주문
심사청구를 기각한다.
이유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 청구인의 연구개발전담부서인 기업부설연구소의 연구요원 인건비로 1993사업연도에 165,956,593원, 1994사업연도에 358,537,830원을 각 지출하고 그에 대한 기술ㆍ인력개발비 세액공제액을 1993사업연도에 36,173,252원, 1994사업연도에 124,168,608원으로 각 신고한 데 대하여, 청구인의 연구개발전담부서는 1995. 3. 3.에야 ○○진흥협회장으로부터 기술개발촉진법시행령 제14조 제1항의 규정에 따른 기업부설연구소로 인정받았기 때문에 그 전의 위 각 사업연도에 지출한 연구요원 인건비는 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다고 보아 1998. 5. 16.자로 청구인에 대하여 1993사업연도 중 법인세 39,750,590원, 1994사업연도 중 법인세 133,434,200원, 계 173,184,790원을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 구 조세감면규제법령의 규정에 의하면 기술ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 되는 연구요원 인건비는 연구개발전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원에게 지급하는 급여일 것으로만 규정하고 있고 당시의 기술개발촉진법시행규칙 제3조의3의 규정에 의하면 연구개발전담부서의 요건으로 명칭, 주요업무, 연구전담요원에 관한 것을 들고 있을 뿐이어서 위 관계 법령의 규정에 의하면 연구개발전담부서의 등록 또는 인가여부에 따라 세액공제 대상여부가 달라지는 것이 아닌데도 처분청이 관계 법령의 근거도 없이 ○○진흥협회장 등의 인가를 받지 않은 연구개발전담부서의 인건비는 기술ㆍ인력개발비 세액공제의 적용대상이 되지 않는다고 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 잘못일 뿐 아니라 1995. 2. 22.에 발표된 국세청 예규에 따라 그 전 과세연도의 기술ㆍ인력개발비 세액공제에 대해 위와 같이 해석한 것은 소급과세금지의 원칙을 위반한 것이라고 주장한다.
3. 당원의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 ○○진흥협회장 등에 신고를 하지 아니한 기업의 연구개발전담부서가 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부에 있다.
우선, 청구인이 위 각 사업연도 중 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하여 법인세 신고를 한 경위 및 처분청이 그 공제를 부인하고 이 사건 부과처분을 한 경위 등 사실 관계를 보면, 청구인은 내연기관 방열기, 자동차 부속품 제조 판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 1993사업연도 이후 신기술개발을 위한 연구개발전담부서로 ‘ㅇㅇ라디에터 기술연구소’라는 명칭의 연구소를 설치한 후 ○○진흥협회장에게 1995. 1. 27. 기술개발촉진법시행령 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소로 신고하여 같은 해 3. 3. 그 인정을 받은 사실, 청구인은 위 연구소의 연구요원인건비로 1993사업연도에 165,956,593원, 1994사업연도에 358,537,830원을 각 지출하고 그에 대한 기술ㆍ인력개발비 세액공제액을 1993사업연도에 36,173,252원, 1994사업연도에 124,168,608원으로 각 신고한 사실 그리고 처분청은 위 연구요원 인건비가 ○○진흥협회장에게 신고하여 기업 내 연구개발전담부서로 인정받기 전에 지출된 것이어서 기술ㆍ인력개발비 세액공제의 적용대상이 되지 않는다고 보아 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다.
다음, 관계 법령의 규정을 보면 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문 개정되기 전의 것) 제17조 제1항, 제2항 및 구 조세감면규제법(1994. 12. 22. 법률 제4806호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항, 제2항의 규정에 의하면 제조업 등을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(기술ㆍ인력개발비)이 있는 경우에 법 소정의 비율에 의하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 되어 있고, 구 같은 법 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항 및 구 같은 법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14477호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항의 규정에 의하면 위 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표의 비용을 말한다고 되어 있으며, 그 별표의 규정에 의하면 자체기술개발의 경우에 위 세액공제를 적용받는 비용은 기업의 연구개발전담부서에서 근무하는 연구요원으로서 재무부령이 정하는 자의 인건비 등인 데 기업의 연구개발전담부서에 관하여는 재무부령에서 정하도록 되어 있고, 구 같은 법 시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1항 및 구 같은 법 시행규칙(1994. 12. 31. 총리령 제479호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항의 각 규정에 의하면 재무부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서라 함은 구 기술개발 촉진법시행규칙 제3조의3에 규정하는 기업의 연구개발전담부서를 말한다고 되어 있다.
여기서 기술개발촉진법 제8조의3 제1항 제2호, 구 같은 법 시행령(1994. 5. 30. 대통령령 제14276호로 개정되기 전의 것) 제13조의2 제1항의 규정에 의하면 과학기술처장관은 연구와 지원 등을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 기업에 부설된 연구소로 하여금 총리령으로 정하는 사항을 신고하게 하여 이를 기업부설연구소로 인정할 수 있는 데 구 같은 법 시행규칙(1994. 7. 18. 총리령 제460호로 전문 개정되기 전의 것) 제3조의2 제4항, 제3조의3의 각 규정에 의하면 기업의 연구개발전담부서는 기업부설연구소 및 기업 내의 연구개발전담부서로 하되 그 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시하도록 되어 있고 그 위임을 받아 고시된 기업부설연구소및기업내연구개발전담부서의신고요령(1991. 2. 1. 제정, 과학기술처 고시 제1991-2호 및 1992. 2. 28. 개정, 과학기술처 고시 제1992-3호)은 기업부설연구소 등 기업의 연구개발전담부서의 신고, 확인 및 변경신고의 절차와 확인의 취소 사유 등에 관하여 규정하고 있다.
살피건대, 위 관계 법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 기업의 연구개발전담부서에 관하여 그 요건을 정할 뿐만 아니라 지원이 필요하다고 인정되는 경우에 신고ㆍ확인 등 절차와 확인의 취소사유에 관하여 규정한 것은 기업에 연구개발전담부서를 설치하여 기술개발을 하는 경우에 조세 등의 지원이 필요한 범위, 요건 및 절차를 정하여 조세감면의 목적을 달성하고자 하는 것으로서 기업이 위와 같은 신고 등의 절차를 거치지 아니한 채 임의로 연구소 등 연구개발전담부서를 설치하거나 기술개발을 도모한다 하여 조세감면의 대상이 된다고 볼 수는 없다 할 것이다.
그런데, 위 인정사실에 의하면 청구인은 1995. 1. 27.에 이르기까지 기업부설연구소의 신고를 하지 아니하였으므로 그 신고를 하기 이전의 사업연도에 있어서는 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다 할 것이다. 나아가 이 사건 부과처분이 청구인의 위 각 사업연도 납세의무 성립 당시의 조세법규에 근거하는 이상 그 해석과 관련하여 과세관청 내부에서 세법의 해석 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과한 국세청 예규를 참작하였다 하여 소급과세라 할 수도 없으므로 청구인의 주장은 어느 모로 보나 이유 없는 것이라 하겠다.
4. 결론
그렇다면 청구인이 위 각 사업연도 중 지출한 연구요원 인건비는 기술․인력개발비 세액공제의 적용대상이 되지 않는다고 보아서 한 이 사건 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.