주문

○○세무서장이 2005. 9. 15. 청구법인에게 한 부가가치세 2002년 1기분 11,762,100원과 2002년 제2기분 13,602,300원 및 2002사업년도 법인세 17,522,860원의 부과처분은

 1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 임대수입금액을 경정함에 있어서 1층 ○○24시 ○○회센타의 2002. 4. 1.~ 2002. 9. 30. 기간동안의 임대료를 임대보증금 330,000,000원, 월임대료 2,000,000원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

 2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

이유

1. 처분내용

청구법인은 2001. 10. 6. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 (이하 “쟁점사업장”이라 한다) ○○생활시설 지하 1층 ~지하 5층 건물연면적 6,903.03㎡를 취득하여 부동산 임대업을 영위하는 법인으로 2002년 3월 중 1층 ○○외4(○○회센타, 이하 “1층 회센타,”라 한다)및 2층 ○○(○○싸롱, 이하“2층 ○○싸롱”이라 한다)과 임대차계약을 체결하고 2002년 4월부터 임대업을 개시하였다.

처분청은 청구법인의 2002사업연도에 대한 법인세 정기조사를 실시하고 청구법이니 2002.4.1.~2004.12.31. 기간 중에 1층 회센타 36,000천원, 2층 ○○싸롱 102,000천원 합계 138,000천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 임대료수입금액을 과소신고한 것으로 보아 2005.9.15. 청구법인에게 부가가치세 2002년 1기분 11,762,100원, 2002년 2기분 13,602,300원, 2002사업연도 법인세 17,522,860원을 각각 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.12.14. 이건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

청구법인은 쟁점사업장의 임대용 건물이 노후하여 2002.3.21.부터 2002.9월까지 리모텔링 공사를 실시하였고 그로 인해 세입자들의 정상적 영업이 불가능하여 2002년 4월~9월의 기간동안 1층 회센타는 월 6,000천원(약정임대료)에서 2,000천원으로, 2층 ○○싸롱은 월 22,000천원(약정임대료)에서 5,000천원으로 각각 할인된 월 임대료를 받았으며, 또한 세입자들이 영세하여 임대보증금을 분할해서 받았으므로 법인의 보통예금 통장에 입금된 금액 모두가 월세는 아니고 임대보증금이 포함되어 있으므로 과세한 내용 중 2002년 10월~12월의 1층 임대료 과소신고액을 제외한 금액은 최소되어야 한다는 주장이다.

3. 처분청 의견

실제 2002년 장부가 태풍 매미로 인해 소실되어 없는 상태에서 2003년 1월 전기오류수정분으로 계상한 임대보증금 40,000천원이 법인예금계좌로 매달 입금된 4,000천원인지 여부는 확인할 수 없으며 당초 조사시에는 상기 4,000천원은 대표자 가수금이라고 주장하다가 새로이 청구주장을 달리하여 임대보증금의 수령액이라고 주장하고 있어 신빙성이 없으며, 또한 2003.1.1. 이후에도 계속적으로 4,000천원이 법인예금계좌로 입금된 부분에 대해서 청구법인이 이를 월임대료로 수정신고한 사실에 비추어 볼 때 미수한 임대보증금의 일부를 수령하였다는 청구법인 주장은 신빙성이 없으며, 당초 리모델링 공사기간동안 영업에 지장을 이유로 할인하였다고 주장하는 부분에 있어서도 실제 리모델링공사는 동 건물의 3,4층에 대한 공사로 1층 회센타와 직접적인 관련이 없으며 실제 매출현황을 확인하기 위해 신용카드 매출내역을 조회해 본바, 2002년 5월~9월까지 월평균 신용카드 매출액은 13,578천원으로 공사기간 이후인 동년 10월~12월 매출액보다 오히려 더 상회한 것으로 나타나는 바 영업의 지장을 이유로 월임대료를 할인해주었다는 청구주장은 신빙성이 없는 것으로 임차인과 임대인이 담합하여 확인서를 작성하였을 개연성이 높으며, 특히 4,000천원이 출처도 불분명한 대표이사 가수금으로 매월 통장에 수기되어 있는 점은 입금된 월세를 부채인 대표이사 가수금으로 부당하게 과대계상한 것으로 보여지고

청구법인은 2002.4~9월까지는 당초 신고한 내용대로 월세 2,000천원을 받았다고 주장하나, 법인 예금계좌를 보면 이 기간 중에도 동일자로 2,200천원과 4,000천원으로 분리되어 동일한 형태로 반복ㆍ계속적으로 입금된 사실이 있고, 또한 2002년 4월~2003년까지 월세 2,000천원으로 부가가치세 신고하였다가 2004년 4월에 2003년 1기~2기분을 월세 6,000천원으로 수정신고 하였고 조사시 2002년 10월~12월도 6,000천원을 임대료로 받았음을 인정한 사실을 볼 때 청구법인의 주장은 신빙성이 없다.

2층 ○○싸롱의 임대료에 대한 청구법인 예금계좌 입금내역을 보면 2002년 해당금액이 총 304,350천원으로 임대보증금 일부, 관리비, 기 신고금액, 재산세 및 종합토지세 중과분을 제외하더라도 101,868천원이 초과입금되었으며, 통장에 6월분 임대료 20,500천원, 7월분 임대료 22,000천원, 9월분 25,000천원 등으로 수기되어 있는 것으로 볼 때 2002년 10월 이전에도 22,000천원을 임대료로 수령한 사실이 확인되며, ○○싸롱의 사업자등록신청시 제출한 임대차계약서에 의하면 월세가 5,000천원으로 되어 있어 당초부터 허위계약서 작성되었으므로 공사기간 중 월세를 낮추어 주었다는 청구주장은 신빙성이 없으며, 2002.4.17. 전세권이 설정된 사실로 보아 임대보증금이 전세권 설정 이전에 지급되었다고 판단할 수 있으므로 그 이후에 월세와 함께 전세보증금을 나누어 입금하였다는 것은 인정하기 어렵다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구법인이 쟁점금액의 임대료를 신고누락하였다고 보아 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

 ㅇ 부가가치세법 제1조【과세대상】

  ① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.

   1. 재화 또는 용역의 공급

   2. 재화의 수입

  ② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

  ③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

  ④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되어 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

  ⑤ 제1항의 재화와 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 ㅇ 부가가치세법 제13조【과세표준】

  ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

   1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

   2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

   3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮게 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

   3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

   4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

 ㅇ 부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

  ① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

   1. 확정신고를 하지 아니한 때

   2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있을 때

   3. (이하 기재생략)

  ② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 지하1층 지상6층의 ○○생활시설(건물바닥면적 370평)에서 부동산 임대를 주업으로 하는 법인으로 1층은 ○○○외 4인(○○회센타) 및 2층 ○○(○○싸롱)과 임대차계약을 체결하여 2004년 4월부터 임대를 개시하고 부가가치세 신고시 1층 회센타는 2003년 12월분까지 월세 2,000천원으로 신고하고 2층 ○○싸롱은 2002년 9월분까지 월세 5,000천원으로 신고한 후 2004.4.2. 1층 회센타에 대하여 2003년 귀속분을 월세 6,000천원으로 아래와 같이 수정신고 한 사실이 부가가치세 신고서 및 부가가치세 과세표준 수정신고서에 의하여 확인된다.

〈2003. 1기 부가가치세 수정신고 내역〉

(단위 : 원)

위 수정신고에 의하면 1층 회센타에 대한 임대료 수입이 아래와 같이 변동되었음이 부동산임대공급가액명세서에 의하여 확인된다.

〈1층 회센타 임대내역〉

(단위 : 천원)

 (2) 처분청은 2002 사업연도 청구법인에 대한 법인세 정기조사를 실시하고 1층 회센타는 2002년 4월~12월의 기간 중 월 임대료 4,000천원 누락, 2층 ○○싸롱은 2002년 4월~9월의 기간중 월 임대료 17,000천원을 신고누락한 것으로 보아 아래와 같이 쟁점금액을 총수입금액에 산입하여 이건 부가세와 법인세 등을 경정 고지하였음이 조사복명서, 부가가치세와 법인세 과세표준 경정결의서에 의하여 확인된다.

〈부가가치세 및 법인세 경정결정현황〉

(단위 : 원)

 (3) 청구법인의 2002사업연도 결산서 부속서류인 미수금명세서와 부채명세서에 의하면 청구법인은 2002.12.31. 현재 아래와 같이 미수금과 임대보증금 부채에 보유하고 있는 것으로 기재되어 있다.

〈2002사업연도 결산서장 미수금과 임대보증금 현황〉

(단위 : 원)

 (4) 청구법인의 2003사업연도 임대보증금계정별원장상 2003.1.3자로 ○○자연산회센타 40,000천원, ○○싸롱 8,000천원이 전기오류수정분 임대보증금이 증가한 것으로 기재되어 있다.

 (5) 청구법인이 제시한 쟁점사업장에서 1층 회센타를 공동으로 운영하는 ○○○와 ○○○의 확인서(2005.6.28)에 의하면, “임대자인 청구법인과 2002년 4월부터 임대차 계약을 맺었으나 당시 입주한 건물이 낡고 손질해야 할 부분이 많음으로 리모델링이 시작되었고 이로 인하여 영업의 지장이 초래됨으로 공사완료 정상영업이 가능한 6개월을 보고 다시 세입자와 임대자간의 협의하에 임대금액을 조정하여 입금하게 되었음(조정금액 월 6백만원→ 월 2백만원). 임대료의 할인 기간은 2002년 4월부터 공사 완료시점인 동년 9월말까지였으며(6개월 한시적 조정) 10월부터는 정상적으로 복원되었는바 위 사실이 틀림없음을 확인합니다”라고 기재되어 있다. 또한, 1층 회센타의 공동사업주인 ○○○의 차용증(2002. 4. 6.)에 의하면, “50,000천원을 청구법인으로부터 차용함에 있어 차용기간은 1년으로 하며 월 이자는 매월 말일자로 지불한다. 단, 상기 차용금은 1층 식당 임대차보증금의 부분적인 금액임”이라고 기재되어 있다.

 (6) 쟁점사업장의 건물등기부등본에 의하면, 층별면적이 1층 983.605 ㎡, 2층 1,039.825 ㎡, 3층 1,047.865 ㎡, 4층 1,047.865 ㎡, 5층 941.785 ㎡, 지하 1,751.28 ㎡, 옥탑 90.805 ㎡이고, 아래와 같이 전세권과 임차권이 설정등기되었다가 말소등기된 사실이 확인된다.

〈쟁점사업장의 전세권과 임차권 설정등기현황〉

 (7) 청구법인의 ○○예금통장(계좌번호 000-00-000000)사본에 의하면, 2002.4.6. 81,624천원이 1층 회센타 임대보증금으로 입금되었고, 2002.4.10. 1층 회센타 보증금으로 105,000천원, 2002.4.12. 2층 ○○○싸롱 보증금 20,000천원이 각각 입금된 것으로 입금사유가 수기로 기재되어 있고, 임대료 관련사항은 아래와 같이 기재되어 있음이 확인된다.

〈청구법인 통장1ㆍ2층 임대관련 입금내역〉

(단위 : 원)

 (8) 쟁점사업장의 1층 회센타와 2층 ○○○싸롱이 신청한 사업자등록신청서에 전세보증금과 월세가 다음과 같이 기재되어 있음이 확인된다.

〈임차인의 사업자등록 신청내역〉

(단위 : 천원)

 (9) 처분청에서 조사당시 복사하여 제출한 청구법인명의의 예금계좌(○○ 000-00-00000)에 2002. 5월 ~ 12월 기간중 매월 500전원이 미수한 임대보증금 50,000천원에 대한 이자수입 명목으로 입금되어 있고 청구법인도 이를 수입금액에 반영하여 법인세를 신고한 사실이 확인된다.

  【다음 이건 쟁점에 대하여 살펴본다.】

   ≪1층 회센타 임대료 누락과 관련≫

 (1) 처분청은 1층 회센타와 관련하여 청구법인의 통자(계좌번호 000-00-000000)에 입금된 금액 6,000천원과 신고한 금액 2,000천원의 차이에 대한 4,000천원을 임대료 누락으로 과세하였으나, 청구법인은 2002년 4월~9월 기간 중 쟁점사업장의 리모델링으로 인하여 임차인들이 정상적인 영업이 불가능하여 약정된 임대료를 받지 아니하고 할인된 임대료를 수령한 것이고 처분청이 임대료누락으로 본 금액은 1층 회센타의 임대보증금을 분할하여 지급받은 것이라는 주장이므로 이에 대하여 본다.

  (가) 1층 회센타를 공동으로 운영하는 ○○○와 ○○○은 2002년 4월~9월 기간 중 한시적으로 임대료를 월6백에서 월2백으로 조정한 것으로 확인하고 있는 사실과 1층회센타의 2002. 4월~9월까지 별도로 입금된 4,000천원에 대하여 가수금으로 수기(2층 ○○싸롱 임대료 입금금액에 대하여는 임대료로 수기되어 있음)되어 있어 가수금으로 기재된 것을 임대료 누락으로 보기에는 어려움이 있고,

  (나) 반면에, 2002. 4. 6. 청구법인이 1층 회센타와 임대차계약 당시 보증금을 330,000천원으로 약정하였으나 280,000천원만 수령하고 잔액 50,000천원은 차용금으로 계상한 사실이 청구법인이 제시한 차용증에 의하여 확인되며 동 계약에 따라 청구법인은 1층 회센타로부터 매월 500천원의 이자를 수령하고 이자수령액 4,148천원을 이자수익으로 계상한 사실이 청구법인의 계좌 및 표준손익계산서 확인되고 있는 사실과 2003. 1. 1. 전기오류 수정으로 임대보증금 40,000천원을 추가로 계상한 것으로 미루어 볼 때, 2002. 4월부터 2002. 9월까지 별도 입금된 4,000천원에 대하여 가수금으로 매월 통장에 수기한 것이 임대료의 누락이라고 보기 어려우므로 청구법인 주장과 같이 임대보증금을 분할 수령한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

  (다) 또한, 처분청에서는 1층 회센타의 2002년 5월 ~ 9월의 신용카드 월 매출액(13,578천원)이 리모텔링 공사이후의 월 매출액(11,932천원)을 상회한다는 사유로 임대료를 할인한 것으로 보기 어렵다고 판단하였으나, 7월 내지 8월이 ○○ 해수욕장 절정기임을 감한한 때 신용카드매출액으로 단순 비교하여 리모텔링 공사기간 중 임차료 할인여부를 판단하기는 어려우므로 처분청의 과세논지는 타당한 것으로 인정하기 어렵다.

  (라) 따라서, 과세처분 사유와 그 근거에 대한 입증책임이 과세관청이 있음에도 청구법인의 계좌에 별도로 입금된 4,000천원이 임대료를 누락한 것이라고 볼만한 명백한 근거가 없으므로 청구법인 주장과 같이 1층 회센타의 4월~9월의 임대료를 조정한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 임대료를 누락한 것으로 본 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

   ≪2층 ○○○싸롱 임대료 누락과 관련≫

 (2) 청구법인은 2층 ○○○싸롱에 대한 임대료의 경우 계약에 따라 2002년 수령할 금액 264,882천원과 청구법인 계좌에 입금된 금액이 총 261,801천원으로 거의 일치하고 2002. 4. 17. 전세금 100,000천원으로 전세권이 설정되어 있기는 하나 임차인의 사정으로 임대보증금을 분할하여 수령한 것이므로 청구법인의 예금계좌에 입금된 금액이 청구법인의 임대료 수입금액 누락으로 본 처분이 부당하다는 주장에 대하여 본다.

  (가) 앞의 사실관계에서 본 바와 같이 청구법인 예금계좌에 2층 ○○싸롱 관련하여 입금된 금액은 258,601천원으로 임대보증금 일부 10,000천원(예금계좌 사본에 2002. 7. 23. 임대보증금으로 수기), 관리비 32,903천원, 임대료수입 신고금액 96,000천원을 제외하더라도 138,903천원이 초과 입금 된 것이 확인되고, 전세금은 특별한 사정이 없는 한 일반적으로 전세권이 설정되기 전에 수령되었다고 보아야 하므로 전세권 설정 이후 청구법인 계좌에 입금된 금액이 임대보증금이라고 인정할 만한 명확한 근거가 없는 한 이를 임대료로 보는 것이 타당하다 하겠다.

  (나) 또한 청구법인 예금계좌에 2002. 7. 8. 20,500천원 입금된 금액에 대하여 ‘6월 ○○ 임대료’로 수기되어 있고 2002. 8. 14. 22,000천원 입금된 금액에 대하여도 ‘7월 ○○ 임대료’로 수기되어 있는 사실 등에 비추어 볼 때. 2002년 10월 이전에도 22,000천원의 임대료를 계속하여 수령하였다고 봄이 타당한 것으로 판단된다.

  (다) 따라서 2층 ○○싸롱과는 보증금 100,000천원, 월임대료 22,000천원으로 계약한 사실을 청구법인도 인정하고 있는 청구법인의 계좌에 임대차계약서의 금액과 동일한 금액이 매월 입금된 것이 확인되므로 임대차계약서상의 임대료를 기준으로 계산한 각 과세기간별 임대수입금에서 청구법인이 신고한 금액을 차감한 금액에 대하여 청구법인이 신고누락한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하고 달리 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.