○○○세무서장이 2007.9.3. 청구법인에게 추계로 결정 고지한 2003.1.1.～2003.12.31. 사업연도 법인세 422,623,240원은 청구법인이 제시하는 장부 등 증빙에 의하여 실지 조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

이 유

1. 처분내용

청구법인은 ○○특별시 ○○구 ○○동 413번지에서 (주)○○홈이앤씨(구, ○○방ENG(주), 이하 “청구법인”이라 한다)라는 상호로 2001.9.20. 개업하여 건설업(일반건축공사)을 영위하는 법인으로서 2002.10.13. 청구외 이○○(이하 “이○○”라 한다)와 ○○도 ○○시 ○○동 81-1 소재 ○○제일감리교회신축공사(이하 “쟁점교회” 및 “쟁점공사”라 한다)에 대한 도급계약을 체결하고 건축공사를 진행하였다.

 처분청은 청구법인이 쟁점공사 수입금액을 누락한 사실에 대하여 세무조사를 실시하고, 청구법인이 쟁점공사 수입금액 1,483,220천원(공급가액, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 신고누락한 사실을 확인하여 2007.9.3. 청구법인에게 부가가치세 260,818천원(2002년 제2기분 19,445천원, 2003년 제1기분 194,058천원, 2003년 제2기분 40,661천원, 2004년 제1기분 6,654천원)과 법인세 459,032천원(2002사업연도 36,409천원은 장부에 의해 경정하고, 2003사업연도 422,623천원은 추계 결정함) 합계 719,850천원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.11.27. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

처분청은 2005년 6월경 청구법인의 ○○현장에서 작성된 기성금요청공문 상의 기성금액을 수입금액 누락액으로 보았으나, 청구법인은 이를 작성하거나 날인한 적도 없으며, 기성금요청공문상에 날인된 인감, 회사 직인은 실제 청구법인이 사용하고 있는 인감 및 직인과 상이한 허위 공문서이므로 청구법인의 실제 공사수입금액인 648,189천원으로 과세하여야 한다.

청구법인이 수령한 쟁점교회신축공사 수입금액은 998,189천원으로 쟁점교회의 직영 공사비 350,000천원을 쟁점교회에 반환하여 실제 수령한 수입금액은 648,189천원이며, 지출된 공사비용은 979,367천원으로 실제 공사손실 331,178천원이 발생하였는바, 부외경비 등을 감안하여 청구법인의 2002～2003사업연도의 재무제표를 재결산하면, 2002사업연도에는 수입금액 4,686,099천원, 소득금액 324,669천원의 결손금이 발생하고, 2003사업연도엔 수입금액 984,675천원, 소득금액 20,310천원이 발생하므로 청구법인이 보관하고 있는 장부와 증빙에 의하여 실지조사방법에 의하여 과세표준과 세액을 계산하여야 한다.

3. 처분청 의견

청구법인이 기성금요청공문상의 인감은 청구법인의 인감증명서와 일치하고 있으며, 2004.12.10.까지 쟁점공사를 시공한 사실이 동해시에 보낸 공문 및 청구법인과 쟁점교회 간에 작성된 공사포기각서가 첨부된 공증서에 명시되어 있으므로 쟁점교회의 기성 수금현황과 같이 2002～2003사업연도에 쟁점금액을 공사수입으로 수령하였다고 보는 것이 타당하다.

또한, 청구법인은 쟁점공사의 실제 공사수입은 648,190천원이며, 공사비지출액은 979,367천원으로 실제 331,178천원의 공사손실이 발생하였으며, 비록 수입금액을 신고 누락하였지만 총공사비 지출액 979,367천원(급여 8,904천원, 임금 361,187천원, 원재료비 294,307천원, 외주공사비 248,400천원, 기타경비 66,569천원)은 다른 공사현장의 원가로 결산 반영하였다고 주장하며, 각 현장별 수입금액과 공사원가표를 제시하고 있으나, 구체적인 근거 없이 임의적으로 재조정한 것으로 신빙성이 없으므로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

   청구법인이 쟁점금액을 매출 누락한 것으로 보아 과세한 처분이 정당한지와 쟁점공사에서 실제 순손실이 발생하였는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

 1) 부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

  ① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.(2003.12.30. 개정)

    1. 확정신고를 하지 아니한 때

    2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

 2) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

  ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.(98.12.28. 개정)

  ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.(98.12.28. 개정)

    1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

    2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때(2000.12.29. 개정)

  ③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.(98.12.28. 개정)

 3) 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

  ① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

    1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

    2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

    3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

  ② 법 제66조제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다. <개정 2001.12.31, 2003.12.30, 2005.2.19>

    1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

     가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

     나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

     다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

    2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

    3. 「조세특례제한법」 제7조제1항제2호 가목의 규정에 의한 소기업이 폐업한 때에는 「소득세법 시행령」 제143조제3항제1호의2의 규정을 준용하는 방법 등 합리적인 방법으로 인정되어 국세청장이 정하는 방법

다. 사실관계 및 판단

1)청구법인의 대표자 김○○는 2002.10.13. 이○○목사와 쟁점교회 신축공사 계약을 공사금액 1,760백만원(공급대가)에 체결하여 공사를 진행하다가 2004.12.10. 이후 공정에 대한 시공권을 모두 포기하고, 이○○에게 시공권을 양도하기로 하는 공사포기각서를 작성하여 2004.12.13. ○○종합법무법인에서 공증을 받은 것으로 나타난다.

 2) 청구법인은 쟁점공사 수입금액에 대하여 세금계산서를 교부하거나 부가치세를 신고한 사실이 없고 2002～2003사업연도 법인세를 신고하지 아니한 데 대하여는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

 3) 처분청은 청구법인의 ○○현장에서 작성된 기성금요청공문(이하 “기성금요청공문”이라 한다)상의 총공사금액인 2,278,182천원(공급가액)에 공사공정률 85%를 적용하여 <표1>과 같이 1,936,454천원을 기성금액으로 보고, 청구법인의 공사대금 수령액과 교회가 직접 공사업체에게 지출한 공사비를 합친 1,483,220천원을 수입누락액으로 보아 2007.9.3. 청구법인에게 <표2>과 같이 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

<표1> 기성금요청공문 및 기성 수금현황

 ○ 기성금요청공문

(단위 : 천원)

 ○ 기성 수금현황

(단위 : 천원, 공급대가)

<표2> 연도별 법인세신고 및 경정 상황

 ※ 2003사업연도 전체 수입금액 2,341백만원에 대해 추계 경정함

 4) 국세통합전산망에 의하면, 청구법인은 2001.9.20.～2006.5.22. ○○ENG(주), 2006.5.23.～2006.7.23. ○○○○테크놀리지(주), 2006.7.24.부터 (주)○○홈이엔씨로 상호 변경한 것으로 나타난다.

 5) 청구법인의 기성금요청공문을 보면, 시행일자 2005.6월이고 수신은 ‘○○제일교회 당회장’이고, 제목은 ‘○○제일교회 신축기성금 요청’발송인은 ‘○○ENG(주)대표이사’이며 법인인감이 날인되어 있으며, 전화번호나 주소지, 이메일이 기재되어 있으며 그 내용을 보면,

    “2002년 10월 13일 귀교회와 작성한 ○○제일교회 신축공사에 대하여 계약금액(추가공사비 포함) 약 25억 6백만원 중 당사가 수령한 13억여원정, 교회가 직불한 금액 3억 1천만원정 등을 제외한 추가공사비를 지급하여 주실 것을 당부드리며, 현재 공정율 85%에 따라 전체 계약금액에 의거 감리자의 확인 후 조속히 처리하여 줄 것을 촉구함”라고 되어 있다.

 6) 기성금요청공문에 사용된 법인인감은 ○○ENG(주)이고, 2004.12.15. 서울중앙지방법원 상업등기소에서 발행된 법인인감증명서과 일치하는 것으로 나타난다.

 7) 청구법인은 2003.1.21. 110,000천원, 2003.2.20. 440,000천원, 2003.4.7. 280,000천원(이상 기성금요청공문상 금액임), 2003.4.28. 168,189천원(교회측 영수증상의 금액임), 합계 998,189천원을 쟁점공사의 기성금으로 수령하였고, 이 중 교회에 반환한 350,000천원을 제외한 648,189천원을 실제 공사수입으로 수령하였다고 주장하고 있는데 이에 대하여 살펴본다.

  가) 쟁점교회에서 보관하고 있는 일부 영수증(분실한 영수증 제외)의 합계액만 하더라도 청구법인이 실제 수령하였다는 648백만원에 이르고, 영수증의 수령일자와 금액이 기성금요청공문상의 일자와 금액과 다르고, 영수증에 날인된 회사인감이 법인인감증명서와 상이하고, 대표자 김○○(金○灝)의 한문철자가 金○浩로 상이하게 기재되어 있다.

  나) 또한, 청구법인은 쟁점교회에서 350백만원을 수령한 후, 쟁점교회에 반환하였다고 하나 수령한 사실이나 반환한 사실에 대하여 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

 8) 당심에서 쟁점교회의 현재 담임목사인 황○○와 통화한 바, 추가로 인테리어공사를 하였으며, 공사비는 교인들의 헌금과 ○○도 ○○시 ○○동 81-1 및 13-2 소재의 쟁점교회 부지를 담보로 한 대출금으로 지급하였으나, 공사비 지출증빙은 당초 조사시 제시한 것 외에 보관되어 있지 않고 있다고 진술하고 있다.

 9) 쟁점교회부지 등기부등본에 의하면, 농협과 2003.1.17. 채권최고액 1,300백만원과 2003.4.21. 채권최고액 420백만원(채권액의 120%, 대출금액 1,433백만원)의 근저당 설정등기가 되어 있다.

 10) 청구법인은 쟁점공사로 인하여 수령한 공사수입은 648,189천원이고, 총공사비 지출액은 979,367천원으로서 실제 331,178천원의 순손실이 발생하고, 쟁점공사와 관련된 수입금액과 공사원가를 반영하여 재결산하면, 다음 <표3>과 같이 2002, 2003사업연도 현장별 원가명세서 및 재무제표와 같이 2002년 공사수입과 공사원가는 당초신고금액보다 455,247천원과 51,107천원이 증가한다고 주장하고 있다.

<표3> 2002년 현장별 공사원가 및 신고수입금액

(단위 : 천원)

 11) 청구법인은 쟁점공사의 공사원가를 979,367천원이라고 하였으나, 실제 제출한 지출증빙의 합계액은 다음<표4>와 같이 1,128,552천원으로 나타나고, 이 중 부외경비 해당액은 711,114천원(2002년 370,091천원, 2003년 341,023천원)인 것으로 나타난다.

<표4> 쟁점교회 공사원가 내역

(단위 : 천원)

 12) 처분청은 2003사업연도 법인세 경정시 공사수입 누락액을 1,349백만원(공급가액, 청구법인 수령액＋교회 직불처리액)으로 보아 당초 신고수입금액인 991백만원을 초과하므로 법인세법시행령 제104조에 의하여 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당된다고 보아 2003사업연도 법인세를 기준경비율에 의한 방법으로 추계 경정한 것으로 나타난다.

 13)또한, 교회 직불액 369,484천원으로 확인하였음에도 264,000천원만을 법인세 경정시 주요경비로 인정하였음이 확인된다.

 14) 위의 사실을 종합하여 먼저, 처분청이 기성금요청공문상의 금액을 청구법인의 공사수입누락액으로 과세한 처분이 정당한지 여부에 대하여 살펴보면,

 쟁점교회에서 보관하고 있는 영수증에 기재된 대표자 성명(한자철자)와 대표자 성명(한문철자)이 틀리게 기재되어 있고, 날인된 사용인감도 법인인감증명서와 상이한 반면에 청구법인이 쟁점교회에 발송한 기성금요청공문의 법인인감은 법인인감증명서와 일치하며, 공증 받은 공사포기각서 상에 공사포기일이 2004.12.10.로 기재되어 있고, 쟁점교회가 공사비로 지출액 중 교회헌금을 제외한 대출금이 1,430백만원에 달하고, 쟁점교회에서도 인테리어공사를 추가 공사하였다고 진술하고 있는 점으로 볼 때, 청구법인의 기성금요청공문 상의 기재내용은 진실한 것으로 보이므로 기성금요청공문의 수입금액을 쟁점공사의 공사수입으로 보아 과세한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 한편, 청구법인은 비록 당초 신고한 공사수입금액 및 공사원가를 변경하여 현장별 공사원가명세서 및 재무제표를 재조정한 사실이 확인되지만 청구법인이 추가 제출한 장부와 지출증빙이나 조사시 확보된 공사 관련 서류에 의하면, 쟁점공사와 관련하여 지출된 공사비 상당액이 쟁점공사의 수입금액을 초과하는 것으로 나타나는 등 순손실액이 발생하였다는 청구법인의 주장이 신빙성이 있다고 보이고,

 처분청은 쟁점공사 수입누락액에 대한 대응원가를 손금에 산입하지 아니하고 소득금액을 추계 결정한 이 건 부과처분은 잘못이 있다고 할 것이므로 청구법인이 추가로 제시하는 비용지출액을 쟁점공사와 관련된 부외경비인지 여부에 대하여 실제조사방법에 의하여 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.