이 유

1. 처분내용

 가. 청구인은 ○○북도 ○○시 ○○동 1266 ○○ ♧♧♧ 실용화센터 304호를 사업장 소재지로 하여 2003.5.26. ‘○○텔레콤’이라는 상호로 사업자등록 후 유선통신장치 등의 제조 및 관련 기술개발업을 영위하는 사업자로,

 나. 2006.8.1. 청구외 ○○평가원장과 기술개발촉진법에 의한 기술협약을 체결하고 2006.8.21. 및 2006.12.8. 양일에 걸쳐 74,000천원의 기술개발자금(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을, ○○공단으로부터 2006.12.15. 외 2회에 걸쳐 중기진흥 및 제품구매촉진법에 의한 수출기업화수탁사업비 보조금 총 1,030천원을 수령하여 2006년 과세연도 중 총 75,030천원의 국고보조금을 수령하였다.

 다. ○○지방국세청장은 청구인의 사업장을 관할하는 ○○세무서장에 대한 업무감사 중 청구인이 2006년 중 수령한 쟁점보조금에 대하여 2006년 과세연도 과세표준확정신고 시 당해연도 수입금액에 산입하여 신고하지 아니하였다고 하여 이를 주소지 관할인 처분청에 통보하였다.

 라. 처분청은 위와 같은 ○○지방국세청장의 감사결과 통보자료에 따라 쟁점보조금을 2006년 과세연도 총수입금액에 산입하여 과세전적부심사 결정을 거쳐 2011.10.10. 청구인에게 2006년 과세연도 종합소득세 21,406,730원을 부과처분하였다.

 마. 청구인은 쟁점보조금의 귀속시기는 당해 기술개발사업의 성공여부가 확정되는 날이 속하는 과세연도로 보아야 한다고 주장하며, 2011. 10. 28. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

 가. 청구인은 전자기기 부품 제조 및 기술개발업을 영위하는 영세 벤쳐기술연구업체의 대표로서 정부출연금을 재원으로 하여 기술개발사업을 영위하면서 2004년 첫 번째 협약에 따른 정부출연금 73,100천원을 수령한 이후로 쟁점보조금에 해당하는 3번째 정부출연금을 수령하였으며, 쟁점보조금 관련 기술혁신개발사업 과제의 성공완료 확정일은 2008.3.20.이다.

 나. 청구인은 2004년 첫 번째 협약에 따른 정부출연금 등의 세무신고와 관련하여 관련 예규 및 질의회신 자료를 확인한 결과

  1) 『중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률 제5조의 규정에 따라 중소기업청으로부터 기술개발에 필요한 자금을 지원 받은 법인이 당해 기술혁신개발사업의 성공여부에 따라 지원금의 반환 여부가 결정되는 경우 반환의무가 없는 지원금에 대하여는 그 성공여부의 확정일이 속하는 사업연도의 소득금액 계산시 익금에 산입하는 것임(법인 46012-2377, 2000.12.15)』이라는 예규와

  2) 『법인이 산업자원부와 중기거점기술개발산업협약에 의하여 개발사업비를 지원받으면서 당해 기술개발사업이 실패하면 지원금의 반환의무가 없고, 성공하면 지원금 중 일부를 반환하는 조건으로 지원금을 수령한 경우, 그 지원금의 손익 귀속 시기는 반환의무 여부에 불구하고 당해 기술개발사업의 성공여부가 확정되는 날이 속하는 사업연도의 익금으로 하는 것임(서이 46012-11889, 2002.10.16)』이라는 국세청의 질의회신문을 확인하여,

  3) 2004년 및 2005년 수령한 정부출연금 중 2006년 1월 및 2월에 성공여부가 확정된 정부출연금 총액 104,732천원을 2006년 과세연도 종합소득세 과세표준확정신고 시 이를 수입금액에 반영하여 정당하게 신고하였다.

 다. 쟁점보조금과 관련하여 청구인은 2004년 및 2005년에 수령한 정부보조금의 기 소득세 확정신고 내용과 같이 그 성공여부가 확정된 2008년 과세연도 종합소득세 과세표준확정신고시 동 금액을 당해연도의 수입금액에 산입하였어야 함에도 청구인의 실수로 누락하였으나, 앞서 기술한 예규 등에 따라 쟁점보조금의 귀속시기는 해당 기술개발사업의 성공여부가 확정된 2008년 과세연도로 봄이 타당하며,

 라. 처분청 주장과 같이 쟁점보조금의 수령시점을 수익의 귀속시기로 하여 과세한다면 정부차원에서 역점을 두고 있는 중소기업의 기술개발 지원정책의 취지와도 벗어나므로 쟁점보조금 수령일이 속한 2006년 과세연도를 손익의 귀속 과세연도로 보아 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다.

 마. 설령, 쟁점보조금의 귀속시기를 관련 기술개발 사업의 성공여부가 확정된 2008년 과세연도로 보지 아니한다고 하더라도, 그 자금의 집행완료가 되는 2007년 과세연도를 그 귀속시기로 보아야 한다.

3. 처분청 의견

 가. 청구인은 2006년 수령한 쟁점보조금의 귀속시기를 기술개발을 성공한 2008년 또는 쟁점보조금이 관련 기술개발사업을 위한 경비로 집행이 완료된 때인 2007년으로 보아야 한다고 주장하나,

 나. 사업자가 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액 등은 총수입금액에 산입하는 것이며, 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해 연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의하는 것이고, 총 수입금액 등의 귀속시기는 총수입금액 등이 확정된 날이 속하는 연도로 하는 것인바 처분청이 쟁점보조금의 수령일을 수입금액의 귀속시기로 보아 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 적법하다.

 다. 한편, 청구인은 법인 46012-2377(2000.12.15.)자 예규 및 국세청 질의회신 자료를 근거로 쟁점보조금의 귀속시기는 관련 기술개발사업의 성공여부 확정일인 2008.3.20.일에 해당하므로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하고 있으나,

  1) 위 예규는 법인의 익금 및 손금의 귀속시기와 관련된 것이며,

  2) 위 유권해석은 변경되어 2005.9.20.이 속하는 사업연도부터 지원받은 정부 출연금은 그 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하고, 익금에 산입한 출연금 중 기술개발의 성공으로 출연금 일부를 기술료 명목으로 납부하는 경우 그 납부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 손금에 산입하도록 하였는바 청구인의 주장은 이유없다.

 라. 또한, 2006.12.30. 신설된 조세특례제한법 제10조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】규정은 2007.1.1. 시행 후 최초로 출연금 등을 지급받는 분부터 적용되는 것이므로 처분청이 쟁점보조금의 수령일을 수입금액의 귀속시기로 보아 이 건 2006년 과세연도 종합소득세를 부과한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 중소기업기술혁신촉진법에 따라 관련 기술개발사업관련 보조금을 수령하고 관련 기술개발의 성공여부에 따라 기술료 등의 명목으로 보조금의 일정액을 반환하기로 한 경우 해당 보조금의 수령일이 속하는 연도를 총수입금액의 귀속연도로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

 1) 소득세법 제24조【총수입금액의 계산】

   ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다.

   ② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입하는 때에는 그 수입금액을 그 거래당시의 가액에 의하여 계산한다.

   ③ 총수입금액의 계산에 있어서 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산 또는 확정시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 2) 소득세법 제39조【총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등】

   ① 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다.

   ③ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.

   ④ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항의 취득가액의 계산이나 기타자산ㆍ부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 3) 소득세법 시행령 제51조【총수입금액의 계산】

   ③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

      4. 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입한다. 다만, 법 제26조 제2항의 경우에는 그러하지 아니하다.

 4) 조세특례제한법 제10조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】(법률 8146호, 2006.12.30.)

   ① 내국인이 2009년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로「기술개발촉진법」그밖에 대통령령이 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금 등"이라 한다)을 지급받은 경우로서 대통령령이 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금 등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금 등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액 계산의 경우 익금에 산입하지 아니할 수 있다.

   ② 제1항의 규정에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하여야 한다.

     1. 연구개발출연금 등을 해당 연구개발비로 지출하는 경우: 해당 지출액에 상당하는 금액을 해당 지출일이 속하는 과세연도의 소득금액계산의 경우 익금에 산입하는 방법

     2. 연구개발출연금 등으로 해당 연구개발에 사용되는 자산을 취득하는 경우: 대통령령이 정하는 방법에 따라 익금에 산입하는 방법

   ③ 제1항의 규정에 따라 연구개발출연금 등 상당액을 익금에 산입하지 아니한 내국인이 해당 연구개발출연금 등을 해당 연구개발 목적 외의 용도로 사용하거나 해당 연구개발에 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산의 경우 이를 익금에 산입한다. 다만, 합병 또는 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우를 제외하며, 그 금액은 합병법인 등이 제1항의 규정에 따라 익금에 산입하지 아니한 것으로 본다.

   ④ 제3항의 규정에 따라 익금에 산입할 금액에 대하여는 제33조 제3항 후단의 규정을 준용한다.

   ⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용하는 경우 출연금익금불산입명세서의 제출 그밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 5) 조세특례제한법 부칙 제5조【연구개발관련 출연금 등의 과세특례에 관한 적용례】(법률 제8146호, 2006.12.30.)

   제10조의 2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출연금 등을 지급받는 분부터 적용한다.

다. 사실관계

 1) 청구인이 제시한 2006.8.1.자 ‘중소기업 기술혁신 개발사업(우선지원과세) 협약서’에 의하면,

   가) 청구인은 청구외 ○○평가원장과 2006.8.1.부터 2007.7.31.까지 20uA이하의 Leakage Current를 갖는 SMPS 방식의 충전기외 어뎁터 설계기술개발을 목적으로 기술개발협약을 체결하고,

   나) 총 기술개발사업비 100,000천원 중 74,000천원(쟁점보조금)을 청구외 ○○평가원장이 출연하기로 하면서,

   다) 동 기술개발사업이 종료하는 때 청구인이 사업종료일로부터 2개월내에 청구외 ○○평가원장이 지정하는 기관에 보고서를 제출하여 기술개발이 성공으로 판정⋅통보되었을 경우 청구인은 쟁점보조금의 30%에 해당하는 금액을 5년간 분할납부하기로 약정한 사실이 확인된다.

 2) 과세자료제출법에 따라 국세청에 통보된 인별 국고보조금 수령내역에 의하면, 청구인은 위 협약에 근거하여 청구외 ○○평가원장으로부터 중소기업기술혁신촉진법에 따른 중소기업기술개발사업 교부금 명목으로 2006.8.21. 37,000천원을, 2006.12.8. 37,000천원, 합계 74,000천원을 수령한 것으로 나타난다.

 3) 2008.3.20.자 청구외 ○○평가원장의 ‘최종평가위원회 결과통보 및 기술료 납부안내(중기-****)’ 공문에 의하면, 쟁점보조금 수령과 관련된 기술개발사업이 2008년 중 성공한 것으로 나타나고, 이에 따라 청구인이 기술개발사업 성공에 따른 기술료 8,826천원을 2008.3.25. 청구외 ○○평가원에 지급한 사실이 금융거래증빙에 의하여 확인된다.

 4) 국세청 전산정보자료에 수록된 청구인의 종합소득세 신고내역을 살펴보면 2006년 과세연도 종합소득세 과세표준 확정신고시 제출한 손익계산서 상에 청구인이 2004년 및 2005년 중 수령한 국고보조금 104,732천원에 대하여만 영업외수익으로 계상한 사실이 확인된다.

라. 판단

소득세법 제39조에서는 거주자의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날로 규정하고 있고,

 정부로부터 출연금을 지급받은 경우와 정부에 기술료를 납부하는 경우의 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 각각 정부로부터 출연금의 교부통지 또는 납부통지를 받은 날이 속하는 과세기간으로 하는 것(소득46011-24, 2001.2.27. 외)이며,

 법인의 경우에도 법인이 새로운 유권해석(서면2팀-1497, 2005.9.20.)의 시행일이 속하는 사업연도에 지원받는 출연금에 대하여는 추후 기술개발의 성공여부에 따라 출연금 일부에 대한 반환의무 여부에 불구하고 출연금 교부통지를 받은 날이 속하는 사업연도에 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입하는 것인바,

 청구인이 2006.8.1. 청구외 ○○평가원장과 중소기업 기술혁신개발사업 협약을 체결하고, 기술개발 사업비 중 쟁점보조금에 해당하는 금원을 2006년 중 수령한 이 건의 경우 그 수령일이 속한 2006년 과세연도를 쟁점보조금의 귀속연도로 봄이 타당하고,

조세특례제한법 제10조의2 규정은 2007.1.1. 시행 후 최초로 출연금 등을 지급받은 분부터 적용되는 것이어서 이를 소급적용하기는 어려운바 쟁점보조금의 귀속연도를 2006년 과세연도로 보아 청구인에게 이 건 2006년 과세연도 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다 판단된다.

5. 결 론

이 건 심사청구는 청구주장에 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.