주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 1. 8. 친환경 농업 및 쌀 재배 위탁 생산 판매업 등을 위한 농업회사법인으로 설립되었다.

나. 원고는 2003. 5. 12. 소외 농업회사법인 ○○합명회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다)와 사이에 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○건설 간척지 ○○지구에 있는 농지의 매매대행계약을 체결하였다. 그 내용은 원고가 소외 회사 소속 농민들을 위하여 도시민들에게 위지역의 농지를 매도하는 것을 주선하고, 매도인(위 지역에서 농사를 짓다가 소외 회사를 통하여 농지를 매도한 농민)은 농지를 매도한 후에도 매수인을 대신하여 친환경농법 및 유기농법으로 농지를 경작하며, 매수인에게 매년 농지 면적당 일정량의 쌀을 보내주기로 하는 것이었다.

다. 원고는 2003. 10.경 장○○과 사이에 그 소유의 ○○시 ○○면 ○○리 소재 11필지 154,561.2㎡를 도시민에게 평단 24,000원 이상으로 매도하고, 그 후에도 장○○은 위 농지를 도시민으로부터 10년간 임차하여 경작하며, 원고에게 매년 300평당 140㎏을 연 4회 분할하여 지급하되, 그 중 매수인에게 지급할 쌀은 친환경농법으로 경작하기로 하는 내용의 농지매매대행계약을 체결하였다.

라. 원고는 위 각 농지매매대행계약을 통하여 농지를 판매하고 매수인들로부터 받은 대금 중 매도인인 농민들에게 교부한 금액을 제외한 나머지 돈에 관하여 다음과 같이 세금 신고를 하였다. 우선 그 금액 중 66%는 농지분양 중개수수료, 나머지 34%는 주말 ․ 체험농장 및 회원영농관리를 위한 20년간의 위탁관리 선수금으로 별도 분리한 후, 농지분양 중개수수료는 농지소유권 이전 시 전약 수익으로 인식하고, 위탁관리 선수금은 부채로 계상하여, 2004. 3. 31. 위탁관리 선수금 1,389,227,231원을 손금에 산입하여 2003사업년도 법인세 관세표준과 세액을 신고하였고, 이어 2005. 3. 31. 위탁관리 선수금 5,680,411,644원을 손금에 산입하여 2004사업년도 법인세 과세표준과 세액을 신고하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2003년사업년도 위탁관리 선수금 1,389,277,231원 및 2004사업년도 위탁관리 선수금 (이하 ‘이 사건 위탁관리 선수금’이라고 한다)을 실제로 원고가 위 돈을 취득한 각 농지매매 시점에 전액 수익으로 인식하여야 한다는 견해를 가지고, 이 사건 위탁관리 선수금을 각 사업년도의 익금으로 계산하여 2005. 12. 1. 원고에 대하여 2003년도 귀속법인세 및 가산세 336,098,810원, 2004년도 귀속 법인세 및 가산세 2,012,313,240원을 각 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 국세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 국세심판원장은 2007. 2. 8. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 을 1호증, 을 2호증, 을 5호증, 을 6호증,

2. 이 사건 각 처분의 적법여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 위탁관리 선수금은 농지분양 중개수수료와 같은 성격의 알선수수료가 아니라, 20년간 농지 매수인인 도시민들의 주말농장 관리를 위한 비용을 선수금으로 받은 것이므로, 이를 한꺼번에 원고의 수익으로 인식하는 것은 부당하고, 오히려 실제 비용으로 집행되는 20년간 매년 사용되는 비용을 나누어 해마다 수익이 발생하는 것으로 보아 세금을 계산하여야 한다. 따라서 이와 다른 견해에 기초한 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건의 쟁점은, 원고가 실제로 당해 사업년도에 토지 매수인들로부터 이 사건 위탁관리 선수금을 매매대금에 합산하여 지급받았음에도 불구하고, 세금 계산 시에는 이를 20년간 나누어 장래에 발생하는 수익으로 분할하여 인식하는 것이 타당한지 여부이다. 그렇게 보려면 원고가 농지매매를 대행하면서 농지매수인들과 사이에 20년동안 농지위탁관리 계약을 체결하였고, 그 계약을 통하여 위 돈을 실제로 20년간의 위탁관리수수료로 지급받았음이 인정되어야 한다.

(2) 앞에서 본 증거 및 을 4호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) 원고가 소외 회사와 체결한 농지매매 대행계약서에는 장래 농지 경작기간이 명시되어 있지 않고, 장○○과과 체결한 농지매매 대향계약서 상에는 장래의 경작기간이 10년으로 되어 있다.

(나) 원고가 절차를 대향한 농지매매의 각 계약서에는 매매대금 외에 수수료에 관한 기재가 없고 다만 계약 체결 후 토지이용은 농지법에 의거하여 정한 영농관리이용약관(이하 ‘이 사건 약관’이라고 한다)에 따르는 것으로 되어 있다.

(다) 원고가 처음에 제정한 이 사건 약관(이하 ‘최초 약관’이라고 한다)은 2003. 12. 31.까지 적용되었고, 1차 개정약관은 2004. 1.부터 2005. 6.까지 적용되었으며, 2005. 7.부터는 2차 개정약관이 농지매매계약과 함께 적용되었다. 그 각 구체적인 내용은 다음과 같다.

① 최초약관에는 토지 매매대금에 관한 규정만 있음 뿐 위탁관리 선수금에 관한 내용은 없고, 농작업 위탁영농조건에 관하여 매수인이 원고에게 농작업 일부를 위탁하되, 매년 (300평 기준) 120㎏을 제외한 잔여 수확분은 위탁영농비로 원고에게 지급하며, 반면 매수인은 매년 친환경 쌀 120㎏, 유기농 밭 체험장 5평 및 유실수 1주등을 제공박고, 현지 생산 농수산특산품을 생산가에 구입할 수 있으며, 연간 농어촌 프로그램 참여시 할인혜택을 박고, 이와 같이 취득한 농지는 주말체험농장이므로 그 취지에 맞게 원고가 공지하는 월별 주말영농 일정에 따라 적극 참석하여야 한다고 되어있다.

② 1차 개정약관에는 토지매매대금에 관한 제2조에 매매대금 중 매도인의 토지대금 정산에 필요한 차액을 제외한 나머지를 원고가 추진하는 도농교류사업과 매수인의 주말농장 환경개선 및 경작물의 품질 향상을 위한 경비로 사용할 수 있다는 내용 및 주말체험농지의 취득으로 매수인은 원고의 회원이 된다는 내용이 추가되었다.

③ 2차 개정약관에는 위탁관리 선수금에 관한 제2조 제3항이, 매매대금 중 매도인에게 지급하는 토지대금을 제외한 금액을 다시 운영비와 그 밖의 위탁관리 선수금(원고의 도농교류사업과 매수인의 주말농장 환경개선 및 경작물 품질향상을 위한 경비)으로 구분한 후, 이를 20년 동안 균등 분할하여 그 목적에 맞게 사용한다는 내용으로 개정되었다.

㉱ 원고는 2005. 7. 6. 농지 매수인들에게 위탁관리 선수금을 20년 동안 균등 분할하여 사용한다는 내용으로 변경된 2차 개정약관의 안내문을 발송하였다.

㉲ 피고는 이 사건 처분 전인 2005. 6. 23.부터 2005. 9. 30.까지 원고에 대한 법인세 조사를 실시하였다.

㉳ 원고는 2004. 9. 1. 법인 등기부 상 목적사업에서 설립 당시 기재되어 있던 녹색관광 현장체험학습, 도 ․ 농교류 농어촌 농 ․ 소 ․ 정 협력사업, 숙박시설(콘도, 연수원, 펜션, 주말농원, 민박)및 컨설팅, 주말체험농장 전문 운영업 등의 내용을 삭제하고 아래의 내용만 남겨 놓았다.

1. 친환경 농업 쌀 재배 농작업 위탁 생산판매업, 2, 농산물 재배, 유통가공업, 3. 영농에 필요한 종자생상 및 종균배양산업, 4. 기능성 쌀제조 판매업, 5. R.P.C공장 직영, 6. 싸이버 농장 운영, 7. 농산물 전자 상거래업, 8. 농작업 대행 및 지도업, 9.청소년 수련활동 운영 및 농어촌 현장체험 지도업, 10. 농산물 식품제조 및 판매업, 11. 위 각호에 부대되는 사업일체 등.

(3) 위 인정사실에 나타난 바와 같이 ㉮ 원고는 농지매매계약을 대행하면서 2003. 12. 31.까지는 매수인들과 사이에 위탁관리 선수금에 관하여 어떠한 약정도 체결하지 않았고, ㉯ 뒤늦게 약관을 임의로 개정하여 매매대금 중 토지대금을 정산한 나머지 금액을 위탁관리 선수금으로 쓸 수 있다는 막연한 내용을 추가하였으나, 구체적으로 위탁관리 선수금이 토지매매 중개수수료와 어떻게 구분되고 어떻게 그 금액을 산정할 것인지에 관하여 아무런 근거나 기준이 없었으며, ㉰ 위탁관리 선수금이 도농교류사업과 주말농장 환경개선, 경작물의 품직향상을 위한 경비라고 주장하였으나, 막상 2004. 9. 1.이후 법인등기부상 도농교류사업, 주말체험농장 전문 운영업은 목적 사업에서 삭제되었고, 경작물의 품질향상을 위한 비용은 성격상 따로 도시민들로부터 위탁관리 선수금으로 지급받을 것이 아니라, 농민들이 도시민에게 지급하고 남은 잔여 수확분인 위탁영농비로 충당되어야 하는 것이며, ㉱ 원고는 농업 ․ 농촌기본법에 따라 설립된 농업회사법인으로서 동법 및 동법 시행령에 따라 시행할 수 있는 사업이 한정되어 있는데, 농지위탁관리업은 거기에 포함되지도 않고, ㉲ 주말체험농장 내지는 농어촌 현장체험지도 기간이 20년이라는 내용은 당초의 농지매매계약서에 전혀 없었던 것으로서, 원고가 뒤늦게 2005. 7. 6. 일방적으로 도시민들에게 보낸 약관에 처음 등장하였으며, 따라서 이는 원고의 일방적 기준일 뿐 매수인인 도시민과의 합의에 따른 것이 아닌 점 등의 제반 사정에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 각 매매계약에 따라 도시민들로부터 받은 매매대금에서 매도인인 농민들에게 지급할 금액을 공제한 나머지 중 34%에 해당하는 부분을 위탁관리 선수금이라는 명목을 붙여 부채로 계상할 근거가 전혀 없음에도 불구하고, 무리하게 이를 손금 처리하였으므로, 피고가 이 사건 위탁관리 선수금을 각각 실제로 지급받은 시기별로 나누어 2003년 및 2004년 각 사업년도에 발생한 사업수입금액으로 보아 익금 처리한 후 원고에게 세금을 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

(4) 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구를 기각한다.

관련 법령

법인세법 제40조(손익의 귀속사업년도)

① 내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년오는 그 익금과 손금이 확저된 날이 속하는 사업년도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업년도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령이 정한다.

법인세법시행령 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업년도)

① 법 제40조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 ․ 제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 ‘건설 등’이라고 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이조에서도 같다)이 속하는 사업년도로 한다.

② 제1항을 적용함에 있어 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이조에서 같다.)이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업년도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업년도까지의 각 사업년도의 익금과 손금은 동항의 규정에도 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 ‘작업진행율’)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각 해당 사업년도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행율을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업년도의 익금과 손금에 각 산입한다.

농지법 제6조(농지의 소유제한)

② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 ①항에 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니하는 농지라도 이를 소유할 수 있다.

2-2. 주말 ･ 체험영농(농업인이 아닌 개인이 주말 등을 이용하여 취미 또는 여가활동으로 농작물을 경작하거나 다년생 식물을 지배하는 것을 말한다.)을 하고자 농지를 소유하는 경우

농지법 제10조(농업경영에 이용하지 아니하는 농지 등의 처분)

① 농지의 소유자가 다음 각호의 1에 해당하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날로부터 1년 이내에 당해 농지를 처분하여야 한다.

3-2 법 제6조 제2항 2-2호의 규정에 의하여 농지를 취득한 자가 자연재해 ･ 농지개량 ･ 질병 등 대통령령이 정하는 정당한 사유 없이 그 농지를 주말 ･ 체험영농에 이용하지 아니하게 되었다고 시장 ･ 군수 또는 구청장이 인정한 때

농업 ･ 농촌기본법 제16조(농업회사법인의 육성)

① 기업적으로 농업을 경영하거나 농산물의 유통 ･ 가공 ･ 판매를 하고자 하는 자 또는 농업인의 농작업을 대행하고자 하는 대통령령이 정하는 바에 의하여 농업회사법인을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농산물인 생산자단체로 하되, 농업인이 아닌 자도 대통령령이 정하는 비율의 범위 안에서 농업회사법인에 농업회사법인에 출자할 수 있다.

③ 농업회사법인의 설립 ･ 출자 및 부대사업 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

사업을 할 수 있다.

1. 영농에 필요한 자재의 생산 ･ 공급

2. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업

3. 농산물의 구매 ･ 비축사업

4. 농업기계 기타 장비의 임대 ･ 수리 ･ 보관사업

5. 소유모 관개시설의 수탁 ･ 관리사업. 끝.