주 문

 ○○세무서장이 2011.6.1. 청구인에게 한 2009년 과세연도 양도소득세 118,111,215원의 고지처분은 ‘○○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○ 전 2,053㎡ 중 1,189㎡는 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는 것’으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정합니다.

이 유

1. 처분내용

 1) 청구인은 2009.4.20. ○○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○ 소재 토지(지목 : 전(田), 면적 : 2,053㎡, 이하 “쟁점토지”라 함)를 737백만원에 대한주택공사에 양도(수용)한 후 2009.6.30. 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정(조세특례제한법 제69조)을 적용하여 양도소득과세표준 예정신고를 하였다.

 2) 처분청은 2010.11.26. 쟁점토지 중 864㎡를 농지가 아닌 것으로 보고 청구인에게 양도소득세 41,332,665원 과세예고통지 하였고 청구인은 2010.10.28. 처분청의 과세예고통지에 불복하여 과세전적부심을 신청하였다.

 3) 처분청은 쟁점토지를 재조사 한 후 쟁점토지 중 1,850㎡를 농지가 아닌 것으로 보고 2011.6.1. 청구인에게 양도소득세 118,111,215원을 고지하였고 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2012.1.6. 심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

 1) 처분청이 양도 당시 밤나무 등 유실수와 밭작물을 경작하였던 청구인의 쟁점토지를 농지가 아닌 것으로 보고 양도소득세를 부과한 것은 부당하다.

 2) 처분청이 쟁점토지의 일부를 농지가 아닌 것으로 보더라도 쟁점토지 중 1,850㎡를 농지로 인정하지 않은 것은 부당하며, 적어도 2010.11.26. 과세예고통지에서 인정한대로 1,189㎡를 자경농지로 인정하여 주기 바란다.

3. 처분청 의견

 1) 청구인의 주장과는 달리 쟁점토지의 대부분은 밤나무 및 아카시아나무가 불규칙적으로 식재되어 잡목이 무성한 채 수 년 간 방치되어 있어 양도당시 농지로 볼 수 없다.

 2) 청구인이 1979.5.8. 쟁점토지를 취득한 후 양도시까지 농지소재지에 거주한 기간은 8년 5개월(1993.8.25～1997.2.4, 2004.4.13～2009.4.20)에 불과하며, 2004.4. 주소지를 농지소재지로 옮긴 이후에도 여관업을 영위하는 등 청구인의 재촌기간과 사업영위 경력을 볼 때 실제로 쟁점토지 전부를 자경한 것으로 보기 어렵고 쟁점토지 중 203㎡만 농지로 인정할 수 있다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

  청구인의 쟁점토지가 조세특례제한법 제69조의 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당하는지 여부에 있다.

나. 관련법령

 1) 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

  ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

 2) 조세특례제한법 제69조【 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 】

  ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

  ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

 3) 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. <신설 2001.12.31 부칙, 2002.12.30 부칙, 2003.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙, 2006.2.9 부칙, 2006.4.28 부칙, 2008.2.22 부칙, 2009.6.26 부칙>

   1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

   2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

   3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

  ②～③(생략)

  ④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

  ⑤～⑫(생략)

  ⑬ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

다. 사실관계

 1) 청구인이 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용받기 위한 농지소재지 거주자라는 사실에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

  - 청구인의 주민등록정보에 의하면, 쟁점토지를 취득한 1979.5.8.부터 양도일 2009.4.20.까지 쟁점토지 소재지에 주민등록(○○ △△ 6○○-○)을 둔 기간은 1993.8.25.～1997.2.4.과 2004.4.13.～2009.4.20.(양도일)까지로 총 8년 5개월로 확인된다.

 2) 청구인과 처분청은 쟁점토지에 대한 자경면적 인정부분에 대한 다툼이 있어 이를 살펴보면 다음과 같다.

  - 처분청은 구획별로 면적을 수치화 한 쟁점토지 평면도(아래그림)에서 평면도에 (3)으로 표시된 면적(203㎡)만 자경농지로 인정하고 있으나 청구인은 평면도의 (2)+(3)으로 표시된 면적(1,189㎡) 전부와 (1)+(4)로 표시된 면적(864㎡) 중 배수시설과 탱자나무가 식재되어 있는 면적(342㎡)도 자경지라고 주장하고 있다.

<처분청과 청구인이 주장하는 자경지 면적>

< 쟁점토지 평면도>

3) 처분청이 쟁점토지에 대하여 현지확인한 내용은 다음과 같다.

  - 2010.11. 쟁점토지를 촬영한 사진에 의하면 밤나무 20그루가 있으나 아카시아나무 등 잡목이 빽빽이 우거져 있고 아카시아나무의 수령이 오래된 것처럼 보여지는 등 쟁점토지의 관리되지 않은 것으로 보여진다.

 - 2011.1.11. 과세전적부심사 심리담당자가 현장을 확인한 결과 밤나무와 비유실수가 함께 심겨져 있으며 관리가 안되고 있어서 전으로 확인된 203㎡(평면도(3)부분)를 제외한 1,850㎡(평면도 (1)+(2)+(4)부분)는 농지로 볼 수 없다.

4) 청구인은 밤나무, 탱자나무 등 벌목사진을 제출하였으나 촬영일이 확인되지 않으며, ○○○○정보원에서 촬영한 쟁점토지에 대한 항공사진은 일부 밭고랑과 수목 존재여부는 확인되나 수종은 확인되지 않는다.

 5) 청구인은 쟁점토지에 밤나무, 탱자나무 등 유실수를 식재하였다고 주장하고 있으나, 재배사실에 대한 근거 및 과실 생산품에 대한 판매내역 등 증빙서류를 제시하지 않았다.

 6) ○○○○○○공사 ○○사업본부장이 2012.1.5. 발행한 토지 등 수용사실 확인서의 물건별 보상내용은 다음과 같다.

 7) ○○○○○○공사의 농업손실보상내역서는 다음과 같다.

  8) 청구인이 제출한 농지원부(2008.6.19.기준, 2009.03.30.발급), 경작내역과 농작물 사용내역, 농기계 보유 현황표를 보면 다음과 같다.

<농지원부>

<경작내역과 농작물 사용내역>

<농기계 보유 현황표>

  9) 국세통합시스템 조회결과 청구인의 사업내역과 수입금액은 다음과 같다.

<청구인의 사업내역 및 수입금액>

 10) ○○시 ★★동장이 발행(2008.6.12.시행)한 농작경작사실 확인서에는 쟁점토지의 1,026㎡에 고추가 재배되고 있는 것으로 확인된다.

 11) 박○○, 강○○의 인우보증서(2010.11.24.), 이○○(○○시 ○○동 통장)의 경작사실 확인서(2009.6.15.)가 있으나 청구인이 농지소재지 거주 이전인 1979년부터 쟁점토지를 경작하였다고 되어있다.

라. 판단

 이상의 사실관계와 법령을 바탕으로 청구인의 쟁점토지가 조세특례제한법 제69조의 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상인지를 살펴본다.

청구인이 양도일 현재 농지소재지에서 거주하였다는 사실과 쟁점토지 2,053㎡ 중 203㎡를 자경농지로 인정한 사실에는 처분청과 청구인간에 다툼이 없고, 쟁점토지 중 농지로 인정한 203㎡를 제외한 나머지 1,850㎡가 8년 자경농지에 해당하는지 여부에는 처분청과 청구인간에 다툼이 있다.

 처분청은 쟁점토지의 항공사진으로는 일부 밭고랑과 수목의 식재만 확인되고 수목의 종류를 알 수 없는 점, 처분청의 현지확인 결과 밤나무와 아카시아나무 등이 불규칙하게 식재되어 장기간 방치되어 있는 점, 청구인이 여관업을 영위하고 있는 점 등을 들어 쟁점토지 중 1,850㎡는 농지라고 보기 어렵다고 주장하고 있다.

하지만 처분청이 청구인의 쟁점토지를 현지확인 한 2011.1.11.은 겨울철이었고, 쟁점토지를 양도한 2009.4.20.로부터 1년 9개월이 지난 시점이고, 청구인의 ○○시 ★★동장이 발행한 ｢농작경작사실 확인서｣에는 쟁점토지의 1,026㎡에 고추가 재배되고 있는 것으로 확인되고 있으며, ○○○○○○공사의 ｢토지 등 수용사실 확인서｣ 및 ｢농업손실보상내역서｣를 보면 쟁점토지의 포도나무 지주대, 밤나무, 가지 등에 대한 보상금이 지급된 것으로 확인되고 있다.

 청구인이 농지소재지에 거주하는 기간동안 숙박업을 영위하고 있는 것으로 확인되고 있으나, 거주지 인근의 쟁점농지 등을 취득하여 계속 보유하였고 보유기간 중 일시적인 사업자등록(주로 여성이 운영하는 다방업 및 여관업임) 이외에 쟁점농지 임대전까지 다른 소득이 확인되지 않는 점 등으로 볼 때 조세특례제한법 제 69조에 따른 양도소득세 감면대상(조심2010부0823, 2010.10.07, 같은 뜻)으로 볼 수 있으므로, 청구인이 숙박업을 영위하였다고 해서 농사에 전념하지 못하였다고 보기 어렵다.

  따라서, 처분청이 쟁점토지 중 203㎡을 제외한 1,850㎡를 양도당시 농지가 아닌 것으로 보아 8년 이상 자경농지 양도에 대한 감면규정의 적용을 배제하여 과세한 처분은 부당해 보이며, 처분청이 2010.11.26. 과세예고 당시 인정했던 바와 같이 쟁점토지 2,053㎡ 중 1,189㎡는 청구인이 8년 자경한 것으로 판단된다.

5. 결 론

 이건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.