주 문

○○세무서장이 2008.6.11. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 111,967,610원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

청구인은 ○○○○아파트재건축조합의 조합원으로 참여하여 ○○시 ○○구 ○○동 0000-0 ○○○○○ 000동 000호(건물 전유부분 121.66㎡ 및 대지 48.3529㎡이고, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하였다가 2005.7.18. 양도하고 2005.9.30. 양도소득세 111,967,603원을 예정신고 및 납부하였다가 2008.4.21. 쟁점아파트의 양도가 조세특례제한법 제99조의 규정에 의한 100% 감면대상이라고 하여 기 납부한 양도소득세 111,967,610원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

처분청은 조합원이 재건축주택조합으로부터 신축주택을 분양받는 경우 신축주택취득기간(1998.5.22~1999.6.30) 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 한하여 감면대상에 해당되는 것이나, 청구인이 분양받은 쟁점아파트는 신축주택취득기간이 경과한 2001.5.21. 사용승인을 받아 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 2008.6.11. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

청구인은 이에 불복하여 2008.9.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 재건축조합의 조합원자격으로 쟁점아파트를 취득하였고, 쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조에서 규정하는 신축주택취득기간(1998.5.22.부터 1999.6.30.까지) 경과 후인 2001.5.21. 사용승인을 받았으나 신축주택취득기간 내인 1999.5.20.~1999.5.21. 기간 중에 재건축조합과 조합원 외의 자인 일반분양자가 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있으므로 청구인이 양도한 쟁점아파트에 대하여 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호의 규정에 따라 양도소득세를 감면하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 같은법시행령 제99조 제3항 제2호의 규정은 주택건설사업자로부터 취득하는 주택에 적용되는 감면규정이므로 쟁점아파트에는 적용할 수 없고, 쟁점아파트와 같이 자기가 건설한 주택에 대하여는 같은법 제99조 제1항 제1호가 적용되어야 하나 동 규정에 의할 경우 신축주택취득기간이 경과한 후에 사용승인을 받은 쟁점아파트는 감면대상이 아니므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

재건축주택조합의 조합원인 청구인이 주택조합으로부터 취득한 쟁점아파트에 대하여 신축주택취득기간(1998.5.22~1999.6.30) 내에 사용승인을 받지 아니하였으나 당해 주택조합이 신축주택취득기간 내에 잔여주택(일반분양분)에 대한 매매계약을 조합원 외의 자와 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우, 쟁점아파트 양도시 조세특례제한법 제99조에 의한 양도소득세 과세특례(100% 감면)를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서󰡒신축주택취득기간󰡓이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

(2) 조세특례제한법시행령 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

③ 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 ○○○○아파트재건축조합의 조합원으로 참여하여 조세특례제한법 제99조의 규정에 의한 신축주택취득기간(1998.5.22~1999.6.30)이 경과한 2001.5.21. 사용승인을 받은 쟁점아파트를 2005.7.18. 양도한 사실 및 위 재건축주택조합이 조합원에게 분양하고 남은 잔여세대를 신축주택취득기간 중인 1999.5.20.~1999.5.21. 기간중에 계약을 체결하여 일반 분양한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인의 2008.4.21.자 경정청구에 대하여 청구인이 쟁점아파트를 재건축조합의 조합원자격으로 취득한 것이고 조합원자격으로 취득한 경우 신축주택취득기간중에 사용승인을 받아야 하나 그 기간을 경과한 2001.5.21. 쟁점아파트에 대한 사용승인을 받았다고 하여 2008.6.11. 청구인의 경정청구를 거부한 반면, 청구인은 관련법령인 조세특례제한법시행령 제99조 제3항 제2호의 해석상 재건축조합이 신축주택취득기간중에 잔여주택을 일반인에게 분양하고 계약금을 납부받은 사실이 있으므로 쟁점아파트에 대하여 신축주택취득기간 경과후에 사용승인을 받은 경우에도 감면대상으로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(3) 청구인이 증빙자료로 제시하는 쟁점아파트에 대한 조합원분담금 납부계약서에 의하면, 청구인은 ○○○○재건축조합과 1999.7.21. 조합원분담금 납부계약을 체결한 사실이 나타나고, ○○은행의 인터넷검색결과에 의하면 ○○○○재건축조합이 조합원에게 분양하고 남은 잔여세대(88세대)를 일반인에게 분양하면서 계약체결 및 계약금 납부기간을 1999.5.20.~1999.5.21.로 정하여 공고한 사실이 확인되며, 쟁점아파트에 대한 집합건축물대장에 의하면 쟁점아파트의 전유면적은 121.66㎡이고 ○○시 ○○구청장으로부터 2001.5.21. 사용승인을 받아 같은날 청구인 명의로 소유자등록을 한 사실이 확인된다.

(4) 처분청이 과세근거자료로 제시하는 경정청구서 검토복명서 (2008.6.)에 의하면, 청구인은 쟁점아파트를 재건축조합의 조합원자격으로 취득하였으므로 조세특례제한법 제99 제1항 제2호의 규정에 의한 ‘자기가 건설한 신축주택’에 해당되고 자기건설 신축주택은 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.6.30.)내에 사용승인을 받아야 하나 청구인은 2001.5.21. 사용승인을 받았으므로 감면주택에 해당되지 아니하므로 당초 신고내용이 적정하다는 내용이 나타난다.

(5) 살피건대, 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점 및 같은 법 시행령 제99조 제3항 제2호의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 공급받는 이른바 조합원 공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 위 법 제99조 제1항 제2호 소정의 양도소득세 과세특례 적용대상이 되는 신축주택에 포함된다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다(대법원 2007두146, 2008.5.29; 국심 2007중5050, 2008.11.10. 합동회의결정 같은 뜻임).

(6) 따라서, 청구인이 재건축주택조합의 조합원으로서 취득한 쟁점아파트에 대하여 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.6.30.) 이후인 2001.5.21. 사용승인을 받았다고 하더라도, 재건축주택조합이 재건축아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여 아파트를 신축주택취득기간 내인 1999.5.20.부터 1999.5.21.까지의 기간중에 조합원 외의 자에게 일반분양하고 계약금을 지급받은 사실이 있으므로 쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조 제1항의 규정에 의한 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용 대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.