주문

처분청은 2004. 7. 5. 청구인에게 한 부가가치세 408,429,640원의 부과처분을 취소하여야 한다.

이유

1. 원처분의 요지

(주) ㅇㅇㅇㅇㅇ(2004. 11. 23. 법원 파산선고, 이하 “ㅇㅇㅇㅇㅇ”이라 한다) 이 1998. 12. 4. 청구외 ㅇㅇㅇㅇ(주)(이하 “ㅇㅇㅇㅇ”이라 한다)로부터 공급가액 2,968,723,638원, 부가가치세 296,872,362원(이하 “쟁점세액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “이 사건 세금계산서”라 한다)를 교부받아 1999년도 제1기분 예정신고기간에 매출세액에서 위 쟁점세액(매입세액)을 공제하여 부가가치세를 신고납부한 데 대하여 처분청은 쟁점세액을 공제받는 과세기간은 1998년도 제2기인데도 1999년 제1기 매입세액으로 공제하였다하여 2004. 7. 5. 위 업체에 1999년도 제1기분 부가가치세 408,429,640원(가산세 포함)을 부과고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

ㅇㅇㅇㅇㅇ 담당직원 실수로 1998년도 제2기 귀속으로 신고하여야 할 이 사건세금계산서 매입부가가치세를 1999년도 제1기로 잘못 신고하였으나 ㅇㅇㅇㅇ에 지급한 부가가치세는 ㅇㅇㅇㅇ이 국가에 납부하였으므로 국가의 과세권이 침해되지 아니하였으며 처분청이 과세권을 늦게 행사하여 수정신고 할 기회가 상실되었는데도 이를 감안하지 않고 부가가치세를 소급 추징함은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건 세금계산서의 부가가치세 매입세액공제를 불인정하고 부가가치세를 부과한 것이 정당한지 여부

나. 인정사실

이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) ㅇㅇㅇㅇㅇ은 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 토지에 아파트형공장을 신축하기 위하여 1997. 7. 31. (주) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(이하 “ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ”이라 한다)을 수탁인으로 하여 신탁계약을 체결하고, ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 ㅇㅇㅇㅇ과 위 건축물 공사도급계약을 체결하였다.

(2) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 1998. 12. 4. 청구인의 수탁인으로서 ㅇㅇㅇㅇ로부터 공급자를 ㅇㅇㅇㅇ, 공급받는 자를 ㅇㅇㅇㅇㅇ로 하여 공급가액 2,968,723,638원, 세액 296,872,362원으로 각 기재된 세금계산서를 교부받았다. 그 후 1999. 1. 16. ㅇㅇㅇㅇㅇ에 이 사건 세금계산서를 1998년도 제2기 부가가치세 확정신고자료로 송부하였다.

(3) ㅇㅇㅇㅇㅇ은 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ과 ㅇㅇㅇㅇ이 ㅇㅇㅇㅇㅇ의 의사와 무관하게 위 공사대금을 정하였기 때문에 위 공사대금을 인정할 수 없다 하여 이 사건 세금계산서를 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ에 반송하자 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 1999. 4. 7. 이를 다시 송부하였다.

(4) ㅇㅇㅇㅇㅇ은 1999. 4. 25. 1999년도 제1기분 부가가치세 예정신고를 하면서 위 1998. 12. 4.자 이 사건 세금계산서의 부가가치세 296,872,362원을 부가가치세 매출세액에서 공제하였다.

(5) 처분청은 ㅇㅇㅇㅇㅇ의 이 사건 세금계산서에 대한 부가가치세 세액공제가 부당하게 이루어졌다고 보아 2004. 7. 5. ㅇㅇㅇㅇㅇ에 대하여 1999년도 제1기분 부가가치세 408,429,640원(가산세 포함)을 부과고지하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 국세기본법 제15조에 「납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다」고 규정하고 있다.

(2) 국세기본법 제26조의2 제1항에 「국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다」고 규정하면서, 그 제1호에 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간을, 제3호에 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간을 들고 있다.

(3) 구 국세기본법(2000. 12. 29. 법률 제6303호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에 「과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정 신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다」고 규정하면서 그 제1호에 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때를 들고 있다.

(4) 부가가치세법 제3조 제1항의 규정에 따르면 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 제1기는 1월 1일부터 6월 30일까지, 제2기는 7월 1일부터 12월 31일까지로 되어 있다.

(5) 부가가치세법 제17조 제1항에 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화ㆍ용역의 공급 또는 재화의 수입에 대한 세액을 공제한 금액으로 규정하고 있다.

(6) 부가가치세법 제18조 제1항 및 제4항의 규정에 따르면 사업자는 각 과세기간 중 예정신고기간(제1기분 : 1월 1일부터 3월 31일까지, 제2기분 : 7월 1일부터 9월 30일까지)의 종료 후 25일내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하며 예정신고와 함께 그 예정신고기간의 납부세액을 납부하도록 되어 있다.

(7) 부가가치세법 시행령 제64조 제2항의 규정에 따르면 법 제18조제1항의 규정에 의한 부가가치세의 예정신고에 있어서는 사업자의 인적사항, 납부세액 및 그 계산근거, 공제세액 및 그 계산근거를 기재한 부가가치세 예정신고서와 함께 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함)하도록 되어 있다.

(8) 부가가치세법 제19조 제1항의 규정에 따르면 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간종료 후 25일내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하며 확정신고와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 납부하도록 되어 있다.

라. 판단

이 사건 부가가치세 과세기간을 잘못 신고한데 대하여 부과제척기간이 임박한 시기에 부과처분을 한 것이 정당한지 여부에 대하여 살펴본다.

위 인정사실에서 보는 바와 같이 ㅇㅇㅇㅇㅇ의 수탁자인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 ○○시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지에 아파트형공장을 신축하는 공사도급계약을 ㅇㅇㅇㅇ과 체결, ㅇㅇㅇㅇ에 부가가치세를 포함한 공사비를 지급하고 ㅇㅇㅇㅇ로부터 관련 세금계산서를 교부받았으며, ㅇㅇㅇㅇ은 그 지급받은 부가가치세액을 매출세액으로 사업장관할 세무서장에게 납부하였으므로 설령 ㅇㅇㅇㅇㅇ이 쟁점세액을 정당한 과세기간이 아닌 시기에 신고하여 매입세액의 공제를 받았다 하더라도 조세회피 목적이 없다고 보여 진다.

또한, 이 사건 ㅇㅇㅇㅇㅇ이 과세기간을 달리하여 신고한 후 법적기한 내에 경정청구를 하지 아니한 잘못은 있으나 ㅇㅇㅇㅇㅇ은 쟁점세액을 1998년 제2기분 부가가치세 확정신고 시 매입세액 공제를 하지 아니하고 그 다음연도 제1기 예정신고 시 매입세액 공제를 함으로써 결과적으로 세금을 국가에 미리 납부한 결과가 될 뿐만 아니라 이로 인하여 국가의 과세권이 부당하게 침해되지도 아니하였다.

그리고 만약 처분청이 부가가치세 신고 오류사실을 ㅇㅇ건설의 경정청구권의 행사가 가능한 시점에 발견하였더라면 처분청이 직권으로 해당 부가가치세에 대하여 감액(1998년 제2기분) 및 증액(1999년 제1기분) 경정결정을 하였을 것이나 처분청에서 부가가치세 불부합 과세자료에 대하여 조사ㆍ확인을 거쳐 종결처리하기까지 통상 2년 내지 2년 6개월 정도 소요되는 점을 고려할 때 이 사건 1998년 제2기분 부과제척기간이 경과되고 1999년 제1기분 부과제척기간의 종료가 임박한 시점에 청구인이 제출한 일부 매입분 세금계산서가 과세기간이 다르다는 사실을 발견하여 부과고지한 것은 국세기본법 제15조의 규정에 따른 성실한 직무수행으로 보기 어렵다.

따라서 이 사건 위와 같이 1998년 제2기분 부가가치세에 대한 납세자의 경정청구권이 이미 소멸되어 청구인은 경정청구를 할 수 없고, 부과제척기간이 경과되어 처분청도 직권으로 감액경정결정을 할 수 없다면 청구인이 당초 신고한 내용을 그대로 인정함이 타당하다.

4. 결론

그렇다면 처분청의 이 사건 부과처분이 매입세액에 대한 과세기간을 잘못 신고한데 따른 것이기는 하나 해당 부가가치세가 국가에 납부되어 과세권의 침해가 없어 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.