주문

○○세무서장이 2003.12.18. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 1999사업연도 법인세 8,486,450원은,

기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인과의 권형에 의해 그 과세표준과 세액을 추계경정하고, 추계소득금액과 대차대조표상 당시순이익과의 차액은 기타사외유출로 소득처분합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 1990.7.1부터 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에서 해면어류양식업을 영위하고 있는 사업자이다.

처분청은 2003년 11월 청구법인의 1999사업연도분에 대한 법인세 정기조사시, 청구법인의 장부 빛 증빙서류가 태풍으로 멸실되어 장부에 의한 과세표준의 결정이 불가능 한 것으로 보아 표준소득률에 의해 법인세를 경정결정하여 2003.12.18. 청구법인에게 법인세 8,486,450원을 부과하고, 표준소득률에 의하여 계산된 소득금액과 결산서상 당기순이익과의 차액을 대표자 상여처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2004.1.7. 이 건 심사청구 하였다.

2. 청구 주장

천재○○지변(태풍 루사)로 인하여 장부와 증빙서류가 멸실되었으므로 추계경정시 표준소득률이 아닌 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 법인이 소득금액을 참작(이하 “동업자권형”이라 한다)하여 그 과세표준을 경정하여야 한다.

3. 처분청 의견

기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작한다는 것이 실무적으로 불가능하며, 또한 가능하다고 하더라도 표준소득률과 비슷할 것으로 추정되므로 청구법인의 과세표준을 표준소득률에 의하여 경정함은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 천재ㆍ지변으로 인하여 장부가 멸실된 경우 과세표준을 경정함에 있어 동업자권형에 의하지 아니하고 표준소득률에 의함이 정당한지를 가리는 데 있다.

나. 관계법령

 ○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

  ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

   1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

  ③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

 ○ 법인세법 제67조 【소득처분】

  제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

 ○ 법인세법 제68조 【추계에 의한 과세표준 및 세액계산의 특례】

  제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 제13조 제1호 및 제57조의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만, 천재ㆍ지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 대통령령이 정하는 바에 따라 추계하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 ○ 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】(2001.12.31 대통령령 제17457호로 개정전)

  ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

   2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

   3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

  ② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

   1. 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조의 규정에 의한 표준소득률(이하 “표준소득률”이라 한다)을 곱한 금액에서 그 법인의 대표자에게 지급한 급료를 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법, 이 경우 대표자에게 지급한 급료의 액이 그 법인의 사업수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

   2. 표준소득률이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일 업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하여 과세표준신고 전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

 ○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】(2001.12.31 대통령령 제17457호로 개정전)

  ② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대조표 상의 당기순이익과의 차액(법인세 상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

 ○ 법인세법시행령 제107조 【추계에 의한 과세표준계산시 특례】

  법 제68조 단서에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 추계하는 경우”라 함은 제104조 제2항 제2호의 규정에 의하여 추계결정 또는 경정하는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 국세통합전산망에 의하면, 청구법인은 1999사업연도 법인세신고시 대차대조표, 손익계산서, 이익잉여금처분계산서, 세무조종계산서 등 법인세법 제60조의 규정에 의한 첨부서류와 함께 과세표준과 세액을 신고하였음이 확인된다.

 (2) 2003년 11월 청구법인에 대한 법인세 정기조사시 작성된 조사복명서에 의하면, 처분청은 청구법인의 장부 및 증빙서류가 태풍으로 멸실되어 장부에 의한 과세표준의 결정이 불가능 한 것으로 보아 표준소득률에 의해 법인세를 경정결정하였으며, 2002년 9월 천재ㆍ지변(태풍 루사)으로 인하여 청구법인의 장부가 멸실된 사실에 대하여는 따로 다툼이 없다.

 (3) 처분청은 청구법인의 장부와 증빙서류가 멸실되었다 하여 청구법인의 수입금액 1,457,924천원에 표준소득률(6.38%)을 곱하여 과세표준 93,015천원을 산정하여 이 건 법인세를 경정하였고, 동 과세표준과 대차대조표상 당기순이익 30,071천원과의 차액 62,944천원을 청구법인의 대표이사에게 상여처분하였음이 조사복명서 및 경정걸의서에 의하여 확인된다.

  이에 대하여 청구법인은 천재ㆍ지변으로 인하여 장부가 멸실된 경우에는 표준소득률이 아닌 동업자권형에 의하여 과세표준을 결정하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면,

   ① 앞의 관계법령에서 살펴본 바와 같이, 일반적으로 법인의 장부 등에 의해 소득금액을 계산할 수 없어 표준소득률로 추계결정한 소득금액은 대차대조표 상의 당기순이익과의 차액을 “대표자 상여” 처분하여, 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 동업자권형에 의하여 소득금액을 추계결정하는 경우에는 동 차액을 “기타 사외유출”로 처분함을 알 수 있는 바, 설령, 동업자권형에 의한 소득금액이 표준소득률에 의한 것과 같다고 하더라도 그 소득처분에 있어 차이가 있으므로 처분청이 단지 두 방식에 의한 소득금액의 결과가 동일할 것으로 추정된다는 사유로 청구주장을 배척함은 관련법령을 오해한 것이고,

   ② 법인세법시행령 제93조 제2항 제2호에서, 천재ㆍ지변으로 인하여 장부 등이 멸실된 경우에는 소득금액의 경정은, 『기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인과 권형을 맞추어 그 과세표준과 세액을 경정』하는 방법을 먼저 적용하고, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준 신고 후에 장부 등이 멸실된 경우 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하도록 하고 있으므로, 처분청이 실무적 적용의 어려움을 이유로 들어 표준소득률에 의해 경정함은 부당하다고 판단된다.

   ③ 한편, 1999사업연도 법인세 신고사업자 중 청구법인과 같은 해면어류양식업을 영위하는 사업자는 45개(총 69개업체 중 24개업체는 무실적)임이 법인세신고상황통계분석(정보분석시스템에 의함)에 의하여 확인된다.

   ④ 따라서, 천재ㆍ지변으로 장부 등이 멸실된 청구법인의 1999사업연도 과세표준을 경정함에 있어 표준소득률을 적용하여 소득금액을 산출하여 이 건 법인세를 과세함은 관련법령을 오해한 잘못된 처분이므로 『기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인과 권형을 맞추어 그 과세표준과 세액을 경정』하는 추계방법을 적용하여 경정하고, 동 소득금액과 당기순이익과의 차액은 기타사외유출로 처분하여야 할 것이다(심사법인 2002-189, 2003.5.16. 같은 뜻)

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.