주문

○○세무서장이 99.06.10 청구인에게 결정고지한 1998 귀속 양도소득세 17,447,040원은 이를 취소한다.

이유

1. 처분내용

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 2필지 토지 901.75㎡(이하 “양도토지”라 한다)를 1978년 취득하고 1998.09.25 양도함에 딸 1998.11.17 양도소득세 과세표준확정신고 및 자진납부계산서를 제출함에 있어서 양도소득세 납부세액에서 공제하는 토지초과이득세의 공제율을 토지초과이득세 결정일인 1998.09.05일부터 3년이내 양도로 보아 100%를 적용하여 계산한 43,617,600원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 납부세액에서 공제하여 자진납부하였다.

이에 처분청은 쟁점세액의 산출근거는 1990.01.01부터1992.12.31 까지의 과세기간(이하 “92과세기간”이라한다)의 무신고분을 98.09.05 결정고지한 것으로, 토지초과이득세의 결정일을 92과세기간 공제율 60%를 적용하여 계산한 26,170,560원과 쟁점세액과의 차액에 해당하는 양도소득세 17,447,040원을 1999.06.10 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999.07.07 심사청구하였다.

2. 청구주장

토지초고이득세의 92고세기간의 결정일은 양도토지의 관할세무서장인 ○○세무서장이 토지초과이득세의 무납부세액을 결정고지한 1998.09.05이며, 또한 국세청 질의회신에서도 결정일을 이 날로 회신받아 100%공제하여 신고한 당초 신고내용이 정당하므로 결정고지된 양도소득세를 취소하여 줄 것을 청구하였다.

3. 처분청 의견

토지초과이득세법 제26조 제1항의 토지초과이득세의 결정일에 대하여 같은법 제16조 제3항에 “과세표준 및 세액의 결정은 과세기간 종료일이 속하는 연도의 다음연도 11월30일이다”라고 규정하고 있어, 결정일을 1993.11.30로 보아 양도소득세 납부시 공제율 60%로 계산한 세액과 청구인이 적용한 공제율 100%로 계산한 세액과의 차액에 대하여 양도소득세를 결정고지한 당초처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 양도소득세 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세의 결정일을 언제로 볼 것인가를 가리는데 있다.

나. 관련법령

토지초과이득세법 제26조【양도소득세 등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세】

  ① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부과세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 대하여 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제된다, 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

   1. 토지초과이득세의 결정일부터 3년 이내에 유휴토지 등을 양도 하는 경우 :

    100분의 100

   2. 토지초과이득세의 결정일부터 3년후 6년이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우 :

    100분의 30

  ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지초과이득세의 결정일은 제16조 제3항 규정된 토지초과이득세의 결정기한으로 한다.

토지초과이득세법 제16조 【과세표준 및 세액의 결정】제2항에 「유휴토지 등의 소유자가 과세표준신고를 하지 아니거나 그 신고한 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있는 때에는 소관세무서장은 그 과세표준과 세액을 결정하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 유휴토지 등의 소유자에게 이를 통지하여야 한다」라고 규정하고

   제3항에「제1항 및 제2항의 규정에 의한 과세표준 및 세액의 결정은 과세기간 종료일이 속하는 연도의 다음연도 11월30일까지 하여야 한다.」라고 규정하고 있다.

국세기본법 제22조 【납세의무의 확정】제1항에 「국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다.」라고 규정하고

 같은법 시행령 제10조의 2【납세의무의 확정】에「법 제22조 제1항에 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각호와 같다.

  1. 법인세ㆍ부가가치세ㆍ특별소비세ㆍ주세ㆍ증권거래세ㆍ교육세 또는 교통세에 있어서는 (이하생략)

  3. 제1호이회의 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부가 결정하는 때」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

 (1)청구인은 양도초지를 1978년 취득하고 1998.09.25 양도함에 따라 1998.11.17 양도소득세 과세표준확정신고 및 자진납부계산서를 제출함에 있어서, 토지초과이득세 공제율을 토지초과이득세 결정일인 1998.09.05일부터 3년이내 양도로 보아 100%를 적용하여 계산한 쟁점세액을 양도소득세 납부세액에서 공제하여 자진납부한 사실을 관련서류에 의하여 알 수 있다.

 (2)청구인은 양도토지가 토지초과이득세법상의 과세대상임을 알지 못하여 92과세기간에 대한 토지초과이득세를 신고ㆍ납부하지 아니함에 따라 양도토지의 관할세무서장은 92과세기간의 쟁점세액을 1998.09.05 청구인에게 결정고지하자 청구인은 이를 납부하였다.

 (3) 청구인은 양도토지에 대한 양도소득세를 신고ㆍ납부함에 있어 토지초과이득세법 제26조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세에서 공제할 토지초과이득세의 계산을 위하여, 92과세기간의 토지초과이득세가 1998.09.05 결정고지된 경우 토지초과이득세법 제26조 제3에 규정한 토지초과이득세의 결정일이 언제인가를 국세청장에게 질의한 회신결과, 국세청예규 재이46015-1938(1998.10.09)호에서 토지초과이득세의 결정일을 1998.09.05로 회신받아 그에 의하여 양도소득세 납부세액에서 토지초과이득세 납부액 전액을 공제하고 신고ㆍ납부하였다,

 처분청은 재무부예규 재산 22601-737호(1991.06.13)를 근거로 토지초과이득세의 결정일을 법정 결정기한인 1993.11.30로 보아 토지초과이득세의 공제율 60%를 적용한 세액과 쟁점세액과의 차액을 양도소득세로 결정고지하였으나, 위에서 살펴본 바와 같이 국세청의 새로운 예규에 의하여 양도소득세를 신고ㆍ납부한 청구인의 주장은 타당한 것으로 판단된다.

라. 결론

따라서,이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.