주문

○○세무서장이 1999. 4. 1 청구인에게 결정ㆍ고지한 ’94년귀속 양도소득세 340,303,310원 (’99. 6월 경정후 금액) 은, 국민주택건설용지의 양도로서 국민주택비율 75%로 계산하여 양도소득세감면종합한도 1억원까지를 면제하고, ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 임야 1,061㎡와 같은동 ○○번지 대지 1,488㎡ 및 같은동 ○○번지 전 529㎡의 전체에 대하여 장기보유특별공제규정을 적용하여 계산한 과세표준과 세액으로 경정합니다.

이유

1. 처분내용

청구인은 1977. 1. 1 이전에 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 외 6필지 대지 등 5,935㎡ (이하, “양도토지” 라 한다) 을 1994. 1. 8 청구외 ○○건설(주)에 국민주택건설용지로 양도한 후, 쟁점토지를 취득한 청구외 ○○건설(주)에서 1995. 1. 20 국민주택건설비율 75%로 하고 감면받을 세액 1억원으로 하여 양도소득세액감면 신청하였고, 청구인이 양도소득세과세표준확정신고를 하면서 감면세액 1억원을 차감한 양도소득세 1,333,724,670원을 자진납부하였다.

처분청은 다음과 같이 양도토지에 대한 양도소득세과세표준과 세액을 결정하여, 1999. 4. 1 양도소득세 340,303,310원 (이하, “쟁점세액” 이라 한다) 을 고지하였다.

① 양도토지에 무허가건물이 있음을 이유로하여 국민주택건설용지로서의 양도소득세 면제규정을 적용하지 아니하고,

② 양도토지 관할세무서의「토지초과이득세 유휴토지 판정조사서」와 건축물관리대장 및 무허가건물확인서에 의하여 건물 없음이 확인되는 나대지, 같은동 ○○번지 임야 1,061㎡ 전부 (이하, “쟁점1토지” 라 한다) 와 같은동 ○○번지 대지 1,488㎡ 중 529.35㎡ (이하, “쟁점2토지” 라 한다) 및 같은동 ○○번지 전 529㎡ 중 264.55㎡ (이하, “쟁점3토지” 라 한다) 의 계 1,854.9㎡ (이하, “쟁점토지” 라 한다) 에 대하여는 장기보유특별공제를 하지 아니함.

청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 1999. 8. 18 심사청구하였다.

2. 청구주장

(1) 주택건설사업자인 ○○건설(주)에 국민주택건설용지로 양도하고 양도소득세 과세표준확정신고기간내에 청구외 ○○건설(주)에서 국민주택건설용지로서 양도소득세감면신청하였으므로, 양도토지 중 지상 무허가주택의 수평투영면적 943.6㎡을 제외한 4,991.4㎡에 대한 양도차익에 대하여, 국민주택건설용지로서 감면종합한도 1억원은 감면되어야 하며,

(2) 양도토지 중 쟁점토지(3필지)에 있던 무허가주택의 수평투영면적의 5배에 해당하는 토지에 대하여는 10년이상 보유하던 토지로서 장기보유특별공제를 하여야 함에도, 나대지로 보아 장기보유특별공제를 하지 아니하고 과세한 당초의 처분은 부당하므로, 쟁점세액은 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

(1) 무허가건물이 있는 양도토지에 대하여, 국민주택건설용지로의 양도소득세면제규정을 적용하지 아니함은 정당하며,

(2) 쟁점토지에 많은 무허가건물이 있었으나, 철거되어 사실현황을 확인할 수 없음에 따라, 관할세무서의「토지초과이득세 유휴토지 판정조사서」와 건축물관리대장 및 무허가건물확인서에 의하여 지상 건축물이 있는 토지면적을 기준하여 장기보유특별공제액을 계산하여 과세한 당초의 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 양도토지가 국민주택건설용지로서 양도소득세액면제대상인지 여부

② 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제내역이 정당한지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

국민주택건설용지에 대한 양도소득세의 감면에 대하여, 조세감면규제법 (’93. 12. 31 법률 제4666호로 전면개정분, 이하 같다) 제66조 제1항 제1호와 같은법 시행령 (’93. 12. 31 대통령령 제14084호로 전면개정분, 이하 같다) 제63조 제1항ㆍ제2항의 규정을 종합하면『내국인이 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 건설하는 국민주택규모 [세대당 주거전용면적 85㎡] 이하 주택의 건설용지로 로 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 건축물이 정착되어 있는 토지와 당해 주택건설사업자가 새로이 건설한 국민주택에 부수되는 토지로서 당해 건물연면적의 2배를 초과하는 토지에 대하여는 그러하지 아니하다.』라고 규정하고 있고,

국민주택건설용지로 양도소득세 감면의 종합한도에 대하여, 같은법 제119조 제1항에서『제66조 (이하 조문 생략) 등의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다』라고 규정하고 있다.

또한, 양도소득금액을 계산할 때의 장기보유특별공제에 대하여, 소득세법 (’93. 12. 31 법률 제4661호 개정분, 이하 같다) 제23조 제2항 제2호를 종합하면『대통령령이 정하는 토지를 제외한 토지와 건물로서 그 보유기간이 5년이상 10년미만인 것에 대하여는 양도차익의 100분의 10에 상당하는 금액을, 그 보유기간이 10년이상인 것에 대하여는 100분의 30에 상당하는 금액을 장기보유특별공제액으로 양도차익에서 공제한다』라고 규정하고 있고,

대통령령이 정하는 토지에 대하여, 같은법 시행령 (’93. 12. 31 대통령령 제14083호 개정분, 이하 같다) 제46조의 3에서『법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지” 라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 도시계획구역 안의 토지는 5배, 도시계획구역 밖의 토지는 10배를 곱하여 산정한 면적(괄호 생략)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

○ 쟁점별로 나누어 살펴본다.

(1) 양도토지가 국민주택건설용지로서 양도소득세액면제대상에 해당하는지를 살펴본다.

① 국민주택건설용지로서의 양도소득세 감면요건은 다음과 같다.

1) 대상토지 : 건축물이 정착되어 있지 아니하는 토지

2) 취득자 요건 : 주택건설촉진법 제6조의 주택건설사업자가 85㎡이하의 주택신축용지로 취득

3) 신청 요건 : 주택건설사업자가 양도연도의 과세표준신고기한 내에 감면신청

② 쟁점토지를 취득한 ○○건설(주)가 주택건설촉진법 제6조의 주택건설사업자에 해당하고, 양도소득세 과세표준신고기한 내인 1995. 1. 20 ○○건설(주)가 처분청에 [국민주택비율 75%로 감면받을 세액 1억원] 의 내용으로 감면신청함에 대하여는 다툼이 없다.

③ 건축물이 정착되어 있는 토지는 건축물이 정착된 면적, 즉, 수평투영면적에 상당하는 토지만을 감면대상에서 제외 (같은뜻 : 재일46014-997호, ’95. 4. 18 외) 하는 것으로서, 양도토지 5,935㎡ 중 그 관할세무서의「토지초과이득세 유휴토지 판정조사서」와 건축물관리대장 및 무허가건물확인서에 의하여 건물이 정착된 면적으로 확인되는 799.56㎡ (쟁점1토지 217.06㎡와 쟁점2토지 333.91㎡ 및 쟁점3토지 248.59㎡의 계) 만을 감면대상에서 제외하여야 하는 것이고, 이를 제외한 5,135.44㎡에 대한 양도소득에 대하여는 양도소득세액의 감면종합한도내인 1억원까지는 국민주택건설용지로서 양도소득세액 감면대상이다.

④ 그렇다면, 양도토지 전체에 대하여 국민주택건설용지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하지 아니하고 과세한 처분청은 잘못이라 할 것이고, 양도토지 중 양도당시에 건물이 정착된 면적으로 확인되는 799.56㎡ (쟁점1토지 217.06㎡와 쟁점2토지 333.91㎡ 및 쟁점3토지 248.59㎡의 계) 을 제외한 5,135.44㎡에 대한 양도소득세감면세액이 1억원을 초과하므로, 양도소득세액 감면의 종합한도인 1억원은 국민주택건설용지로 감면ㆍ경정대상이라고 판단된다.

(2) 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제내역이 정당한지 여부를 살펴본다.

① 나대지로 보아 장기보유특별공제 배제한 쟁점토지「3필지」에 건축물 존재여부에 대하여 건축물관리대장과 무허가건물대장 및 철거시의「가옥주ㆍ세입자 명도 및 철거현황」 등에 따라 각 필지별로 살펴보면,

1) 같은동 ○○번지(쟁점1토지) 임야 1,061㎡에 무허가건물로서 가옥주별로 반○○ 43.55㎡, 이○○ 27.13㎡, 김○○ 146.38㎡ 계 217.06㎡의 건축물이 있었음을 알 수 있고,

2) 같은동 ○○번지(쟁점2토지) 대지 1,488㎡에 무허가건물 등으로서 가옥주별로 조○○ 26.45㎡, 한○○ 49.59㎡, 박○○ 59.68㎡, 신○○ 85.96㎡, 김○○ 26.28㎡, 이○○ 85.95㎡ 계 333.91㎡의 건축물이 있었음을 알 수 있고,

3) 같은동 ○○번지(쟁점3토지) 전 529㎡에 무허가건물 등으로서 가옥주별로 신○○ 33.06㎡, 한○○ 19.83㎡, 신○○ 195.7㎡ 계 248.59㎡의 건축물이 있었음을 알 수 있다.

② 장기보유특별공제가 배제되는 나대지에는 무허가주택의 바닥면적에 도시계획구역 안인 경우 5배에 해당하는 토지는 포함되지 아니하는 것이다.

※ 같은 질의회신 : 재일 46014-997호(’95. 4. 18), 재산 22601-1호(’92. 1. 6) 외

③ 쟁점토지 각 필지별로 처분청에서 나대지로 보아 장기보유특별공제를 하지 아니한 내역과 위 ①에 의한 주택바닥면적의 5배를 곱한 면적을 간추리면, 다음의 표와 같아, 쟁점토지 중 처분청에서 당초 결정시에 장기보유특별공제를 하지 아니한 1,854.9㎡도 장기보유특별공제대상임을 알 수 있다.

④ 그렇다면, 양도당시 쟁점토지위에 건축물이 있었음이 건축물관리대장과 무허가건물확인서(동장 발행) 및 철거시의「가옥주ㆍ세입자 명도 및 철거현황」등으로 확인되고, 쟁점토지 3,078㎡이 도시계획구역 안으로서 건축물 바닥면적의 5배에 해당하는 넓이에 포함되므로, 쟁점토지 3,078㎡ 중 1,854.9㎡을 나대지로 보아 장기보유특별공제 배제하여 과세한 당초의 처분은 잘못이라고 판단된다.

따라서, 이 건 심사청구는 청구주장에 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.