주 문        

심사청구를 기각한다.

이 유

1. 원처분의 요지

 청구인은 ‘○○뉴타운사업 제○지구 도시개발구역’에 수용된 ○○○○시 ○○구 ○○○○ ○○○-○○번지 및 ○○○-○○번지 토지(이하 “이 사건 토지”라 한다) 및 청구외 2필지 토지(4필지 계 2,254㎡)에 대하여 2005. 10. 24. ○○○○○○○○○○(○○)공사에 수용 협의계약 체결․양도 후 ｢조세특례제한법｣ 제85조에 따라 기준시가로 양도소득과세표준을 산정하는 과정에서 위 4필지 수용토지에 대한 개별공시지가가 공시되어 있지 아니하자 임의로 인근토지 보상가 대비 개별공시지가 평균비율을 50～60% 정도로 보아 보상가 대비 58.25%를 기준으로 같은 해 12. 30. 양도소득과세표준을 예정신고하였고 양도소득세 117,945,440원을 자진납부 하였다. 그 후 2006. 5. 30. 양도소득과세표준 확정신고 시에는 자신이 감정평가사에게 평가받은 감정가액을 기준시가로 하여 양도소득과세표준을 신고하는 한편 추가로 양도소득세 24,592,690원을 자진납부하였다.

이에 대하여 처분청에서는 청구인이 이 사건 토지소재지 관할 ○○○세무서장이 산정한 기준시가를 적용하지 않고 양도소득과세표준을 과소 신고하였다고 보아 같은 해 5. 31. 양도소득세 45,251,400원을 추가로 부과․고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구취지

 이 사건 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

 이 사건 토지는 인근토지와 지목이 동일한 잡종지이나 ‘도로’로 이용되고 있는데도 부동산소재지 관할 세무서장은 인근유사토지의 개별공시지가보다 기준시가를 높게 산정하였고 처분청에서는 위 높게 산정된 기준시가를 적용하여 양도소득세를 부과하였으므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

 이 사건 토지소재지 관할 ○○○세무서장이 기준시가를 적정하게 산정하였는지 여부

나. 인정사실

 이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 구 ｢도시개발법｣ 제11조 제1항 제1호의 규정에 의한 사업시행자인 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○-○에 있는 ○○○○○○○○○○(○○)공사와 ‘○○뉴타운사업 제○지구 도시개발구역’에 편입된 같은 시 ○○구 ○○○○ ○○○-○○번지 외 5필지 토지(000-00, 000-00, 000-00, 000-000번지)를 2005. 10. 24. 수용 협의계약 체결하고 위 공사에 양도하였다.

(2) 청구인은 구 ｢소득세법｣(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 제4호의 규정에 따라 취득 후 1년 이내의 부동산인 같은 동 ○○○-○○○번지 토지에 대하여는 실지거래가액으로 신고하고, 같은 법 제96조 제1항의 규정에 따라 이 사건 토지와 청구외 2필지 토지에 대하여는 도시개발구역 내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례를 규정하고 있는 ｢조세특례제한법｣ 제85조의 규정에 따라 기준시가로 양도소득과세표준을 신고하려 하였으나 2005. 10. 24. 양도 당시에 2005년도 기준 개별공시지가가 공시되어 있지 아니하자 2005. 11. 18. 세무대리인을 통해 구 ｢소득세법｣ 제99조 제1항 가목의 규정에 따라 납세지관할세무서장인 ○○세무서장(처분청)에게 ‘개별공시지가 없는 토지의 가격평가신청서’를 제출하였다.

(3) 이 사건 토지소재지 관할 ○○○세무서장은 2005. 11. 25. 구 ｢소득세법 시행령｣(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제164조 제1항의 규정에 따라 ‘○○○○○’과 ‘주식회사 ○○○○○○법인’에 개별토지가격을 산정 의뢰한 후 같은 해 12. 8. 평가결과를 통보받고 ○○○○시 ○○구 ○○○○ ○○○-○○번지에 대하여는 ㎡당 421,000원, ○○○-○○번지에 대하여는 ㎡당 432,000원, ○○○-○○번지에 대하여는 ㎡당 532,000원, ○○○-○번지에 대하여는 ㎡당 304,000원으로 각각 기준시가를 산정하였다. 또한 같은 해 12. 15. 청구인의 세무대리인에게 위 기준시가 산정 내용을 통지하는 한편 2006. 1. 12. ○○○ 전산망에도 전산입력하였다.

(4) 청구인은 ○○○세무서장이 산정한 위 기준시가를 적용하지 않고 인근 토지의 보상가 대비 개별공시지가 평균비율이 50～60% 수준이라고 보아 이 사건 토지 등 4필지 수용토지에 대해 보상가의 58.25%를 기준으로 2005. 12. 30. 양도소득과세표준 예정신고 및 양도소득세 117,945,440원을 자진납부하였다.

(5) 처분청은 ○○○ 전산망에 입력된 이 사건 토지 및 청구외 2필지 토지에 대한 기준시가를 적용하여 양도소득과세표준을 산정하고 양도소득세 결정세액 187,789,540원에서 청구인이 기납부한 양도소득세 117,945,440원을 뺀 양도소득세 69,844,100원을 2006. 4. 12. 추가로 과세예고 결정․고지하였다.

(6) 청구인은 2006. 5. 16. 개인적으로 이 사건 토지 및 청구외 2필지 토지에 대하여 감정평가사에게 의뢰한 감정평가 결과에 따라 같은 해 5. 30. 양도소득과세표준 확정신고 시에 ○○○○시 ○○구 ○○○○ ○○○-○○번지, ○○○-○○번지 2필지 토지에 대하여는 위 감정평가사의 감정평가액과 ○○○세무서장이 산정한 기준시가가 서로 일치한다는 사유로 기준시가로 확정신고하였으나 이 사건 토지에 대하여는 위 감정평가사의 감정평가액이 ○○○세무서장이 산정한 기준시가보다 낮게 평가되자 위 감정평가사의 평가금액을 적용하여 ○○○○시 ○○구 ○○○○ ○○○-○○번지에 대하여는 기준시가 ㎡당 421,000원 보다 ㎡당 139,000원이 낮은 ㎡당 282,000원으로, 같은 동 ○○○-○○번지 토지에 대하여는 기준시가 ㎡당 432,000원보다 ㎡당 39,000원이 낮은 ㎡당 393,000원을 임의 적용하여 2006. 5. 30. 양도소득과세표준을 확정신고하는 한편 추가로 발생된 양도소득세 24,592,690원을 자진납부하였다.

(7) 처분청은 청구인이 2006. 5. 30. 확정신고 시 이 사건 토지에 대하여 ○○○세무서장이 산정한 기준시가를 적용하지 않고 감정평가사의 감정가액을 적용하여 양도소득과세표준을 과소 신고하였다는 사유로 같은 해 5. 31. 양도소득세 부족세액 45,251,400원을 추가로 부과하였다.

다. 이 사건 청구인과 ○○○세무서장 의뢰 ○○○○○ 등의 주장

(1) 청구인은 자신이 의뢰한 감정평가사의 평가결과를 내세워 ○○○세무서장이 이 사건 토지 중 ○○○○시 ○○구 ○○○○ ○○○-○○번지 토지는 ‘도로’로 이용되고 있는데도 기준시가를 ㎡당 421,000원으로 산정하여 모번지인 ○○○-○번지(지목 : 잡종지)의 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가 ㎡당 846,000원의 49.8% 수준에 이르게 되었고, 같은 동 ○○○-○○번지 토지 역시 ‘도로’로 이용되고 있는데도 기준시가를 ㎡당 432,000원으로 산정하여 모번지인 404-18번지(지목 : 잡종지)의 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가 ㎡당 23,800원보다 훨씬 높게 산정하였다고 주장한다.

(2) ○○○세무서장의 개별토지가격 산정 의뢰를 받아 감정평가를 실시했던 ○○○○원 ○○지점 및 주식회사 ○○○○○○법인 소속 담당 감정평가사(2인)는 이 사건 토지에 대하여 인근 표준지인 ○○○○시 ○○구 ○○○○ ○○○-○○번지, ○○○-○○○번지, ○○○-○○번지 등을 기준으로 개별요인을 고려하여 평가하여야 하며 이 사건 토지의 가격과 표준지공시지가 간에 균형이 유지되어야 하는 것으로 청구인이 비교표준지로 주장하는 ○○○○시 ○○구 ○○○○ ○○○-○번지와 ○○○-○○번지 토지는 표준지가 아니므로 동 토지의 개별공시지가를 직접 기준으로 평가할 수 없다는 답변을 2007. 2. 20. 우리 원에 제출하였다.

(3) ○○○○○○협회장은 우리 원의 인근유사토지 선정 관련 자문 의뢰에 대해 2007. 3. 21. 구 ｢소득세법｣ 제99조 및 같은 법 시행령 제164조의 규정에 의한 개별공시지가가 없는 토지의 평가는 당해 토지와 지목․이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 ｢부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣ 제9조 제2항의 규정에 의한 토지가격비준표에 의하여 평가하도록 규정하고 있어 이 사건 토지의 기준시가 산정 시 선정한 인근유사토지(표준지)는 위 법령에 의하여 지목․이용상황 등 지가형성요인이 유사하므로 적정한 것으로 판단된다는 의견을 제시하였다.

라. 관계 법령의 규정

(1) 구 ｢소득세법｣ 제94조 제1항 등에 따르면 양도소득은 당해 연도에 발생한 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 구 ｢소득세법｣ 제96조 제1항의 규정에 따르면 토지의 양도가액은 당해자산의 양도 당시의 기준시가에 의하되, 취득 후 1년 이내에 양도한 토지에 대해서는 실지거래가액에 의하도록 되어 있다.

(3) 구 ｢소득세법｣ 제99조 제1항 제1호 가목을 보면 토지에 대한 기준시가는 ｢부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 의한 개별공시지가로 하되 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 산정 하도록 하고 있다.

(4) 구 ｢소득세법｣ 제114조 제2항의 규정에 따르면 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정하도록 하고 있다.

 (5) 구 ｢소득세법 시행령｣ 제164조 제1항의 규정에 따르면 “법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 ‘대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액’이라 함은 다음 각 호 1에 해당하는 개별공시지가 없는 토지와 지목․이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 ｢부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣ 제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지관할세무서장(납세지관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지관할세무서장은 2이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.”고 규정되어 있다.

마. 판단

청구인은 개별공시지가 없는 이 사건 토지의 가액은 ｢소득세법｣의 규정에 따라 개별공시지가 없는 토지와 지목․이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 평가한 금액으로 하도록 되어 있음에도 이 사건 토지소재지 관할 ○○○세무서장은 “도로”로 이용되고 있는 이 사건 토지의 특성을 감안하지 아니한 채 ○○○○○에서 공시한 표준지만을 근거로 일반적인 평가방법으로 평가함으로써 기준시가를 높게 산정하였고, 처분청에서는 위 높게 산정된 기준시가를 적용하여 이 사건 처분하였으므로 취소되어야 한다고 주장한다.

 처분청은 이 사건 토지 소재지 관할 ○○○세무서장이 2개 ○○평가법인의 감정가액을 참작하여 산정한 기준시가를 적용하여 추가로 경정․고지한 이 사건 처분은 정당하다고 하고 있고, 이 사건 토지를 평가했던 ○○○○○ 외 1개 법인 소속 담당○○평가사(2인)는 인근표준지인 ○○○○시 ○○구 ○○○○ ○○○-○○번지, ○○○-○○○번지, ○○○-○○번지 등을 기준으로 개별요인을 고려하여 개별토지가격을 평가하였다고 하면서 청구인이 비교표준지라고 주장하는 같은 동 ○○○-○번지 및 ○○○-○○번지 토지는 표준지가 아니므로 동 토지의 개별공시지가를 직접 기준으로 평가할 수 없다는 의견이다.

또한, ○○○○○○협회장은 이 건에 대한 자문에서 이 사건 토지의 기준시가 산정 시 선정한 인근유사토지(표준지)는 ｢소득세법｣ 관련규정에 따라 지목․이용상황 등 지가형성요인이 유사하므로 적정하다는 의견을 제시하였다.

 살피건대, 청구인이 비교표준지라고 주장하는 ○○○○시 ○○구 ○○○○ ○○○-○번지 및 ○○○-○○번지는 표준지가 아닌 반면 ○○○○○ 외 1개 감정평가법인에서 제시한 같은 동 ○○○-○○번지, ○○○-○○○번지, ○○○-○○번지는 표준지임이 확인되고 있고 위 2개 ○○평가법인에서 ○○○세무서장에게 통보한 “토지특성조사표”와 “토지명세 및 산정단가”에는 인근지가를 기준으로 개별토지가격을 계산한 내역이 나타나고 있으므로 위 ○○평가법인에서 작성한 당해 “토지특성조사표”와 “토지명세 및 산정단가” 상에 인근지가를 기준으로 하여 감정되어 있는 가액의 평균액인 개별토지단가를 이 사건 토지에 대한 기준시가로 인정하는데 별다른 문제점이 있다고 보기 어렵다.

따라서 처분청에서 수용당시 개별공시지가가 없는 이 사건 토지에 대하여 ○○○세무서장이 산정한 기준시가를 적용하여 양도차액을 산정하고 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결론

 그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 처분은 잘못이 없고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.