주문

심사청구를 기각한다.

이유

1. 원처분의 요지

청구인은 외국인투자기업으로서 2003. 3. 4. 외국인투자신고(‘03. 5. 2. 외국인투자금액을 4,150,000,000원에서 450,000,000원으로 변경신고)를 한 후 같은 해 7. 31. 최초 도입분 450,000,000원에 대해 조세감면결정을 받았다가 2004. 12. 3. 증자금액 900,000,000 원에 대하여 조세감면을 다시 신청(실제 신청금액은 기 조세감면 결정금액 450,000,000원을 포함한 1,350,000,000원)하였으나 처분청은 2005. 2. 28. ｢조세특례제한법｣(이하 ’조특법‘ 이라 한다) 시행령 제116조의2 제1항 및 제2항의 규정에 의한 조세감면기준을 충족하지 않는다는 이유로 조세감면 불가통보(이하 '이 사건 거부처분' 이라 한다)를 하였다.

2. 심사청구 취지와 이유

가. 청구취지

이 사건 거부처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

청구인은 ○○에 사업기반을 두고 있는 외국인투자기업으로서 2003. 6. 9. 설립하여 ‘○○기기(○○○ ○○)제조업’을 운영 중에 있는바 외국 업체가 국내에 투자하는 것은 세제감면 등의 조건하에 투자를 결정한 것인데도 동일한 사업관련 증자 분에 대하여 조세감면 불가결정을 하는 것은 사업의욕을 상실하게 하는 것으로 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

청구인이 영위하고자 하는 사업에 대하여 조세감면대상 사전확인결정시와 최초 조세감면결정시에는 ○○○○○장관과 협의하여 조세감면대상인 고도기술수반사업으로 보아 조세감면결정을 하고서도, 증자시에는 ○○○○○장관 및 ○○○○○장관과 협의한 결과 조세감면대상인 고도기술수반사업이 아닌 것으로 보아 조세감면 불가결정을 한 것이 타당한지 여부

나. 인정사실

이 사건 관련 일건기록에 따르면 다음 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 외국인투자기업으로 2003. 3. 4. ｢외국인투자촉진법｣(이하 ’외투법‘이라 한다) 제5조 제1항의 규정에 의하여 외국인투자신고(외국인 투자금액 : 4,150,000,000원)를 하였고, 같은 해 5. 2.에는 외국인투자금액을 450,000,000원으로 변경 신고하였다.

(2) 청구인은 2003. 4. 21. 조특법 제121조의2 제7항의 규정에 의하여 청구인이 영위하고자 하는 사업(000 00 0000 0000 제조, 판매)이 조세감면대상에 해당 하는지의 여부를 확인하여 줄 것을 처분청에 신청하였고, 처분청은 주무부장관인 ○○○○○장관과의 협의를 거쳐 같은 해 5. 13. 위 사업이 조세감면대상사업에 해당함을 사전 확인하고 이를 청구인에게 통보하였다.

(3) 청구인은 위 인정사실 (2)에 따라 2003. 6. 9. ‘○○기기, ○○기기의 제조 및 판매’ 업체로 법인 설립등기를 하였고, 같은 해 6. 20. 외투법 제21조 제1항의 규정에 의하여 외국인투자 기업 등록(신고ㆍ허가된 사업 : ○○○, ○○○ 및 관련 장비 제조업)을 하였다.

(4) 처분청은 2003. 7. 5. ○○위원회의의 의결을 거쳐 ｢외국인투자 등에 대한 조세감면규정｣(재정경제부고시 제 2002-1호, 2002. 1. 10.) 중 ‘외국인투자기업에 대한 조세 감면기준에 관한 사항’을 개정(재정경제부고시 제2003-14호, 2003. 7. 10.)하고, 위 규정 제10조 제2항 및 제3항에 의하여 기술도입대가에 대한 조세면제대상 확인 및 통보 업무의 내실있는 처리를 목적으로 하는 “기술도입대가에 대한 조세면제확인 업무지침” (재정경제부, 2003. 7. 11.)을 마련하였는바, 위 지침 제2에는 “민원인이 신청한 조세면제 대상이 되는 기술의 관련부처가 2개 이상인 경우, 민원인으로부터 신청을 받은 부처는 여타 관련부처와 반드시 사전에 협의하여 조세면제 확인여부를 결정하여야 한다. 이 경우 관련부처 간 의견이 일치할 경우에 한하여 조세면제 확인결정을 할 수 있다”고 규정 되어 있다.

(5) 청구인은 2003. 7. 25. 최초 투자 분 450,000,000원에 대하여 조세감면신청을 하였고, 처분청은 청구인으로부터 위 조세감면신청을 받았을 때 조특법 제121조의2 제 8항의 규정에 따른 조세감면 해당여부에 대한 협의를 주무부장관인 ○○○○○장관과 별도로 하지 않고 위 인정사실 (2)의 사전확인결과에 따라 청구인이 영위하고자하는 “○부품, 소재 및 관련장비 제조사업”은 고도기술수반사업을 영위하고자 하는 경우로 같은 법 시행령 제116조의2의 규정에 의한 조세의 감면기준을 충족하는 것”으로 보아 같은 해 7. 31. 조세감면결정을 하고, 이를 청구인에게 통보하였다.

(6) 청구인이 2004. 11. 22. 외국인투자금액을 450,000,000원에서 1,350,000,000원 (USD 1,289,028.93$)으로 900,000,000원을 증자하는 것으로 외국인투자내용 변경신고를 하고 같은 해 12. 3. 증자 분 900,000,000원에 대한 조세감면신청을 한 데 대하여 처분 청은 위 인정사실 (4)의 지침에 따라 주무부처인 ○○○○○장관 및 ○○○○○장관에게 조세감면 해당여부를 각각 협의하였는데, 청구인이 수행하고자 하는 ‘○○기기 (○○○○○)제조업’에 대하여 ○○○○○장관은 고도기술수반사업으로 조세감면사유에 해당된다고 통보(설계공정 및 생산 공정 중 생산공정만 국내에 들어와 있으면 생산과정에서 기술이 국내에 이전될 수 있음)한 반면, ○○○○○장관은 고도기술수반사업이 아니라는 사유로 조세감면 사유에 해당되지 않는다고 통보(전체공정 중 핵심공정인 설계공정이 국내에서 이루어지지 않은 것은 기술이전이라고 볼 수 없음)해 옴에 따라 처분청은 관련부처 간 의견일치가 되지 않아 위 지침에 위반 된다는 사유로 2005. 2. 28. 조세감면 불가결정을 하고 이를 청구인에게 통보하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) “외투법” 제5조 제1항은“외국인은 대한민국법인(설립중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 영위하는 기업이 새로이 발행하는 주식 등의 취득에 의하여 외국인투자를 하고자 하는 경우에는 산업자원부령이 정하는 바에 따라 미리 산업자원부장관에게 신고 하여야한다. 신고한 내용 중 외국인 투자금액· 외국인 투자비율 등 대통령령이 정하는 사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다”고 규정하고 있다.

(2) “외투법” 제9조는 "외국인투자에 대하여는 조특법이 정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세 등의 조세를 감면할 수 있다"고 규정하고 있다.

(3) “외투법” 제21조 제1항은“외국투자가 또는 외국인투자기업은 1.출자목적물의 납입을 완료한 경우 2. 제6조의 규정에 의하여 기존주식 등을 취득(당해 기존주식 등의 대금을 정산한 것을 말한다)한 경우 3. 제7조 제1항 제5호의 규정에 의하여 주식 등을 취득하는 경우(증자로 인한 경우를 포함한다)에는 대통령령이 정하는 바에 따라 외국인 투자기업의 등록을 하여야 한다”고 규정하고 있다.

(4) “조특법” 제121조의2 제1항은 "다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외투법 제2조제1항 제4호의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 각각 감면 한다. 1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업"이라고 규정하고 있다.

(5) “조특법 시행령” 제116조의2 제1항은 "법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 재정경제부 장관이 외투법 제27조의 규정에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업 분류상의 제조업 외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다”고 규정하면서 제2호에“고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발 수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업"이라고 규정하고 있고, 제2항은 "제1항의 규정에 의한 사업(제1항 제1호에 해당하는 사업으로서 한국표준산업분류상의 연구 및 개발업에 해당하는 경우를 제외한다)은 다음 각 호의 기술을 수반하는 사업이어야 한다”고 규정하고 있다.

1. 국민경제에 대한 경제적 또는 기술적 파급효과가 크고 산업구조의 고도화와 산업 경쟁력 강화에 긴요한 기술

2. 국내에 최초로 도입된 날(“외투법”에 의하여 당해기술을 수반하는 외국인투자의 신고 또는 기술도입계약의 신고를 한날을 말한다)부터 3년이 경과되지 아니한 기술이거나 3년이 경과한 기술로서 이미 도입된 기술보다 경제적 효과 또는 기술적 성능이 뛰어난 기술

3. 당해기술이 소요되는 공정이 주로 국내에서 이루어지는 기술

(6) “조특법” 제121조의2 제6항은 “외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제 5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업 개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부 장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용 된다”고 규정하고 있고, 제7항은“외국인(외투법 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 "외국인"을 말한다)ㆍ외국투자가 또는 외국인투자기업은 외투법 제5조 제1항의 규정에 의한 신고를 하기 전에 그 영위하고자 하는 사업이 제1항의 규정에 의한 감면대상에 해당 하는지의 여부를 확인하여 줄 것을 재정경제부장관에게 신청할 수 있다”고 규정하고 있으며, 제8항은“재정경제부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면 내용변경 신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인 신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면ㆍ감면내용변경ㆍ감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지 하여야 한다”고 규정하고 있다.

(7) “조특법” 제121조의4 제1항은 "외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 제121조의2 제8항의 규정에 의한 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다"라고 규정하고 있다. 그리고 제116조의6 제2항은 "법 제121조의4제1항 단서에서 '대통령령이 정하는 기준'이라 함은 법 제121조의2의 규정에 의하여 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액 투자하는 것을 말한다."라고 규정하고 있다.

(8)「외국인투자 등에 대한 조세감면 규정」(재정경제부 고시 제2003-14호, 2003. 7. 10.) 제10조 제2항과 제3항의 규정에 의하여 조세면제 업무의 내실있는 처리를 위해 마련된 ｢기술도입대가에 대한 조세면제확인 업무지침｣(재정경제부, 2003. 7. 11.) 제2에는“민원인이 신청한 조세면제 대상이 되는 기술의 관련부처가 2개 이상인 경우 민원인으로부터 신청을 받은 부처는 여타 관련 부처와 반드시 사전에 협의하여 조세면제 확인여부를 결정하여야 한다. 이 경우 관련 부처 간 의견이 일치할 경우에 한하여 조세면제확인 결정을 할 수 있다”고 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 외국업체가 국내에 투자하는 것은 세제감면 등의 조건하에 투자를 결정한 것인데도 동일한 사업관련 증자 분에 대하여 조세감면 불가결정을 하는 것은 사업의욕을 상실하게 하는 것으로 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

외투법 제9조 및 조특법 제121조의2 제1항, 같은 법 제121조의2 제1항 제6호, 같은 조 제7항, 같은 조 제8항 같은 법 제121조의4 제1항에 의하면, 외국인 투자시 조세를 감면 받고자 할 때에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부 장관에게 감면신청을 하여야 하며, 감면신청을 받은 재정경제부 장관은 감면대상기준에 해당하는지 여부를 검토하여 감면 여부를 결정한 다음 이를 신청인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 외국인 투자 감면대상기준과 관련해서는 조특법시행령 제116조의2 제1항, 같은 항 제2호 및 외투감면규정에 의하면 조세감면 대상사업은 ○○위원회의 심의를 거쳐 정하는 고도기술을 수반하는 사업으로 규정하고 그 조세감면에 필요한 사항은 외투감면규정(재정경제부고시)에 정하는 것으로 되어있다.

그리고 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 조특법 제121조의2의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 감면신청 기술이 조세감면 기준을 충족하는지 여부는 신규 도입이나 증자의 경우 동일하게 매 신청 건 별로 판단하도록 하고 있다.

또한 위 인정사실 (4)에 의하면 처분청은 2003. 7. 5. ○○위원회의의 의결을 거쳐 ｢외국인투자 등에 대한 조세감면규정｣(재정경제부고시 제 2002-1호, 2002. 1. 10.) 중 ‘외국인투자기업에 대한 조세 감면기준에 관한 사항’을 개정(재정경제부고시 제 2003 -14호, 2003. 7. 10.)하고, 위 규정 제10조 제2항 및 제3항에 의하여 기술도입대가에 대한 조세면제대상 확인 및 통보 업무의 내실있는 처리를 목적으로 하는 ‘기술도입대가에 대한 조세면제확인 업무지침’ (재정경제부, 2003. 7. 11.)을 마련하였는바, 위 지침 제2에는 ‘민원인이 신청한 조세면제 대상이 되는 기술의 관련부처가 2개 이상인 경우, 민원인으로 부터 신청을 받은 부처는 여타 관련부처와 반드시 사전에 협의하여 조세면제 확인여부를 결정하여야 한다. 이 경우 관련부처 간 의견이 일치할 경우에 한하여 조세면제 확인결 정을 할 수 있다’고 규정 되어 있고, 인정사실 (6)에 의하면 청구인은 외국인투자로 신고한 금액(4억 5천만 원) 범위 내에서 증자하는 것이 아니고, 위 신고금액보다 9억 원이 많은 13억 5천 만 원으로 2004. 11. 22. 외국인 투자금액을 변경ㆍ신고하고, 같은 해 12. 3. 이에 대한 조세감면을 신청하였다.

살피건데, 조세감면결정 여부는 조세법률주의 원칙에 따라 관련 법 조항을 엄격하게 해석하여야 하는 바 이 건은 최초 외국인투자 신고금액 범위 내에서 증자하는 것이 아니어서 새로운 조세감면 검토대상이 되었다 할 것이므로 처분청이 이 건 증자에 따른 조세감면결정 검토시에 위 “기술도입 대가에 대한 조세면제확인 업무지침”에 따라 청구인이 수행하고자 하는 ‘○○기기(○○○○○)제조업’에 대하여 관련부처인 ○○○○○부 및 ○○○○○부와 조세감면 해당여부를 다시 각각 협의한 결과 ○○○○○장관은 고도기술수반사업으로 조세 감면사유에 해당된다고 통보(설계공정 및 생산 공정 중 생산공정 만 국내에 들어와 있으면 생산과정에서 기술이 국내에 이전될 수 있음)한 반면, ○○○○○장관은 고도기술수반 사업이 아니라는 사유로 조세감면 사유에 해당되지 않는다고 통보(전체공정 중 핵심공정인 설계공정이 국내에서 이루어지지 않은 것은 기술이전 이라고 볼 수 없음)해 옴에 따라 처분청이 관련부처 간 의견일치가 되지 않아 위 지침에 위배되고, 이 건 관련 기술이 기술도입에 따른 국내 기술적 파급효과가 미흡해 조특법 시행령 제116조의2 제2항의 조세 감면기준을 충족하지 못한다고 판단하여 조세감면 불가 결정을 한 데 잘못이 없다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 거부처분에 대한 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.