주 문

○○세무서장이 2008.6.5. 청구인에게 한 2007년 제1기～2008년 제1기 부가가치세 66,056,400원의 부과처분은 이를 취소합니다.

이 유

1. 처분내용

청구법인은 2006.8.16.부터 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 127-2번지에서 공장을 임대하고 있으며, ○○시 ○○구 ○○동 617-8번지에서 창호제조업을 영위하는 주식회사 ○○하이테크(이하 “본점법인”이라 한다)의 지점법인인바,

2007년 제1기～2008년 제1기까지 청구외 목림 등 34개 거래처로부터 매입세금계산서(공급가액 533,050천원, 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취한 후 이를 공제 가능한 매입세금계산서로 하여 부가가치세 신고하였다.

처분청은 2008년 5월 청구법인에 대해 환급현지확인조사를 실시한 결과, 쟁점매입세금계산서는 자기사업(부동산임대업)을 위하여 사용되었거나 사용하기 위하여 공급받은 것이 아닌 본점법인사업(창호제조업)과 관련된 매입액이므로 매입세액을 불공제하는 것으로 하여, 2008.6.5. 청구법인에게 부가가치세 66,056,400원을 경정․고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2008.8.28. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

가. 본점법인 (주)○○하이테크는 2004.8.1.부터 ○○시 ○○구 ○○동 617-6번지에서 목창호 제조업 등을 하여 왔으며, 2006.8.16. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 127-2번지에 청구법인인 화성지점을 설립하여 부동산임대업을 하다가, 본점법인 소재지 환경문제 등 여러 가지 문제점이 있어 장기적으로 생산라인을 지점으로 이전할 계획으로 2007년도부터 일부 제품을 생산하기 위한 제조시설을 갖추고 이를 생산하여 판매하고 있었다.

나. 2006년 12월 14일자로 총괄납부 승인신청을 하였으나 신청시기가 아니라는 사유로 기각된 바 있으며, 생산한 일부제품은 지점의 생산라인에 대한 거래처의 승인을 받지 못하여 대부분의 제품을 본점법인에서 최종 완성하여 판매하고 세금계산서를 교부하였다.

위 제품과 관련된 매입세액 중 사실상 지점(청구법인)에서 구매 및 관리한 부분은 지점명의로 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제하고 신고기한내 신고하였다.

다. 처분청은 2008.5.7. 부가가치세 환급 현지확인을 실시하여 총괄납부 승인없이 본점법인 거래분에 대한 세금계산서를 수취하여 지점(청구법인)에서 매입세액 공제하였다하여 이건 부과처분을 하였으나,

청구법인은 신규로 사업장이 개설되어 거래처가 요구하는 제품생산시설 기준에 미달됨에 따라 거래처의 합격기준에 맞도록 본점법인에서 최종 제품을 완성하여 거래처에 판매하고 본점법인에서 매출세금계산서를 교부하였고, 제조공정 또는 거래비용 최소화를 위하여 지점(청구법인)에서 구입 또는 관리한 부분에 대한 매입세액을 지점(청구법인)에서 공제하였으므로, 부가가치세법 제17조의 규정과 사업장이 2이상인 사업자가 지점(공장)에서 사용․소비할 재화를 본사에서 계약․발주․대금결재 등을 하고 재화는 운송편의상 실질적으로 사용 소비하는 제조장으로 인도하는 경우에는 세금계산서상 공급받는자는 본사 또는 지점 어느쪽도 가능하다는 국세청 해석(소비22601-33 1989.1.7, 부가1265-1079 1983.6.8 등) 등을 종합하여 보면,

총괄납부승인여부와 관계없이 2이상의 사업장이 있는 경우는 사업장 단위보다 인적기준(사업자)에 의하여 판단하고 또한 실지 사용․소비하는 사업장에서만 반드시 매입세액을 공제하여야 한다고 하는 것은 아니라고 판단되므로 청구법인에 대한 매입세액을 불공제한 당초처분은 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

가. 부가가치세법 제4조에 부가가치세는 사업장마다 신고․납부하여야 하는 것으로 되어 있으며 예외적으로 총괄납부의 경우 주된사업장에서 총괄할 수 있도록 되어 있다.

나. 또한, 부가가치세법 제17조 제1항 제1호에 매출세액에서 공제받을 수 있는 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급액에 대한 세액으로 규정하고 있는바, 청구법인의 경우 본점의 업종은 제조업이며 지점은 2006.8～2008.3. 기간까지는 부동산임대수입금액만 발생한 사실이 신고서 등에 의해 확인되고, 쟁점매입세금계산서의 거래처 업종과 거래품목은 본점법인의 제조업을 위하여 사용․소비된 재화로서 청구법인의 사업인 부동산임대업에 사용되는 재화가 아니며, 청구법인은 총괄납부 승인을 받지 않았으므로 지점인 청구법인은 매입세액을 공제받을 수 없다.

다. 청구법인이 제시한 예규(소비22601-33)는 지점에서 사용․소비될 재화를 본사에서 계약․발주․대금결재를 일괄적으로 하고 운송편의상 실질적으로 사용소비하는 제조장으로 이동하는 경우에 본사, 지점 어느쪽에서도 매입세액 공제가 가능한 것으로 규정하고 있는바, 청구법인의 경우 지점에서 지점사업을 위하여 사용소비될 재화가 아닌 본점법인에서 사용․소비될 재화를 본사에서 일괄 구입한 것을 지점사업인 부동산 임대업과 관련이 없는 지점의 매입으로 공제한 것으로 예규내용과 다르며 이를 인정한다면 주사업장 총괄납부 승인의 의미가 없다고 판단됨. 따라서 청구주장 이유없으므로 당초처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

부동산임대업이 주업인 지점법인이 본점법인의 주업인 목창호제조와 관련된 재화를 공급받고 수취한 쟁점매입세금계산서를 ｢자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화｣의 공급에 해당하지 않은 것으로 보아 매입세액 불공제한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

 1) 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

 ② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용․소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

2) 부가가치세법 제17조【납부세액】

  ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.(단서 생략)

   1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

   2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

  ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   1의 2. 제16조 제1항및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액

 3) 부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

  ① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

   2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하 생략)

다. 사실관계

 1) 청구법인의 매출은 2006년 8월～2008년 3월까지는 부동산임대업에서만 발생하였고 2008년 4월이후 부터는 부동산임대업과 목창호제조업에서 발생하였다는 사실과 2007년 제1기～2008년 제1기 기간 중 목창호제조업과 관련된 제조비용, 외주가공비, 운반비 등이 거래품목인 쟁점매입세금계산서를 교부받아 이에 대한 매입세액을 공제받은 사실, 청구법인이 총괄납부 승인을 받지 않았다는 사실에 대해 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

 2) 처분청은 청구법인이 교부받은 쟁점매입세금계산서를 청구법인의 사업인 부동산임대업과 관련이 없는 것으로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하였음이 경정결의서 등에 의해 확인된다.

 3) 청구법인은 지점사업장으로 2006.8.16. 개업하였으며 주업종을 부동산임대업으로 사업자등록하였음이 국세전산망에 의해 확인되며, 청구법인의 본점법인은 사업목적을 제조업, 도․소매업, 무역업, 부동산업, 창호공사업, 부동산임대업 등이라는 사실이 법인등기부등본에 의하여 확인된다.

 4) 청구법인이 제출한 2007년 1월부터 2008년 6월까지의 급료대장상 종업원 수와 원천징수이행상황신고서의 신고내용은 다음과 같다.

<급여대장상 월별 종업원 수>

                     <원천징수이행상황 내역> (단위:천원)

 5) 청구법인이 제출한 생산일보(전체 9매)에는 래핑/바베란2(2007.2.23, 고객명 포스코 순화동), 진공성형(2007.4.4, 주택공사 등), 심재조립(2007.4.6, 포스코 순화동 호텔 등), 진공성형(2007.11.10, 시판 등), 래핑/바베란2(2008.3.5, 대우건설 수원천전) 등이 기재되어 있으며, 생산일보 작성자가 청구법인의 급료 대장에 기재된 종업원이 아닌 것에 대해 청구법인은 ‘그 당시에는 본점법인 종업원들이 청구법인에 출근하여 작업을 수행(급료는 본점법인에서 수령)하였기 때문’이라고 전화 진술하고 있으며,

청구법인은 2008년 제1기 확정신고 기간부터 목창호 제품의 매출 과세표준을 신고하였음이 신고서 등에 의해 확인된다.

라. 판 단

부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의하여 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제되는 것이며, 부가가치세가 과세되는 사업과 관련이 있는지 여부는 구체적으로 구입목적, 사업의 연관성, 사용실태 등을 확인하여 종합적으로 사실판단 하여야 하는 것인바(서면3팀-783, 2006.04.28)

쟁점매입세금계산서가 자기사업과 관련이 있는지에 여부에 대해 살펴보면, 쟁점매입세금계산서를 수취한 2007. 1월부터 2008. 3월까지의 월 평균종업원 수가 3.5명(전체 52명/15개월)이라는 사실과 생산일보에 기재된 작업내용 등으로 보아 목창호 제품을 완성하기 전단계 공정을 수행하였다는 청구법인의 주장이 신빙성이 있어 보인다는 점, 본점법인의 주된 사업이 목창호제조업이라는 점. 청구법인이 이 건 부과처분한 과세기간 이후에 목창호 제조업에서 매출이 발생하고 있다는 점 등에 비추어 비록 청구법인의 사업자등록증상 주업종이 부동산임대업으로 되어 있으나 목창호 제조업도 병행한 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점매입세금계산서를 자기의 사업과 관련이 없다고 하여 매입세액을 불공제한 것은 부적법하다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.