주 문

○○세무서장이 2010. 1. 6. 청구법인에게 한 2004년 사업연도 법인세 40,298,480원, 2005년 사업연도 법인세 83,981,660원, 2006년 사업연도 법인세 161,924,090원, 2007년 사업연도 법인세 55,244,170원, 2008년 사업연도 법인세 23,375,960원, 합계 364,824,360원의 각 부과처분은

   청구법인이 각 사업연도에 조세특례제한법 시행령 별표 6 제1호 사목의 「고유상표 및 고유디자인의 개발을 위한 비용」으로 계상한 금액 중 청구법인의 고유상표 및 고유디자인의 개발에 관련이 있는 금액에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 하여 세액을 경정합니다.

이 유

1. 처분내용

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 53-7에서 침구류 제조 및 도매업을 영위하고 있으며, 2004년 사업연도 ～2008년 사업연도 법인세 신고시 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 총 278,130천원(2004년 26,477천원, 2005년 59,456천원, 2006년 124,327천원, 2007년 46,299천원, 2008년 21,571천원)을 적용하였다.

  ○○지방국세청장이 처분청에 대한 정기감사시 청구법인이 연구개발전담부서의 요건을 갖추지 아니하였는바, 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하여 현지시정하라고 지적함에 따라 처분청은 2010.1.6. 청구법인에게 2004년 사업연도～2008년 사업연도 법인세 총 364,824천원(2004년 40,298천원, 2005년 83,982천원, 2006년 161,924천원, 2007년 55,244천원, 2008년 23,376천원)을 경정·고지하였다.

  청구법인은 이에 불복하여 2010.3.31. 이 건 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

 청구법인은 주로 이불·침대·베개 커버 등 침구류를 생산·판매하는 업체로서 등의 독자브랜드를 사용하여 홈쇼핑, 대형할인매장, 인터넷 쇼핑몰, 침구점 등을 통하여 판매하고 있는데, 미국 △△△사가 개발한 ☆☆☆라는 친환경 솜에 대한 국내 독점판매권을 가지고 있으며, 이불·베개 등에 합성섬유로 만든 솜 대신 인지오를 넣어 위생적이고 아름다운 제품을 공급하고자 차별화된 디자인 개발 및 색상 다양화에 심혈을 기울이고 있다.

청구법인은 2004년 사업연도부터 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항의 별표 6의 제1호 사목【고유상표(공동상표를 포함한다) 및 고유디자인의 개발을 위한 비용】을 적용하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 하였으며, 처분청은 2006.11.1.～2006.11.4.까지 청구법인에 대한 2005년 사업연도 법인세 통합조사 시 당초 세액공제액 78,799,177원 중 19,348,128원만을 공제부인하고 나머지는 세액공제를 인정하였다.

  처분청은 ○○청장의 감사지적 사항이라면서 청구법인이 소정의 연구개발전담부서를 설치하지 아니하였다는 이유로 2004년 사업연도～2008년 사업연도 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하였으나, 청구법인은 자체 디자인연구소에 전문디자이너들을 고용하여 제품에 대한 고안, 디자인, 견본 제작 등을 직접 기획하여 각 상표별로 다양한 디자인의 제품을 출시하고 있으며, 조세특례제한법 시행령 제9조 제2항 별표 6의 제1호 사목에 의하여 디자이너 인건비, 디자인 설계비용, 원재료비, 견본품비 등 고유디자인의 개발을 위한 비용에 대한 세액공제를 하였다.

  따라서 위 별표 6의 제1호 사목에 의하여 연구·인력개발비 세액공제를 적용하는 경우에는 전담부서 설치 여부와 아무런 상관이 없으므로 당초 부과처분은 부당하다.

3. 처분청 의견

 청구법인은 법인세 신고시 조세특례제한법 시행령 별표 6의 제1호 사목을 적용하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하였으므로 당초 세액공제가 정당하다고 주장하나,

조세특례제한법 시행규칙 제7조에서 해당 세액공제를 받기 위해서는 전담부서가 기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 경우 교육과학기술부장관에게 전담부서를 신고하지 아니하여 세액공제 요건을 갖추지 못하였다.

 따라서 처분청이 2004년 사업연도～2008년 사업연도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인한 것은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  연구전담부서 설치가 고유디자인 개발비용에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제의 요건인지 여부

나. 관련법령

 ○ 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

  ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

   1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

    가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

    나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

  ② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

  ② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】

  ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은「기술개발촉진법 시행규칙」제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

 ○ 조세특례제한법 기본통칙 10-9…1【연구 및 인력개발비 범위】

  ① 영 별표 6 제6호 사목 “고유상표(공동상표를 포함한다) 및 고유디자인의 개발을 위한 비용”에는 자체고용 디자이너에 대한 인건비, 디자인 위탁개발용역비, 디자인설계기기의 임차료, 디자인설계비용, 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료 구입비 등을 포함한다.(2005.7.7. 신설)

다. 사실관계

  1) 청구법인은 법인세신고 시 다음과 같이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

 (단위 : 천원)

2) 처분청이 2006년 11월에 청구법인에 대하여 실시한 2005년 사업연도 법인세 통합조사 종결보고서에 의하면,

    청구법인이 2005년 사업연도에 연구·인력개발비로 계상한 금액 중 38,686천원이 생산직 근로자의 급여로 확인되었다 하여 2005년 사업연도 연구․개발비 세액공제 신청금액 78,799천원 중 19,343천원을 부인하였음이 확인된다.

  3) 중부청장의 현지시정 명세서에 의하면, 청구법인 관련 시정요구 사항이 아래와 같이 나타난다.

(단위 : 천원)

 4) 당사자 간에 청구법인이 중소기업에 해당한다는 점에 대하여는 당사자 간에 다툼이 없다.

  5) 청구법인은 2009.3.5.「(주)□□상사 디자인연구소」라는 이름으로 교육과학기술부장관에게 디자인연구소에 대한 신고를 하고, 2009.6.8. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소 인정서를 교부받았다.

라. 판 단

  1) 조세특례제한법 제10조 및 같은 법 시행령 제9조에 의하면, 조세특례제한법 시행령 별표 6의 각목에 열거된 비용 중 어느 하나에만 해당하면 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 있도록 규정하고 있다.

  2) 청구법인이 제출한 연구 및 인력개발비 세액공제 관련 서류에 의하면, 청구법인은 2004년 사업연도～2008년 사업연도까지 조세특례제한법 시행령 별표 6의 제1호 사목의 고유상표 및 고유디자인의 개발 관련 비용에 대하여 연구 및 개발비세액공제를 신청하였음이 확인된다.

  3) 앞에서 본 바와 같이 고유상표 및 고유디자인 개발을 위한 비용에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제는 연구전담부서 설치를 요건으로 하지 않으므로 처분청이 연구개발전담부서를 갖추지 아니하였다는 이유로 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 부인하여 이 건 부과처분을 한 것은 부당하다 할 것이다.

  4) 다만, 청구법인이 고유상표 및 고유디자인의 개발을 위한 비용으로 계상한 것들이 조세특례제한법 기본통칙 10-9…1【연구 및 인력개발비의 범위】및 관련 예규에서 예시한 비용에 해당하는지에 대하여 확인하여, 정당하게 계상 된 금액에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결 론

 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.