주문

○○세무서장이 ○○박씨 ○○파 대종회에 99. 5. 21. 결정고지한 양도소득세 199,187,990원은 실제 양도가액인 390,600,000원을 양도차익으로 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

이유

1. 처분내용

처분청은 ○○박씨 ○○파 대종회(이하 “청구종중”이라 한다.)가 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 대지 123.8㎡, 같은동 ○○번지 대지 199㎡, 같은동 ○○번지 대지 394.6㎡, 합계 717.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다.)를 93.12.30. 양도하고 양도소득세 신고를 아니하여 99. 5. 21. 양도소득세 199,187,990원을 기준시가로 결정고지하였다.

청구종중은 이에 불복하여 99. 8. 16. 심사청구하였다.

2. 청구주장

쟁점토지의 양도가액을 실지거래가액인 390,600,000원으로 하여 쟁점토지에 대한 양도차익을 산정하여야 하고, 조세감면규제법상 국민주택건설용지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여 12,572,554원을 감면하여야 한다.

3. 처분청 의견

청구종중은 쟁점토지를 양도한 후 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 및 취득당시의 실지거래가액을 신고한 사실이 없을 뿐만 아니라 양도소득세 과세표준 및 세액의 신고기한 이내에 감면신청서를 제출한 사실이 없으므로 쟁점토지에 대한 양도차익을 실지거래가액으로 산정할 수 없고, 국민주택건설용지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용할 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 주장하는 양도가액을 인정하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정할 수 있는지와 국민주택건설용지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용할 수 있는지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

○ 소득세법 제96조【양도가액】에서

『양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 토지 또는 건물 양도의 경우에는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.』고 규정하고,

○ 같은법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】

제1항 제1호에서『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 취득가액은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

가. 토지 또는 건물의 양도의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.』고 규정하고 있으며,

○ 같은법 시행령 제166조【양도차익의 산정】

제4항에서『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.』고 규정하면서 제3호에서『양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 납세지관할 세무서장에게 신고한 경우』라고 규정하고 있다.

○ 구 조세감면규제법 제66조【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】(94.12.31. 개정전)

제1항에서『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택의 건설용지』로 규정하고,

제4항에서『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.』고 규정하고 있으며,

○ 같은법 시행령 제63조

제9항에서『법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한 내에 재무부령이 정하는 세액 감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 소관 세무서장에게 제출하여야 한다.』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 “청구종중이 소유하고 있던 쟁점토지를 포함한 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 일대 대지 3,810.1㎡ 지상에 다음과 같이 3차에 걸쳐 연립주택 68세대를 신축하여 94~96년 기간동안 50세대를 분양하였으나 사실상 (주)○○주택이 청구종중으로부터 쟁점토지를 매입하여 신축ㆍ분양한 사업자로서 청구종중 명의를 사용한 것이므로 관련 부가가치세등은 (주)○○주택에 부과하고 청구인에게는 양도소득세 부과하여야 한다.”는 심사결정(부가99-178, 99.5.7.)에 따라 93.12.30. 양도대금을 회수한 1차 양도분에 대하여 이건 양도소득세를 과세하였는바,

먼저, 실지거래가액으로 이건 양도소득세를 결정하여야 한다는 청구주장에 대하여 살펴본다.

토지 또는 건물의 양도에 대한 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하려면 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 납세지 관할 세무서장에게 양도 및 취득당시의 실지거래가액을 신고하여야 하나 청구인은 이건 양도소득세 결정일 이내에 양도 및 취득당시의 실지거래가액을 신고한 사실이 없으므로 기준시가로 양도가액을 산정하여 과세한 처분은 법령에 의하여 정당한 것으로 판단된다.

다만, 위에서 살펴본 심사결정 내용이나 93.9.7. 쟁점토지에 대하여 체결한 계약서 및 청구종중이 95.2.28. 오전 11시에 개최한 정기대의원 총회시 보고된 94년도 사업보고서류에 의하면 청구종중이 (주)○○주택과 쟁점토지의 매매계약을 체결하여 연립주택을 신축ㆍ분양한 후 분양대금에서 수령하기로 약정한 총토지 3,810.1㎡의 대금 1,957,850,000원 중 분양완료로 회수된 대금인 390,600,000원이 쟁점토지의 실제 양도대금임을 알 수 있는바,

처분청이 양도가액 459,853,400원, 취득가액 838,640원의 기준시가로 산정한 양도차익 459,011,727원은 실제 양도가액을 초과하므로 양도소득세 과세표준 확정신고 기한내의 신고 여부와 관계없이 실제 양도가액으로 확인된 390,600,000원을 양도차익으로 산정하여 이건 양도소득세를 경정함이 타당하다 할 것(같은뜻 : 재일46014-600, 95.3.13.외)이다.

다음으로, 쟁점토지 중 국민주택 건설용지로 사용된 부분인 129.36㎡에 대하여 양도소득세를 감면하여야 한다는 주장에 대하여 살펴보면,

조세감면규제법에서 규정하고 있는 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면은 매입자가 당해토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고기한 내에 세액 감면신청서를 양도자의 주소지 관할 세무서에 제출하는 경우에 한하여 적용하는 것(같은뜻 : 대법원93누11777, 94.1.25.)인 바, 청구종중이나 매입자인 (주)○○주택은 쟁점토지를 양도한후 그 신고기한인 94.5.31.까지 감면신청서를 제출한 사실이 없으므로 동 감면을 적용할 수 없다 할 것이다.

따라서, 이건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.