주문

○○세무서장이 1999.02.15일 청구법인에게 경정고지한 1998년 2기분 부가가치세 115,098,950원은 청구법인이 건물을 신축하고 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 409,090,909원을 매출세액에서 차감하는 것으로하여 그 세액을 재경정한다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재에서 물류보관 창고업을 영위하고자 1998.06.29. 사업자등록한 후 창고용도의 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하고 매입세금계산서(공급가액: 4,090,909,092원, 세액: 409,090,909원 이하 “쟁점계산서”라 한다)를 교부받아 98년 2기분 부가가치세 신고시 매출세액에서 매입세액을 차감하여 부가가치세 환급신고하였다.

처분정은 쟁점세금계산서가 청구법인의 업무와 무관한 자산의 취득에 관련된 것이라하여 대입세액을 불공제하고 1999.02.15. 1998년 2기분 부가가치세 115,092,950원을 경정 결정 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1999. 05 15. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

쟁점건물은 청구법인명의로 도급계약을 체결한 후 청구법인이 건물신축비용을 부담하여 준공하였고, 신축 후 소유권 보존등기시 부득이한 사유로 청구법인의 주주인 청구외 ○○○과 ○○○ 명의로 등기된 것으로서 청구법인의 장부상 토지와 건물로 계상되어 있어 청구법인이 실지소유자이며, 건축외에 시설물공사를 청구법인이 하고 현재도 청구법인이 사용하고 있으나, 처분청이 청구법인의 업무무관자산으로 보아 이의취득에 따른 매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

신축된 쟁점건물의 소유권 보존등기시 명의와 쟁점건물의 토지 분양계약서에 분양자가 청구법인의 대표이사인 청구외 ○○○과 ○○○으로 되어 있고, 청구법인이 1998사업연도 법인세 과세표준신고시 제출한 대차대조표에도 토지와 건물이 자산으로 기재된 바 없으므로 청구법인의 자산으로 볼 수 없어 쟁점건물을 청구법인의 자산이 아닌 업무무관 자산으로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점건물이 청구법인소유의 자산인지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 【납부세액】에서

  제1항 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한세액에서 다음 각호의 세액을 공제한 금액으로 한다.

   1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액』

  제2항 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   1. 생략.

   2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액』 이라고 규정하고 있고

국세기본법 제14조 【실질과세】에서

  제1항 『과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다』

  제2항 『세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용을 따라 적용한다』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

 먼저 사실관계를 본다.

  (1) 청구법인의 주주이며 대표이사인 청구외 ○○○과 ○○○ 물류보관 창고업을 영위하기 위하여 1997.12.01. ○○시장으로부터 퇴계농공단지입주 및 부지분양계약 후 계약금과 1차중도금으로 566,683,120원을 지급한 상태에서 시공회사인 (주) ○○(이하 “시공회사”라 한다)과 쟁점건물의 신축공사도급계약을 체결하였음이 부지분양계약서와 공사도급계약서에 의하여 확인된다.

  (2) 청구외 ○○○과 ○○○은 쟁점건물의 건설자금을 ○○ 1998유통합리화사업 융자금으로 충당하고자 하였으나 법인만이 융자대상사업자임을 알고 1998.06.29.을 개업일로 청구법인을 설립하여 사업자등록한 후 청구법인과 사업양도양수계약에 의하여 사업을 포괄양도하였다고 하며 사업양도양수계약서를 제시하였다.

  (3) 이에 따라 청구법인은 시공회사와 도급변경계약을 체결하고 쟁점건물을 완공하였으나 청구외 ○○○, ○○○의 명의로 건물보존등기된 사실이 있고, 쟁점건물신축용역에 대하여 시공회사는 청구법인에게 세금계산서를 교부하고 이를 매출로하여 부가가치세를 신고납부하였으며, 청구법인은 교부받은 매입세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 차감하여 부가가치세를 환급신고하였다.

  (4) 처분청은 쟁점건물이 청구법인명의로 보존등기되지 않았으므로 청구법인의 업무와 무관한 자산의 취득에 관련된 것으로 보고 매입세액을 불공제한 사실이 결의서에 의하여 확인된다.

  (5) 청구법인은 1998귀속 사업년도 법인세 신고시 제출한 결산서상에 토지와 건물을 제외시킨 것은 등긱부상 법인명의로 등재되어 있지 아니하므로 부동산실명법에 저촉되는 것으로 보았기 때문에 이 후 수정신고하였다고 주장하며 장부 및 재무제표를 제출한 사실이 있다.

 청구주장과 관계법령을 종합하여 심리판단한다.

 전시한 법령에 의하면. 공부상 명의자와 실질소유자가 다른 경우 공부상 등기ㆍ등록 등이 타인의 명의로 되어 있더라도 사실상 당해 사업자가 취득하여 사업에 공하였음이 확인되는 경우에는 이를 그 사실상 사업자의 사업용 자산으로 본다고 규정되어 있는 바

  첫째, 청구법인이 ○○시에 청구외 ○○○과 ○○○의 명의로 분양한 쟁점건물의 토지를 청구법인명의로 변경계약하여 줄 것을 요정하자 1998.09.26일 ○○시는 납부한 계약금과 1차중도금에 대하여 채권압류가 있으므로 이를 해제하는 경우 청구법인명의로 등기이전할 수 있다고 회신하였다. 이 내용에 따라 쟁점건물의 토지는 청구법인의 소유이나 청구법인이 현재 자금난에 있어 채권압류를 해제하지 못하여 토지를 청구법인명의로 이전하지 못하였다고 판단되며

  둘째, 쟁점건물에 대하여 청구법인명의로 공사도급계약을 체결하고 공사하였으나, 준공후 보존등기시 첫째 심리와 같은 사유로 토지명의가 변경되지 아니하여 부지분양계약서의 제11조 및 제13조에 의거 부지분양계약자의 명의로 건축허가를 내주었고 토지명의가 변경되지 않는 한 법인명의로 보존등기할 수 없다는 ○○시의 입장에 따라 청구법인명의로 등기할 수 없었음이 확인되고

  셋째, 쟁점건물과 토지는 사실상 청구법인이 사용중에 있는 바, 쟁점건물과 토지가 등기부상 소유자인 청구외 ○○○과 ○○○의 소유라면 이를 임차하여 임차료를 주고 사용하여야 하나 임차료를 지불하거나 임차한 사실이 없고, 청구법인이 쟁점건물을 청구외○○○에게 1998.10.15. 구내식당으로, 청구외 ○○(주)에게 1999.06.15. 창고로 임대한 사실이 있는 것으로 보아 청구법인이 실질소유자라고 보인다.

  넷째, 청구법인이 쟁점건물에서 도매업을 영위하면서 거래처로부터 물품을 외상매입하여 발생한 청구법인의 채무에 대하여 ○○에 납부한 쟁점건물의 토지분양대금을 담보로 제공하였고, 법원판결에 의하여도 토지분양금이 채권압류된 사실로 보아 쟁점건물의 토지의 실지소유자가 청구인이라고 판단된다.

  다섯째, 쟁점건물준공후 건물사용목적에 필수적인 시설물을 청구법인이 직접공사도급인으로 계약하고 공사하여 정구법인이 대금을 부담하는 것으로 확인되는 바, 이러한 고정자산은 건축주가 행하여야 하는 시설로서 이를 청구법인 부담으로 시공한 것을 보아도 쟁점건물은 청구법인의 소유라고 판단된다.

 위 사실을 종합하여 보면, 쟁점건물은 사실상 청구법인이 신축하여 현재까지 사업에 공하고 있는 것이 확인됨에도 처분정이 쟁점건물의 등기부상 소유자가 타인 명의로 등재되어 있다고 하여 쟁점건물 신축에 따른 쟁점세금계산서를 사업과 관련없는 자산의 취득에 관한 매입세액으로 보고 불공제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

따라서, 이건 심사청구는 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.