주문
심사청구를 기각한다.
이유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 1994. 8. 10. ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 992.5㎡ 및 건물 5동 계 925.79㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 ㅇㅇㅇㅇ시 교육위원회에 학교부지로 협의 양도한 후 1994. 9. 29. 자산양도차익예정신고를 하면서 양도소득세 67,748,000원과 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정된 것) 제63조 및 동 부칙 제16조 제3항 제1호와 농어촌특별세법 제3조 제1호의 규정에 의한 농어촌특별세 20,000,000원(양도소득세 감면세액 1억 원의 20%)을 신고하고 1994. 9. 29. 및 11. 14. 각 신고납부한 데 대하여 1995. 7. 5. 농어촌특별세 20,000,000원을 비과세대상으로 보아 환급결정을 하였다가 1996. 4. 16. 농어촌특별세법 제3조 제1호의 규정에 의한 과세대상으로 보아 같은 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 의하여 농어촌특별세 20,000,000원을 부과 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분을 취소할 것을 청구하면서 그 이유로서 첫째, 1991. 7. 19. 사업인정 고시된 후 3년 상당이 지난 1994. 8. 10. 이 사건 부동산에 대한 보상이 이루어 졌는데도 1994. 7. 1.부터 시행된 농어촌특별세법을 적용하여 농어촌특별세를 부과하는 것은 소급과세금지의 원칙에 어긋나고,
둘째, 처분청이 농어촌특별세 비과세대상이라는 국세청의 질의회신에 따라 농어촌특별세를 환급한 뒤 다시 이 사건 부과처분을 한 것은 국세기본법 제18조 제3항의 규정에 의한 신의성실의 원칙에 위배되므로 부당하다고 주장한다.
3. 당원의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 부과처분이 첫째, 소급과세금지의 원칙에 위배되었는지의 여부,
둘째, 신의성실의 원칙에 위배되었는지의 여부에 있다.
첫째다툼에 대하여 살펴본다.
먼저 관계 법령의 규정을 보면, 국세기본법 제18조 제2항에 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다고 규정되어 있고, 농어촌특별세법(1994. 3. 24. 법률 제4743호로 제정된 것) 부칙 제1조에서 “이 법은 1994년 7월 1일부터 시행한다”고 규정되어 있다.
다음으로 이 사건 부동산의 양도 등 사실 관계를 보면, 1991. 7. 19. ㅇㅇㅇㅇ시 시장이 이 사건 부동산을 포함한 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 및 ㅇㅇ번지 일원 25,641.1㎡에 대하여 도시계획법 제12조, 제13조의 규정 등에 의하여 ㅇㅇ국민학교와 ㅇㅇ여자중학교 설립부지조성을 위한 도시계획시설(학교)결정 및 지적승인(ㅇㅇ광역시고시 제109호)을 하였고, 1994. 8. 10. 청구인이 ㅇㅇ시 교육감과 이 사건 부동산에 대한 보상계약을 체결함과 동시에 1995. 2. 28.까지 청구인이 이를 사용한 후 명도하기로 이행각서를 제출하였으며, 1994. 11. 4. ㅇㅇㅇㅇ시장이 종전의 ㅇㅇ국민학교와 ㅇㅇ여자중학교를 ㅇㅇ공업고등학교로 도시계획시설 변경결정 및 지적승인(ㅇㅇ광역시고시 제1994-210호)을 하였고, 학교시설사업촉진법(1995. 1. 5. 법률 제4881호로 개정되기 전의 것) 제10조 제3항의 규정에 의하여 학교시설사업시행계획의 승인은 토지수용법 제14조의 규정에 의한 사업인정으로 보도록 되어 있어 학교시설사업시행계획고시(ㅇㅇ시 교육청고시 제1995-2호)를 한 날인 1995. 1. 26.을 사업인정고시일로 보아야 함을 일건 기록에 의하여 인정할 수 있다. 모두어 보건대, 조세 법령의 불소급원칙은 새로운 세법의 효력이 발생하기 전에 종결한 사실에 관하여 새로운 세법을 적용할 수 없다는 것이므로, 1995. 1. 26. 사업인정고시일 이전인 1994. 8. 10. 청구인이 ㅇㅇㅇㅇ시 교육감과 이 사건 부동산에 대한 보상계약을 체결하고 1995. 2. 28.까지 청구인이 이를 사용한 후 명도하는 조건으로 이행각서를 제출하여 이 사건 부동산의 매매가 이루어졌으며 부동산매매계약을 체결하기 전인 1994. 7. 1. 농어촌특별세법이 시행되었고 같은 법 시행령 제4조 제1항의 규정에 의하여 직접 경작한 토지로서 농지세 과세대상이 되는 토지가 아닌 이상 농어촌특별세 과세대상임이 명백하므로 1991. 7. 19. 사업인정고시 후 3년 상당이 지난 1994. 8. 10.에야 비로소 이 사건 부동산에 대한 보상이 이루어진 데 대하여 이 사건 부과처분을 한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다.
둘째 다툼에 대하여 살펴본다.
먼저 처분청이 이 사건 부과처분을 한 경위를 보면, 청구인은 1994. 8. 10. 이 사건 부동산을 ㅇㅇㅇㅇ시 교육위원회에 학교부지로 협의 양도한 후 같은 해 9. 29. 자산양도차익예정신고를 하고 같은 해 9. 29. 및 11. 14. 양도소득세 67,748,000원 및 농어촌특별세 20,000,000원을 각 납부한 것에 대하여 1995. 7. 5. 처분청은 이 사건 농어촌특별세 20,000,000원을 비과세대상으로 보아 환급 결정하였다가 1996. 4. 16. 농어촌특별세법 제3조 제1호의 규정에 의한 과세대상으로 보아 농어촌특별세 20,000,000원을 다시 부과 고지하는 처분을 하였다.
다음으로 이 사건 부과처분에 있어 농어촌특별세 과세여부와 관련하여 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 관한 국세청의 질의회신 경위를 보면, 1994. 12. 30. 질의회신(재일 46014-3484)과 1995. 3. 24. 청구인에게 한 질의회신(재일 46014-726)의 내용은 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 경우에는 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 따라서 농어촌 특별세가 부과되지 아니 한다는 것이었고, 1995. 7. 8. 질의회신(재일 46014-1720)과 1996. 4. 2. 청구인에게 한 질의회신(재일 46014-859)에 의하면 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 의한 농어촌특별세 비과세대상은 조세감면규제법 부칙 제16조의 규정에 따라 같은 법 제55조 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접 경작한 농지세 과세대상이 되는 토지를 양도한 경우로 명백히 회신하였다.
위 질의회신과 관련하여 국세기본법 제15조의 규정에 의한 신의성실의 원칙이 실제적으로 적용된 같은 법 제18조 제3항 소정의 소급과세금지의 원칙은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 변경하여 과세 관청에 의한 과세처분이 행하여 졌다는 사정만으로 적용될 수 없고 납세자가 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 하는 것으로 납세자가 과세관청의 세법해석 등을 신뢰한 것과 납세자의 세무행위사이에 상당한 인과 관계가 있어야 할 것이다.
모두어 보건대, 첫째다툼에서 살펴본 바와 같이 이 사건 부동산을 포함한 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 및 ㅇㅇ번지 일원에 대한 학교시설사업시행계획고시일이 1995. 1. 26.인바, 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호의 규정을 적용하여 양도소득세 1억 원을 감면한 것의 정당여부는 별론으로 하더라도, 청구인의 경우 이 사건 부과처분과 관련한 질의회신이 있기 전인 1994. 8. 10. 이미 이 사건 부동산을 양도하였는바, 이 사건 부과처분과 관련하여 국세청의 질의회신이 변경되었는지의 여부는 살펴볼 필요도 없이 국세청의 질의회신과 이 사건 부동산의 양도와 관련한 자산양도차익예정신고 사이에 상당한 인과관계가 있다고 할 수 없으므로 신의성실의 원칙이 적용될 여지가 없다 할 것이다.
따라서 처분청이 농어촌특별세 비과세대상이라는 국세청의 질의회신에 따라 농어촌특별세 20,000,000원을 환급한 뒤 농어촌특별세 과세대상으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 국세기본법 제18조 제3항의 규정에 의한 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구인의 주장 또한 이유 없다 할 것이다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 이 사건 부동산을 양도하고 양도소득세를 감면받은 청구인에 대하여 농어촌특별세를 부과한 당초 처분은 정당하다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.