주문
○○세무서장이 2002.12.2. 청구법인에게 결정ㆍ고지한 1999.1.1~12.31. 사업연도 법인세 557,905,860원은 부과처분은
경기도 남양주시 ○○면 ○○리 ○○번지 아파트 건설분양에 대한 각사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 장부 기타 증빙서류를 근거로 실시조사에 의하여 그 과세표준과 세액을 경정결정 하되, 쟁점사업장 이외의 3개 사업장(검단현장, 풍무리현장, 용인현장)에 대하여도 1999.1.1.~12.31. 사업연도에 분양(경락)되었는지 여부를 파악하고, 장부 기타 증빙서류 등에 의하여 실제소득금액으로 계산할 수 있는 지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정하도록 합니다.
이유
1. 처분내용
청구법인은 인천광역시 부평구 ○○동 ○○번지에서 주택건설업을 영위하는 법인으로, 1999년 제2기에 경기도 남양주시 ○○면 ○○리 ○○번지 등에 건설 중이던 아파트건설공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 대한 매출과세표준 449,026,816원과 면세수입금액 8,605,720,576원(이하 “쟁점거래”라 한다)을 부가가치세 과세표준으로 신고하였음에도1999.1.1.~12.31.사업연도 법인세를 무신고 하였다.
이에 대하여 처분청은 쟁점공사와 관련하여 당초 1999년 제2기 부가가치세 신고한 가액과 신고 누락한 경기도 김포군 ○○리 ○○번지 소재 ○○상가 경락가액 110,000,000원을 포함한 9,164,747,392원(이하 “쟁점가액”이라 한다)을 법인세 과세표준으로 추계조사 결정하여 1999.1.1. ~ 12.31.사업연도 법인세 557,905,860원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 2002.12.2. 결정ㆍ고지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2003.1.29. 이의신청(2003.4.7. 재조사결정)을 거쳐 2004.4.7. 이 건 심사청구를 하였다.
2. 청구주장
청구법인은 1997년 IMF 당시 자금경색으로 부도가 발생하여 1998.9.7. 폐업하였으나, 그 당시 건설 중이던 쟁점공사가1997.3.12.자로 (주)○○신탁(이하 “쟁점법인”이라 한다)과 토지신탁계약 체결로 아파트공사 및 분양에 관한 일체의 권리가 쟁점법인에게 이전되면서 회계처리 및 결산 또한 쟁점법인이 작성한 후 수지계산서를 청구법인에게 제출하도록 되어있으므로
청구법인이 비록 장부를 비치하지 않았지만 쟁점법인이 1999.1.1 ~ 12.31. 사업연도 재무제표인 대차대조표, 손익계산서, 합계잔액시산표 등 장부 및 증빙서류를 기록ㆍ관리하고 있어 위 증거서류에 의하여 소득금액 계산이 가능하며, 2003.4.7.자 이의신청 결정서에서도 쟁점세액 중 신탁소득에서 발생한 수입과 지출은 재조사 결정하도록 되어있으므로 실지조사 방법에 의하여 소득금액을 결정하여야 한다.
3. 처분청 의견
청구법인의 경우 1998.1.1.~12.31. 사업연도 및 1999.1.1.~12.31. 사업연도 법인세를 무신고 하였고,1997.1.1.~12.31.사업연도 법인세신고서(제14기 결산보고서)의 대차대조표상 미완성공사(분양)는 검단현장 7,243,155,228원, 남양주현장 3,104,209,383원, 풍무리현장 13,228,541,039원, 용인현장 1,701,491,566원 합계 25,277,397,216원이 장부상 계상되어 있음에도, 1999.1.1.~12.31.사업연도와 관련하여 청구법인이 제시한 장부는 위 사업장 중 1개의 사업장인 남양주현장에 관련된 쟁점사업장의 장부만을 제시한 것으로 일부 사업장만의 장부로 전체 사업장의 실제소득금액을 계산할 수 없으므로(국세청 서일46012-10259, 2001.9.26. 같은 뜻) 추계로 결정한 당초처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
(1) 불복청구기간의 기산일을 ‘당초 이의신청 결정서를 받은 날’로 볼 것인지, 재조사 결정후 재소사 결과통지서를 받은 날로 볼 것인지 여부
(2) 신탁재산에 대한 소득을 수탁자가 구분 기장한 경우 그 사업장에 대하여 실시 조사하여 각 사업연도 소득금액을 결정할 수 있는 지 여부를 가리는데 있다.
나. 관련법령
○ 국세기본법 제55조 【불복】
① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.
○ 국세기본법 제61조 【청구기간】
① 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
○ 국세기본법 제65조 【결정】
① 심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.
1. 심사청구가 제61조에 규정하는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.
○ 국세기본법 제22조의2 【경정 등의 효력】
① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무 관계에 영향을 미치지 아니한다.
② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
○ 법인세법 제5조 【신탁소득】
① 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 이익을 받을 수익자(수익자가 특정되지 아니하거나 존재하지 아니하는 경우에는 그 신탁의 위탁자 또는 그 상속인)가 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 이 법을 적용한다.
② 신탁업법 및 간접투자자산운용업법의 적용을 받는 법인의 신탁재산에 귀속되는 수입과 지출은 그 법인에 귀속되는 수입과 지출로 보지 아니한다.
○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.
③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.
④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.
○ 법인세법시행령 제103조 【결정 및 경정】
① 법 제66조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 납세지 관할세무서장이 행한다. 다만, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것에 대하여는 납세지 관할지방국세청장이 이를 결정 또는 경정할 수 있으며, 이 경우 납세지 관할세무서장은 당해 과세표준을 결정 또는 경정하기 위하여 필요한 서류를 납세지 관할지방국세청장에게 지체없이 송부하여야 한다.
② 법 제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.
③ 법 제66조 제1항의 규정에 의한 결정은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한부터 1년 내에 완료하여야 한다. 다만, 국세청장이 조사기간을 따로 정하거나 부득이한 사유로 인하여 국세청장의 승인을 얻은 경우에는 그러하지 아니하다.
○ 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】
① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
○ 법인세법시행령 제105조 【추계결정ㆍ경정시의 사업수입금액 계산】
① 내국법인의 각 사업연도의 수입금액을 장부 기타 증빙서류에 의하여 계산할 수 없는 경우 그 사업수입금액의 계산은 다음 각호의 방법에 의한다.
② 제1항의 규정에 의하여 수입금액을 추계결정 또는 경정한 경우에도 법인이 비치한 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 경우에는 당해 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다.
다. 사실과계 및 판단
【이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다】
(1) 청구법인은 인천시 부평구 ○○동 ○○번지에서 아파트건설업을 영위하다 1997년 IMF 당시 자금경색으로 부도가 발생하여 1998.9.7. 폐업하였으며, 그 당시 진행 중이던 쟁점공사에 대하여 1997. 3. 12 청구법인은 쟁점법인과 토지신탁계약을 체결하여 아파트공사 및 분양에 관한 일체의 권리주체가 청구법인에게 쟁점법인으로 1998.4.22. 남양주시가 변경 승인하여 주었음이 확인된다.
(2) 청구법인은 쟁점공사에 대하여 매출과세표준 449,026,816원과 면세수입금액 8,605,720,576원으로 1999년 제2기 부가가치세를 신고하였음에도 1999.1.1.~12.31. 사업연도 법인세를 무신고 하자, 처분청은 이에 대하여 당초부가가치세 신고한 가액과 신고 누락한 경신상가 경락가액 110,000,000원을 합한 9,164,747,392원을 1999사업연도 수입금액으로 결정하고 동 수입금액에 대한 각사업연도 소득금액으로 추계조사 결정하여 법인세 557,905,860원을 2002.12.2. 결정ㆍ고지한 사실이 법인세 결의서에 의하여 확인된다.
(3) 청구법인은 쟁점공사에 대하여 처분청에 2003.1.29. 이의신청을 제기하여 2003.4.7.자로 『1999사업연도 법인세 557,905,860원의 부과처분 중 신탁소득에서 발생한 수입과 지출은 이를 재조사 결정한다』라고 되어었어, 이에 대하여 처분청이 재조사하여 2004. 1. 30. 불복청구 결정에 대한 처리결과 통지를 하면서 『불복청구와 관련하여 장부에 의거재조사 결정하고자 하였으나 조사일 현재 국세기본법 제85조의 3 및 법인세법 제112조 규정에 의거 장부를 작성ㆍ비치하고 있지 아니하므로 법인세법 제66조 제3항 및 같은 법 시행령 제104조 규정에 의거 추계 결정한 당초의 처분은 정당함 』라고 되어있다.
(4) 청구법인은 이 건과 관련하여 처분청에 심사청구를 접수한 2004. 4. 7.은 재조사 통지를 받은 날(2004. 1.30.)부터는 90일이 경과되지 않았으나, 이의신청 결정통지를 받은 날(2003. 4. 10.)로부터 90일이 경과하였다.
(5) 청구법인이 이건 심사청구와 관련하여 제출한 분양형 토지신탁계약서 전문에 위탁자 청구법인(甲, 대표이사 이○○)과 수탁자쟁점법인(乙, 사장 김○○) 간에 신탁계약을 체결하면서, 동 계약서 제2조의 신탁재산의 인도는 “신탁계약 체결 후 지체없이 토지에 대하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기(신탁등기)를 행한다. 이 경우 등기비용은 甲이 부담한다” ,동 계약서 제13조에 “최초의 수익자는 청구법인” , 동 계약서 제20조에 “쟁점법인은 매년 신탁재산에 대한 수지계산서를 작성하여 수익자에게 제출하며, 수지계산은 수입에서 지출을 차감한 잔액을 순수익 또는 순손실로 한다.” 라고 되어있으며, 청구법인은 쟁점법인이 작성한1999.1.1.~12,31, 사업연도의 결산재무제표인 손익계산서, 대차대조표, 합계잔액시산표를 처분청에 제출하였음이 확인된다.
(6) 처분청이 조사한 이의신청 재조사 보고서에 의하면, 청구법인의 영업행위 중 일부를 위탁한 공사현장에 대하여 기장한 쟁점법인의 장부 이외의 청구법인이 작성 비치 보관중인 장부 및 증빙서류가 없는 것으로 확인되며, 수차의 장부제시 요구에 대하여 현재까지 제시하지 못하는 바, 청구법인의 1999.1.1. ~ 12.31.사업연도 전체 영업행위에 대한 소득금액을 계산할 수 있는 장부 및 기타 증빙서류를 비치 기장한 것으로 볼 수 없어 당초 추계결정한 처분은 정당하다고 되어있다.
【이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다】
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.
(가) 청구법인이 처분청에 심사청구를 접수한 2004.4.7.은 재조사 통지를 받은 2004.1.30.부터는 90일이 경과되지 않은 반면, 이의신청 결정통지를 받은 2003.4.10.로부터 90일이 경과한 2004.1.30.이 되어서야 처분청은 재조사결정에 의하여 “추계결정한 당초처분은 정당함” 으로 통보함에 따라, 청구법인은 결정내용을 통보하기 전까지는 그 결과를 알수 없고, 그 결과에 대하여 승복할 것인지 또는 다시 불복할 것인지 여부도 결정할 수 없는 상태에 있다 할 것이므로, 이건과 같이 “"재조사 결정할 것을 내용으로 하는 이의신청 결정”의 경우까지 그 이의신청 결정서 수령일로부터 불복기간을 기산하는 것은 궁극적으로 납세자의 불복기회를 박탈하는 결과가 되어 타당하지 아니한 것으로 보인다.(국심99중2788, 2000.7.8. 같은 뜻)
(나) 그리고, 위법ㆍ부당한 과세처분에 대한 납세자의 권리구제를 확대하고, 재결기관의 재조사 결정취지에 부합한지 여부에 대하여 이를 각 재결기관에서 심리할 수 있는 자기시정의 기회를 부여하는 것이 합당하다는 점에서 이의신청에 따른 불복기간의 기산점 및 불복대상은 처분청의 재조사에 따른 조사결과 통지서를 수령한 날을 기준으로 불복청구를 할 수 있다 할 것이다.(재정경제부 유권해석 : 조세46000-271, 2001.11.27, 국심2002서 2641, 2003.4.22. 같은 뜻)
(다) 따라서, 이 건의 경우 청구법인이 처분청으로부터 재조사에 따라 재조사 결과 통지를 2004.1.30. 받고, 이로부터90일 이내인 2004.4.7. 불복을 청구한 것이므로 이는 적법한 청구로서 본안 심리대상이라 할 것이다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.
(가) 처분청은 쟁점공사 현장에 대하여 기장한 쟁점법인의 장부 이외의 청구법인이 작성 비치 보관중인 장부 및 증빙서류가 없으므로, 청구법인의 1999.1.1. ~ 12.31.사업연도 전체공사 현장에 대한 소득금액을 계산할 수 있는 장부 및 기타증빙서류를 비치 기장한 것으로 볼 수 없어 추계조사 결정한 당초 처분은 정당하다고 하나
(나) 법인세 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 장부 및 증빙서류를 근거로 실지조사에 의함을 원칙으로 하고, 장부 및 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에 한하여 예외적으로 추계조사방법에 의하는 것으로(법인22601-2232, 1990.11.28, 심사소득2001-324, 2002.4.28. 같은 뜻), 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 쟁점법인과 토지신탁계약이 체결되어 아파트공사 및 분양에 관한 일체의 권리가 쟁점법인에게 이전되면서 회계처리 및 결산 또한 쟁점법인이 작성한 후 수지계산서를 청구법인에게 제출하도록 되어있으며, 신탁재산에 귀속되는 소득은 신탁의 이익을 받을 수익자인 청구법인이 그 신탁재산을 가진 것으로 보고 법인세를 적용하도록 되어있다.(서면 2팀-984, 2004.5.10. 같은 뜻)
(다) 또한, 처분청이 과세한 쟁점거래는 모두 쟁점사업장과 관련된 것으로 1997.1.1.~12.31 사업연도 법인세신고서의 대차대조표상 미완성공사로 검단현상 등 4개 사업장이 있다고만 되어있지, 1999.1.1. ~ 12.31.사업연도에는 쟁점사업장이외의 3개사업장에 대하여는 수입금액 및 소득금액에 포함되어 추계로 과세한 사실이 없으므로, 쟁점사업장의 장부에 의하여 실지조사여부를 판단하여야 할 것으로 보인다.
(라) 처분청은 쟁점공사 현장에 대하여 청구법인이 장부를 비치하지 않았다 하더라도 쟁점법인이 작성 비치 보관중인 장부 및 증빙서류가 있음이 처분청의 이의신청 재조사 보고서에 의하여 확인되는 바, 당초 조사시 장부 및 기타 증빙서류가 제시되지 않아 추계로 결정하였다 하더라도 추후 제시된 장부 등에 의해 쟁점사업장의 소득금액의 계산이 가능한 경우에는 실지조사방법으로 결정할 수 있는 것으로 판단된다.(국심200구1860, 2000.12.7.외 다수 같은 뜻)
(마) 따라서, 쟁점공사는 법인세법 제113조 제2항에 의하여 신탁재산에 귀속되는 소득과 기타의 소득을 구분하여 경리하도록 되어있어 신탁회사에서 별개로 구분 경리되어 작성된 장부 및 증빙서류에 의하여 확인 가능하다고 보여지므로 실지조사방법에 의하여 소득금액을 결정하여야 할 것임에도 장부 및 증빙서류가 없는 것으로 보아 추계조사로 결정한 처분은 사실조사를 소홀히 한 잘못이 있다 하겠다.
(바) 따라서, 처분청은 쟁점공사 현장에 대하여는 청구법인이 장부를 비치하지 않았다 하더라도 쟁점법인이 작성 비치 보관중인 장부 및 증빙서류가 있음이 처분청의 이의신청 재조사 보고서에 의하여 확인되고 있고, ○○상가의 경우에도 경락가액에 의하여 실지거래가액 확인되며 취득가액도 취득시점의 장부에 의해 확인이 가능하다고 보이므로 쟁점사업장 및 쟁점사업장 이외의 3개 사업장에 대하여도 1999.1.1.~12.31.사업연도 해당 수입금액이 있는지 여부와 실제소득금액으로 계산할 수 있는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 결정함이 타당하다고 판단된다.
5. 결론
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.