주문

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

이유

1. 처분내용

청구인은 재단법인 기독교 ○○회 ○○재단(이하 “○○회”라고 한다) 소속인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지소재 ○○침례교회 (이하 “쟁점교회”라고 한다)의 목사이다.

처분청은 등기부등본상 청구인의 소유로 되어 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트상가 대지 249㎡ 및 건물 278,35㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 ’84.2.22. 취득하여 ’98.5.26. 양도하고 양도신고한 후 무납부한데 대하여 ’99.5.2. 청구인에게 ’98과세년도 양도소득세 73,123,220원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 ’99.6.19. 이건 심사청구하였다.

2. 청구주장

쟁점교회는 ○○회에 소속된 교회로 세법상 법인으로 보는 단체에 해당되고, 쟁점부동산은 ’83.10.30.부터 쟁점교회 신도 청구외 박○○등 163명의 건축헌금 27,888,340원과 목사인 청구인의 대출금 6건, 신도 청구외 최○○의 대출금 4건, 청구외 길○○의 대출금 1건등 합계 219,633,176원으로 취득하여 ’84.12.12. 청구인의 명의로 소유권이전등기 경료하여 교회의 고유목적에 사용하다가 양도한 것으로 쟁점부동산은 쟁점교회의 재산인 바 조세감면규제법상 특별부가세 면제대상이므로 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

3. 처분청 의견

쟁점부동산의 취득자금을 명확히 증거할 수 있는 교회 재산목록과 수입지출에 관한 회계관련 장부등 증거서류를 제시하지 못하고 있으므로, 쟁점부동산의 양도에 대하여 교회재산으로 보지 아니하고 청구인의 개인 재산으로 보아 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점부동산을 청구인의 재산으로 보아 양도소득세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

국세기본법 제13조【법인으로 보는 단체】제1항에서『법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이법과 세법을 적용한다』라고 규정하고, 같은법 시행령 제8조【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인등】에서는『법 제13조 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격없는 사단ㆍ재단ㆍ기타단체는 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립하거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것』이라고 규정하고 있다.

조세감면규제법 제74조【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】에서『①다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다.

1. (생략)

2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년이상 직접 사용한 토지 등

3~6. (생략)

② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 그 고유목적사업에 사용하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다.

③ (생 략)

④ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다.』라고 규정하고,

같은법 시행령 제71조【사회복지법인 및 종교법인의 업무용토지 등에 대한 특별부가세의 면제】에서는『①법 제74조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제 신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다.

②~④ (생략)

⑤ 법 제74조의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 자는 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.(이하 “생략”)』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인 명의로 소유권이전등기 경료되어 있다가 양도한 쟁점부동산을 교회 신도들이 출연한 헌금 및 대출금등으로 취득한 기본재산으로서 법인으로 보는 ○○회의 기본재산으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴보면,

법령에 의하면 교회가 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 기본재산으로서 교회의 고유목적에 직접사용하는 경우에는 등기부상의 명의에 불구하고 이를 법인의 기본재산으로 보도록 규정하고 있는 것으로서, 쟁점교회는 문화체육부장관의 법인설립허가증, 한국종교연감, 소속증명서 등에 의하여 민법 제32조 및 문화체육부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제5조의 규정에 의하여 ’64. 4.22. 법인설립허가(제54호)를 받아 설립된 ○○회(이사장 임○○)산하의 ○○교회 ○○본지방회에 소속되어 종교활동을 하여온 사실이 확인되나, 등기부등본에 의하면 쟁점부동산을 양도한 후 ’98. 4.13. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지소재 대지 751.3㎡, 건물 1,499.13㎡도 부동산실권리자명의 등기에 관한 법률의 제정시행으로 ’95.7.1.부터는 명의신탁이 허용되지 아니함에도 청구인 개인 명의로 소유권이전등기 경료되어 있고, ○○회의 기본재산에도 포함되어 있지 아니할 뿐만 아니라 청구인이 쟁점부동산이 쟁점교회의 기본재산이라며 증빙서류를 제시하는 ’83.11.6.자 및 ’84.1.11.자 교회회의록 등을 살펴보면 쟁점교회의 목사인 청구인과 수인의 집사들의 서명과 인장이 날인되어 있으나 동 회의록이 그 당시 사용되지 않은 컴퓨터 워드프로세서에 의하여 작성된 것으로서 신빙성이 없고, 청구인이 달리 쟁점부동산을 쟁점교회의 재산으로 취득하였다고 볼 수 있는 직접적이고 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로, 쟁점부동산의 양도에 대하여 종교법인이 고유목적 사업에 사용한 토지 등의 특별부가세 감면규정은 적용할 수 없으며, 처분청이 등기부등본상 소유자인 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.