주문

○○세무서장이 2002.1.2. 청구법인에게 경정고지한 2000.1.1.~2000.12.31. 사업연도 법인세 264,244,830원과 2000년 제2기분 부가가치세 110,000,750원의 부과처분에 대한 불복은 불복청구기간이 경과되어 적법한 청구가 아니므로 이를 각하하고, 2002.4.17. 청구법인에게 경정고지한 2000년 과세연도 근로소득세347,756,200원의 부과처분에 대한 불복은 청구주장을 받아들일 수 없어 이를 기각합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 인쇄회로기판 등의 제조업을 영위하였던 법인으로서, 자료상으로 고발된 청구외 주식회사○○월드(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 2000년 10월~12월중에 공급가액 748,050,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서를 수취한 다음, 쟁점금액을 손금에 산입하여 2000.1.1.~2000.12.31.사업연도 법인세를 신고하는 한편, 쟁점금액의 부가가치세 상당액을 부가가치세 매출세액에서 공제하여 2000년 제2기 확정분 부가가치세를 신고하였다.

청구외법인의 사업장 관할인 ○○세무서장은, 청구외법인에 대한 자료상조사결과 청구법인이 청구외법인으로부터 실물거래없이 쟁점금액의 세금계산서를 교부받았다며 처분청에 자료통보하였고, 처분청은 동 통보내용에 따라 쟁점금액을 손금불산입하여 2002.1.2. 청구법인에게 2000.1.1.~2000.12.31. 사업연도 법인세 264,244,830원을 경정고지하였고, 쟁점금액의부가가치세 상당액을 매입세액 불공제하여 같은 날 2000년 제2기분 부가가치세 110,000,750원을 경정고지하였다.

또한, 처분청은 쟁점금액의 공급대가 상당액 822,855,000원을 대표자 청구외 황○○에게 상여처분하여 같은 날 청구법인에게 소득금액변동통지하였으나, 청구법인이 이에 대한 원천징수납부를 이행하지 않자 2002.4.17. 청구법인에게 2000년 과세연도근로소득세 347,756,200원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2002.8.1. 이의신청을 거쳐 2002.12.12. 심사청구하였다.

2. 청구주장

쟁점금액과 관련하여 법인세와 부가가치세 및 근로소득세를 함께 고지하여야 함에도 불구하고 처분청은 법인세와 부가가치세만 먼저 고지하고 근로소득세는 나중에 고지하였는바, 이 건 부과처분이 쟁점금액의 거래와 관련된 것임을 고려할 때 맨 나중에 고지된 날을 불복청구의 기산일로 봐야 하므로, 처분청에서 이 건 부과처분 관련 이의신청에 대한 결정시 법인세와 부가가치세에 대하여 불복기간이 경과하였다 하여 각하결정함은 부당하고,

청구법인은 매년 법인세와 부가가치세 및 근로소득세를 성실히 합법적으로 신고납부하였는바, 청구외법인에 대하여 정밀하게 재조사를 하여 정상거래 여부를 확인한 다음 이 건 부과처분을 취소하여야 한다.

3. 처분청의견

자료상과의 거래금액인 쟁점금액에 대하여 2001년 11월 청구법인에게 정상거래 여부를 소명하도록 안내하였으나 소명하지 아니하여,2002.1.2. 법인세와 부가가치세를 과세하고 대표자에게 상여처분하여 소득금액변동통지하였으며, 동 상여처분금액에 대하여 청구법인이 원천징수납부를 이행하지 않아 2002.4.17. 근로소득세를 과세하였는바, 관련 법령에 의하여 적법하게 법인세와부가가치세 및 근로소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점금액을 손금불산입 및 동 부가가치세 상당액을 매입세액 불공제하여 법인세와 부가가치세를 과세하고, 쟁점금액의 공급대가 상당액을 대표자에게 상여로 소득처분하여 근로소득세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

국세기본법 제61조 【청구기간】제1항은『심사청구는 당해 처분이 있는 것을 안날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일내에 제기하여야 한다.』라고 규정하고 있다.

 같은법 제66조 【이의신청】『제6항은「제61조 제1항ㆍ제3항 및 제4항ㆍ제62조 제2항ㆍ제63조ㆍ제64조 제1항 단서 및 제2항과 제65조의 규정은 이의신청에 관하여 준용한다. 다만, 제65조 제2항 중 60일은 이를 30일로 한다.』라고 규정하고 있다.

법인세법 제66조 【결정 및 경정】제2항은『납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.』라고 규정하면서, 그 제1호는『신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 규정하고 있다.

 같은법시행령 제106조 【소득처분】제1항은『법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다.』라고 규정하고 있고, 그 제1호는『익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것』이라고 규정하고 있으며, 그 나목은『귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여』라고 규정하고 있다.

소득세법 제128조 【원천징수세액의 납부】는『원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음날 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서ㆍ○○은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.(단서생략)』이라고 규정하고 있다.

 같은법시행령 제192조 【소득처분에 의한 배당ㆍ상여 및 기타소득의 지급시기 의제】제1항은『법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정일 또는 경정일 부터 15일 내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.』라고 규정하고 있고, 동 제2항은『제1항의 경우에 당해 배당ㆍ상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.』라고 규정하고 있다.

부가가치세법 제17조【납부세액】제2항은『다음 각호의 1의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정하고 있고, 그 제1호는『매입처별 세금계산서 합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 매입세액은 제외한다.』라고규정하고 있으며, 그 제1의 2호는『필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액』이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 법인세 264,244,830원과 부가가치세 110,000,750원의 부과처분에 관하여

  (가) 본 안 심리에 앞서 이 건 심사청구가 적법한 청구인지를 살펴보면, 국세기본법 제64조 제1항은 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 내에 제기하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제66조 제6항은 이의신청에 관하여 제61조 제1항의 규정을 준용한다고 규정하고 있으며, 같은 법 기본통칙 7-2-8…65【각하결정사유】제4항은 이의신청이 각하결정된 사항에 대하여 심사청구를 하였을 경우에는 전심(이의신청)의 각하결정에 흠이 없는 한 심사청구도 각하한다고 규정하고 있는바,

  (나) 이 건 심사청구와 관련된 납세고지서가 2002.1.10. 등기우편으로 송달된 후 반송되지 아니하였고, 청구법인이 이를 수령하지 못한 사실이 입증되지 아니하므로, 납세고지서를 발송한 후 3일이 경과한 2002.1.13.부터 불복청구기간을 기산하는 것(심사 부가2003-62, 2003.5.12. ; 국심2002서2955, 2002.11.7. ; 국심 2000중2395, 2001.12.31. ; 국심 2000부1841, 2000.10.26. 등 다수 같은 뜻)으로서, 청구법인은 이 날로부터 90일이 되는 2002.4.13.까지 이의신청을 제기하였어야 하나, 위 기한이 경과한 2002.8.1. 이의신청을 제기하였기에 청구기간이 경과한 부적법한 청구에 해당된다.

  (다) 청구법인은 이 건 부과처분이 쟁점금액의 거래와 관련된 것이므로 맨 나중에 고지된 근로소득세 고지서 수령일을 불복청구의기산일로 봐야 한다고 주장하나, 전시 관련법령에서 살펴본 바와 같이 이의신청은 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 내에 제기하여야 하는 것으로서, 각 고지서별로 불복청구 기산을 하는 것인바, 동일한 사건에 대하여 여러 세목의 국세를 부과하는 경우 맨 나중에 부과된 국세에 대한 고지서 수령일을 불복청구의 기산일로 봐야 한다는 청구주장은 법리를 오해한 잘못이 있다고 할 것이다.

  (라) 따라서, 이 건 심사청구중 법인세와 부가가치세에 대한 불복은 불복청구기간이 경과되어 적법한 청구가 아니므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 (2) 근로소득세 347,756,200원의 부과처분에 관하여

  (가) 청구법인은 청구외법인에 대하여 정밀하게 재조사를 하여 정상거래 여부를 확인한 다음 이 건 부과처분을 취소하여야 한다고 주장하나, 청구외법인의 사업장 관할 ○○세무서장이 청구외법인을 조사한 경위와 그 결과 및 조치내용을 보면,

  (나) 청구외법인이 이 건 부과처분과 귀속이 같은 2000년 제2기분의 부가가치세 신고서에 매출ㆍ매입이 전혀 없는 것으로 신고한 반면, 청구법인은 청구외법인으로부터 쟁점금액을 매입한 것으로 신고하는 등 청구법인을 포함한 45개 업체에서 공급가액 총5,054,204천원을 매입한 것으로 신고하였으며,

  (다) 위 사실을 발견한 ○○세무서장은 청구외법인이 자료상 혐의가 있다고 보아 2001년 9월 청구외법인에 대하여 자료상 혐의자 조사를 실시하였고, 그 결과 청구법인 등 45개 업체가 청구외법인으로부터 매입한 것이라고 신고한 공급가액 5,054,204천원은 청구외법인이 실물거래없이 허위매출세금계산서 174매를 발행하여 교부한 것임을 알고, 이를 처분청 등에 자료상자료로 통보하는 한편, 청구외법인과 그 대표자 청구외 김○○을 조세범처벌법 제11조의 2 제4항 위반으로 관할인 ○○경찰서장에게 고발하였음이 조사복명서와 고발서등에 의하여 확인되므로, 당초 이 건 부과처분 이전에 청구외법인에 대하여 자료상 혐의자 조사를 하여 정밀하게조사가 이루어 졌다고 판단된다.

  (라) 한편, 처분청에서도 청구법인이 자료상 혐의가 있다고 보아 이 건 부과처분후인 2002년 9월 청구법인에 대하여 자료상혐의자 조사를 실시하였으며, 그 결과 청구법인이 2000연도에 실물거래없이 은행거래를 이용하여 자금만 수수하는 방법으로 청구외 주식회사○○산업 등 9개 업체에 공급가액 2,015,903천원의 세금계산서를 허위로 교부하였고, 2001년도에도 같은 방법으로 35개 업체에 공급가액 3,839,889천원의 세금계산서를 허위로 교부하였으며, 2000.1.1~2002.3.31.기간중 실물거래없이 청구외법인 등 13개 업체로부터 공급가액 4,468,450천원의 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제한 사실을 발견한 다음, 2002.9.30. 청구법인과 대표자 청구외 황○○를 조세범처벌법 제11조의 2 제4항 위반으로 관할인 ○○경찰서장에게 고발하였음이 조사복명서와 고발서 등에 의하여 확인되는 바, 쟁점금액의 거래가 실물거래없이 세금계산서만 주고받은 가공거래임이 재차 확인되었다고 판단된다.

  (마) 또한, 청구법인에 대한 처분청 조사 당시 조사담당공무원이 청구법인의 대표자 청구외 황○○를 상대로 작성한 전말서를 보면, 청구법인은 금전출납부, 수출신고서, 세금계산서, 부가가치세신고서, 출금전표, 거래통장이외에 보관하고 있는 장부 및 증빙서류가 없고, 위 출금전표에는 지출사실을 확인할 수 있는 증빙서류가 전혀 없으며, 청구법인은 이 건 심사청구시에도 쟁점금액의 거래가 가공거래가 아니라는 객관적인 증빙을 제시하지 아니하므로, 쟁점금액의 거래를 실물거래없는 가공거래로 보아 동 공급대가 상당액 822,855,000원을 대표자 청구외 황○○에게 상여로 처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지하였다가 청구법인이 원천징수납부의무를 이행하지 않자 그에 대한 근로소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

  (바) 따라서, 이 건 심사청구중 근로소득세에 대한 불복은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.