주 문

○○○세무서장이 2008.11.1. 청구법인에게 경정․고지한 2003～2005사업연도의 법인세 1,731,783,360원과 2003년 제2기 및 2005년 제1기～2006년 제1기 분 부가가치세 670,849,670원, 그리고 청구법인의 대표자인 이○○외 2인에게상여처분한 3,186,989,243원은

1. 청구법인에게 경정고지한 2003～2005사업연도의 법인세 1,731,783,360원은 이를 취소한다.

2. 청구법인에게 경정고지한 2003년 제2기 부가가치세는 당초 신고금액에서 위장매입세금계산서 매입세액 29,499,911원을 불공제하여 재경정하고, 2005년 제1기 및 2005년 제2기분 부가가치세는 이를 취소한다.

3. 청구법인의 대표자에게 상여처분한 3,186,989,243원(2003년도 유○○ 1,176,522,691원, 주○○ 327,613,147원, 2005년도 이○○ 1,504,135,838원)은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분내용

청구법인은 2000.11.14.부터 2006.3.31.까지 ×××시 ×××구 ××××동 ××번지에 본점을 두고 신문제조업을 영위한 법인으로서,

처분청은 2008.6.3.～2008.7.1.간 청구법인의 2003사업연도, 2005사업연도 및 2006사업연도에 대한 법인세통합조사를 하여 청구법인이 조사대상 사업연도의 장부를 제시하지 않음에 따라 2003사업연도와 2005사업연도의 법인세를 기준경비율에 의하여 추계경정하고, 그 추계소득에서 결산서상 법인세차감전 순이익을 공제한 4,392,448천원(2003사업연도 2,709,595천원, 2005사업연도 1,682,853천원)을 법인세 과세표준으로 하여 법인세 977,514천원(2003사업연도 373,272천원, 2005사업연도 604,242천원)을 결정고지하고 신고소득과의 차액 3,186,989천원(2003년도 1,504,136천원, 2005년도 1,682,853천원)을 대표자 상여처분하였으며,

 2003년 사업연도 법인세 추계결정에 따라 2004사업연도의 법인세결손금소급공제를 배제하고 이에 대한 법인세 754,269천원을 추징하였으며

 청구법인이 세금계산서 및 계산서 불부합자료 중 거래내용을 소명하지 못한 2,702,218천원(2003년 501,006천원, 2005년 293,195천원, 2006년 1,908,017천원)을 청구법인의 매출누락으로 보아 이에 대한 부가가치세를 경정하였으며

청구법인이 부가가치세 신고시 과세관련 매입세액으로 신고한 681,060천원(2003년 제2기 197,729천원, 2005년 제1기 274,499천원, 2005년 제2기 208,832천원)에 대하여 장부 미제시로 인한 확인불가로 매입세액 전체를 공통매입세액으로 보아 430,300천원을 매입세액 불공제하는 등으로

 2008.11.1. 청구법인에게 법인세 1,731,783천원 및 부가가치세 670,849천원 합계 2,402,632천원을 경정․고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여(2006년 제1기분 가가치세 66,360천원은 청구제외)

2009.2.2. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가.청구법인의 장부와 증빙서류는 2003～2005사업연도 법인세 신고당시 는 완비되어 있었으나 2006년 부도로 인하여 멸실되었다.

 1) 2006.1.24 부도 발생으로 청구법인의 운영권 및 자금집행권이 노동조합 을 주축으로 한 비상대책위원회로 넘어갔으며 비상대책위원회는 2006년 3월초 직원들이 모두 퇴근한 심야에 사옥 안에 있던 컴퓨터 및 비품을 매각함으로써 전산자료가 분실되었고, 2006년 3월 비상대책위원회의 사옥에 대한 임차보증금 압류로 인한 퇴거로 설립이후 방대한 양의 장부와 증빙서류를 포함한 서류를 외부에 보관하였으나 보관자는 1년간의 보관기간이 지난 2007년 5월경 보관하고 있던 장부와 증빙서류 등을 임의로 처분하였다.

 2)법인세 신고당시 청구법인에 정당한 회계장부와 증빙서류가 있었다는 사실은 당시 외부회계감사와 세무조정을 담당한 ○○회계법인과 △△회계법인의 감사보고서와 세무조정계산서에 의하여 확인되며 청구법인의 최대주주인 ◇◇◇◇홀딩스(주)에 대한 연결재무제표 감사를 위하여 △△회계법인에서는 청구법인의 2003년도 및 2004년도의 회계감사결과에 대하여 ◇◇◇◇홀딩스(주)의 감사법인인 ○○회계법인의 리뷰를 별도로 받은 바 있다.

나.청구법인의 2003～2005년 법인세 및 부가가치세 신고내용을 보면, 장부와 증빙서류가 없으면 작성할 수 없는 바 단순히 장부가 없다는 사유로 추계과세함은 부당하다.

 1) 청구법인의 경우 매출액 대비 매출세금계산서 비율이 96%～98%이며, 매입액 대비 매입세금계산서 비율이 95%이므로 세금계산서만으로도 충분히 법인세 실사가 가능함에도 일방적인 추계를 한 것은 부당하다.

2) 청구법인은 2005연도 들어서면서 광고료가 더욱 감소하고, 월차손실액이 확대되고 자금부족이 심화되어 자금사정이 마비상태에 이르러 결국 2006.1.24. 부도가 발생하는 상황이었음에도 처분청은 청구법인의 부도 당시의 상황을 전혀 감안하지 아니한 채 추계과세를 하면서 2005년도의 경우 실제로 100억원 이상의 손실이 났는데 16억원의 이익이 난 것으로 보고 법인세를 고지하였고, 2004년도는 93억원의 결손이 발생했음에도 불구하고 2003년도 납부세액에 대하여 결손금소급공제세액 환급액을 전액 부인하는 한편, 무기장가산세, 미납부가산세, 이자상당액을 추징하는 등 총 1,731,782천원의 법인세를 부과하였다.

다. 처분청은 청구법인에게 국세기본법 제16조 및 제18조를 위배하여 법인 세를 부과하였다.

 1) 국세기본법 제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지) 제1항󰡒세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다󰡓라는 조항에 위배되며

 2) 매출세금계산서(계산서)와 매입세금계산서(계산서) 자료만으로도 실제사가 가능하므로 국세기본법 제16조(근거과세) 제1항󰡒납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다󰡓라는 규정에도 어긋나는 부당한 과세이다.

라. 설령 추계로 법인세를 경정하더라도 ○○○신문사 5개사의 법인세 신고자료를 활용한 동업자 권형방식으로 과세하여야 한다.

 1) 대법원 판례 등에서도 추계의 방법과 내용에 있어서 가장 진실에 가까 운 실액을 반영함이 타당하다고 판결하고 있는 바 국내 ○○○신문사 5개사의 2002년부터 2005년도의 실적을 보면, 매출액이 모두 급격히 감소하였고 2004년 이후에는 모든 ○○○신문사가 적자로 반전되었음이 확인되며 특히 ○○신문사와 △△일보사를 모기업으로 두고 있는 ○○○○○과 ★★★★★조차도 2004년 이후 모두 적자를 기록하고 있는 등으로 미루어

 2) 위 업체보다 훨씬 열악한 여건의 청구법인에 추계과세로 거액의 이익이 난 것으로 보아 법인세를 부과한 것은 현실을 무시한 과세이다.

마. 과세관청은 회사실정에 맞추어 합리적으로 세무조사를 하지 아니하였다.

 1)불부합 세금계산서(계산서)자료를 대표이사에게 주고 이를 소명하지 못한다 하여 과세하는 것은 청구법인의 사정을 고려하지 않은 세무조사이며

 2)청구법인이 부도난 후 2년 6개월 후 관련업무를 담당하던 인력이 없는 가운데 회계와 세무에 대한 전문지식이 전혀 없는 대표이사를 세무서로 불러서 조사하고 부가가치세를 과세하는 등 불합리한 세무조사를 하였다.

바. 청구법인이 2005년도 중 발행 내지 수령한 세금계산서와 계산서는 총 14,518매로 그 중 신문보급소에 발행한 것이 11,138매가 되는 바 소명이 불가능한 대부분의 자료가 신문보급소와의 거래이다.

 1) 신문보급소는 부가가치세가 면세인 관계로 세금에 대한 개념이 없는 경우가 태반이며 이들과 거래하는 청구법인은 정상적인 영업을 하는 도중에도 불명자료를 소명하기가 쉽지 아니하였다.

 2) 거래상대방이 신고한 자료와 청구법인이 신고한 자료와의 차이를 청구법인이 소명하지 못한다는 이유로 이를 청구법인의 매출누락으로 보는 것은 이해할 수 없으며 거래상대방이 신고한 것은 정당하고 청구법인이 신고한 것은 부당하다는 것은 논리의 비약이다.

 3) 청구법인이 부도가 발생하여 문을 닫은 지 2년이 넘는 상태에서 당시 업무를 담당한 직원도 없고 장부와 증빙서류도 훼손되어 불부합자료를 소명하는데 한계가 있으며 소명능력이 없는 청구법인의 대표이사에게 불부합자료의 소명을 요구할 것이 아니라 과세당국이 적극적으로 나서서 청구법인에게 부당한 세금이 부과되지 않도록 거래상대방을 충분히 조사하고 그 조사내용에 따라 과세하는 것이 합당하다.

사.청구법인의 매입 중 면세관련매입세액은 신문배달용역비가 있고, 과세관련 매입세액은 광고수입과 직접 관련되는 비용이며 나머지는 면세, 과세에 공통으로 사용되는 안분계산 대상이 되는 매입세액이다.

 1)처분청은 총매입세액에서 소형승용차 구입유지비와 면세관련 불공제 매입세액을 제외한 나머지 매입세액을 모두 공통매입세액으로 보고 이를 과세매출과 면세매출금액의 비율로 면세관련 매입세액공제액을 계산하였는 바

 2)이는 광고관련 매입세액의 비중이 큰 청구법인의 실상을 도외시한 채 매입세금계산서 검토도 하지 아니하고 일방적으로 과세하였는 바 이는 부가가치세 관련 규정을 위배한 부당한 처분이다.

3. 처분청 의견

가. 청구법인의 경우 외부조정에 의한 법인세 신고 및 외부감사 대상이나 청구법인에 대한 법인세 통합조사시 장부 및 증빙서류를 보관하고 있지 아니하였으므로 법인세법 제66조 제2항 및 동법시행령 제104조 제1항 제 1호의 규정에 의한 추계결정 및 법인세법시행령 제106조 제2항에 의한 대표자 상여처분의 사유에 해당한다.

나. 법인세법시행령 제104조 제2항 제2호의 규정에 의한 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 추계결정하는 것은 천재지변 등 불가항력적인 사유에 해당하여야 하나 청구법인의 경우는 이에 해당하지 아니하므로 설령 추계 결정을 하더라도 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 결정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

다. 청구법인의 계산서 및 세금계산서 불부합자료에 의한 매출누락은 청구법인에게 수차례에 걸쳐 소명 요구하여 일부 소명한 내용은 인정하였고 나머지 불부합자료는 소명 불가능하여 매출누락으로 결정하였으며, 청구법인은 불부합자료가 거래상대방인 신문지국의 단순 착오신고임을 주장하나 구체적인 내역과 증빙서류를 제시하지 못하므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

라.청구법인의 경우 장부 및 회사관련 서류의 미제시로 면세매출관련 매입세액과 과세매출관련 매입세액의 구분이 불가하여 부가가치세법 제61조 제1항의 규정에 의하여 전체매입세액을 안분계산하여 그에 따른 매입세액을 불공제하였으므로 정당하다.

4. 사실관계 및 판단

가. 쟁점

1) 장부와 증빙서류가 없다는 사유로 청구법인의 2003 및 2005사업연도의 법인세를 추계결정한 것이 정당한지

 2) 신문보급소 등 거래처가 제출한 불부합계산서 등을 청구법인의 매출누락으로볼 수 있는지

 3)장부와 증빙서류가 없다는 사유로 매입세액 전체를 공통매입세액으로 보아 면세관련 매입세액을 불공제함이 타당한지

나. 관련법령

《쟁점1)관련》

1) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

  ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

   2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

 2) 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】

① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.

 1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

  가. 매입비용(사업용고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

  나. 대표자 및 임원 또는 사용인의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

    다. 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액

 2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고전에 장부기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

《쟁점2)관련》

1) 부가가치세법 제1조【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

 1. 재화 또는 용역의 공급

 2) 부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

 1. 확정신고를 하지 아니한 때

   2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

 3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

 3) 법인세법 제15조【익금의 범위】

  ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

《쟁점3)관련》

1) 부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

 2) 부가가치세법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

                                              면세공급가액

   면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액 × ──────

                                             총공급가액

다.사실관계

《쟁점1)관련》

1) 청구법인의 법인세 신고내용은 국세통합전산망 등에 의하여 다음과 같이 확인된다.

                                                          단위 : 천원

 2) 청구법인의 법인세 신고시 제출한 손익계산서 내용은 국세통합전산망 등에 의하여 다음과 같이 확인된다.

                                                           단위 : 천원

 3) 청구법인의 연도별 외부회계감사 및 외부세무조정내역은 다음과 같이 확인된다.

 4) 청구법인이 처분청에 제출한 세금계산서 등 자료는 국세통합전산망 등에 의하여 다음과 같이 확인된다.

  가) 세금계산서 및 계산서 자료

                                                          단위 : 천원

   - 매입(세금)계산서 중 자산매입과 관련된 부분은 없음.

  나) 원천세 자료

                                                          단위 : 천원

  다) 청구법인의 매출액과 매입(세금)계산서 및 원천세 자료

                                                         단위 : 천원

 5) 청구법인이 주장하는 장부 등의 멸실 경위는 다음과 같다.

 2006.1.24. 부도 발생으로 청구법인의 운영권 등을 잡은 비상대책위원회가 2006년 3월초 직원들이 모두 퇴근한 심야에 사옥안에 있던 컴퓨터 및 비품을 매각하여 전산자료가 분실되었고, 사옥에 대한 임차보증금 압류로 인한 퇴거로 설립이후의 장부와 증빙서류 등을 외부에 보관하던 중 보관업자가 2007년 5월경 보관하고 있던 장부 및 증빙서류 등을 임의로 처분하였다

 6) 한편, 국내 ○○○신문사의 매출 및 손익 내용은 국세통합전산망 등에 의하여 다음과 같이 확인된다.

                                                          단위 : 천원

   ※ ◇◇◇는 2006년에, ◇◇◇◇는 2005년에 각각 부도발생

《쟁점2)관련》

 1) 청구법인이 이 건 심리기간 중 제출한 매출누락(계산서 불부합자료)에 대한 소명내용은 다음과 같다.

                                                                            단위 : 천원

나) 겸업지국의 매출신고 오류로 인한 차이(유형2)

   (1)신문지국 및 가판을 운영하는 개인사업자가 1곳만 운영하다가 주변에 지국 및 가판이 나오면 동일인 명의로 신규 개인사업자를 신설하여 2군데 이상을 운영

   (2) 청구법인과 사업자간에 계산서 신고를 잘못 처리하는 경우 및 신규 사업자번호를 청구법인에게 신고하지 않아 기존 사업자등록번호로 발급하여 신고

                                                                            단위 : 천원

 2)이 건 심리기간 중 청구법인의 매출누락 소명내용을 검토한 내용은 다음과 같이 확인된다.

가) 전․후 사업자간의 계산서 신고 차액

   (1) 전 사업자에 대하여는 매출과다 후 사업자에 대하여는 매출누락

                                                          단위 : 천원

   (2) 2이상의 사업자등록을 한 사업자의 계산서 신고 차액

                                                          단위 : 천원

《쟁점3)관련》

 1)청구법인이 이 건 심리기간 중 제출한 공통매입세액 과세처분에 대한 소명자료 내용을 살펴보면, 과세관청으로부터 매입세금계산서 자료를 송부받아 거래처별로 정리한 후 그 거래처 및 거래품목을 확인하고 과세관련 매입세액 및 면세관련 매입세액 그리고 공통매입세액으로 분류하였음이 확인된다.

2)청구법인의 위 소명내용에 대하여 당심에서 검토한 내용은 다음과 같다.

  가) 과세관련 매입세액

                                                            단위 : 천원

  나) 면세관련 매입세액

                                                            단위 : 금액

  다) 불공제 매입세액

                                                            단위 : 천원

  라) 공통매입세액

                                                            단위 : 천원

  마) 공통매입세액 안분계산

                                                            단위 : 천원

   - 공통매입세액불공제 700,479천원은 매출누락 등 조사결과를 반영 산정

   (매출누락을 감안하지 아니할 경우 공통매입세액 불공제분은 682,933천원 이며 당초 신고금액과의 차액은 1,873천원임)

라. 판단

《쟁점1)에 대한 판단》

1) 먼저 이 건 법인세를 동업자권형에 의하여 추계경정할 수 있는지 살펴보면,

가)법인세법 제66조 제3항 단서에서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있도록 규정하고 있고, 대통령령이 정하는 사유란 같은법 시행령 제104조 제1항에서 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 규정하고 있으며, 동조 제2항 제2호에서는 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하도록 규정하고 있는 바

  나) 청구법인의 경우 장부 및 증빙서류를 보관한 김○○가 그 보관기일이 넘어 장부 등을 처분하였다는 진술내용으로 볼 때, 장부멸실의 책임이 청구법인에게 있는 것으로 보이므로 이를 불가항력으로 볼 수 없으므로 동업자권형 방법에 의한 추계경정을 하여 달라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

 2) 다음으로 청구법인의 2003, 2005사업연도 소득금액을 추계경정한 것이타당한지를 살펴보면,

  가) 청구법인은 2003사업연도～2004사업연도에 대하여 외부회계감사를 받은 사실이 금융감독원 싸이트에서 확인되고 있고, 국내에 청구법인과 업종이 같은 (주)◇◇◇◇ 등 4개 신문사의 2002～2005년 법인세 신고내용을 보면, 청구법인과 외형 및 업황이 가장 유사한 (주)□□□□□□□□□(◇◇◇◇◇)와 (주)○○○신문(◇◇◇◇)의 경우 2002～2005년의 손익은 모두 결손으로, (주)○○○○○(○○○서울) 및 (주)★★★★★은 2004～2005년이 결손으로 확인되고 있으며

  나) 청구법인이 처분청에 제출한 세금계산서(계산서)및 원천세 자료를 살펴보면, 매입세금계산서의 경우 자산매입이 없는 등 모두 경비의 성격으로 확인되고, 주요 경비가 광고수입에 따른 지급수수료로 확인되는 등 달리 허위로 계상한 것으로 볼 수 있는 자료는 확인되지 아니하고 있으며, 원천세 자료의 경우 청구법인이 제출한 결산서상의 계정금액과 국세통합전산망상 원천자료 제출금액이 일치하고 있는 것으로 확인된다.

  다) 또한, 인터넷 금융감독원 싸이트에서 확인된 청구법인의 2003～2004사업연도 재무제표에 대한 감사보고서 및 국세통합전산망에 수록된 청구법인의 2003～2005사업연도 재무제표상 매입세금계산서(매입계산서) 및 원천자료와 관련이 없는 계정과목(제세공과금, 여비교통비, 통신비, 보험료, 접대비, 차량유지비 등)을 살펴보면, 청구법인과 같은 업종에서 지출될 수 있는 통상의 경비로 보이고, 청구법인 또한 스스로 이러한 경비에 대하여 법인세 신고시 세무조정을 하였으며 그 외 계정과목에 대하여는 감사보고서상에 적정하다는 의견이 나타나 있는 것으로 확인된다.

라) 따라서, 동종업체의 법인세 신고내용과 청구법인이 경영난으로 인한 부도 및 폐업 등의 상황과 스포츠신문 업계의 선두인 ◇◇◇◇◇가 2003사업연도가 결손이었음에도 청구법인이 소득을 신고한 점, 청구법인이 매년 외부회계감사를 받은 점과 2005사업년도에 자본잠식 상태에 있었던 점, 청구법인이 처분청에 제출한 세금계산서와 계산서 내역, 원천세 자료 등에 의하여 청구법인이 2004 및 2005사업연도에 소득이 있었다고 보기 어려운 점(2004사업연도의 경우 세금계산서 및 계산서 자료, 원천세 자료를 합한 금액이 수입금액을 초과) 등을 감안하여 볼 때, 청구법인의 법인세 신고내용은 일응 타당성이 있다 할 것이고, 또한, 적어도 재무제표와 감사보고서, 각종 과세자료의 활용 및 확인 등으로 법인세 실지조사가 가능하다고 판단되므로 처분청이 단순히 장부 및 증빙서류를 제시하지 않는다는 이유로 추계경정한 이 건 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

 3) 위 내용을 종합하여 볼 때, 처분청이 기준경비율에 의한 추계방법에 의하여 청구법인의 법인세를 추계경정한 것과 법인세 결손금 소급공제를 배제한 것은 잘못된 것으로서 이를 취소함이 타당하다고 판단된다.

《쟁점2)에 대한 판단》

 1)처분청이 매출누락으로 판단한 2003 및 2005년도의 계산서 자료를 살펴보면, 거래처 중 일부는 사업장의 양도․양수시 전사업자에게 발행한 것을 후사업자가 인수받아 이를 처분청에 신고하거나 사업자가 2이상 사업자등록이 되어 있거나 중간에 사업자등록번호가 바뀌었으나 청구법인이 이에 대한 인지를 하지 못하여 사업자등록번호를 잘못 기재하여 발행한 사실이 확인되고 있는 바, 이 건 계산서의 거래처인 신문보급소들이 대부분 영세사업자인 점, 그 신문보급소가 현재 대부분 폐업하여 청구법인이 소명하기 어려운 점 등을 감안하여 볼 때, 청구법인이 비록 매출누락분에 대하여 소명을 하지 못하였다 하더라도 이를 매출누락으로 보는 것은 타당하지 아니하며

 2) 또한, 2002년에 발생된 계산서 불부합자료에 대하여 처분청이 이를 활용처리(건수200건, 금액 41,675백만원)하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인되고 있고, 청구법인이 사업개시후 계산서 불부합자료에 의한 경정사실이 없었던 점에 비추어 같은 유형의 계산서 오류로 인해 발생된 이 건에 대하여 이를 매출누락으로 보기는 어렵다 하겠다.

 3) 위 내용을 종합하여 볼 때, 처분청이 계산서 오류분에 대하여 이를 매출 누락으로 보아 부가가치세 등을 과세한 이 건 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

《쟁점3)에 대한 판단》

 1)청구법인은 2003년～2005년 부가가치세 신고시 매입세금계산서상의 공통매입세액을 구분하여 부가가치세법에 따라 산정한 금액을 매입세액 불공제하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인되다.

 2) 이 건 심리기간 중 주요 매입세금계산서를 검토한 바 과세관련 매입세액(광고대행 수수료, 골프관련 행사비, 교환광고비 등)은 10,890,494천원으로, 면세관련 매입세액(신문운송료, 신문판매지사 임대료 등)은 2,457,221천원으로, 공통매입세액(신문인쇄비용, 신문용지 구입비 등)은 21,509,630천원으로확인된다.

 3) 따라서, 과세관련 매입세액과 면세관련 매입세액이 세금계산서에 의하여 확인되는 이 건의 경우 부가가치세법 관련규정에 따라 공통매입세액에 의한 매입세액불공제 금액을 산정한 바 당초 청구법인이 신고한 금액과 일치하고 있음이 확인된다.

4) 사실이 이와 같다면 처분청이 세금계산서의 내용을 확인하지 아니한 채 장부 및 증빙서류가 없다는 사유로 매입세액 전체를 공통매입세액으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.