주문

○○세무서장이 2004.12.1. 청구인에게 결정고지한 2004년 과세연도 양도소득세 15,820,680원은 이를 취소합니다.

이유

1. 처분내용

청구인은 2004.2.25 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 전 293㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 양도한 사람으로서, 쟁점토지가 자경농지 및 농지대토에 해당된다하여 전액 비과세(감면)로 기재하여 2004. 4. 30. 양도소득세 과세표준 예정신고서를 ○○세무서에 제출하였다.

 처분청은 쟁점토지가 비과세되는 농지대토에 해당되지 않는다고 보아 비과세 배제하고 기준시가로 양도소득 계산하여, 2004.12.1. 청구인에게 2004년 과세연도 양도소득세 15,820,680원을 결정ㆍ고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005. 1. 21. 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

청구인은 쟁점토지를 1988.6.9. 취득하여 2004. 2. 24. 청구외 도시개발공사에게 양도할 때까지 ① 지목이 전으로써 농지로 사용하였고 ② 쟁점토지 소재지 및 그 인접지역에 거주하면서 ③ 직접 채소 등을 8년 이상 재배하였으므로, 쟁점토지는 8년 이상의 자경농지에 해당되므로, 양도소득세 비과세(감면)를 배제하고 추징한 이 건 부과처분은 부당하므로 당초 처분을 취소경정하여야 한다.

3. 처분청 의견

청구인은 8년이상의 자경농지 감면(조세특례제한법 제69조)으로 양도소득세를 신고한 것이 아니고, 농지대토(소득세법 제89조 제4호) 비과세로 신고한 것이므로 농지대토 비과세 요건 중 거주요건이 충족되지 아니하여 비과세 배제하고 양도소득세를 추징한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1) 세액감면신청서를 제출해야 조세특례제한법상 세액감면을 받을 수 있는 것인지 여부와,

 2) 쟁점토지가 8년이상의 자경농지에 해당하는지 여부를 가리는데 있다

나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[괄호안 생략] 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 기타 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

  ② (생략)

  ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ①법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년(괄호안 생략) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.(2001.12.31. 신설)

   1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

   2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

  ②, ③ (생략)

  ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 (괄호안 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

   1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지중 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

  가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명이상인 지역

  나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

  ⑤ 제4의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예전지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. [개정 2000ㆍ12ㆍ29]

  ⑥ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2001.12.31. 개정)

   양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

  ⑦ (생략)

  ⑧ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. [개정 2000ㆍ1ㆍ10] (후단 생략)

  ⑨ (생략)

 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】

  ① 영 제66조 제1항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

  ② 영 제66조 제3항의 규정에 의한 토지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각호의 기준에 의한다.

   1. 등기부등본 또는 토지대장등본 기타 증빙에 의하여 양도자가 8년 이상 소유한 사실이 확인되는 토지일 것

   2. 주민등록표등본, 시ㆍ구ㆍ읍 면장이 교부 또는 발급하는 농지원부등본과 자경증명에 의하여 양도자가 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 확인되는 토지일 것

 ○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

  다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다. [개정 98ㆍ12ㆍ28, 99ㆍ12ㆍ28]

    1. ~ 3. (생략)

    4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득

 ○ 소득세법시행령 제153조 【농지의 비과세】

  ① (생략)

  ② 법 제89조 제4호에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다. [개정 2000ㆍ12ㆍ29]

    1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년내에 다른 농지를 취득하여 3년이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우

    2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1이상인 경우

다. 사실관계 및 판단

 1) 청구인은 앙도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서(별지 제85호 서식)에 의거 2004.4.30. 처분청에 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고하면서, ① 양도소득금액 계산명세서(별지 84호 서식 부표), ② 토지대장 및 토지등기부등본 ③ 장지동 농지위원 정문호의 확인서, ④ ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지의 토지대장과 토지등기부등본를 첨부하여 신고하였음을 처분청이 제출한 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고서에 의하여 확인된다.

 2) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 토지대장과 토지등기부등본에 의거 청구인은 쟁점토지를 1988.6.9.취득하여 2004.2.24. 양도하였음을 알 수 있고,

 3) 청구인은 양도소득 신고서식인 양도소득과세표준 신고 및 자진납부계산서(별지 제85호 서식)에 "비과세 자경농지, 비과세 농지대토(○○시 ○○동 ○○번지)"라고 기재하였고, 양도소득금액 계산명세서(별지 84호 서식 부표)에는 쟁점토지의 양도소득금액을 "75,261,807원"으로 기재하여 양도소득세를 신고하였음을 알 수 있으며,

 4) 또한, 첨부한 ○○동 농지위원 정○○의 확인서(2004.3)에서 "청구인이 쟁점토지에서 직접 재배한 야채 등을 청구인이 운영하는 음식점에서 소비하였다"라며 쟁점토지가 청구인의 자경농지임을 확인하여 주고 있다.

 5) 청구인 및 청구인 가족은 1989.1.24.부터 1992.9.29.까지 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○동 ○호에, 1992.9.30.부터 1998.10.1.까지 같은 아파트 000동 000호에, 1998.10.1.부터 현재까지는 같은 아파트 ○동 ○호에 거주하였음이 ○○동장이 발급한 주민등록표에 의거 확인된다.

 6) 처분청은 관리ㆍ비치하고 있는 「재산제세 비과세ㆍ감면 및 공제사후관리 카드」에서 쟁점토지에 대한 비과세ㆍ감면(공제) 사유를 "소득 89(이는 소득세법 제89조 비과세양도소득의 약칭으로 판단된다)"라고 기재하고 있고,

  처분청이 제출한 쟁점토지에 대한 양도소득세 결정결의서의 조사내용에는 "재산제제 비과세ㆍ감면(공제) 사후관리카드 내용을 검토한 바, 농지대토 비과세 요건 중 거주요건이 충족되지 아니하여 고지함"이라고 기재되어 있는 것으로 보아 처분청은 쟁점토지가 대토에 해당되는지의 여부만 검토하고, 8년 이상 자경농지의 감면에 대하여는 전혀 검토하지 않은 것으로 판단된다.

 7) 청구인이 심사청구시 제출한 토지이용계획확인서와 ○○시고시 제2003~418호(2003.12.26) 「○○시 ○○택지개발예정지구 개발계획변경 및 실시계획 승인」 및 ○○구청이 2005.3.23. 청구인에게 보낸 공문서 「토지용도 및 일자 질의 회신」에 의하면, 쟁점토지는 장지택지개발예정지구내 토지로써 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 2003.12.26. 당초 자연녹지지역에서 제3종 일반주거지역으로 편입되었음을 알 수 있다.

8) 청구인이 제출한 '정○○의 확인서'의 진위여부를 확인하고자, 당심에서 2005.3.17. ○○구청 지역경제과 업무담당 청구외 주○○에게 확인한 바, "정○○는 2004.12.31.까지 ○○동 농지위원으로 있었다"라고 하였고,

 청구외 정○○에게 확인한 바, "쟁점토지는 청구인이 자경한 농지이며, 확인서 내용은 사실이어서 본인이 서명했다"라고 구두 진술하였다.

 9) 당심에서 쟁점토지에 대한 농지원부 등본을 징취코자 하였으나 "농지원부 등본은 1,000㎡이상의 농지소유자만 농지원부를 작성하고 있어서, 청구인은 이에 해당하지 아니하여 쟁점토지에 대한 농지원부는 없다"고 관할 동사무소 담당이 진술하였다.

 10) 위 사실을 종합해 보면,

   가) 청구인은 쟁점토지의 양도소득세 신고서상에 8년 이상의 자경농지 및 농지대토에 해당되어 양도소득세가 비과세(감면)라며 농지위원의 확인서와 등기부등본 등을 구비하여 신고하였음에도,

  처분청은 「재산제세 비과세ㆍ감면 및 공제사후관리 카드」상의 비과세ㆍ감면(공제) 사유란에 소득세법 제89조【비과세양도소득】만 기재한 후, 쟁점토지가 소득세법 제89조 【비과세양도소득】즉 농지대토로 인한 비과세 요건을 충족하지 아니하였다하여 양도소득세를 부과하였는 바,

  청구인이 양도소득세 신고서에 "자경농지 비과세"라 기재한 것은 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】의 감면을 신청한 것으로 보아야 하며, 가령 신고기한내의 8년 이상 자경농지에 대한 영도소득세 감면신청서의 제출이 없더라도 면제요건에 해당되면 면제(○○고등법원 1997.6.20선고, 97구 33판결)해야 함에도, 처분청은 쟁점토지에 대하여 8년 이상의 자경농지 양도소득세 감면대상여부를 검토하지 아니한 잘못이 있는 것으로 판단된다.

나) 또한, 조세특례제한법 제69조, 동법시행령 제66조에서 ① 8년 이상 농지 보유, ② 농지소재지에 거주하면서 8년 이상 자경 ③ 앙도일 현재 농지일 경우 양도소득세가 100% 감면된다고 규정하면서, 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 기타 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득에 한하여 양도소득세을 감면하는 것으로 되어 있으므로,

  청구인은 쟁점토지를 1988.6.10. 취득하여 2004.2.25. 양도하여 8년이상 보유하였고, 1989.1.24.부터 현재까지 쟁점토지의 소재지 관할 구역인 ○○시 ○○구에서 주거하였으며, 청구인 소유의 농지가 1,000㎡이하여서 쟁점토지에 대한 농지원부등본은 없으나 토지대장 및 등기부등본상 지목이 농지(전)로 되어 있고, 농지소재지의 농지위원이 쟁점토지가 청구인이 자경한 농지가 사실이라는 점 등으로 보아 쟁점토지는 8년이상의 자경농지로서 조세특례제한법 제69조에 의거 앙도소득세 감면대상에 해당된다고 볼 수 있으며,

 쟁점토지가 2003.12.26. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역으로 편입되었으나, 환지예정지 지정을 받은 날(2003.12.26.)의 기준시가와 양도당시(2004.2.25.)의 기준시가가 같음으로 양도소득금액 전부를 감면하여야 한다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.