[주문]
이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.
[이유]
1. 처분내용
청구법인은 인천광역시 서구 ○○동 223-398번지에서 (주)○○이라는 상호로 주택건설업을 영위하는 법인으로 1999.01.01∼1999.12.31 사업연도(이하 "1999사업연도"라한다)에 대한 수입금액을 2,670,000,000원으로, 소득금액을 19,419,011원으로 하여 법인세 과세표준과 세액을 신고납부하였다.
처분청은 청구법인의 1999사업연서에 대한 법인세정기조사를 실시하였으나 세무조사에 필요한 관련 장부 및 증빙이 미비하다고 보아 수입금액에 표준소득률을 곱하여 소득금액을 추계조사경정하고 2004.01.10 청구법인에게 1999사업연도 법인세 132,985,750원을 고지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2004.03.17 이의신청을 거쳐 2004.08.04 이 건 심사 청구를 하였다.
2. 청구주장
청구법인은 서울특별시 종로구 ☆○동 569-1번지 소재 ○○재건축조합과 공사기간을 1999.05.13∼2000.05.15 까지로 정하고 총 공사도급금액을 5,460백만원으로 하여 총 72세대 중 조합원지분 20세대분을 제외한 52세대 아파트를 분양한 대금으로 건축공사비로 충당하기로 공사계약을 체결하고, 청구법인은 다시 서울특별시 동작구 △○동 1051-44번지 소재 ○○종합건설(주)(이하 "청구외법인"이라 한다) 총공사도급금액에서 10%를 차감한 4,914백만원에 하도급공사계약을 체결한 바 있고, 재건축조합에서 수령할 건축공사비는 조합원지분 20세대 이외의 52세대를 분양하여 충당하도록 계약이 체결되어 있고, 분양되기 이전에는 재건축조합에서 환경개선자금이나 국민주택기금에서 중도금 융자를 받아 청구법인에게 지급하여 공사비에 충당할 수 있도록 되어 있었으나 1999년도 중에는 그러한 융자등을 받지 못하여 청구인의공사비에 충당한 사실도 없으며
처분청은 작업진행률에 의한 소득금액계산이 불가능하다고 보아 청구법인의 1999사업연도 소극금액을 추계조사결정하였으나, 청구법인의 경우에는 1999년 및 2000년 2개 사업연도에 걸쳐 본건 공사이외에는 수주한 공사가 전혀 없었고 공사 도급계약서상 공사기간도 1999.05.13부터 2000.05.15(실제 착공일은 1999.06.16, 준공일은 2000.11.25)로 기재되어 있어 2개 사업연도 간 공사기간에 큰 차이가 없으며, 또한 2년간의 총수입금액에서 10%을 차감한 금액이 하도급공사비로 고정되어 있는데다 노무비 및 일반관리비 등 필수적인 비용이 추가되는 것 뿐이므로 청구법인이 세부담을 회피하기 위하여 소득금액을 조작할 여지는 아예없는 것이고, 2개 사업연도를 통산하면 정확한 소득금액계산이 가능한 것이고 더욱이 공사기간을 기준으로 하는 등의 적정한 방법을 선택하여 작업진행률을 계산할 수도 있는 것이므로, 작업진행률 계산에 관한 증빙서류의 미비점이 처분청에서 소득금액의 실지조사를 불가능하게 할 정도로 중요한 부분이 되는 것은 아니라고 보며 재건축조합은 공사가 준공되고 조합원의 입주가 완료된 후 해체되어 작업진행률 확인에 관한 서류를 보관하고 있지 않으며, 청구법인 역시 IMF 직후 건설경기의 침체로 사업이 부진하여 부득이 폐업하지 않을 수 없게 되어 사무실 정리시 회계장부와 법인세 신고관련서류를 제외하고는 폐기처분하여 재건축조합에서 확인한 작업진행률 관련 서류는 찾지 못하였고, 청구법인이 경험도 없이 건설업을 처음으로 영위하면서 관련서류를 제대로 갖추지 못하였던 것만은 사실이나 탈세를 하기 위해서 고의적으로 관련서류를 누락시키거나 은폐한 사실이 없으므로 청구법인이 보관하고 있는 장부와 증빙서류를 기준으로 각사업연도 소득금액을 실지조사결정하여야 한다는 주장이다.
3. 처분청 의견
청구법인이 제출한 공사원가에 대한 증빙자료를 확인한바 청구법인의 소득금액 결정에 있어 대부분을 차지하는 외주가공비(하도급공사비)가 전체의 91.6%에 달하고 있으나, 이에 대한 지출증빙으로는 청구법인의 관계회사인 청구외법인에서 발행한 세금계산서외에 거래사실을 뒷받침할 대금결제 관계, 비용 산출근거, 기성고 계산에 필요한 관련자료 및 대금수수 등에 대한 관련자료가 전혀없는 상황이고, 청구법인이 총수입금액의 10%를 차감한 금액이 하도급공사비로 고정되어 있다고 하는 주장에 대하여는 청구법인의 주장을 입증할 계약서 및 관련자료가 없으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵고
청구법인의 소득금액 결정에 있어 대부분을 차지하는 외주가공비(공사원가의 91.6%)의 거래처는 청구외법인으로서 청구법인 대표이사 김□□의 부친 김○○의 배우자 및 기타 친족의 지분이 47.6%, 전체 86.6%의 지분을 소유하고 있으며, 김○○은 청구법인의 지분을 28.84%소유하고 있는 상황에서 외주가공비의 증빙자료로 계산서만을 제출하고 있고, 지출증빙서류를 전혀 제시하고 있지 못하고 있는 점으로 보아 외주비 계상액이 적정하다고 인정하기 어려우며
청구법인은 미수금과 미지급금 및 외주가공비의 정산내역에 대하여 관련 명세서만을 제시할 뿐 관련증빙자료를 전혀 제시하지 못하고 있으며, 청구법인이 제시한 증빙서류만으로는 각 계정과목에 계상된 금액의 적정 여부를 확인할 수 없으며 또한 가장 중요한 부분을 차지하는 외주가공비 계상적정여부를 특수관계법인과의 계산서만 증빙서류로 제시하고 그 지출증빙 및 관련내역서를 전혀 제출하지 못하고 있는 상태로서 노무비 194,835천원에 대한 증빙으로 99년 2월분 노무비 지급명세서 12,325천원외 노무비를 지급하였다고 주장만 할 뿐, 지급사실을 입증할 증빙자료를 전혀 제시하지 못하고 있으며 청구법인은 외주가공비 및 노무비에 대하여 해당금액을 지출하였다고 주장하면서 특수관계법인과 거래한 계산서와 건설공사하도급계약서만을 증빙자료로 제시하고 있는 상태에서 그 금액의 적정여부를 확인할 증빙서류가 없으며 그 금액이 차지하는 비중이 크며, 1999사업연도 전체 공사원가 2,614백만원중 외주비 2,395백만원 노무비 195백만원, 계 2,590백만원으로 외주비와 노무비의 비율이 전체 공사원가의 99.1%가 되는 상황에서 실제 지출내역을 입증할 관련 증빙이 미비하므로 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비한 경우에 해당되므로 당초 추계조사방법에 의하여 과세표준 및 세액을 경정고지한 당초처분은 정당하다는 의견이다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
이 건 심사청구의 쟁점은 청구법인의 1999사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비한 경우에 해당된다고 보아 소득금액을 추계조사결정한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
나. 관계법령
○ 법인세법 제66조【결정 및 경정】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.(1998.12.28 개정)
② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.(1998.12.28 개정)
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때(1998.12.28 개정)
2. 제120조 또는 제120조의 2의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때(2000.12.29 개정)
3. 제117조 및 부가가치세법 제32조의 2의 규정에 의하여 신용카드가맹점가입대상자 또는 현금영수증가맹점가입대상자로 지정된 법인이 정당한 사유없이 신용카드가맹점 또는 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우로서 시설규모나 업황을 감안하여 신고내용이 불성실하다고 판단되는 때(2004.12.31 개정)
4. 내국법인이 증권거래법 제186조의2의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의외부감사에관한법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인ㆍ그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조의2의 규정에 의하여 경정을 청구한 때(2003.12.30 신설)
③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.(1998.12.28 개정)
④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.(1998.12.28 개정)
○ 법인세법 시행령 제104조【추계결정 및 경정】
① 법 제66조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.(1998.12.31 개정)
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우(1998.12.31 개정)
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우(1998.12.31 개정)
3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우(1998.12.31 개정)
② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다.(1998.12.31 개정)
1. 사업수입금액에 소득세법시행령 제145조의 규정에 의한 표준소득률(이하 "표준소득률"이라 한다)을 곱한 금액에서 그 법인의대표자에게 지급한 급료를 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 대표자에게 지급한 급료의 액이 그 법인의 사업수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.(1998.12.31 개정)
2. 표준소득률이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일 업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.(2001.12.31 개정)
③ 법 제34조 또는 조세특례제한법에 의하여 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인에 대한 과세표준을 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액에 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금을 가산한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다.(1998.12.31 개정)
다. 사실관계 및 판단
【이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.】
(1) ○○종합건설(주)가 연대보증인으로 참여하여 ☆○동○○연립재건축조합원(배□□외 19인; 갑) 청구법인(울)간에 1999.04.03 약정한 『재건축공동사업계약서』에 의하면, "서울시 종로구 ☆○동 569번지외 4필지 대지 1,473.39㎡에 총연면적 1,792.77평 총 세대수 72세대(조합원 20세대분 포함)의 재건축아파트를 신축하기로 약정하고, 공사기간은 1999.05.13∼2000.05.15 갑은 조합원 20명에게 조합원지분으로 정해진 아파트 1세대씩 각각 공급한다. 을은 52세대 아파트 일체를 분양하는 조건으로 건축비를 투자하며, 본건 공사비는 52세대 아파트를 대물로 주는 조건으로 한다"고 약정되어 있다.
(2)또한 청구법인(을)과 ○○연립재건축조합원(갑)간에 작성된 『공동사업계약조건』제5조 제2항에 의하면, "을의 지분은 본 계약시 첨부된 허가도면에 명시되어 있는 총세대수 72세대 아파트중 조합원명의의 20세대를 제외한 52세대의아파트를 을의 책임하에 분양하는 조건으로 건축비를 투자한다. 준공전은 을의 지분 52세대 아파트는 을의 지분으로 성립된다. 갑은 이에 대하여 민형사상의 이의를 제기치 않는다"고 약정되어 있고, 제8조에서 "각 세대당 이주비는 각 40,000,000원씩 책정하여 을이 조합원 20명에게 지급한다. 각 세대당 이주비 반환은 조합원 20명 각자의 입주통보일에 을에게 반환하며, 각 세대당 이주비는 입주통보일가지 무이자로 한다."고 약정되어 있으며, 제12조(환경개선자금 지급)에서 "종로구청에서 착공계 제출시 환경개선자금을 신청하여 조합원 20세대에 대한 환경개선자금 수령시 수령금액을 을에게 지급하고, 관계청장으로부터 을의 지분에 대한 환경개선자금이 나오지 않을 경우 을은 금융회사로부터 일반중도금 융자를 신청케하여 공사에 지장을 주지 않는다. 기금발생시 모든 제반 비용 및 원금 이자 등은 을이 건물 완공검사를 득한 날까지 책임진다. 제13조에서 을은 갑이 소유토지 총대지면적1,473.39㎡를 분할하여 5개동으로 시공하고 이에 따른 제반비용은 을이 부담하기로 약정하였고, 제17조에서 을은 조합을 원활하게 운영되게 하기 위하여 조합운영비를 매월 30일에 일금 2백만원을 조합장에게 지급한다."고 약정되어 있고, 특약규정 맬 끝에 "공동계약서 제6항 재건축공동사항중 총공사대금을 일금 오십사억육천만원정(\5,460,000,000원)으로 한다."고 약정하고 있다.
(3) 청구법인이 1999.05.03∼2000.11.20까지, 공사장소는 서울시 종로구 ☆○동569-1외 4필지, 공사명은 종로구 ☆○동 아파트 전체공사, 계약금액은 4,914백만원(부가세포함), 계약보증금은 전문건설공제조합 이행보증서, 지체상금은 1일 계약금액의 3/1,000, 대금의 지급은 별첨 건설공사 하도급특약조건"이라고 기재되어 있다.
(4) 위 건설공사하도급계약서에 첨부된 『건설공사 하도급 계약조건』과 건설공사 하도급계약서 26조에 의거한 특약사항 제1조에 의하면, "청구법인은 단종면허를 소지하고 ○○재건축조합과 1999.04.03 계약체결하였는 바, 계약서에 따라 준공검사일까지 건축설계의 설계도서에 의거 공사감독을 위한 제반경비를 52세대의 아파트 공사비로 충당하게 된 총공사비 5,460백만원 평균 전용면적 18평과 16평의 평균치로 잡아 준공된 아파트 전체 한 세대당 105,000,000원을 잡고 이중 10%에 해당된 546백만원을 공사수주의 비용부터 준공까지 공사감독을 비롯한 제반경비로 갖기로 하고 이에 대한 세금계산서를 발행한다."고 기재되어 있고, 제3조의 의하면 "1) 재건축 공동사업계약서 제12조 환경개선자금 국민주택기금 및 주택자금을 구청에 착공계 제출시 환경개선자금을 받아 건축공정에 따라 지급한다. 2)철거 및 토목공사 완료시 건축공정에 따라 지급한다. 3) 다만, 아파트 52세대에 대한 환경개선자금이 나오지 않을 경우 청구법인은 금융회사로부터 주택건설촉진법에 의해 중도금융자를 신청, 건축공정에 따라 지급한다."고 기재되어 있다.
(5) 종로구청장은 19998.05.20 재건축허가하였다가 2000.11.29 종로구 ☆○동 569번지외 4필지 재건축아파트 72세대에 대하여 아래와 같이 사용승인을 하였음이 종로구청장의 사용승인서에 의하여 확인된다.
<사용승인명세>
(단위 : 세대, ㎡)
┌─────┬─────┬─────┬─────┬─────┬─────┬────┐│ 승인번호 │ 2000-118 │ 2000-119 │ 2000-120 │ 2000-121 │ 2000-122 │ 계 │├─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼────┤│ 가구수 │ 19 │ 13 │ 14 │ 12 │ 14 │ 72 │├─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼────┤│건물연면적│ 1,659.98 │ 986.27 │ 1,089.36 │ 961.20 │ 1,077.54 │5,774,35│├─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼────┤│ 대지위치 │ 569번지 │ 569-2번지│ 569-3번지│ 569-4번지│ 569-5번지│ │├─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼────┤│ 대지면적 │ 513 │ 227 │ 259 │ 205 │ 271 │ 1,475 │├─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼─────┼────┤│ 건축주 │ 배□□외6│ 박○○외2│ 이□☆외3│ 이○☆외3│ 김○☆외3│ │└─────┴─────┴─────┴─────┴─────┴─────┴────┘(6) 청구법인의 1999사업연도 요약손익계산서에 의하면, 매출액 2,670,000,000원, 매출원가 2,614,415,411원, 판매비와 일반관리비 19,334,735원, 급료와 임금 15,000,000원, 복리후생비323,000원 여비교통비 54,500원, 세금과 기타경비 1,061,315원, 영업외비용 16,833,464원, 당기순이익 19,418,591원으로 기재되어 있다.
(7) 청구법인의 1999사업연도 공사원가명세서에 의하면, 노무비 194,835,800원, 외주비 2,395600,000원 경비 3,979,611원(장비임차료 19,200,000원, 보험료 1,056,100외)으로서 당기 총공사비용이 2, 614,415,411원으로 기재되어 있다.
(8) 청구법인의 미수금계정의 계정별원장에는 1999.12.31현재 전체수입금액인 2,670,175350원이 미수금으로 계상되어 있으며, 미지급금계정에는 외주비 전체를 포함한 2,417,610,350원이 계상되어 있다.
(9) 일용노무비 지급명세서에 의하면, 청구법인은 1999.02.01∼1999.11.30 기간 중 아래와 같이 획일적으로 일당 50,000원씩 계산하여 노무비 194,835,800원을 지급한 것으로 기재되어 있다.
┌──────┬──┬──────┬──────┐│ 월별 │인원│출역일수(일)│ 금액(원) │├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 2월 │ 13 │ 246.5 │ 12,325.000│├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 3월 │ 9 │ 228.78 │ 11,439,000│├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 4월 │ 10 │ 254.35 │ 13,267,500│├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 5월 │ 16 │ 368.752 │ 18,437,600│├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 6월 │ 33 │ 765.734 │ 38,286,700│├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 7월 │ 20 │ 400 │ 20,000,000│├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 8월 │ 27 │ 576 │ 28,800,000│├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 9월 │ 28 │ 580 │ 29,000,000│├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 10월 │ 11 │ 201.6 │ 10,080,000│├──────┼──┼──────┼──────┤│1999년 11월 │ 12 │ 264 │ 13,200,000│├──────┼──┼──────┼──────┤│ 계 │ │ 3,885.716 │ 194,835,800│└──────┴──┴──────┴──────┘(10) 청구법인의 1999사업연도 결산서상 대차대조표를 보면 아래와 같다.
┌────────────┬──────────────┐│ 자산 │ 부채, 자본 │├────┬───────┼──────┬───────┤│계정과목│ 금액(원) │ 계정과목 │ 금액(원) │├────┼───────┼──────┼───────┤│ 미수금 │ 2,670,175,350│ 미지급금 │ 2,417,610,350│├────┼───────┼──────┼───────┤│투자자산│ 4,450,000│ 당좌차월 │ 17,275,294│├────┼───────┼──────┼───────┤│ 비품 │ 30,209,560│ 가수금 │ 154,102,575│├────┼───────┼──────┼───────┤│무형자산│ 13,040,000│ 미지급비용 │ 4,000,000│├────┼───────┼──────┼───────┤│ 기타 │ 882,706│ 자본금 │ 301,000,000│├────┼───────┼──────┼───────┤│ 합계 │ 2,718,758,616│ 계 │ 2,893,988,219│└────┴───────┴──────┴───────┘(11) 처분청에서는 법인세 조사와 관련하여 청구법인에게 재건축아파트의 분양내역 및 분양계약서, 공사수금액의 산출근거, 미수금의 정산내역 및 증빙서류, 미지급금의 정산내역 및 증빙서류, 임금의 지출에 대한 증빙, 외주비의 지출증명 및 산출근거 등을 제출하라고 공문으로 요구한 사실등이 확인된다.
(12) 청구법인은 기성고 검사 관련자료도 공사가 완공되어 준공검사까지 끝났기 때문에 굳이 보관할 필요가 없는 것이라 생각하고 폐기처분하여 현재 보관하고 있지 않다고 해명하고 있다.
【다음 청구주장에 대하여 살펴본다.】
청구법인은 서울시 종로구 ☆○동 569번지 외 4필지 대지 1,473.39㎡에 재건축아파트 72세대(건물면적 5,774.35㎡)를 신축하기로 ○○연립재건축조합원들(배□□외 19명)과 1999.04.03 재건축공동사업계약을 체결하고 1998.05.20 재건축허가를 득하여 재건축공사에 착공하고, 쟁점재건축아파트를 신축하고 2000.11.29종로구청장으로 사용승인을 득한 사실이 재건축공동사업계약서와 사용승인서에 의하여 확인되고, 공사진행중에 재건축아파트가 분양된 사실이 없으며 여기에 대하여는 다툼이 없다.
청구법인이 ○○연립재건축조합원들과 약정한 『공동사업계약조건』에 의하면, 조합원명의의 20세대를 제외한 52세대의 아파트를 청구법인의 책임하에 분양하는 조건으로 건축비를 투자하되, 준공전은 52세대 아파트를 분양하여 공사비로 충당하고, 준공후는 청구법인의 지분 52세대 아파트는 청구법인의 지분으로 한다고 약정되어 있으며, 청구법인은 각 세대당 이주비로 40,000,000원씩 조합원 20명에게 지급하기로 약정하였으며, 또한 청구법인은 조합을 원활하게 운영하기 위하여 조합운영비를 매월 30일에 일금 2백만원을 조합장에게 지급한다고 약정되어 있으나, 재건축 아파트의 준공시점까지 한 세대도 분양되지 아니하였음에도 청구법인은 재건축조합과 합의하여 임의적으로 계산서를 발행하고 1999사업연도 수입금액 2,670.175,350원을 미수금으로 계상하였고, 동 수입금액은 전체공사기간1999.06월∼2000.11월)에서 1999년 공사기간(7개월)이 차지하는 비율에 비추어 보아도 공사원 가투입비율에 따라 합리적으로 배분한 수입금액이라고 보기는 어렵고 또한, 청구법인이 재건축조합원 20세대에게 실지 지급한 이주비 8억원과 조합운영비로 매월 200만원을 지급한 내용 등이 장부에 전혀 반영되어 있지 아니하고, 공사금액 전체를 하도급한 사실이 확인됨에도 청구법인은 적은 경우 9명, 많은 경우 28명의 일용노무자를 매월 공사현장에 투입한 것으로 기장되어 있는 등 청구법인이 기장한 제장부는 거래사실과 다르게 기장되었다고 봄이 타당하다 하겠다.
또한 청구법인이 ○○연립재건축조합과 특약사항에 부기하여 약정하였으나, 동금액을 52세대로 나누면 세대당 수입금액은 105,000,000원이 되며, 동금액을 17평(16평형과 18평형의 평균)으로 나누면 평당건축비가 6,76천원으로 산출되어 그 당시 서울 시내의 평당 아파트분양가에 비추어 합리적이고 적절한 수입금액이라고 인정하기 어렵다 할 것이고,
청구법인과 청구외법인간에 약정한 건설공사 하도급 계약조건에 16평형과 18평형 아파트의 평균건축비를 105백만원으로 계산하고 있는바, 동 평균건축비로 72세대 아파트 재건축에 따른 총건축비를 계산하면 7,560백만원이 산출됨에도 청구법인은 청구외법인과 건설공사하도급계약서를 작성하면서 임의적으로 총공사비를 5,460백만원으로 재건축조합과 도급계약을 체결하였다고 주장하면서 동 도급금액에서 10%를 차감한 4,914백만원을 하도급공사비로 하여 특수관계에 있는 청구외법인에게 하도급한 것으로 기재되어 있어 커다란 차이가 있으므로 청구법인과 특수관계자인 청구외법인간에 작성된 건설공사하도급계약서와 건설공사 하도급계약조건은 거래사실에 입각하여 작성된 진실된 것으로 인정하기는 어려운 것으로 판단된다.
그러므로 청구법인은 1999사업연도 수입금액에 대한 객관적인 명확한 증빙없이 임의적으로 1999사업연도 수입금액을 산정하였으며, 청구법인과 특수관계에 있는 청구외법인과 시방서 등 건축면적에 의하여 건축비를 계산하는 명확한 계산근거없이 임의적으로 약정한 건축공사하도급계약서와 건설공사하도급계약조건에 따라 공사비를 계상하고 각사업연도 소득금액을 계산하여 신고한 이건의 경우, 법인세법 시행령 제104조 제1항에서 규정하고 있는 "소득금액을 산정함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당된다."고 봄이 타당하다 하겠다.
따라서, 청구법인의 1999년사업연도 법인세 과세표준과 세액을 추계조사결정하여 과세한 이 건 처분은 정당하고 달리 잘못이 없다 하겠다.
5. 결론
이 건 심사청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
[관련법령] 법인세법 제66조/법인세법시행령 제104조/