이 유

1. 처분내용

 가. 청구인은 2005.10.1. 비상장주식((주)○○, 이하 “쟁점주식”이라 한다) 4만주를 1주당 2,500원에 취득하고 2006.7.12. 주당 5,105원에 양도한 후 양도소득세 10,067,900원을 2010.4.7. 기한 후 신고하였으나 무납부 하였다.

 나. 처분청은 청구인의 기한 후 신고 무납부에 대하여 가산세를 더하여 양도소득세 14,862,230원을 2010.11.30. 납부기한으로 청구인에게 결정고지 하였다.

2. 청구주장

 가. 처분청의 이의신청 결정내용과 같이 쟁점주식이 포괄적 교환에 의한 양도로서 당초 과세가 정당하다면 쟁점주식의 양도가액은 소득세법 기본통칙 97-1 [토지 등 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 자산의 취득가액] 규정에 의거 교환대상 코스닥상장주식 (주)@@의 교환(양도) 당시 기준시가이여야 하므로 소득세법 제99조 제1항 3호 규정에 의거 양도일 전후 1개월 종가 평균액인 189,563,310원(46,910주×4,041원)을 적용하는 것이 타당하다.

 나. 양도가액 산정내역

3. 처분청 의견

소득세법 제94조 및 같은 법 제96조에 따라 비상장주식의 양도가액은 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의하는 것이고, 교환거래의 경우 교환계약 당사자간에 합리적인 방법에 의하여 교환목적물의 가액을 평가 및 주식교환비율을 산정하고 교환하는 것이므로 약정한 교환목적물의 평가가액을 양도가액으로 보는 것이 타당하므로(조심2009서2300, 2009.12.21) 쟁점양도가액을 평가액인 204,200,000원으로 결정한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 기한 후 신고 무납부에 대하여 결정고지한 경우 불복청구 대상으로 보아 교환비율 산정을 위한 평가액이 실지거래가액에 해당되는지 여부

나. 관련 법령

 1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】

  ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

    가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

    나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

 2) 소득세법 제96조 【양도가액】

  ① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

  ② 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도 당시의 기준시가에 의한다.

   1. 제89조제1항제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

 3) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

  ① 제96조제2항, 제97조제1항제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

   3. 제94조제1항제3호 가목의 규정에 의한 주식등

   상속세및증여세법 제63조제1항제1호 가목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동 종목중 "평가기준일 이전·이후 각 2월"은 각각 "양도일·취득일 이전 1월"로 본다.

   4. 제94조제1항제3호 나목의 규정에 의한 주식등 중 대통령령이 정하는 것

   상속세및증여세법 제63조제1항제1호 나목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동목에서 준용하는 동호 가목의 규정중 "평가기준일 이전·이후 각 2월"은 각각 "양도일·취득일 이전 1월"로 본다.

   5. 제94조제1항제3호 나목의 규정에 의한 주식 등 중 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 것과 제94조제1항제3호 다목의 규정에 의한 주식 등

   상속세및증여세법 제63조제1항제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하되, 장부분실 등으로 인하여 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다.

 4) 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

  ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

  ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

  ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조에 따른 가액에 따라야 한다.

  ⑤ 제94조제1항제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "확정신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 확정신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 「부동산등기법」 제57조제4항에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

 5) 소득세법 시행령 제176조 의2 【추계결정 및 경정】

  ① 법 제114조제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

   2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

6) 상법 제360조의2【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】

  ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다.

  ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다.

 7) 상법 제360조 의3 【주식교환계약서의 작성과 주주총회의 승인】

  ① 주식교환을 하고자 하는 회사는 주식교환계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다.

  ② 제1항의 승인결의는 제434조의 규정에 의하여야 한다.

  ③ 주식교환계약서에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

   1. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환으로 인하여 정관을 변경하는 경우에는 그 규정

   2. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 총수·종류와 종류별 주식의 수 및 완전자회사가 되는 회사의 주주에 대한 신주의 배정에 관한 사항

   3. 완전모회사가 되는 회사의 증가할 자본의 액과 자본준비금에 관한 사항

   4. 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 지급할 금액을 정한 때에는 그 규정

   5. 각 회사가 제1항의 결의를 할 주주총회의 기일

   6. 주식교환을 할 날

   7. 각 회사가 주식교환을 할 날까지 이익을 배당하거나 제462조의3의 규정에 의하여 금전으로 이익배당을 할 때에는 그 한도액

   8. 제360조의6의 규정에 의하여 회사가 자기의 주식을 이전하는 경우에는 이전할 주식의 총수·종류 및 종류별 주식의 수

   9. 완전모회사가 되는 회사에 취임할 이사와 감사 또는 감사위원회의 위원을 정한 때에는 그 성명 및 주민등록번호

 8) 소득세법 기본통칙 97-1【토지등을 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 자산의 취득가액계산】

  토지 등을 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 토지 등의 취득가액은 다음과 같이 계산한다.

   1. 교환으로 인하여 양도하는 자산의 양도가액은 교환당시 그 양도자산의 기준시가 또는 실지거래가액

   2. 교환으로 인하여 새로이 취득하는 자산의 취득가액은 교환당시 그 취득자산의 기준시가 또는 실지거래가액

다. 사실관계

1) 청구인은 2005.10.1. 비상장주식((주)○○, 쟁점주식) 4만주를 1주당 2,500원에 취득하고 2006.7.12. 주당 5,105원에 양도한 후 양도소득세 10,067,900원을 2010.4.7. 아래와 같이 기한 후 신고하였으나 무납부함에 따라 처분청은 가산세를 더하여 2010.11.5. 청구인에게 2006년 과세연도 양도소득세 14,862,230원을 경정고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

 2) 쟁점주식과 코스닥상장주식(@@)과의 포괄적 주식교환계약에 따라 아래와 같이 교환하였으나 이에 대한 당사자간의 다툼은 없다.

  가) 평가계약일자 : 2006.4.10.

  나) 의견서 작성일 : 2006.4.13.

  다) 평가회사 : **회계법인

  라) 코스닥상장법인과 비상장법인(쟁점주식)이 포괄적주식교환을 실시함에 있어서 2006.4.13. 이사회 결의를 거쳐 금융감독위원회에 주식교환신고서를 제출하였고, 평가인은 증권거래법 제190조의2 및 동법시행령 제84조의7, 동법시행규칙 제36조의12, 유가증권의발행과공시등에관한규정 제82조 및 동규정 시행세칙 제5조 내지 제9조에 근거하여 코스닥상장법인 1주당 4,353원, 비상장법인 쟁점주식 1주당 5,105원으로 평가하였고 주식교환비율 1:1.17275이 적정한 것으로 기재되어 있다.

라. 판단

 위와 같은 관련법령과 사실관계 조사내용을 종합해 보면, 청구인이 기한 후 신고에 대한 양도소득세를 납부하지 아니함에 따라 처분청은 이건 양도소득세를 결정고지 하였는바,

 청구인이 주식교환에 따른 양도가액의 산정은 소득세법 기본통칙 97-1 [토지 등 교환하는 경우의 양도가액 및 새로이 취득하는 자산의 취득가액] 규정에 의거 교환대상 코스닥상장주식 (주)@@의 교환(양도) 당시 기준시가로 산정하는 것이 타당하다고 주장하고 있으나,

 비상장주식의 양도가액은 소득세법 제96조의 규정에 따라 실지거래가액에 의하는 것으로써 완전모회사와 완전자회사가 주식을 교환하는 경우 상법 제360조의 2 제1항에 의한 주식교환계약서에 표시된 실지거래가액에 의하는 것이며, 다만 주식교환계약서에 표시된 실지거래가액이 소득세법시행령 제176조의 2 규정에 해당하여 실지거래가액으로 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 소득세법 제114조 5항의 규정에 의하여 산정하는 것(서면4팀-1640, 2006.6.8. 외 다수)인바,

 이건의 경우 교환비율 산정의 기초가 된 외부평가액이 평가시 중요사항에 문제점이 없어 쌍방간에 다툼이 없으므로 교환계약 시 외부회계법인이 적정하게 평가한 쟁점주식의 1주당 가액 5,105원을 실지 양도가액으로 결정한 처분청의 당초 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결 론

   이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.