주문

처분청은 1997. 7. 1.자로 청구인에 대하여 한 1993사업연도분 법인세 63,058,770원, 1994사업연도분 법인세 251,249,330원 및 농어촌특별세 12,189,540원의 각 부과처분을 취소하여야 한다.

이유

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1992. 2. 7. ㅇㅇㅇ공사(전, ㅇㅇㅇ개발공사 이하 ‘위 토지공사’라 한다)로부터 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 주차장 용지 8,742㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 4,371,000,000원에 매수하면서 계약금으로 당일 437,100,000원을, 나머지 대금은 첫해 부불금지급일인 1992. 5. 7.부터 잔금지급일인 1995. 2. 7.까지 12회에 걸쳐 분할납부하기로 계약을 체결하여 1995. 2. 7. 매매대금을 완납하고 같은 해 4. 6. 소유권이전등기를 경료한 데 대하여 위 첫회 부불금 지급일 이후 부지조성공사가 완료된 날인 1992. 12. 31.을 청구인이 이 사건 토지를 취득한 날로 보고 그 날부터 1년이 경과한 1993. 12. 31.까지 사용하지 아니하였다고 하여 이 사건 토지가 청구인의 비업무용토지에 속한다고 보아서 이 사건 토지의 보유와 관련된 지급이자상당액을 손금에 불산입하여 1997. 7. 1. 1993사업연도분 법인세 63,058,770원, 1994사업연도분 법인세 251,249,330원과 농어촌특별세 12,189,540원을 각 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 처분청이 이 사건 토지의 부지조성공사 완료일이 1992. 12. 31.라고 하여 그 날을 청구인의 취득시기로 보아 1년의 유예기간을 적용, 당해 토지를 비업무용부동산으로 판정하고, 지급이자를 손금부인하여 과세처분하였는바, 위 부지조성공사 완료일로부터 이 사건 토지를 사용하기 위해서는 계약서 제9조에 의하여 미지급한 토지대금에 대한 100%의 확실한 담보를 제공하여야 하는 데 청구인은 그러한 담보를 확보할 수 없기 때문에 이 사건 토지에 대한 사용승낙을 받을 수 없어 현실적으로 사용이 불가능하였던 것이며, 또한 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호에서 비업무용부동산이라 함은 “부동산을 취득한 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지에 대하여는 1년) 이내에 정당한 사유 없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산”을 규정하고 있으나 그 유예기간 산정의 기준이 되는 부동산의 취득시기에 대하여는 비업무용부동산 관련규정인 법인세법 제18조의3, 법인세법시행령 제43조의2, 법인세법시행규칙 제18조에서 따로 정한바 없으므로 법인의 특별부가세에 관한 법인세법 제59조의2 제4항, 법인세법시행령 제124조의2 제13항에서 그 대상 부동산의 취득시기에 대하여 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용하도록 규정하고 있다고 하더라도 법인의 비업무용부동산에 관련한 지급이자의 손금부인의 법리와 법인자산의 양도차익에 대한 과세는 그 입법목적과 취지가 다르므로 조세법률주의 원칙상 위 법인세 특별부가세에 관한 취득시기규정을 법인의 비업무용부동산의 판정에 그대로 적용할 수 없다고 보아야 하고, 지방세법시행령 제73조 제5항의 규정에서도 연부로 취득하는 경우의 취득시기는 매회 연부금지급일을 취득일로 보아 취득세를 부과하고 있으나 지방세법시행령 제84조의4 규정상의 비업무용부동산 여부를 판정하는 경우에는 지방세법시행령 제73조 제1항의 규정인 잔금지급일을 기준으로 판정하고 있어 법인의 특별부가세나 개인의 양도소득세에 관한 취득시기를 규정한 구 소득세법시행령 제53조의 규정을 적용하여 비업무용부동산으로 판정한 것은 상기 규정을 유추 또는 확대 적용한 것으로써 당해 부동산을 실제적으로 보유하여 이용할 수 있게 된 때인 토지대금의 잔금 지급일인 1995. 2. 7.을 취득시기로 보아 토지보유기간을 계산하여 비업무용부동산 여부를 판정하는 것이 마땅하다고 주장한다.

3. 당원의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 토지의 거래가 연불조건부 매매에 해당된다고 하면서 그 첫회 부불금 지급일 이후 부지조성공사가 완료된 날에 청구인이 이 사건 토지를 취득한 것으로 보아 비업무용부동산의 보유시기에 관한 규정을 적용한 이 사건 부과처분이 과연 정당한지의 여부에 있다.

먼저 관계 법령의 규정을 보면, 법인세법 제18조의3 제1항은 “다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다”라고 규정하면서, 그 제1호로 “당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것”을 들고 있고, 구 법인세법시행령 제43조의2 제1항(1990. 12. 31. 대통령령 13195호로 신설되어 1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 시행령)은 “법 제18조의3 제1항 제1호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산(이하 ‘비업무용부동산 등’이라 한다)을 말한다”고 하면서 그 제1호로 “부동산 취득 후 일정기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”을 들고 있으며 그 제3항에서 “제1항의 규정에 의한 비업무용부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 구 법인세법시행규칙 제18조 제3항(1995. 3. 30. 총리령 제492호로 개정되기 이전 시행규칙)은 “영 제43조의2 제1항 및 동조 제3항에서 비업무용 부동산이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다”고 규정하고, 그 제1호는 “취득 후 6월이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 취득 후 1년이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”을 들고 있으나 이에 관련한 자산의 취득시기나 보유시기에 관하여는 아무런 명문규정을 두고 있지 않는 반면에 법인의 토지 등 양도에 대한 특별부가세와 관련하여 구 법인세법 제59조의2 제4항(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)은 “토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다”고 규정하고, 구 법인세법시행령 제124조의2 제13항(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것)은 “법 제59조의2 제4항의 양도시기 및 취득시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용한다”고 규정하고 있으며 구 소득세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14083호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법시행령’이라 한다) 제53조 제1항 제3호는 “법 제51조 제6항의 연불조건의 경우에는 첫회 부불금의 지급일”을 자산의 양도 또는 취득의 시기로 규정하고 있고, 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제51조 제6항은 “거주자가 자산을 할부 또는 연불조건으로 판매한 경우에는 그 할부 또는 연불조건에 따라 당해 연도 및 그 후의 연도에 있어서 각 연도에 회수하였거나 회수할 판매금액과 이에 대응하는 비용을 당해 연도의 총수입금액과 필요경비에 각각 산입한다”고 규정하였으며, 위 구 소득세법시행령 제108조 제2항은 “법 제51조 제6항 및 제7항에서 규정하는 연불조건부 양도는 할부매매에 해당하지 아니하는 자산의 양도로서 개별약관에 의하여 판매 금액을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 다음 각 호에 해당하는 것으로 한다”고 규정하면서, 그 제1호로 “3회 이상으로 분할하여 판매금액 또는 수입금액을 받는 것”, 그 제2호로 “당해 목적물의 인도기간의 다음날부터 최종의 부불금의 지급기일까지의 기간이 2년 이상인 것”을 들고 있는바, 위 제2호의 내용을 보면 연불조건부 양도는 당해 목적물의 인도기간이 정하여 지고 지정된 인도기간의 다음날부터 부불금의 지급기일까지의 기간이 2년 이상이어야 함을 알 수 있다.

다음으로 청구인이 위 ㅇㅇ공사와 체결한 이 사건 부동산의 매매계약서를 보면, 그 제2조에서 용지의 용도라는 제목으로 매도인인 토지공사는 목적용지의 용도를 주차장 용지로 지정하고 매수인인 청구인이 계약체결일로부터 3년 이내에 이를 지정용도에 사용할 것을 승낙한다고 약정하고, 제16조 제1항에서 청구인이 이 사건 토지를 지정기일 내에 지정용도에 사용하지 않을 경우 위 ㅇㅇ공사가 계약을 해제하고 환매권을 행사할 수 있도록 하였고, 제21조에서 매매대금수납 최종약정일(이 사건의 경우는 1995. 2. 7.) 이후 이 사건 토지에 부과되는 조세 및 공과금을 청구인이 부담하도록 하였으며, 제15조 제3항에서 이 계약이 해제되었을 때에는 청구인이 이 사건 토지를 계약체결일 당시의 원상태로 회복하여 위 ㅇㅇ공사에게 인도하기로 약정한 사실을 인정할 수 있고 그 매매대금을 13회 걸쳐 분납하기로 계약하였음을 인정할 수 있다.

그러나 위 계약 제2조는 위 토지공사가 목적용지의 용도를 주차장 용지로 지정하고 청구인이 계약체결일부터 3년 이내에 이를 지정용도로 사용할 것을 승락한다고 규정하고 있어서 위 토지공사가 3년 이내에 그 사용을 승락한다는 취지가 아닐뿐더러 위 계약 제9조에서는 “목적용지의 사용승락”이라는 제목으로 청구인이 매매대금 전액을 완납한 후 지정용도로 사용하기 위하여 사용승락을 요구한 경우 이외에도 청구인이 미지급잔대금에 대하여 위 토지공사가 요구하는 확실한 담보를 제공하고 목적용지의 사용을 요구하는 경우에는 매매대금의 완납 전이라도 위 토지공사는 그 사용을 미리 청구인에게 허용할 수 있다고 약정하여 청구인이 위 제2조에 따라 그 3년 이내에 지정용도로 사용하기를 희망한다 하더라도 위 ㅇㅇ공사로서는 그 확실한 담보제공을 요구할 수 있고 그 담보제공이 없는 한 토지의 사용을 거절할 수 있는 것이어서 위 ㅇㅇ공사에게 그 3년 이내에 목적용지의 사용이나 인도를 하여줄 의무를 부담시키고 있는 것은 아닌 것이 명백하고 나아가 이 사건 토지를 1992. 12. 31. 부지조성공사를 완료하여 사실상 사용가능하게 되었다 하더라도 이 때를 인도기간으로 볼 수는 없으므로 위 약정들의 취지를 종합하면 청구인에게 이 사건 토지를 위 토지공사가 지정한 대로의 주차장용으로 사용할 의무를 지운 데 그 주된 목적이 있는 것일 뿐으로서 그 인도기간을 확정적으로 정한 것으로 볼 수 없을 뿐더러 청구인은 이 사건 토지를 1995. 2. 7. 매매대금을 완납하고 인도받은 사정을 관계 증빙에 의하여 인정할 수 있음에 비추어 위 매매를 구 소득세법시행령 제53조 제1항 제3호 소정의 연불매매라고 볼 수도 없다고 할 것이므로 1992. 2. 7. 용지매매계약을 체결하여 1995. 2. 7. 매매대금을 청산한 후 같은 해 4. 6. 소유권이전등기를 마친 이 사건 토지의 경우는 위 구 소득세법시행령 제53조 제1항 본문의 규정에 따라 매매대금 청산일인 1995. 2. 7.을 취득일로 보아야 할 것으로 판단된다.

따라서 처분청이 이 사건 토지의 매매를 연불조건매매로 인정하고서 이 사건 토지에 대한 첫회 부불금 지급일(1992. 5. 7.) 이후 부지조성공사가 완료된 날인 1992. 12. 31. 청구인이 이 사건 토지를 취득하여 보유하기 시작한 후 1년이 경과하도록 자기의 업무에 직접 사용하지 아니하였다고 보아서 1993사업연도분 및 1994사업연도분 지급이자를 손금불산입하고서 한 이 사건 부과 처분은 취득시기를 잘못 적용한데서 비롯된 것으로서 부당하다고 하겠다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 이 사건 부동산의 매매를 연불조건부매매로 인정하고서 첫회 부불금 지급일 이후 부지조성공사가 완료된 날에 청구인이 이 사건 토지를 취득한 것으로 보아서 한 이 사건 부과처분은 부당하고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.