이 판명된 때

     (이하 생략)

 10) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

   ①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

   ②제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

   ③제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 11) 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】

  법 제19조제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

   1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

12) 법인세법시행령 제103조 【결정 및 경정】

  ②법 제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

13) 국세기본법 제79조 【불고불리, 불이익변경금지】

  ①국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분 이외의 처분에 대하여는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

  ②국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다.

14) 기본통칙 79-0…1【불이익변경이 아닌 경우】

소득금액 추계조사결정에 불복 한데 대하여 이를 인용하는 재결에 따라 당초 처분을 취소하고 실지조사한 경우 다시 결정한 과세표준이 추계결정 과세표준보다 많다 하더라도 이는 불이익변경금지의 원칙에 반하는 것으로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

 1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

가) 청구외법인의 등기부등본 및 국세통합전산망(TIS)에 의한 연도별 대표이사 재직기간과 청구외법인의 주식보유현황은 <표1>과 같으며, 청구인은 청구외법인의 개업연도 및 이후 2개년도에 걸쳐 지분을 보유하였으나 2001년에는 보유주식이 없는 것으로 확인된다.

       <표1> 청구인 대표이사 재직 및 주식보유현황

(단위:주,천원)

나) 조oo의 개인별총사업내역 및 소득자료조회내역은 <표2>와 같으며, 청구외 (주)oooo연구소의 사업장(oo oo oo 516-8번지)은 청구외법인의 생산공장 지점법인(116-81-*****)의 사업장과 같고, 동사업장은 1997.3.26. 조oo이 대표자로 있는 (주)oooo연구소가 매매를 원인으로 취득하였고 2001.6.1. 임의경매에 의해 (주)ooooo중앙연구소로 소유권이전 된 사실이 확인된다.

<표2> 조oo 개인별총사업내역 및 근로소득자료현황

다) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 청구인의 소득자료내역은 <표3>과 같으며, 청구인은 조oo의 친인척(매제)으로 조oo이 대표를 역임한 (주)ooo, (주)oooo연구소와 청구외법인에서 근로소득자료가 발생하였으나, 청구외법인의 설립시 대표이사로 최초 등기된 1999년에는 청구외법인에서 근로소득자료가 없으며 다음연도인 2000년부터 근로소득이 발생된 사실이 확인되며, 청구인은 근로소득이외에 다른 소득자료는 발견되지 아니한다.

<표3> 청구인 근로소득자료 현황

(천원)

라) 청구인은 조oo이 청구외법인의 실대표자로 주장하면서 자금일보 일부, 다른 대표이사인 청구외 성o기와 청구외법인과의 합의서, 조oo의 사기 형사사건 기록 및 1심 법원판결문, 청구외 정o욱의 확인서를 제시하여 이를 살펴보면,

 (1) 청구외법인의 현금입출내역을 기재하였다는 자금일보를 보면, 2001.1.1.부터 2001.12.31.까지의 현금입출금현황이 기재되어 있고, 적요란의 입출금 사유가 구체적으로 기재되어 있지 않아 누구의 관리 하에 작성된 것인지 불분명하나 결재칸 사장란에는 조oo의 것으로 보이는 서명으로 기재되어 있다.

(2) 2000년 또다른 대표이사로 등기된 청구외 성o기가 2000.7.31. 작성한 청구외법인과의 합의서를 보면,

   (가) 청구외 성o기는 청구외법인의 실질적 경영자인 조oo으로부터 연구활동 수행과 대표이사직 취임을 요청받아 등기하였으나, 당초 약속과 달리 연구활동이 불가능하므로 대표이사 및 연구소장의 지위를 사임하면서 형식적으로 대표이사로 등재되었던 기간에 발생한 일체의 책임을 면책시킬것을 조oo회장이 약속하여,

   (나) 청구외 성o기가 대표이사로서의 경영활동이나 권한의무를 수행한 사실이 없으며, 급여외에 다른 금전적 권리를 부여받지 않았고, 법인인감등도 조oo이 임의로 사용한 것에 대하여 사후에 일체의 책임을 면책시킨다는 내용을 합의한 것으로 나타나 있으며, 청구외법인의 합의당사자란에는 청구인, 이사 청구외 전o훈, 이사 청구외 oo, 직위가 없는 조oo의 직인이 날인되어있다.

 (3) 청구외 주식회사 oo포스가 청구외법인과 조oo, 청구인, 청구외 신o장을 사기죄로 고소하여 관련 형사사건기록, 검찰공소장 및 oo지방법원의 판결문에 의하면,

  (가) 청구외 주식회사 oo포스는 청구외법인이 제조한 특수영양식품의 물품공급계약 과정에서 조oo, 청구인, 청구외 신o장을 사기의 목적으로 물품대금을 편취하였다고 고소하였으며,

  (나) ooo찰서장은 사건송치의견서에서 조oo은 청구외법인의 운영자로, 청구인은 청구외법인의 공장장으로, 청구외 신o장은 대표이사로 신분을 조사하고, 조oo이 청구외법인의 물품공급계약에 관한 전반적인 업무를 수행하였고, 청구인은 거래당시 대표이사였던 점을 들어 기소의견으로 2005.10. oo지방검찰청에 사건을 송치하였으며,

    (다) oo지방검찰청장은 청구외법인의 실질적 운영자이며 사기범죄의 실질행위자를 조oo으로 보아 청구인은 공소대상에서 제외하고 조oo만을 2005.12.23 oo지방법원에 사기죄로 기소하였고,

    (라) oo지방법원(사건번호: 2005고단**** 사기)은 2006.3.29. 조oo을 청구외법인의 생산제품의 공급계약과 관련하여 물품대금 편취혐의가 인정되어 사기죄로 징역10월에 집행유예2년을 선고하였으며, 현재 조oo은 상소하여(사건번호 2006노***) 항소심 재판이 계류중인 사실이 확인된다.

(4) 청구외법인의 대표이사로 재직하였던 청구외 정o욱의 확인서에 의하면,

    (가) 청구외 정o욱은 청구외 주식회사 oo비아(***-81-*****, 서비스/벤쳐창업컨설팅)의 대표이사로서 청구외법인을 설립한 조oo이 2000년 9월경 누에고치를 이용한 아미노산을 생산하는데 회사내부에 박사급 전문가의 부재로 투자유치에 어려움을 겪고 있어 이에 대한 컨설팅을 의뢰하여 계약을 체결하면서 조oo은 청구외법인이 적절한 대표이사가 물색 될 때까지 적어도 컨설팅기간(2000.10월-2000.12월)만이라도 대표이사로 서류상 등재를 부탁하여 고민 끝에 급여없이 대표이사로 등재되었으며,

   (나) 2개월간 형식적으로 대표이사에 등재되었으나, 경영과 관련한 어떠한 서류에도 서명․날인한 사실이 없다고 진술하면서, 증빙서류로 청구외법인과 청구외 주식회사 oo비아의 “포괄적 업무제휴 체결서”를 제시하고 있으며, 체결서의 주요내용은 신규대표이사 영입, 유상증자 관련 기획 및 대행, 경영ㆍ홍보 ㆍ인력보강 컨설팅 등으로 되어있고 체결당사자 날인은 청구인으로 기재되어 있다.

  (다) 청구외 정o욱의 진술내용을 토대로 전산조회한 바, 정o욱은 청구외 주식회사 oo비아의 대표자로서 2000.6.28.부터 현재까지 근무하고 있으며 청구외법인으로부터는 쟁점매입액에 따른 수정신고분외에 근로소득이 발생한 사실이 없음이 확인된다.

 (5) 당심에서 조oo에게 청구인 주장내용의 사실여부와 실대표자라면 주기적으로 대표이사가 바뀐 사유에 대해 질문한 바 조oo은 다음과 같은 진술을 하며 확인서를 2007.5.15. 당심에 제출하였다.

    (가) 본인은 청구외법인을 설립하기전 동종업종의 청구외 주식회사 oooo연구소의 대주주 및 대표이사로서 1999.12.31.까지 운영하다가 부도폐업후 청구외법인을 설립하였으나 사업실패로 신용불량자로 되어있어 대외 신인도 및 투자유치를 활성화 하고자 청구인 등을 대표이사로 영입하였다.

  (나) 본인은 청구외법인의 설립시부터 폐업시까지 실대표자로서 권한을 행사하였으며 세무조사에 따른 인정상여처분의 귀속은 본인이 책임져야 할 부분으로 명의상 등재한 대표이사들에게는 책임이 없다.

마) 청구인외 대표이사로 등재된 청구외 이o희가 2007.1.5. 조사관서에 고충신청하여 검토한 고충민원처리보고서에 의하면,

(1) 청구외 이o희가 청구외법인의 연구원으로 근무하였으며 조oo의 권유로 어쩔수 없이 대표이사로 명의만 등재되었으며, 조oo이 이를 시인하고 있고 급여수령액이 대표이사 등재전ㆍ후에 변동이 없는 점 등으로 보아

  (2) 청구외 이o희는 명의만 대표이사이고 실대표자는 조oo으로 판단하여 청구외 이o희에게 통지된 소득금액을 취소하고 조oo에게 새로이 소득금액변동통지한 것으로 확인된다.

  바) 청구인은 청구외법인의 실대표자가 아니었으므로 현재 부도폐업된 청구외법인의 장부 및 증빙서류의 보관이나 작성책임이 없어 구체적인 관련증빙의 제출이 어렵고, 청구인의 청구외법인 발행주식 소유내역도 모두 회사에서 등재하여 모른다는 주장을 하고 있다.

사) 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구인은 청구외법인의 실대표자는 조oo이라며 청구인에게 상여처분된 소득금액 귀속자를 조oo으로 보아야 한다고 주장하나,

   (1) 제시된 형사기록 및 판결문은 청구인이 실질대표자인지 여부를 가리는 사건이 아니라 물품공급계약의 사기여부를 가리는 사건이고 조oo이 실제운영자라는 것을 입증할만한 구체적이고 객관적인 내용이 기록되어 있지 아니하며, 조oo의 진술 및 확인서, 청구외 정o욱의 확인서, 청구외 성o기와의 합의서는 같은 소득처분을 받은 입장이고, 조oo의 진술은 청구인과 친인척으로서 임의 진술 및 확인서 작성이 가능한 것으로 당초 세무조사시나 이의신청결정에 따른 재조사시에서도 실대표자 여부 등을 언급한 사실이 없으므로 신빙성이 없고

   (2) 청구인은 청구외법인의 설립시부터 대주주로 등재되었고 청구외법인에서 대표이사로서 급여를 지급받았으며, 조oo의 친인척이고 같은 근무처에서 여러해 같이 근무한 사실이 있음에도 단순히 대표이사 명의만을 등재한 것이라는 청구주장에 대하여 구체적인 내용을 알 수 없는 자금일보외에는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고, 법인설립시의 주식소유 및 증자주식의 실제소유여부 등의 언급이 없는 점 등으로 볼 때

 (3) 제시된 증빙은 청구외법인의 최대주주였으며 대표자로 등기되어 급여를 받은 청구인을 명의상 대표자로 보고 실대표자를 조oo으로 볼 만한 객관적인 증빙으로 볼 수 없으므로 사외유출된 소득금액의 귀속자가 불분명하여 등기상 대표자인 청구인에게 소득처분하여 과세한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.

 2) 쟁점②․쟁점③에 대하여 살펴본다.

  가) 조사관서에서 2006.3월에 작성한 인정상여과세자료 검토복명서에 의하면,

청구외법인에 대한 재조사결과에 따른 소득금액변동통지에 대하여 청구외법인이 수정신고한 데 대하여 추가 무납부고지를 하지 않고 징세과에서 작성한 청구외법인에 대한 사업장현지확인복명서를 근거로 2005.7.20.자로 직권폐업한 후 사실상 폐업 등의 사유로 원천징수가 불가능한 것으로 보아 당초 무납부고지분 갑종근로소득세를 결정취소하고 2006.3.10. 청구인에게 소득금액변동통지한 사실이 확인되며, 이 통지서는 청구인에게 2006.4.3. 배달된 사실이 우편조회에 의해 확인된다.

  나) 조사관서의 사업장 현지확인 복명서에 의하면, 청구외법인은 2005년 7월 현재 총 13건 1,193백만원의 국세를 체납중이고 사업장임대주인 oo대병원에 확인한 바 2005년 6월경 이사하였다는 진술과 확인일 현재 공가상태임을 확인하고 oo oo군 소재 지점에 유선으로 확인한 바, 사업을 하지 않는다는 진술을 받아 2005.7.20.자로 직권폐업대상 사업자로 보고한 사실이 나타나 있다.

다) 국세통합전산망에 의한 청구외법인의 결손처분내역조회에 의하면, 청구외법인은 납부기한 2004.8.31.부터 2006.4.30.까지 법인세 등 총 18건 1,513백만원의 국세를 체납하여 2005.8.31.부터 2007.3.19.까지의 기간에 무재산을 사유로 결손처분한 사실이 확인된다.

  라) 처분청은 조사관서로부터 통보받은 인정상여과세자료에 근거하여 소득금액변동통지에 대한 추가자진납부기한인 2006.5.31. 이전인 2006.5.9. 청구인에게 2000년 및 2001년 종합소득세를 신고납부불성실 가산세 등을 배제하여 고지한 사실이 결정결의서에 의하여 확인된다.

마) 조사관서는 청구인에게 소득금액변동통지를 하면서 별도로 청구외법인에게 소득금액변동통지의 취소통지를 한 사실은 없는 것으로 확인된다.

 바) 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때,

   (1) 청구인은 소득금액변동통지후 추가자진신고납부 기한내 종합소득세를 결정고지한 처분이 기한의 이익을 박탈한 위법한 처분이라고 주장하나, 소득세법시행령 제134조의【추가신고자진납부】규정은 과세표준확정신고기한이 경과되어 경정 등으로 소득금액변동통지를 받은 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 추가신고 자진납부한 때에는 과세표준 확정신고 기한내에 신고납부한 것으로 보는 규정으로 기한내 추가자진납부하면 신고불성실가산세 등을 부과하지 않음으로써 기한의 이익을 보장하는 규정으로, 청구인에게 통지된 인정상여 소득금액은 소득금액변동통지시에 이미 납세의무가 성립하여 확정되었고 신고할 세액과 결정할 세액이 같으며, 처분청은 추가자진신고납부 기한내 부과처분을 하면서 가산세를 배제하여 결정하였으므로 기한의 이익을 박탈한 위법한 처분이라고 볼 수는 없는 것으로 판단된다.

   (2) 또한, 청구인은 청구외법인에게 소득금액통지를 한 후 취소통지 없이 청구인에게 직접 소득금액변동통지하여 과세한 처분이 위법한 중복과세라고 주장하나, 납세의무자에게 귀속된 소득이 종합소득과세표준에 합산하여 신고하여야 할 소득으로서 원천징수의무자가 동 소득에 대해 원천징수를 이행하지 않았다면, 과세관청은 당해 소득귀속자인 납세의무자에게 직접 종합소득세로 부과할 수 있는 것(대법2000두10649호,2001.12.27 ; 대법91누9527호,92.3.13 ; 심사소득2004-0189,2004.7.26. 외 다수 같은 뜻)이므로,

  조사관서는 당초 조사시의 소득금액변동통지분에 대한 결정을 취소하였고, 재조사시에는 청구외법인이 원천세를 수정신고하였으나 무납부하였으며, 청구외법인은 원천징수할 여력이나 체납처분 대상 재산이 없는 것으로 판단되므로, 소득금액변동통지 행위가 부과처분의 행정행위가 아닌 이상 중복통지하였다하여 위법한 행정행위가 아니며, 청구외법인에게 통지한 소득금액변동통지를 취소하지 않음에 따라 청구인의 권익을 침해한 결과가 없고, 소득금액통지시 청구외법인은 기폐업하여 법인으로서의 실체를 상실하였으므로 청구외법인에 대한 소득금액변동통지의 취소실익이 없으므로 위법한 중복과세에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

 3) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

  가) 청구외법인의 당초 조사결정시 청구한 oo지방국세청장의 이의신청 결정문(서울청 이의 2004-***호, 2004.10.25.)에 의하면, 청구외법인의 가공원가를 부인하는 과정에서 생산수율을 적용하여 추계에 의하여 생산량을 구한 다음 신고된 생산량과의 차이를 가공의 생산량으로 보고, 이에 다시 생산수율로 가공매입수량을 역산하여 이를 가공매입원가로 확정한 것은 위법하다는 취지로 매입금액 전액에 대하여 실지조사의 방법으로 재조사하여 가공매입원가를 확정하도록 결정한 사실이 확인된다.

  나) 재조사복명서의 쟁점매입액에 대한 실지조사내용에 의하면,

   (1) 누에고치 쟁점매입액의 실제매입여부를 2000년 및 2001년 의제매입명세서상의 농가에게 누에고치 판매에 대한 거래사실을 조회한 바, 8개 농가로부터 거래사실 없음이 회보되었고 거래사실이 있다고 회신한 농가에 대해서도 유선 등으로 재차 확인한 바 누에를 일괄수매 대행하였다는 청구외 홍o수와 청구외 황o현의 부탁으로 거래가 없으나 실거래가 있는 것처럼 회신하였다는 확인을 받았고,

   (2) 누에고치를 납품하였다는 농가에 양잠업 종사여부를 확인한 바 누에고치 농사를 영위한 농가는 없었고 수매명세서상의 농민들도 모두 실거래한 사실이 없음이 확인되어 누에고치 수매명세서는 신빙성이 없음이 확인되고, 청구외법인은 실제 누에고치 실매입처와 매입에 따른 결제대금의 증빙이나 수매대금을 실제 지급여부가 확인되지 않아 쟁점매입액을 모두 가공매입으로 판정하여 손금부인하고 대표자인 청구인 등에게 인정상여처분하였음이 확인된다.

 다) 청구외법인의 부가가치세 신고현황에 의하면, 청구외법인은 2000년과 2001년 사업연도에 총합계 5,886백만원의 매출액을 신고하였으며 고정자산을 제외한 총매입액은 3,701백만원으로 신고부가율은 37.1%이나 쟁점매입액(1,563백만원)을 제외한 부가율은 63.7%로 나타난다.

 라) 청구인은 매입이 없는 매출이 있을 수 없다며 당초 조사시 제시하였던 원재료수불부, 작업일지 등을 근거로 누에고치의 가공매입이 없음을 주장하고 있으나 실거래매입처 및 대금결제 증빙 등의 객관적인 증빙은 추가로 제시하지 못하고 있다.

 마) 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때,

   (1) 국세기본법 제79조의 불고불리ㆍ불이익변경금지원칙이란 국세심판관회의 등에서 납세자 등이 제기한 심판청구에 대한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다는 것으로서 명문규정이 있는 심판청구뿐만 아니라 심사청구 및 이의신청 단계에도 원칙적으로 적용되는 것으로 과세관청이 당초 처분 처분의 오류 및 탈루사항을 바로잡는 경정권을 제한하는 것이라고 해석할 수 없으므로, oo지방국세청장의 이의신청 결정문에서 쟁점매입액의 실지매입여부를 실지조사에 의한 방법에 의하여 재조사하라는 결정에 따라 조사관서에서는 사실관계를 실지조사에 의한 방법으로 조사하여 경정한 것으로 불이익변경금지원칙을 위반한 것으로 볼수 없으며,

 (2) 조사관서의 재조사복명서에 의하면, 쟁점매입액은 아미노산을 생산하기 위해 원재료인 누에고치를 매입한 것으로 되어 있으나 조사결과 수매명세서상의 공급자인 농민들은 모두 거래사실을 부인하였고, 청구외법인은 실거래처 및 매입대금 결제내역을 제시하지 못하여 쟁점매입액을 실물거래없는 가공매입으로 확정하였으며, 청구외법인이나 청구인은 당초 조사시의 원재료 수불부, 작업일자, 제품수불부 등에 의하여 보면, 가공매입은 없다고 주장하면서도 추가로 실매입을 입증할만한 구체적이고 객관적인 증빙은 제시하지 못하므로 가공매입이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

5. 결 론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정한다.