주문

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 해상화물운송업을 영위하고 있는 법인으로서, 금융리스자산인 “○○호”라는 선박(이하 “쟁점리스자산”이라 한다)을 운용리스자산으로 회계처리한 데 대하여, 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사시 쟁점리스자산가액 8,531,294,835원을 포함하여 총 11,257,772,277원(1997년 9,439,110,955원, 1998년 1,818,661,322원)을 익금가산 및 손금불산입하고, 10,799,333,026원(1997년 9,029,421,704원, 1998년 1,769,911,322원)을 손금에 산입하여, 1999.6.10. 청구법인에게 1997 사업연도 법인세 145,537,920원, 1998 사업연도 법인세 16,975,660원, 합계 162,513,580원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.8.10. 심사청구하였다.

2. 청구주장

장부상 자산으로 계상 누락한 쟁점리스자산에 대하여 처분청에서 조사시 자산으로 인정하여 과세하였는바, 조세감면규제법 제5조【중소기업투자세액공제】의 규정은 당초 신고시 감면신청이 없는 경우에도 요건만 충족하면 감면하여 주는 법정감면이므로, 동 과세시 1997 사업연도 119,839,401원과 1998 사업연도 74,059,728원의 중소기업투자세액을 공제하여 과세하여야 한다.

3. 처분청 의견

조세감면규제법 제5조의 규정에 의한 중소기업투자세액공제를 적용받기 위해서는 투자금액을 정상적으로 장부에 계상하고 법인세 과세표준 및 세액 신고시 세액공제신청을 하여야 하며, 공제받는 세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하도록 되어 있는바, 청구법인은 세액공제신청 및 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였으므로 동 세액공제를 적용하지 않고 과세한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

장부상 계상누락된 자산에 대하여 자산누락으로 익금가산하여 경정하는 경우 당초 법인세 신고시 중소기업투자세액공제 신청이 없었다 하더라도 동 공제를 할 수 있는지를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

○ 법인세법 제32조【결정과 경정】

제1항은『납세지 관할세무서장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.』라고 규정하면서, 제1호는『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』를 열거하고 있다.

○ 조세감면규제법 제5조【중소기업투자세액공제】

제1항은『중소기업이 사업용자산을 새로이 취득하여 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)한 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자한 경우에는 그 투자금액의 100분의 5)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.』라고 규정하고 있고, 제4항은『제1항 및 제2항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.』라고 규정하고 있다.

○ 같은 법 시행령 제5조【중소기업투자세액공제】

제2항은『법 제5조의 규정에 의한 투자세액공제를 받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도(동조 제2항의 규정을 적용받고자 하는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도)의 과세표준 신고와 함께 총리령이 정하는 투자세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은, 조세감면규제법 제5조【중소기업투자세액공제】의 규정은 당초 신고시 감면신청이 없는 경우에도 요건만 충족하면 감면하여 주는 법정감면으로서, 장부상 자산으로 계상 누락한 쟁점리스자산에 대하여 처분청에서 조사시 자산으로 인정하여 과세하였기에, 동 과세시 1997 사업연도 119,839,401원과 1998 사업연도 74,059,728원의 중소기업투자세액을 공제하여 과세하여야 한다고 주장하고 있다.

(2) 중소기업투자세액공제는 감면신청을 하는 경우에 한하여 감면을 하는 것이 아니고 감면요건 충족시 감면하는 법정감면이기는 하나, 법인세 과세표준신고서를 제출한 법인이 세액공제신청을 하지 아니한 경우 조사에 의한 경정결정 여부에 불구하고 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 경정 등의 청구를 할 수 있는 것으로서, 수정신고기한(경정 등의 청구기한)이 경과한 후에는 투자세액공제를 적용받을 수 없는 것(법인 22601-2020, 1991.10.24. 같은 뜻)이며,

(3) 또한, 법정감면이라 하더라도 법인이 법인세 과세표준 세액 신고시 세액공제를 하지 아니한 경우 정부의 경정결정에 의하여 공제받을 수 없는 것(법정감면인 임시투자세액공제에 대한 예규인 법인46012-3109, 1999.8.7. 같은 뜻)이므로, 쟁점리스자산에 대하여 당초 법인세 과세표준 및 세액 신고시 중소기업투자세액공제를 신청한바 없고 기업합리화적립금도 적립하지 않았으며 경정 등의 청구도 하지 않은 청구법인에 대하여, 중소기업투자세액을 공제하지 아니하고 과세한 당초 처분 정당하다고 판단된다.

따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.