주문

주위적 및 예비적 심사청구를 모두 기각한다.

이유

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ○○번지 대지 3,101.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 청구 외 (주) ㅇㅇ백화점( 1997. 10. 8. (주) ㅇㅇ 유통으로 개명, 이하 ‘ㅇㅇ백화점’이라 한다)에 1997. 3. 31. 양도하고 실거래가액을 18,100,000,000원으로 하여 양도소득세를 신고납부하였으나 실거래가액을 28,850,000,000원으로 보아 차액에 대하여 1997. 12. 1.자로 양도소득세 등 3,762,337,980원을 부과, 고지(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)하는 처분을 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 주위적 청구사항으로 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 청구인은 1994. 3. 30. 청구인이 소유하고 있던 이 사건 토지와 청구인 외 2인이 소유하고 있던 청구 외 (주) ㅇㅇ백화점(이하 ‘ㅇㅇ백화점’이라 한다)의 비상장주식 600,000주 및 청구인 외 7인이 소유하고 있던 청구 외 (주) ㅇㅇ웰비(이하 ‘ㅇㅇ’라 한다)의 비상장주식 10,000주를 양도하기 위하여 양도인측 대표인 청구인과 양수인(주식양수자 : ㅇㅇㅇ 및 (주) ㅇㅇ마케팅서비스, 토지양수자 : (주) ㅇㅇ백화점)측 대표인 청구 외 ㅇㅇㅇ(이하 ‘ㅇㅇㅇ’이라 한다)과 “주식과 부동산 양도양수 및 채권채무인수에 관한 기본계약서”(이하 ‘기본계약서’라 한다)를 작성하면서 이 사건 토지의 양도 대금을 28,850,000,000원으로 책정하였으나 이 사건 토지에는 ㅇㅇ백화점 건물이 건축되어 있고 ㅇㅇ백화점에서 은행융자시 이 사건 토지가 담보로 제공되어 있는 등 ㅇㅇ백화점과 불가분의 관계에 있었으며 ㅇㅇ백화점은 결손의 누적으로 사업 전망이 불투명함에 따라 ㅇㅇ백화점 등의 순자산가액을 확인하여 토지의 양도가액을 확정하기로 약정하고 ㅇㅇ백화점 및 ㅇㅇ의 순자산가액을 평가해 본 결과 기본계약서 작성 당시 예상했던 1994. 3. 31. 현재 순자산가액이 적자인 △5,662,000,000원보다 10,774,262,345원이 더 적은 △16,436,262,345원으로 확인됨에 따라 1994. 12. 29. 이 사건 토지에 대한 부동산매매계약서(이하 ‘수정계약서’라 한다)를 재작성 하면서는 기본계약서상의 이 사건 토지 양도대금 28,850,000,000원에서 위 2개 법인의 순자산 평가결과 확인된 추가적자상당액 △10,750,000,000원(실제 추가 적자액은 △10,774,262,345원이나 위 금액으로 합의)을 차감하여 이 사건 토지 양도가액을 18,100,000,000원으로 변경하였고 실제 수령한 금액도 수정계약서상의 금액을 수령하였을 뿐만 아니라 1997. 8. 14. ㅇㅇㅇㅇ으로부터 질의회신을 받은 내용도 “당초 계약시 토지 거래허가 및 토지․건물에 대한 양도대금의 확정방법을 특약한 조건부 계약을 체결하였다가 토지거래허가 후 그 특약조건의 성취에 따라 확정된 양도대금으로 재계약을 체결하고 그 재계약에 의한 대금이 지급되는 경우의 당해 토지 및 건물에 대한 양도가액은 그 재계약에 의하여 지급된 금액이 된다”라고 하고 있음에도 처분청에서 기본계약서상의 양도금액 28,850,000,000원을 이 사건 토지의 양도가액으로 보고 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하며,

예비적 청구사항으로 이 사건 토지 양도대금을 19,645,000,000원으로 하여 달라는 청구를 하면서 그 이유로서 청구인이 실제 지급받은 금액은 이 사건 토지 양도 대금 18,100,000,000원, ㅇㅇ백화점 주식대금 1,500,000,000원 및 ㅇㅇ 주식대금 45,000,000원, 합계 19,645,000,000원(다른 주주들의 주식양도대금 1,505,000,000원 제외)을 지급 받았으므로 처분청의 견해와 같이 결손누적 비상장법인의 주식가액은 인정하지 않는다고 하여도 이 사건 토지 양도대금은 실제 수령한 19,645,000,000원을 초과할 수 없으므로 양도가액을 19,645,000,000원으로 하여야 한다고 주장한다.

3. 당원의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 토지의 양도가액을 얼마로 보아야 하는지에 있다.

먼저 관련 법령의 규정을 보면, 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의하면 양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정되어 있는바 이 규정에서 “총수입금액” 이라 함은 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 양도하는 대가로 취득하는 모든 수입을 뜻한다고 할 것이고 그 대가에 해당하는지의 여부는 실질과세 원칙상 그 명목여하에 관계 없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지 여부에 의하여 판단하여야 할 것이다.

다음으로 이 사건 토지 양도경위 및 이 사건 부과처분 경위 등 사실 관계를 살펴보면, 청구인은 청구인이 소유하고 있던 이 사건 토지와 청구인 및 청구 외 ㅇㅇㅇ, 청구 외 ㅇㅇㅇ 등 3인이 소유하고 있던 ㅇㅇ백화점 비상장주식 600,000주(청구인 393,225주, ㅇㅇㅇ 116,824주, ㅇㅇㅇ 89,951주) 및 청구인 외 7인이 소유하고 있던 ㅇㅇ 비상장주식 10,000주(청구인 9,000주, 기타 6인 1,000주)를 양도(ㅇㅇ백화점 주식 양수자 : ㅇㅇㅇ 300,000주, (주) ㅇㅇ마케팅서비스 300,000주, ㅇㅇ 주식 양수자 : ㅇㅇㅇ, 이 사건 토지 양수자 : ㅇㅇ백화점)하기 위하여 1994. 3. 30. 계약일 현재 ㅇㅇ백화점 및 ㅇㅇ의 순자산가액(△19,334,000,000원 상당)에서 ㅇㅇ백화점 소유의 토지평가차익(13,671,000,000원 상당)을 차감한 금액 △5,662,000,000원을 위 2개 법인의 순자산가액으로 보고, 여기에 이 사건 토지의 평가액 34,737,000,000원과 청구인 등이 위 2개 법인에 대여해 준 법인의 주주임원단기채무액 11,300,000,000원 등을 합하여 총 43,200,000,000원에 양도하는 것으로 약정하고 양수인 측 대표인 ㅇㅇㅇ과 1994. 3. 30. 기본계약을 체결하여 같은 해 4. 14. 청구 외 ㅇㅇ종합 법무법인에서 제443호로 공증인가를 받았는바, 그 기본계약서에서 약정한 주요내용을 요약해 보면 제2조(양도대금 및 채무인수액)에서 ㅇㅇ백화점 주식(600,000주) 및 ㅇㅇ 주식(10,000주) 양도대금 3,050,000,000원, 이 사건 토지양도대금 28,850,000,000원, 청구인 등이 위 2개 법인에 대여해 준 위 2개 법인의 주주임원에 대한 단기 채무액을 11,300,000,000원(1994. 3. 31. 현재 대차대조표상 채무액에 의거 가감함)으로 하여 총 43,200,000,000원에 양도하는 것으로 하였고, 그 대금 지급방법을 약정한 제3조 (지급방법)에서 양도총액 43,200,000,000원 중 주식양도대금 3,050,000,000원과 이 사건 토지 양도대금 중 계약금 1,950,000,000원은 계약체결과 동시에 현금으로 지급하고 이 사건 토지대금 잔액 26,900,000,000원과 채무인수금액 11,300,000,000원은 1997. 3. 31. 은행도 어음에 연대보증인이 보증한 어음으로 계약과 동시에 지급하되 다만, 제6조의 실사와 제7조의 정산 및 제11조의 공제 등에 의거 이 사건 토지 금액이 가감될 경우 동 어음은 가감된 금액으로 재교부하고 기교부된 어음은 반환하도록 하였으며, 제4조(권리의 이전)에서 청구인은 이 계약 체결 후 1994. 3. 31.까지 ㅇㅇㅇ에게 주식에 대한 명의개서 절차를 이행하고 주권을 교부하기로 하고 ㅇㅇㅇ은 1994. 4. 1.부터 위 2개 법인에 대한 경영권을 행사하기로 하였으며 제5조(순자산 평가)에서 본 계약에 의한 순자산 평가는 회사의 1994. 3. 31.현재 자산가액에서 부채총액을 차감한 금액으로 하되 자산 부채의 평가는 양도자와 양수자가 지정하는 공인회계사가 공동으로 감사(감사기간 : 1993. 1. 1. - 1994. 3. 31.)하여 평가한 금액으로 하도록 하였다. 또한 제6조(실사에 따른 정산)에서 제5조와 같이 순자산을 평가하여 나온 금액이 △5,662,000,000원과 차이가 발생할 경우 동 금액은 이 사건 토지 양수도 대금에 가감하여 지급하도록 하였고 채무인수금액은 1994. 3. 31.현재금액으로 하되 제5조에 의한 감사결과 동 금액과 차이가 발생 할 경우 동 차액은 채무인수액에서 가감하여 지급하도록 하였다. 또한 제7조(양도소득세)에서 청구인이 부담하는 양도소득세는 1993년 공시지가를 기준으로 산출된 금액으로 하며 토지 등기이전시의 공시지가 차이로 양도소득세에 차이가 발생할 경우에는 그 금액이 감소하였을 때는 청구인이, 그 금액이 증가하였을 때에는 양수인이 각 차액만큼 상대방에게 지급하여 토지대금을 정산하고, 실거래가액에 의하여 양도소득세를 납부하는 경우에는 위 내용을 적용하지 아니하기로 약정하였고 제22조(기타조건)에서 공인회계사가 감사를 실시하여 양수도 금액이 확정되면 토지거래허가를 받아 부동산매매계약서를 별도로 작성하기로 약정하였다.

그 후 위 기본계약서의 약정에 따라 1994. 8. 3. 청구 외 ㅇㅇ회계법인 외 1개 법인에서 순자산가액을 평가한 결과 ㅇㅇ백화점의 순자산가액은 △15,590,220,999원, ㅇㅇ의 순자산가액은 △846,041,346원, 합계 △16,436,262,345원으로 산출되자 같은 해 12. 29. 이 사건 토지의 매매대금을 당초 28,850,000,000원에서 위 순자산평가 결과 확인된 추가적자액 △10,750,000,000원(실제 적자액은 △10,774,262,345원이나 쌍방 간에 위 금액으로 합의)을 차감한 18,100,000,000원으로 하여 이 사건 토지매매계약서를 다시 작성(이하 ‘수정계약서’라 한다)하였으며 청구인이 1997. 5. 31. 위 수정계약서를 첨부하여 실거래가액으로 양도소득세 예정신고를 하자 같은 해 6. 15. 처분청은 청구인이 예정신고한 내용이 적정한 것으로 결정하였다가 ㅇㅇㅇ국세청장이 이 사건 토지의 양도가액을 재조사한 결과 이 사건 토지 매매대금을 28,850,000,000원으로 보아야 한다며 처분청에 양도소득세를 경정결정하도록 지시하여 같은 해 12. 1. 처분청에서 이 사건 부과처분을 한 사실이 관계기록에 의하여 인정된다.

또한 이 사건 토지의 시가 등에 관하여 보면 1992. 8. 6. ㅇㅇㅇ이 일반거래(매수 참고용)의 목적으로 1992. 7. 31.자 시점으로 평가한 내용을 보면, ㎡당 12,100,000원 합계 37,528,150,000원으로 평가된 사실이 있고, 1993년 개별공시지가는 ㎡당 11,200,000원으로 합계 34,736,800,000원으로 산출되고 있으며 ㅇㅇ백화점에서 1997사업연도 법인세 신고시 이 사건 토지 취득가액을 29,899,800,000원으로 계상하여 신고한 사실이 관계 서류에 의하여 확인된다. 청구인이 ㅇㅇ백화점 및 ㅇㅇ의 채무와 관련하여 담보제공한 내용을 보면, 1994. 3. 31.현재 이 사건 토지에 담보설정된 금액은 40,350,000,000원이며 청구인 소유의 다른 부동산을 포함하면 합계 75,092,500,000원이 담보설정되어 있음이 청구 외 ㅇㅇ회계법인 외 1개 법인이 작성한 순자산평가보고서에 의하여 확인된다.

살피건대, 청구인은 주위적 청구로서 당초 계약시 양도대금의 확정방법을 특약한 조건부 계약을 체결하였다가 토지거래 허가 후 그 특약조건의 성취에 따라 확정된 양도대금으로 재계약을 체결하고 그 재계약에 의한 대금이 지급되는 경우의 당해 토지 및 건물에 대한 양도가액은 그 재계약에 의하여 지급된 금액이 되므로 이 사건 토지 양도가액을 기본계약서상의 매매금액인 28,850,000,000원이 아니라 수정계약서상의 양도가액인 18,100,000,000원으로 보아야 한다고 주장하나 위 법령관계에서 살펴본 바와 같이 자산의 양도대가는 양도로 인하여 발생한 모든 수입을 뜻하고 양도대가에 해당하는지의 여부는 실질과세 원칙상 그 명목여하에 관계없이 경제적 실질이 당해 자산의 양도와 대가관계에 있는지 여부에 의하여 판단하여 할 것이므로 조건부 계약 또는 재계약인지 여부에 의하여 판단할 것이 아니라 이 사건 토지의 양도로 인하여 얻은 경제적 실질이 얼마인지의 여부에 의하여 판단되어야 할 것인바, 위 인정사실에 의하면 청구인과 ㅇㅇㅇ 간에 기본계약을 체결할 때 이 사건 토지의 평가액을 상호 34,737,000,000원으로 보았으나 1994. 3. 30. 계약일 현재 ㅇㅇ백화점 및 ㅇㅇ의 순자산가액(△19,334,000,000원 상당)에서 토지평가차익(13,671,000,000원 상당)을 차감한 금액이 오히려 적자인 △5,662,000,000원으로 예상되므로 이를 감안하여 이 사건 토지 양도가액을 28,850,000,000원으로 약정한 점이 인정되며 동 기본계약서 제5조 및 제6조의 약정에 따라 ㅇㅇ백화점 및 ㅇㅇ의 순자산가액을 재평가한 결과 1994. 3. 31. 현재 순자산가액이 당초예상 하였던 적자인 △5,662,000,000원 보다 10,774,262,345원이 더 적은 △16,436,262,345원으로 평가됨에 따라 기본계약서상의 이 사건 토지 양도가액 28,850,000,000원에서 위 순자산평가 적자액 △10,750,000,000원(실제 적자액은 △10,774,262,345원이나 쌍방 간에 위 금액으로 합의)을 차감하여 결국 18,100,000,000원을 지급한 점이 인정되고 이후 1994. 12. 29. 이 사건 토지만을 따로 떼어 수정계약서를 작성하면서 매매대금을 18,100,000,000원으로 작성하였다는 것인바, 이를 요약하여 보면 청구인은 이 사건 토지를 양도하면서 그 대가로 18,100,000,000원을 받는 외에 위와 같이 ㅇㅇ백화점 및 ㅇㅇ의 순자산 평가결과 확인된 추가적자액 △10,750,000,000원을 차감하였다는 것이므로 이는 경제적 실질면에서 이 사건 토지 양도대가로 보아야 할 것이므로 이와 다른 견해를 전제로 한 청구 주장은 이유 없다 할 것이다.

다음으로 예비적 청구내용을 보면, 이 사건 토지 양도가액을 실제 받은 금액인 19,645,000,000원으로 하여 달라고 주장하나, 양도소득 계산의 기초가 되는 총수입금액이란 구체적인 거래에 있어서 양도인이 당해 자산을 양도하는 대가로 취득하는 모든 수입을 뜻한다고 할 것이므로 토지를 유상으로 이전하면서 토지매매대금 이외에 채무면제 또는 부채승계 등 상대방으로부터 받는 유상이전의 대가는 양도가액에 포함시켜야 할 것이므로 양도인과 양수인 사이에 위 2개 법인의 순자산 가액 적자액을 차감하고 이 사건 토지 대금을 지급 또는 영수하였다 하더라도 토지양도가액 자체를 변경시킨 것으로 볼 수 없으므로 청구 주장은 이유 없다고 하겠다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 이 사건 토지를 28,850,000,000원에 양도한 것으로 보아 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 달리 잘못이 없고 이 사건 심사청구는 이유 없다 할 것이므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.