1. 처분내용
청구인은 1980.8.12. 취득한 서울특별시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 155-15(416㎡), 155 -37(198㎡) 소재 대지 614㎡ 과 건물 291.15㎡(1층 173.89㎡ 주택, 2층 117.26㎡ 근린시설)의 부동산(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)을 2005.5.23. 자신이 대표자인 청구외 (주)○○○ (이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 12억원에 매매계약을 체결하고, 2005.7.27. 1세대1주택으로서 6억원을 초과하는 고가주택 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서, 장기보유특별공제율을 30%로 계산하여 양도소득세 88,841,880원 예정신고․납부 하였다.
처분청은 2006.5.9. 청구인에게 소득세법 제101조 및 동법시행령 제98조의 제2항에 의한 부당행위계산부인 규정을 적용하여 쟁점부동산의 실제거래가액을 부인하고 기준시가를 적용, 과세적부심사를 거쳐 2005과세년도 양도소득세 41,483,610원 경정․고지하였다.
청구인은 이에 불복하여 2006. 8. 9. 이 건 심사청구를 하였다.
2. 청구주장
청구인은 양도소득세 신고시 장기보유특별공제율을 양도차익의 30%로 계산하였으나, 쟁점부동산의 건물 연면적 291.15㎡중 순수한 주택은 1층 173. 89㎡뿐이므로 소득세법시행령 제159조의2 제1호 규정에 의하여 “기준면적 미만 주택”에 해당되어 장기특별공제율 50%적용 대상이며,
또한 쟁점부동산 소재지는 부동산 이용규제가 심하여 실제 거래되는 시가가 기준시가에 못 미치게 거래되는 특수사항 등을 반영하지 않고, 쟁점부동산 매매시 청구인과 쟁점법인이 특수관계자에 해당된다고 보아 신고양도가액을 부인하고 기준시가를 적용하여 양도차익을 부과 처분한 것은 부당하다.
3. 처분청 의견
청구인이 양도한 쟁점부동산은 주택 및 근린생활시설(사무실)로 1세대1주택 비과세를 적용함에 있어 소득세법시행령 제154조 제3항에 따라 주택부분의 면적(173.89㎡)이 주택부분외의 면적(117.26㎡)보다 클 때는 전체를 주택으로 보아 주택 및 부수토지를 판단하여야 하는 것으로 쟁점부동산은 “기준면적 미만 고가주택”에 해당되지 아니하여 양도소득금액 계산시 양도차익에 장기보유특별공제 30%를 적용함은 타당하고,
청구인은 쟁점법인의 대표이사로 소득세법시행령 제98조 제1항의 규정에 의한 “특수관계자”에 해당하여 시가보다 미달하게 양도가액을 산정하여 양도소득세를 부당하게 감소한 것이 확인되므로 양도가액을 소득세법시행령 제167조 제4항에 따라 기준시가로 계산하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
1) 쟁점부동산의 2층 근린시설(117.26㎡)이 고가주택 판정 기준과 같이 장기보유특별공제 적용시에도 주택면적에 포함되는지 여부를 가리는데 있다.
2) 청구인이 쟁점부동산을 특수관계자에게 저가양도한 데에 대하여 소득세법상 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분의 당부를 가리는데 있다.
나. 관련법령
1) 소득세법 제96조【양도가액】
① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 쟁점법인간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다(02.12.18 단서개정)
1.제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우(02.12.18개정)(이하 생략)
2) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비계산】
① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.(이하생략)
3) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.
(이하 생략)
4) 소득세법 제95조 【양도소득금액】
① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하“양도가액”이라한다)에서 제 97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고 그 금액(이하“양도차익”이라한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라함은 제94조 제1항제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.(93.12.30개정)
1.당해 자산의 보유기간이 3년이상5년 미만인것 양도차익의 100분의 10
2. 당해 자산의 보유기간이 5년이상 10년 미만인것(02.12.18개정)
양도차익의 100분의 15(제89조제3항의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하“이 항에서 기준면적미만 고가주택”이라한다)에 해당되는 경우에는 100분의 25
3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인것(02.12.18개정)
양도차익의 100분의 30(기준면적미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50)
5) 소득세법시행령 제159조의 2【기준면적미만고가주택】
법 제95조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택”이라함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다(02.12.30신설)
1.주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거용으로 사용되는 지하실 부분의 면적을 포함한다)이 264제곱미터 미만이고 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495제곱미터 미만인 주택 .(이하 생략)
6) 소득세법 시행령 제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】 (2002.12.30. 제목개정)
① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
양도가액―6억원
법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × ─────────
양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
양도가액―6억원
법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 × ─────────
양도가액
6) 소득세법 제101조【양도소득의 부당행위계산】
① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계있는자 와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산 할 수 있다.(95.12.29개정)
② (이하 생략)
7) 소득세법시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】
① 법 제41조 및 법 제101조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.
1. 당해 거주자의 친족
2. 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족
3. 당해 거주자의 종업원 외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족
4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30 이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인 (2002. 12. 30. 개정)
5. 호 이하 생략.
② 법 제41조에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.
1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때(이하 생략)
8) 소득세법시행령 제167조【양도소득의 부당행위계산】
①삭제(99.12.31)
②삭제(99.12.31)
③법 제 101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 제98조 제2항 각호의 1에 해당하는 때를 말한다(94.12.31개정)
④제98조 제1항 각호의 규정에 의한 특수관계있는자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.(94.12.31개정)
⑤제3항및 4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 상속세및 증여세법 제60조 내지 제64조와 동법시행령 제49조 내지 제59조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세및 증여세법시행령 제49조 제1항 본문 중 “평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다)이내의 기간은 양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간”으로 본다.(이하 생략)
다. 사실관계
1) 쟁점부동산에 관하여 주택면적이 주택외 면적보다 크므로 1세대1주택에 의한 비과세에 해당하는 점에 대하여는 청구인과 처분청사이에 다툼이 없다. 다만, 청구인은 2층 근린시설 117.26㎡은 주거전용으로 사용되지 않은 부분이므로 장기보유특별공제율 적용시에 총 주택연면적에서 이를 제외하면 173. 89㎡(291.15㎡-117.26㎡)이므로 기준면적 미만 고가주택으로 보아 공제율을 50%적용하여 양도소득금액을 계산하여야 한다는 주장이고, 처분청은 주택외 면적도 주택부분에 포함되어야하고 부수되는 토지의 면적이 614.0㎡로 기준면적 495㎡를 초과하여 기준면적 미만 고가주택에 해당하지 아니하므로 장기보유특별공제율은 30%를 적용해야한다는 주장이다.
2) 청구인은 쟁점부동산을 2005.5.23. 양도하고 2005.7.29. 양도소득세과세표준 및 자진납부계산서 신고시 “고가주택”으로 보아 양도차익의 30%인 132,515천원을 장기보유특별공제액으로 공제하고 양도소득세 88,841천원을 납부하였고 이러한 사실은 양도소득세 신고시 제출한 첨부서류 등에서 확인된다.
3) 2005.5.23. 작성된 쟁점부동산에 대한 “부동산매매계약서”를 보면 양도가액은 총 12억원이며 기준시가는 1,432,554천원으로 양도가액이 기준시가에 미치지 못하며, 매수인은 쟁점법인이고 청구인은 쟁점법인의 대표자로서 특수관계자라는 사실에 대하여는 다툼이 없으나, 청구인은 쟁점부동산은 부동산 이용규제가 심하여 실제 거래되는 시가가 기준시가에 못 미치는 점을 감안한 합리적인 의사결정으로 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 거래가 아니었다는 주장이고, 매매시점에 부동산 이용규제가 심하여 시가가 기준시가에 못 미친다고 주장하면서 관련증빙은 제출하지 않았다.
라. 판단
【쟁점 ①에 대하여】
관련 법령에 의하면 50% 장기보유특별공제율이 적용되는 기준면적 미만 주택 이라함은 주택 연면적이 264㎡미만이고 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495㎡미만인 주택을 말하는 바. 겸용주택의 경우 주택부분이 주택이외 부문보다 큰 경우 그 전체를 주택으로 보는 것과 같이, 기준면적 미만 고가주택의 연면적을 계산함에 있어서도 겸용주택으로서 주택면적이 주택외 면적보다 큰 경우 주택외 면적도 주택의 면적에 가산하는 것이 타당하다 할 것이다.(같은 뜻, 국심2005서3201, 2006.1.10)
따라서 쟁점부동산은 주택 및 근린생활시설로 1세대1주택 비과세규정을 적용함에 있어 주택면적이 173.89㎡로 근린생활 시설면적 117.26㎡보다 더 큰 것이 확인되어 건물면적 전체를 주택으로 보아야 하고, 부수되는 토지의 면적이 614.0㎡로 기준면적 495㎡를 초과하여 기준면적 미만 고가주택에 해당하지 아니하므로 장기보유특별공제율 계산시 양도차익의 50%를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
【쟁점 ②에 대하여】
매매시점에 부동산 이용규제가 심하여 시가가 기준시가에 못 미친다고 주장하면서 관련증빙은 제시하지 않았고, 쟁점부동산을 자신이 대표자인 쟁점법인 공시지가에 미달하여 양도하였으므로 소득세법 제101조 및 같은법 시행령 제167조의 규정에의한 “양도소득의 부당행위계산부인”을 적용하여 쟁점부동산의 양도가액을 1,432,554천원으로 하여 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결 론
이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.