주문

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 있는 학교법인으로서, 1995.03.01~1999.02.28(4개)사업연도분 각사업연도소득에 대하여 법인세과세표준과 세액을 신고하면서, 중ㆍ고등학교 공납금 등의 자금을 일시 운용하여 생긴 이자소득을 수익사업의 소득으로 신고하지 아니하고 그 원천징수된 이자소득세액, 1995.03.01~1996.02.28사업연도분 109,883원과 1996.03.01~1997.02.28사업연도분 2,297,358원, 1997.03.01~1998.02.28사업연도분 2,256,690원 및 1998.03.01~1999.02.28사업연도분 11,777,922원(계 16,441,852원으로 이하 “쟁점세액”이라 한다)을 기납부세액으로 공제하여 각각 법인세 신고하였다.

처분청은 쟁점세액을 기납부세액으로 공제하지 아니하고 각각 법인세 과세표준과 세액을 경정하며, 1999.09.11 청구법인에게 각 사업연도별로 쟁점세액을 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.12.01 심사청구하였다.

2. 청구주장

법인세 납세의무가 없는 사립학교에서 공납금 등을 일시 예금하여 생긴 이자소득에 대한 원천징수된 세액은 기납부세액으로서 환급대상임에도 이를 공제하지 아니한 당초의 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

청구법인은 쟁점세액과 관련된 이자소득을 수익사업의 소득으로 합산하여 신고하지 아니하였고(손익계산서 미반영), 원천징수로써 과세절차가 종결되는 방법을 선택하였으며(이는 수정 신고나 경정 청구 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없음.), 법인세법 제29조에서 규정하고 있는 고유목적사업준비금 설정대상 법인인 경우에도 반드시 이자소득을 수익사업에 합산하여 법인세 신고하는 경우에만 고유목적사업준비금 설정에 따른 혜택을 받을 수 있는 것인 바, 청구법인은 쟁점세액과 관련된 이자소득을 수익사업의 소득으로 합산하지 아니하였으므로 쟁점세액을 기납부세액으로 공제하지 아니하고 과세한 당초의 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 비영리법인의 이자소득을 수익사업소득으로 신고하지 아니하여 분리과세되는 경우, 이자소득분 원천징수액을 법인세 기납부세액으로 공제할 수 있는지를 가리는데 있다.

나. 관련법령

 비영리내국법인의 납세의무에 대하여, 법인세법(1998.12.28 법률 제 5581호 개정 전 이하 같다.) 제1조 제1항에서 『국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다.) 은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다.)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업 목적에 불구하고 다음 각 호의 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다.)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다.

  1.~2. (생략)

  3. 소득세법 제17조 제1항 각 호에 규정하는 이자ㆍ할인액 및 이익

  4.~7. (생략)』이라고 규정하고 있다.

 또한, 비영리내국법인의 과세표준 신고에 대하여, 같은법 제27조 제1항에서 『비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이지소득”이라 한다.)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.』라고 규정하고 있고,

 같은법 같은조 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다.』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 앞서 관련법령에서 살펴본 바와 같이, 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인도 비영리내국법인으로서 법인세액에 규정된 수익사업에 대하여 납세의무가 있고, 쟁점세력과 관련된 이자수익도 은행 등의 금융기관에서 수입한 이자수익으로서 수익사업에 해당함을 알 수 있다.

 (2) 또한, 이자소득을 다른 수익사업의 소득과 합산하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 금융기관이 원천징수한 이자소득세를 기납부세액으로 공제한 차감세액을 납부 또는 환급하는 것이나, 그 이자소득을 다른 수익사업의 소득과 합산하지 아니하고 신고한 경우에는 금융기관의 원천징수로써 납세의무가 종결됨을 알 수 있으며, 위 두 방법 중 당해 비영리내국법인이 법인세 과세표준 신고방법에 따라 결정됨을 알 수 있다.

 (3) 청구법인은 쟁점세액과 관련된 이자수익에 대하여 법인과세표준 신고시에 수익사업의 소득으로 신고하지 아니하였고, 금융기관에서 이미 원천징수한 이자소득세로 납세의무 이행이 종결되는 방법을 선택한 비영리내국법인임에는 다툼이 없다.

 (4) 청구주장에 따르면, 청구법인은 학교법인으로서 공익사업을 국ㆍ공립학교와 같이 수행하고 있으므로, 국ㆍ공립학교와 같은 지위로서 법인세 납세의무가 없으며 마찬가지로 청구법인의 이자소득에 대하여도 원천징수된 이자소득세도 기납부세액으로 공제되어야 한다는 주장이나, 국ㆍ공립학교는 국가 또는 지방자치단체로서 법인세법 제1조 제4항의 규정에 따라, 납세의무가 없고, 사립학교법에 의하여 설립되어 비영리내국법인일 뿐인 청구법인과는 법인세법상 지위가 다르다는 사실을 오해하고 있음을 알 수 있다.

 (5) 따라서, 금융기관이 원천징수한 이자소득세로 쟁점세액과 관련된 이자수익의 소득에 대한 납세의무가 종결된 청구법인에게 쟁점세액을 기납부세액으로 공제하지 아니하고 이 건 부과한 처분청의 당초 처분은 정당하다고 판단된다.

 (6) 이 건 심사청구는 청구법인을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.