주문

○○세무서장이 2003.4.2. 청구법인에게 결정고지한 2000.4.1.~2001.3.31. 사업연도 법인세 29,049,070원의 부과처분은 청구법인이 세금계산서를 발행ㆍ교부하고 매출처별 세금계산서합계표를 제출한 공급가액에 대하여 계산서합계표 미제출가산세를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 보험업과 부동산 임대업을 영위하는 법인사업자로서 부가가치세 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하던 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○지점 건물 1,134.63㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 2000.5.19. 재무구조 개선을 위하여 청구외 ○○증권(주)에게 매각(총 6,780백만원, 건물분 4,350백만원, 토지분 2,430백만원)하고, 토지분에 대하여는 계산서를 발행하고 건물분은 공급가액을 3,954,545,455원으로 하고 세액을 395,454,545원으로 하여 세금계산서를 발행하여 2000.7.25. 부가가치세를 신고하면서토지분은 매출처별계산서합계표를 제출하고 건물분은 매출처별세금계산서합계표를 제출하였다.

그후 청구법인은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하던 쟁점건물의 양도에 대하여 과세분과 면세분으로 안분하여 세금계산서를 교부하여야 함에도 착오로 건물분 전체에 대하여 세금계산서를 교부하였음을 확인하고 쟁점건물에 대한 과세분 공급가액을 1,049,638,000원으로 하고 부가가치세액을 104,963,800원으로 하여 2002.8.31. 관할세무서장인 ○○세무서장에게 부가가치세 경정청구를 하였으며, 이에 대하여 ○○세무서장은 청구법인이 과다신고ㆍ납부한 부가가치세를 환급하고 2003.1.3. 청구법인이 면세분 공급가액 2,904,907,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 계산서를 교부하지 아니한데 대하여 계산서합계표 미제출가산세를 부과하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였다.

처분청은 이에 따라 청구법인이 계산서를 발행ㆍ교부하지 아니한 쟁점금액에 대하여 계산서합계표 미제출가산세를 적용하여 2003.4.2. 청구법인에게 2000.4.1.~2001.3.31. 사업연도 법인세 29,049,070원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.5.9. 이의신청을 거쳐(2003.6.18. 기각결정) 2003.9.18 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

처분청에서 청구법인에게 부과한 가산세에 대한 근거규정인 법인세법 제76조 제9항의 입법취지에 대하여 국세심판원은 납세자로 하여금 과세자료제출의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무위반자에게 부과되는 것이라고 판시(국심2002구2924, 2002.12.9.)하고 있는바, 청구법인의 경우 면세사업관련 건물매각에 대하여 거래상대방의 성명 및 사업자등록번호 등 인적사항과 거래금액이 기재된 매출세금계산서를 발행하여교부하고 매출처별세금계산서합계표를 제출하였기에 청구법인은 납세자로서의 최소한의 의무는 이행한 것으로 보아야 할 것이므로 이에 대하여 계산서합계표 미제출가산세를 부과함은 부당하다.

3. 처분청 의견

청구법인은 과세사업과 면세사업 공통사용 재화에 대한 과세표준 안분계산에 의하여 부가가치세 과세표준이 감액된 공급가액에 대하여는 세금계산서를 감액하여 수정발행ㆍ교부하고 증가된 면세 공급가액에 대하여는 법인세법 제121조의 규정에 의하여 계산서를 발행ㆍ교부하여 매출처별계산서합계표를 관할세무서에 체출하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였으므로 청구법인에게 계산서합계표 미제출가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 과세사업과 면세사업에 공통 사용하던 쟁점건물을 양도하면서 건물가액 전체에 대하여 세금계산서를 발행ㆍ교부하고 매출처별세금계산서합계표를 제출한 경우 계산서 발행대상 면세 공급가액에 대하여 계산서합계표 미제출가산세를 부과한 처분이 타당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴본다.

  ○ 법인세법(1999.12.28. 법률 제6047호 개정) 제76조 (가산세)

   ⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

    1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

    2. 제121조 제3항의 규정에 의하여 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우

  ○ 법인세법시행령 제120조 (가산세의 적용)

   ⑨ 법 제76조 제9항 제1호에서 “대통령형이 정하는 기재하여야 할 사항”이라함은 소득세법시행령 제211조 제1항 제1호 내지 제4호의 기재사항(이하 이 항에서 “필요적 기재사항”이라 한다)을 말한다. 다만, 교부한 계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 기재되었으나 당해 계산서의 그밖의 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제76조 제9항 제1호에 규정하는 사실과 다르게 기재된 계산서로 보지 아니한다.

   ⑩ 법 제76조 제9항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항”이라 함은 거래처별 사업자등록번호 및 공급가액을 말한다. 다만, 제출된 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 기재사항이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부한 또는 교부받은 계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제76조 제9항 제2호에 규정하는 사실과 다르게 기재된 매출ㆍ매입처별계산서합계표로 보지 아니한다.

  ○ 법인세법 제121조 (계산서의 작성ㆍ교부 등)

   ① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

   ③ 법인은 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출ㆍ매입처별계산서합계표(이하 “매출ㆍ매입처별계산서합계표”라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

   ④ 부가가치세법에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 계산서등을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

  ○ 법인세법시행령 제164조 (계산서의 작성ㆍ교부 등)

   ① 소득세법시행령 제211조 및 동시행령 제212조의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용한다.

   ③ 법 제121조 제3항에서 “대통령령이 정하는 기한”이라 함은 매년 1월 31일을 말한다.

   ④ 법인은 쟁정경제부령이 정하는 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제3항에 규정한 기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

  ○ 소득세법시행령 제211조 (계산서의 작성ㆍ교부 등)

   ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

    1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

    2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭

    3. 공급가액

    4. 작성연월일

    5. 기타 참고사항

   ② 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항의 규정에 불구하고 영수증을 교부할 수 있다. 다만, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 사업자등록증을 제시하고 제1항의 규정에 의한 계산서의 교부를 요구하는 때에는 계산서를 교부하여야 한다.

    1. 부가가치세법시행령 제79조의 2 제1항 및 제2항의 규정을 적용받는 사업

    2. 부가가치세법시행령 제79조의 2 제1항 및 제2항에 규정된 사업으로서 부가가치세가 면제되는 사업

    3. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 재정경계부령이 정하는 사업

  ○ 소득세법시행규칙 제96조의 2 (영수증을 발행할 수 있는 사업자의 범위)

   영 제211조 제2항 제3호에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 말한다. 다만, 제2호 내지 제7호에 해당하는 사업은 직접 최종소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 한한다.

    1. 금융 및 보험업

    2. 사업서비스업

    3. 교육서비스업

    4. 보건 및 사회복지사업

    5. 사회 및 개인서비스업

    6. 가사관련서비스업

    7. 기타 제1호 내지 제6호와 유사한 사업으로서 계산서 교부가 불가능하거나 현저히 곤란한 사업

다. 사실관계 및 판단

 (1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

  ① 청구법인은 부가가치세 면세사업인 보험업과 과세사업인 부동산 임대업에 공통으로 사용하던 쟁점건물을 2000.5.19. 재무구조 개선을 위하여 청구외 ○○증권(주)에게 총 6,780,000,000원에 매각(건물분 4,350,000,000원, 토지분 2,430,000,000원)하고, 토지분에 대하여는 계산서를 발행하고 건물분에 대하여는 공급가액을 3,954,545,455원, 세액을 395,454,545원으로 세금계산서를 발행하여 2000.7.25. 부가가치세를 신고하면서 매출처별계산서합계표(토지분) 및 매출처별세금계산서합계표(건물분)를 제출하였음이 계산서 및 세금계산서, 부가가치세 신고서, 국세청 전산조회자료 등에 의하여 확인된다.

  ② 그 후 청구법인은 쟁점건물 양도에 대하여 과세분과 면세분으로 안분하여 세금계산서와 계산서를 교부하여야 함에도 착오로 건물분 전체에 대하여 세금계산서를 교부하였음을 확인하고 쟁점건물에 대한 과세분 공급가액을 1,049,638,000원으로 하고 세액을 104,963,800원으로 하여 2002.8.31. 사업장 관할세무서장인 ○○세무서장에게 부가가치세 290,490,720원을 환급하여 달라고 경정청구를 하였음이 청구법인의 경정청구서에 의하여 확인된다.

  ③ 이에 대해 ○○세무서장은 청구법인의 경정청구일(2002.8.31.)이 법정신고기한(2000.7.25.) 경과 후 1년이 경과되어 국세기본법에 의한 경정청구 대상은 아니나, 청구법인이 착오로 공통사용 재화인 쟁점건물의 양도가액 전체에 대하여 세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고ㆍ납부한 사실이 확인된다고 하여 직권경정에 의하여 이를 환급하였음이 경정청구 검토 조사서와 경정결의서에 의하여 확인된다.

  ④ 한편, ○○세무서장은 2003.1.3. 청구법인이 쟁점건물에 대한 면세분 공급가액인 쟁점금액(2,904,907,000원)에 대하여 계산서를 발행ㆍ교부하지 아니하였기에 이에 대하여는 계산서합계표 미제출가산세를 부과하여야 한다고 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 청구법인이 착오로 세금계산서를 발행함으로 인하여 계산서를 발행하지 아니한 쟁점금액에 대하여 계산서합계표 미제출가산세를 적용하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였음이 과세자료통보서 및 법인세 경정결의서에 의하여 확인된다.

 (2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

  ① 청구법인은 부가가치세 면세사업과 과세사업에 공통으로 사용하던 부동산을 매각하고, 토지분에 대하여는 계산서를, 건물분에 대하여는 세금계산서를 발행하여 부가가치세 신고를 하면서 토지분은 매출처별계산서합계표를, 건물분은 매출처별세금계산서합계표를 제출하였는바, 청구법인은 당초 착오로 면세분 건물 공급가액에 대하여도 세금계산서를 발행하여 매출처별세금계산서합계표를 제출한 사실을 알 수 있다.

  ② 또한 청구법인이 쟁점건물을 매각하고 거래상대방인 청구외 ○○증권(주)에게 교부한 세금계산서 및 관할세무서장에게 제출한 매출처별세금계산서합계표에는 거래상대방의 성명, 사업자등록번호 등 인적사항과 공급가액 등 계산서의 필요적 기재사항이 전부 기재되어 있음이 확인되고 이러한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

  ③ 청구법인은 당초 쟁점건물의 공급가액 전부에 대하여 세금계산서를 발행ㆍ교부하고 관할세무서장에게 세금계산서합계표를 제출하였으며, 청구법인이 제출한 세금계산서합계표에는 계산서의 필요적 기재사항이 전부 기재되어 있어 청구법인이 쟁점건물을 양도한데 대한 과세자료는 제출되었다고 보아야 하는바, 청구법인은 납세자로서의 최소한의 의무는 이행한 것으로 볼 수 있다 할 것이므로, 청구법인이 단지 계산서를 교부하지 아니하였다는 사유로 계산서합계표 미제출가산세를 부과함은 세법에서 규정하는 과세자료제출의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무위반자에게 부과되는 가산세 제도의 취지 및 합목적성의 원칙 등을 고려할 때 청구법인의 행위에 비하여 과도한 것이라고 보여지므로 이에 대하여는 가산세를 부과하지 아니함이 타당하다고 할 것이다. (같은 뜻 : 국심 2002구2924, 2002.12.9. 및 심사법인 2002-36, 2002.11.8)

  ④ 따라서, 이 건 청구법인이 과세사업과 면세사업에 겸용하던 건물 매각분에 대하여 세금계산서를 교부하고 매출처별세금계산서합계표를 제출한 부분에 대하여는 안분계산 착오로 인하여 계산서 교부금액이 과소하게 되었다고 하더라도 이에 대하여는 계산서합계표 미제출가산세를 부과하지 아니하는것이 타당하다고 판단된다.

 (3) 그러하다면, 처분청에서 청구법인인 쟁점건물 매각분에 대하여 세금계산서를 교부하고 매출처별세금계산서합계표를 제출하였음에도 안분계산 착오로 인하여 세금계산서로 교부된 쟁점금액에 대한 단지 계산서를 교부하지 아니하였다고 하여 가산세를 부과한 처분은 부당한 처분이라고 할 것이다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.