주문

심사청구를 기각한다.

이유

1. 원처분의 요지

청구인은 1992. 4. 1.부터 1993. 3. 31.까지 사업연도에 청구인의 연구개발전담부서에 대한 기술․인력개발비로서 41,275,880원을 지출하고 그에 대한 기술․인력개발비 세액공제액을 8,149,534원으로 계산하는 등 별지, ‘기술․인력개발비 세액공제 신고내역’기재와 같이 1992. 4. 1.부터 1993. 3. 31.까지 사업연도부터 1996. 4. 1.부터 1997. 3. 31.까지 사업연도 사이에 기술․인력개발비로서 계 449,486,813원을 지출하고 그에 대한 기술․인력개발비 세액공제액을 계 78,542,298원(이하 ‘위 세액공제액’이라 한다)으로 계산하여 각 사업연도 법인세 신고를 하였다. 이에 대하여 처분청은 구 조세감면규제법(1994. 12. 22. 법률 제4806호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조감법’이라 한다) 제17조 제1항, 제2항, 구 조감법시행규칙(1994. 4. 13. ㅇㅇ령 제1570호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1항 및 구 기술개발촉진법시행규칙(1994. 7. 18. ㅇㅇ령 제460호로 전문 개정되기 전의 것) 제3조의3의 각 규정 또는 구 조세감면규제법(1996. 12. 30. 법률 제5195호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조감법’이라 한다) 제9조 제1항, 제2항, 구 조감법시행규칙(1996. 12. 20. ㅇㅇ령 제598호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조감법시행규칙’이라 한다) 제7조 제1항 및 기술개발촉진법시행규칙(1994. 7. 18.개정, ㅇㅇ령 제460호) 제5조의 각 규정에 의하면 기업 내 연구개발전담부서로서 기술․인력개발비 세액공제를 적용받기 위하여는 ㅇㅇㅇ장관(현, ㅇㅇㅇ장관, 이하 같다) 또는 ㅇㅇㅇ협회장에 대하여 신고를 하여야 하는데도 청구인은 임의로 설치한 연구개발전담부서에서 기술․인력개발비를 지출하였던 것이므로 그에 대하여는 세액공제를 적용받을 수 없는 것이라고 보아 1992. 4. 1.부터 1993. 3. 31.까지 사업연도부터 1996. 4. 1.부터 1997. 3. 31.까지 사업연도 사이에 법인세 계 103,020,620원(1992. 4. 1. - 1993. 3. 31. 사업연도 귀속분 12,807,800원, 1993. 4. 1. - 1994. 3. 31. 사업연도 귀속분 26,331,600원, 1994. 4. 1. - 1995. 3. 31. 사업연도 귀속분 23,465,850원, 1995. 4. 1. - 1996. 3. 31. 사업연도 귀속분 18,111,860원, 1996. 4. 1. - 1997. 3. 31. 사업연도 귀속분 22,303,510원, 각 가산세 포함)을 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 구 조감법시행규칙 제6조 제1항 또는 조감법시행규칙 제7조 제1항의 각 규정에 의하면 기술․인력개발비 세액공제의 적용대상이 되는 기업의 연구개발전담부서는 구 기술개발촉진법 제3조의3 또는 기술개발촉진법 제5조에서 규정하는 기업의 연구개발전담부서라고 되어 있고, 구 기술개발촉진법 제3조의 3 또는 기술개발촉진법 제5조의 각 제1항의 규정은 기업 내 연구개발전담부서의 요건으로 명칭, 주요업무, 연구전담요원에 관한 것을 들고 있을 뿐이고, 다만, 각 제2항의 규정은 ㅇㅇㅇ장관은 조세 등의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에 위 기업 내 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다고 규정하고 있는바, 이 제2항의 규정에 의한 신고는 강제성이 없는 것이어서 기업 내 연구개발전담부서라고 하기 위한 필수적인 요건은 아니라 할 것인데도 처분청이 구 기술개발촉진법 제3조의3 제1항 및 기술개발촉진법 제5조 제1항의 각 규정에 정한 요건을 갖춘 청구인의 연구개발전담부서에 관하여 단지 당국에 신고를 하지 아니하였다는 사유만으로 기술․인력개발비 세액공제를 부인하고 이 사건 부과처분을 한 것은 위법 또는 부당하다고 주장한다.

3. 당원의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 ㅇㅇㅇ협회장 등에 신고를 하지 아니한 기업 내의 연구개발전담부서가 기술․인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부에 있다고 할 것이다.

우선, 청구인이 기술․인력개발비 세액공제를 적용하여 법인세 신고를 한 경위 및 처분청이 그 공제를 부인하고 이 사건 부과처분을 하게 된 경위 등 사실 관계를 보면, 청구인은 의약품, 건강식품, 화장품 및 의약부외품의 제조 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인으로서 청구인의 마케팅부에 제품개발(PRODUCT DEVELOPE)과를 설치하여 1991. 2. 1. 직원인 ㅇㅇㅇ 외 2인에게 위 제품개발과에서 근무하도록 인사(전보)명령을 내고 의약품 등의 제조에 따른 연구개발업무를 담당하게 한 사실, 그 후 청구인은 별지, ‘기술․인력개발비 세액공제 신고내역’기재와 같이 위 제품개발과에서 발생한 인건비 및 시험개발비 등을 기술․인력개발비 중 자체기술개발비로 보고 그에 대한 세액공제를 적용하여 법인세 신고를 한 사실, 이에 처분청은 위 기술․인력개발비는 당국에 대한 기업 내 연구개발전담부서의 신고 및 확인을 거치지 않고서 발생된 비용이어서 기술․인력개발비 세액공제의 적용대상이 되지 않는다고 보아 이 사건 부과처분을 한 사실 그리고 청구인은 1998. 1. 7. ㅇㅇㅇ협회장에게 기업 내의 연구개발전담부서 신고를 하고 같은 해 2. 4. 같은 회장으로부터 그 확인을 받은 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다.

다음 관계 법령의 규정을 보면, 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제에 관하여 구 조감법 제17조 제1항, 제2항 또는 조감법 제9조 제1항, 제2항의 각 규정에 의하면 제조업 등을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 ㅇㅇㅇ령이 정하는 비용(기술․인력개발비)이 있는 경우에 법 소정의 비율에 의하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 되어 있고, 구 조감법시행령(1994. 12. 31. ㅇㅇㅇ령 제14477호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 및 조감법시행령(1996. 12. 31. ㅇㅇㅇ령 제15197호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항의 각 규정에 의하면 위 “ㅇㅇㅇ령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표의 비용을 말한다고 되어 있으며, 구 조감법시행령 별표 6 또는 조감법시행령 별표 4 중 1. 기술개발란의 가목의 규정에 의하면 자체기술개발의 경우에 위 세액공제를 적용받는 비용은 전담부서에서 근무 하는 연구요원으로서 ㅇㅇ령이 정하는 자의 인건비, 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 시험연구비 및 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구용 물품․기자재․ 장비․시설의 임차에 필요한 비용 등이라고 되어 있고, 구 조감법시행령 별표 5 또는 조감법시행령 별표 3 중 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목의 규정에 의하면 기업의 연구개발전담부서에 관하여는 ㅇㅇㅇ령 또는 ㅇㅇ령이 정하도록 되어 있는 데 구 조감법시행규칙 제6조 제1항 및 조감법시행규칙 제7조 제1항의 각 규정에 의하면 기업의 연구개발전담부서라 함은 구 기술개발촉진법시행규칙 제3조의3 또는 기술개발촉진법시행규칙 제5조에서 규정하는 기업의 연구개발전담부서를 말한다고 되어 있다.

여기서 구 기술개발촉진법시행규칙 제3조의3 또는 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 각 제1항의 규정을 보면 기업의 연구개발전담부서는 기업부설연구소 및 과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명칭으로 되어 있고, 과학기술분야의 연구개발업무가 주요업무로 되어 있으며, 과학기술 또는 자연계 분야의 학사 이상의 학위를 가졌거나 국가기술자격법에 의한 기술계의 기사 1급 이상의 기술자격을 가진 자 1인 이상이 연구전담요원으로 늘 확보되어 있는 기업 내의 연구개발전담부서를 말한다고 되어 있고, 각 제2항의 규정에 의하면 과학기술처장관은 조세․금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업 내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있고, 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시하도록 되어 있으며, 그 위임을 받아 고시된 기업부설연구소및기업내연구개발전담부서의신고요령(1991. 2. 1. 제정, ㅇㅇㅇ 고시 제1991-2호 및 1992. 2. 28. 개정, ㅇㅇㅇ 고시 제1992-3호, 이하 ‘구 신고요령’이라 한다) 제4조 제1항, 제2항 또는 기업부설연구소와기업의연구개발전담부서및과학기술분야의영리를목적으로하는법인의 신고요령(1994. 11. 10. 개정, ㅇㅇㅇ 고시 제1994-16호, 이하 ‘신고요령’이라 한다) 제4조 제1항, 제2항의 각 규정에 의하면 위 구 기술개발촉진법시행규칙 제3조의3 제2항 또는 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제2항의 각 규정에 의하여 전담부서를 신고하고자 하는 자는 신고서에 연구사업의 개요, 전담부서의 조직 및 직원의 현황 등을 기재한 서류를 첨부하여 ㅇㅇㅇ장관 또는 ㅇㅇㅇ협회장에게 제출하여야 하고 ㅇㅇㅇ장관 또는 ㅇㅇㅇ협회장이 전담부서의 신고를 받은 때에는 연구개발전담부서 확인서를 교부하여야 한다고 되어 있다.

한편, 구 신고요령 및 신고요령의 각 제5조의 규정에 의하면 전담부서의 신고사항에 변경사항이 있을 때에는 이를 신고하여야 한다고 되어 있고, 각 제7조의 규정에 의하면 ㅇㅇㅇ장관 또는 ㅇㅇㅇ협회장은 전담부서를 신고한 자가 그 기준(요건)에 미달하거나 연구개발 활동이 없거나 연구개발 수행능력이 없다고 인정되는 때 등의 경우에는 전담부서의 확인을 취소할 수 있다고 되어 있으며, 신고요령 제6조의 규정에 의하면 전담부서를 신고한 자는 당해 전담부서에서 수행하는 연구개발활동에 대하여 전년도 사업실적 및 당해 연도 사업계획을 매년 4. 15.까지 ㅇㅇㅇ협회장에게 보고하여야 한다고 되어 있다.

살피건대, 위 관계 법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 기업의 연구개발전담부서에 관하여 그 요건을 정할 뿐만 아니라 조세 등의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에 신고․확인의 절차에 관하여 규정하고 기준(요건)에 미달하거나 연구개발활동이 없는 등의 경우에는 그 확인을 취소할 수 있도록 한 것은 기업 내에 연구개발전담부서를 설치하여 기술개발을 하는 경우에 조세 등의 지원이 필요한 범위, 요건 및 절차를 정하여 조세감면의 목적을 달성하고자 하는 것으로서 기업이 위와 같은 신고 등의 절차를 거치지 아니한 채 임의로 기술개발전담부서를 설치하거나 기술개발을 도모한다 하여 조세감면의 대상이 된다고 볼 수는 없다 할 것이다.

그런데, 위 인정사실에 의하면 청구인은 1998. 1. 7.에 이르기까지 연구개발전담부서를 신고하지 아니한 것이 명백하므로 그 신고를 하기 이전의 사업연도에 있어서는 기술․인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다고 할 것이어서 이와 다른 견해를 전제로 한 청구 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구인은 기술․인력개발비 세액공제의 적용대상이 되지 않는다고 보아서 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.