1. 처분내용

가. 청구법인은 2008.7.1. 지주회사로 변경하면서 부가가치세 과세사업(로열티수입, 경영자문수수료 수입 등)과 비과세사업(배당금수입 및 보유주식의 거래로 인한 거래차익 등)에서 발생하는 수입이 있었다.

나. 처분청은 청구법인이 지주회사로 전환된 후 발생한 매입이 부가가치세 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되었다고 판단하여 부가가치세법 시행령 제61조(매입세액의 안분계산)의 규정을 적용하여 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지의 총 매입세액 133,528,480원 중 비과세사업분 매입세액 113,416,321원을 불공제하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.1. 이의신청을 거쳐 2011.6.2. 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 비과세사업과 과세사업을 영위하는 경우 부가가치세법 시행령 제61조 공통매입세액의 안분계산 규정을 준용하는 것은 부당하다.

 (조세법률주의 위반함) 과세사업을 영위하며 비과세수입(배당소득)이 발생하는 사업자임에도 과세사업과 면세사업을 영위하는 사업자에게 적용되는 규정인 부가가치세 시행령 제61조를 준용하여 공통매입세액을 안분계산하는 것은 조세법률주의에 위배되는 세법의 확장해석으로 판단된다.

 (형평성에 반함) 배당은 투자로 인한 소득으로 부가가치세법상 비과세에 해당되는 것은 자명하나, 현행 부가가치세법의 관행상 배당소득이 있는 일반회사의 경우 배당소득과 관련된 매입세액을 분리하여 불공제하지 않고 있음을 고려할 때 지주회사에게 배당소득과 관련한 매입세액을 공제해 주지 않는 것은 형평성에 반한다.

 (청구법인은 과세사업만을 영위하는 회사이므로 매입세액 공제가 가능함) 청구법인은 배당소득이 목적이 아닌 브랜드 로열티나 경영자문료 수입이 목적인 과세사업만을 영위하는 회사이므로 모든 매입세액 공제가 가능하고, 또 매입세액 불공제처분을 받았던 매입은 과세수입을 발생시키기 위해 준비단계에서 발생한 매입이지 배당소득을 발생시키기 위한 매입은 아니므로 매입세액 불공제를 하는 것은 부당하다.

나. 2011.9.21. 제출한 추가의견

본건과 유사한 사례에 대한 아래의 대법원 판례(대법 98다47184, 2000.2.25.)에 따르면 비과세와 과세사업을 영위하는 경우 부가가치세법 시행령 제61조 공통매입세액의 안분계산 규정을 유추적용하는 것은 부당하다고 판시하고 있다.

다. 2011.11.21. 사전열람결과 추가의견

 (조세법률주의에 위반함) 지주회사인 청구법인의 자회사 지분투자에 대한 배당소득은 비과세사업에 해당하고 또 공급가액이 없는 경우에 해당하므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하도록 규정한 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추 적용할 수 없고, 동법 시행령 제61조 제4항을 적용하더라도 공급가액이 없으므로 안분계산을 할 수 없어 결국 매입세액을 전액 공제함이 타당하다.

 (형평성에 반함) 처분청의 의견대로 배당소득에 대해 공통매입세액을 안분 계산한다면 일반회사의 경우에도 부가가치세법 시행령 제61조 제3항 제1호의 규정을 적용하여 해당 과세기간의 총공급가액중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우를 제외하고는 일반회사의 경우에도 배당소득에 해당하는 부분을 매입세액 불공제 처리하는 것이 올바른 해석이다.

 (과세사업만을 영위하는 회사임) 배당금의 수령은 부가가치세 과세사업은 물론 면세사업에도 해당되지 않아 부가가치세법상으로는 과세사업인 브랜드로열티의 수령, 경영자문료의 수령 등 과세사업만을 영위한다고 볼 수 있고(대법원98다47184, 2000.2.25.), 청구법인의 매입세액은 대부분 임차료, 회계/경영/인사/법률/전산관련 용역수수료로서 브랜드 가치 향상, 자회사에 대한 경영 자문, 신기술 개발, 신사업 발굴 등 배당금 수령과는 관계가 없는 부분이므로 매입세액을 전액 공제한 청구법인의 행위는 정당하다.

3. 처분청 의견

 비과세사업과 과세사업을 영위하는 경우 부가가치세법 시행령 제61조 공통매입세액의 안분계산 규정을 준용하는 것은 정당하다.

 (조세법률주의 위반하지 않음) 대법원2009두16268(2011.9.8.)의 결정과 같이 부가가치세법 시행령 제61조의 유추적용이 조세법률주의에 반한다고 할 수 없음을 명확히 하고 있으므로 본 건 과세는 정당하다.

 (형평성에 반하지 않음) 일반회사의 배당소득은 사업목적에 기한 것이 아닌 일시적인 부수수입이나, 청구법인의 지주사업 과정 중에 발생한 배당소득은 청구법인의 사업목적에 기한 것으로 계속적 수입인바, 사업목적에 따른 계속적 수입과 일시적인 수입을 달리 취급하는 것이 형평성에 반한다는 주장은 부당하다.

 (청구법인은 과세사업만을 영위하는 회사가 아님) 청구법인의 법인등기부등본상 자회사의 주식 또는 지분 취득과 지주사업을 첫 번째 사업목적으로 하고 있고, 청구법인이 주장하는 라이센스업 및 경영자문 등은 6, 10번의 사업목적으로 되어 있으므로 청구법인은 비과세사업도 영위하고 있다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

공통매입세액 안분계산에 관한 부가가치세법 시행령 제61조의 규정을 과세 및 비과세사업 영위자에게 준용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

1) 부가가치세법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

                                                    면세공급가액

     * 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ──────

                                                     총공급가액

 2) 부가가치세법시행규칙 제18조의2 【매입세액의 안분계산】

① 영 제61조제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

다. 사실관계

 1) 청구법인의 매입세액 내역은 2008년 제2기 31,986,089원, 2009년 제1기 40,467,817원, 2009년 제2기 30,491,651원, 2010년 제1기 30,582,923원이라는 사실에 대해서 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

 2) 청구법인에 대한 법인등기부 등본 사본에 사업목적으로 “1. 자회사의 주식 또는 지분을 취득. 소유 자회사의 제반 사업내용을 지배․경영지도․정리․육성하는 지주사업 6. 시장조사 및 경영자문 및 컨설팅업, 10. 브랜드 및 상표권 등 지적재산권의 라이센스업”이 기재되어 있다.

 3) 처분청이 제출한 청구법인 공통매입세액 안분계산 내역은 아래와 같다.

  가) 청구법인의 연도별 비과세비율은 아래 표와 같다.

                                                       (단위 : 원)

* 2008년 청구법인의 과세매출은 없음

나) 청구법인의 기별 불공제대상 매입세액은 아래 표와 같다.

                                                         (단위 : 원)

* 2008년 제2기 불공제대상 매입세액은 31,986,089원임

 4) 청구법인이 제출한 ‘○○홀딩스 과세수입 실적 및 계획’ 사본의 내용은 아래 표와 같다.

                                                       (단위 : 백만원)

5) 청구법인의 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지 매입내역은 별지와 같다.

라. 판 단

공통매입세액 안분계산에 관한 부가가치세법 시행령 제61조의 규정을 과세 및 비과세사업 영위자에게 준용하는 것은 조세법률주의에 위반되어 부당하다고 주장하는바, 이에 대해 살펴본다.

 공통매입세액의 안분계산과 관련 면세사업에 대한 공급가액이란 면세사업에 대한 수입금액이고, 이는 해당 과세기간내에 부가가치세가 과세되지 아니하는 소득세법 또는 법인세법의 규정에 따른 과세표준의 합계액이며, 비과세사업에 대한 수입금액의 경우에도 면세사업에 대한 수입금액으로 보아 안분계산하는 것(2010 부가가치세 집행기준 17-61-4)이고,

 부가가치세 과세사업과 수입배당금 등 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업을 겸영하는 지주회사의 매입세액 중 부가가치세가 과세되는 사업과 과세되지 아니하는 사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 사무실 임차료, 통신료 등 매입세액은 공통매입세액 안분계산하는 것(부가가치세-317, 2010.3.18., 대법원 2009두16268, 2011.9.8. 같은 뜻임)인바,

 살피건대, 위 사실관계 및 관계법령 등에 의하면 청구법인의 법인등기부등본에 사업목적상 비과세사업(배당금수입 등)과 과세사업(로열티수입, 경영자문수수료 수입 등)을 겸영하고 있는 사실이 나타나므로 배당금수입을 사업목적으로 하지 않는 일반회사과 구별되는 점,

 청구법인의 2008년 제2기부터 2010년 제1기까지의 별지 매입을 보면 사무실임차료, 통신비 등 과세사업와 비과세사업으로 구분하는 것이 현실적으로 어려워 공통매입으로 인정할 수밖에 없는 점,

 청구법인은 한국방송공사 관련 대법원 판례(98다47184, 2000.2.25.)를 인용하며 공통매입세액 안분계산 유추적용은 부당하다고 주장하나, 한국방송공사의 경우는 비과세사업의 공급가액이 무상이어서 비과세비율을 산정할 수 없게 되어 안분계산할 수 없는 사례로서 이를 배당금소득을 받는 지주회사에게도 확대하는 것은 타당하지 않다는 점 등을 종합하여 고려하면,

 청구법인의 배당금수입을 비과세사업의 수입금액으로 보고, 청구법인에게 공통매입세액 안분계산에 관한 부가가치세법 시행령 제61조의 규정을 유추적용하는 것이 타당하다고 판단된다(부가가치세-317, 2010.3.18. 같은 뜻임).

 따라서 청구법인의 공통매입세액에 대해 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 유추적용하여 안분계산한 후 비과세사업분에 대해 매입세액을 불공제한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.